##fileformat=VCFv4.0 ##ApplyVariantCuts="analysis_type=ApplyVariantCuts input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[/seq/references/HybSelOligos/whole_exome_agilent_designed_120/whole_exome_agilent_designed_120.targets.interval_list] excludeIntervals=[chrM, chrY] reference_sequence=/seq/references/Homo_sapiens_assembly18/v0/Homo_sapiens_assembly18.fasta rodBind=[wgs.v13/GA2.WEx.cleaned.ug.snpfiltered.indelfiltered.optimized.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=/humgen/gsa-scr1/GATK_Data/dbsnp_129_hg18.rod downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false tranches_file=wgs.v13/GA2.WEx.cleaned.ug.snpfiltered.indelfiltered.optimized.tranches 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downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false cluster_file=wgs.v13/GA2.WEx.cleaned.ug.snpfiltered.indelfiltered.optimized.clusters tranches_file=wgs.v13/GA2.WEx.cleaned.ug.snpfiltered.indelfiltered.optimized.tranches out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub target_titv=2.8 backOff=1.3 desired_num_variants=0 ignore_all_input_filters=false priorNovel=2.0 priorDBSNP=2.0 priorHapMap=15.0 prior1KG=12.0 path_to_Rscript=Rscript path_to_resources=/home/radon01/depristo/dev/GenomeAnalysisTK/trunk/R/ singleton_fp_rate=0.5 max_ac_prior=0.99 dontTrustACField=false NoByHapMapValidationStatus=false qual=0.0 debugFile=null" ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##NCBI_remap_source_assm="GCF_000001405.12" 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T G 5231.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.11;MQ=91.05;MQ0=15;QD=16.61;SB=-1533.02;VQSLOD=-1.5473;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,141:282:99:255,0,255 1 887801 rs3828047 A G 3931.66 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.59;MQ=92.52;MQ0=4;QD=37.44;SB=-1152.13;VQSLOD=-0.1185;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:94:99:255,255,0 1 888639 rs3748596 T C 5658.62 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.30;MQ=84.04;MQ0=5;QD=38.23;SB=-1972.80;VQSLOD=0.0676;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:133:99:255,255,0 1 888659 rs3748597 T C 4266.78 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.70;MQ=84.65;MQ0=4;QD=38.44;SB=-907.71;VQSLOD=1.1139;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:101:99:255,255,0 1 897325 rs4970441 G C 6699.32 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.20;MQ=98.78;MQ0=0;QD=45.89;SB=-2186.95;VQSLOD=-1.9861;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:136:99:255,255,0 1 909419 rs28548431 C T 71.77 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.94;SB=-46.55;VQSLOD=-1.9148;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.92:103,0,26 1 949608 rs1921 G A 553.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.90;MQ=98.11;MQ0=0;QD=11.29;SB=-179.22;VQSLOD=-0.8353;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:46:99:255,0,255 1 949654 rs8997 A G 1473.46 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.43;MQ=97.07;MQ0=0;QD=32.74;SB=-444.52;VQSLOD=-0.6929;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:36:99:255,108,0 1 981931 rs2465128 A G 674.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.89;MQ=97.02;MQ0=0;QD=8.65;SB=-261.89;VQSLOD=-2.3728;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:65:99:255,0,255 1 982994 rs10267 T C 2024.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.91;MQ0=0;QD=14.26;SB=-782.59;VQSLOD=-1.2534;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,64:137:99:255,0,255 1 984302 rs9442391 T C 29.84 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=95.26;MQ0=0;QD=1.66;SB=-0.98;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:14:60.91:61,0,255 1 990280 rs4275402 C T 130.98 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=96.71;MQ0=0;QD=21.83;SB=-44.10;VQSLOD=-1.9679;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.04:165,12,0 1 1115884 . C T 20.09 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=1.55;SB=-30.49;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:10:51.12:51,0,255 1 1115949 . A G 36.51 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=99.00;MQ0=0;QD=4.56;SB=-41.66;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:6:67.59:68,0,152 1 1158631 rs6603781 A G 9166.55 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.07;MQ=98.55;MQ0=0;QD=33.09;SB=-2683.31;VQSLOD=0.3725;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,276:252:99:255,255,0 1 1247494 rs12103 T C 434.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.85;MQ0=0;QD=29.00;SB=-122.87;VQSLOD=-3.2828;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:12:36.11:255,36,0 1 1249187 rs12142199 G A 15506.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=367;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=10.95;MQ=98.92;MQ0=0;QD=42.25;SB=-6976.91;VQSLOD=-1.4221;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,367:359:99:255,255,0 1 1254841 rs10907179 C G 2747.26 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=45.79;SB=-934.63;VQSLOD=-2.8410;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:58:99:255,175,0 1 1277533 rs17854636 T C 253.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.38;MQ=52.72;MQ0=15;QD=9.39;SB=-0.01;VQSLOD=-2.3399;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:8:24.07:255,24,0 1 1290276 . 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T G 584.71 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.21;MQ=98.42;MQ0=0;QD=2.87;SB=269.90;VQSLOD=-6.7137;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,63:163:99:255,0,255 1 2340073 . C G 467.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.53;MQ=97.45;MQ0=0;QD=12.63;SB=-249.07;VQSLOD=-1.4728;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:30:99:255,0,255 1 2340200 rs2494598 T C 1801.94 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.20;MQ=98.87;MQ0=0;QD=15.81;SB=-635.71;VQSLOD=-0.4238;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,62:103:99:255,0,255 1 2444414 rs7535528 G A 750.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.38;MQ=98.65;MQ0=0;QD=12.30;SB=-372.84;VQSLOD=0.2730;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:55:99:255,0,255 1 2452569 rs2985862 T C 4577.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.77;MQ=98.68;MQ0=0;QD=20.34;SB=-1341.95;VQSLOD=0.6439;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,116:211:99:255,0,255 1 2488153 rs4870 T C 634.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.12;MQ=98.37;MQ0=0;QD=12.20;SB=-331.25;VQSLOD=-1.3699;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:47:99:255,0,255 1 2494330 rs2234167 C T 2486.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.95;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.25;SB=-363.45;VQSLOD=0.4590;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,76:152:99:255,0,255 1 2518374 . C T 20.09 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.03;MQ0=0;QD=1.67;SB=-35.51;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:51.12:51,0,255 1 2523042 . C G 77.95 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=483;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=62.06;MQ=97.52;MQ0=0;QD=0.16;SB=748.51;VQSLOD=-16.5654;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:297,186:279:99:109,0,255 1 2938265 rs4576609 C T 1143.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.52;MQ0=0;QD=18.75;SB=-538.14;VQSLOD=0.4975;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:59:99:255,0,255 1 2938569 rs35806103 C T 5338.24 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=278;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.32;MQ=98.46;MQ0=0;QD=19.20;SB=-1429.83;VQSLOD=-1.7094;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,131:263:99:255,0,255 1 2938697 rs3795262 T G 1834.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.63;MQ=98.41;MQ0=0;QD=14.56;SB=-476.58;VQSLOD=0.0564;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,66:106:99:255,0,255 1 2938924 . T G 480.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.16;MQ=98.33;MQ0=0;QD=11.72;SB=-247.82;VQSLOD=-3.2009;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:38:99:255,0,255 1 3328358 rs870124 T C 4028.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.59;MQ=98.23;MQ0=0;QD=39.50;SB=-1668.53;VQSLOD=1.3563;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:97:99:255,255,0 1 3328659 rs2493292 C T 1543.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.15;MQ=98.73;MQ0=0;QD=13.78;SB=-457.89;VQSLOD=0.3062;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:98:99:255,0,255 1 3389727 rs2185639 C T 2484.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.80;MQ=98.89;MQ0=0;QD=14.04;SB=-1028.98;VQSLOD=1.1400;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,79:163:99:255,0,255 1 3394456 rs4638054 T C 5625.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.84;MQ=98.49;MQ0=0;QD=36.29;SB=-2309.52;VQSLOD=-0.3112;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:144:99:255,255,0 1 3395039 rs10797395 G A 2350.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.54;MQ=98.82;MQ0=0;QD=15.46;SB=-1070.96;VQSLOD=1.4098;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,71:141:99:255,0,255 1 3397062 rs56309807 G A 1294.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.35;MQ=98.48;MQ0=0;QD=14.72;SB=-528.76;VQSLOD=-0.9883;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,42:78:99:255,0,255 1 3421897 rs2821008 A G 161.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.43;MQ=98.02;MQ0=0;QD=7.04;SB=-70.34;VQSLOD=-4.2320;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:18:99:193,0,255 1 3424388 rs947345 G A 5857.65 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.18;MQ=98.00;MQ0=0;QD=20.55;SB=-2515.97;VQSLOD=-0.2088;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,156:259:99:255,0,255 1 3428160 rs2820999 T G 1356.88 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.59;MQ=95.74;MQ0=0;QD=35.71;SB=-512.86;VQSLOD=-0.5149;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:35:99:255,105,0 1 3428608 rs11585362 G A 4126.18 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.33;MQ=98.85;MQ0=0;QD=32.49;SB=-1877.39;VQSLOD=0.7549;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:101:99:255,255,0 1 3496479 rs2794340 T C 784.37 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=96.92;MQ0=0;QD=30.17;SB=-77.36;VQSLOD=-1.2463;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:23:69.20:255,69,0 1 3511934 rs7513275 A G 1215.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.06;MQ=92.72;MQ0=0;QD=7.06;SB=-259.30;VQSLOD=-4.3938;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,76:92:99:255,0,255 1 3542312 . T G 138.9 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.92;MQ=98.61;MQ0=0;QD=0.73;SB=203.67;VQSLOD=-8.4442;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,97:107:99:170,0,255 1 3548136 rs2760321 T C 3523.46 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.36;MQ=96.87;MQ0=0;QD=25.17;SB=-1024.82;VQSLOD=0.1580;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:96:99:255,255,0 1 3548832 rs2760320 G C 2836.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.60;MQ=99.00;MQ0=0;QD=19.43;SB=-383.05;VQSLOD=-0.7546;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:143:99:255,0,255 1 3638674 rs1801174 C T 8064.29 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.26;MQ=98.33;MQ0=0;QD=37.16;SB=-3764.34;VQSLOD=-0.3834;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,213:195:99:255,255,0 1 3669172 rs41315312 C T 7943.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=418;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.74;MQ=98.22;MQ0=0;QD=19.00;SB=-2293.81;VQSLOD=-0.0497;REMAP_ALIGN=FP 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T C 111.85 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.33;MQ=60.37;MQ0=6;QD=0.51;SB=278.95;VQSLOD=-8.3820;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,101:119:99:143,0,255 1 6614391 rs6693391 A C 125.58 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=25.12;SB=-86.77;VQSLOD=-1.3787;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:159,12,0 1 6614415 rs6693400 A G 44.6 ESPStandard;LowQual DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=22.30;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0 1 6614535 rs4908923 G A 1358.71 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.37;MQ=97.82;MQ0=0;QD=23.03;SB=-456.52;VQSLOD=0.2319;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:37:99:255,111,0 1 6635231 rs10864628 A G 3425.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.87;MQ0=0;QD=39.38;SB=-1165.81;VQSLOD=1.2267;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:83:99:255,250,0 1 6641348 . G A 161.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=7.02;SB=-54.97;VQSLOD=-3.9542;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:21:99:193,0,255 1 6659505 rs2232460 G A 1526.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.90;MQ=97.76;MQ0=0;QD=16.24;SB=-719.64;VQSLOD=-0.4381;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:83:99:255,0,255 1 6704635 rs200458 A G 9501.73 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.73;MQ0=0;QD=38.16;SB=-4392.11;VQSLOD=1.0717;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:244:99:255,255,0 1 7723957 rs12128526 G A 5652.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.03;MQ=98.58;MQ0=0;QD=18.47;SB=-2285.85;VQSLOD=-0.3146;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,148:277:99:255,0,255 1 7870048 rs228669 T C 16020.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=470;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.49;MQ=98.52;MQ0=0;QD=34.09;SB=-4813.09;VQSLOD=0.2367;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,470:417:99:255,255,0 1 7887248 rs2859387 G A 1911.51 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.81;MQ=97.69;MQ0=0;QD=28.96;SB=-759.03;VQSLOD=-1.4673;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:48:99:255,144,0 1 7887493 rs228696 T C 11617.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=318;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.82;MQ=98.45;MQ0=0;QD=36.53;SB=-2944.67;VQSLOD=0.4529;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,317:300:99:255,255,0 1 7889941 rs2640908 C T 18747.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=470;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.63;MQ=96.65;MQ0=0;QD=39.89;SB=-7202.27;VQSLOD=0.9746;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,469:445:99:255,255,0 1 7913430 rs228648 G A 14254.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=338;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.32;MQ=98.71;MQ0=0;QD=42.17;SB=-5480.57;VQSLOD=1.2936;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,338:333:99:255,255,0 1 8390384 rs56125713 G C 2193.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.86;MQ=97.83;MQ0=0;QD=19.07;SB=-991.40;VQSLOD=0.0121;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:98:99:255,0,255 1 8390495 rs1058619 A G 1005.06 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.62;MQ0=0;QD=32.42;SB=-342.13;VQSLOD=-1.1043;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.23:255,90,0 1 8395560 rs7535752 G T 1585.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.94;MQ=98.26;MQ0=0;QD=13.55;SB=-307.72;VQSLOD=0.2311;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,60:88:99:255,0,255 1 8418644 rs11121172 C A 317.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.78;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.07;SB=-175.16;VQSLOD=-2.6961;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:31:99:255,0,255 1 8418650 rs1058766 T C 384.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.73;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.85;SB=-205.63;VQSLOD=-2.6292;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:32:99:255,0,255 1 8425900 rs3753275 T C 1671.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.47;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.06;SB=-548.77;VQSLOD=0.5746;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,58:118:99:255,0,255 1 9009406 rs2274327 C T 1243.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.14;MQ=98.80;MQ0=0;QD=10.81;SB=-545.26;VQSLOD=0.0011;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,40:108:99:255,0,255 1 9009444 rs2274328 A C 2148.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.31;MQ=98.88;MQ0=0;QD=12.56;SB=-664.49;VQSLOD=0.6292;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,67:164:99:255,0,255 1 9064838 . 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G A 3053.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.77;MQ=98.36;MQ0=0;QD=19.45;SB=-1423.50;VQSLOD=0.1156;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,92:145:99:255,0,255 1 9305445 rs34603401 A C 4987.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=248;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.27;MQ=98.57;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1651.32;VQSLOD=-0.2648;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,133:233:99:255,0,255 1 9307033 rs7524046 G A 11772 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=638;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.04;MQ=98.42;MQ0=0;QD=18.45;SB=-4681.19;VQSLOD=-0.2406;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,340:536:99:255,0,255 1 9307138 rs11121350 T C 2494.94 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.08;MQ=98.54;MQ0=0;QD=10.66;SB=-1167.14;VQSLOD=-1.1093;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,103:191:99:255,0,255 1 9323910 rs6688832 G A 2119.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.18;MQ=98.77;MQ0=0;QD=14.13;SB=-1019.44;VQSLOD=0.2802;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,68:127:99:255,0,255 1 9324213 rs17368528 C T 202.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.37;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.66;SB=-76.28;VQSLOD=-1.2583;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:18:99:234,0,255 1 9324571 rs9434742 T C 2443.63 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.59;MQ=98.11;MQ0=0;QD=12.16;SB=-634.63;VQSLOD=-1.3949;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,99:172:99:255,0,255 1 9324670 rs9434743 A G 621.97 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.43;MQ=97.56;MQ0=0;QD=16.81;SB=-164.69;VQSLOD=-1.3744;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:32:99:255,0,255 1 9796038 . C T 3984.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.03;MQ0=0;QD=21.65;SB=-1690.33;VQSLOD=-0.2797;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,93:179:99:255,0,255 1 10318652 rs12402052 C G 5059.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.88;MQ0=0;QD=24.80;SB=-1158.15;VQSLOD=0.2733;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,111:202:99:255,0,255 1 10435324 rs11121552 C A 7074.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.69;MQ=98.94;MQ0=0;QD=19.76;SB=-2183.47;VQSLOD=1.4690;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,184:352:99:255,0,255 1 10460485 rs1049887 T C 6587.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=414;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.36;MQ=85.82;MQ0=37;QD=15.91;SB=-2641.79;VQSLOD=-1.2202;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,187:365:99:255,0,255 1 10473196 rs2229687 C T 4963.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.22;MQ=97.00;MQ0=3;QD=18.32;SB=-1791.56;VQSLOD=0.1482;REMAP_ALIGN=FP 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DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=96.91;MQ0=0;QD=32.90;SB=-193.67;VQSLOD=-0.9446;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:26:78.21:255,78,0 1 10725498 rs284322 G A 890.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.06;MQ=98.32;MQ0=0;QD=15.89;SB=-406.15;VQSLOD=0.5907;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:49:99:255,0,255 1 11087524 rs1782455 G A 26737.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=637;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.25;MQ=98.94;MQ0=0;QD=41.97;SB=-12640.26;VQSLOD=-1.9294;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,636:625:99:255,255,0 1 11090916 rs12711521 C A 9091.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.95;MQ=98.48;MQ0=0;QD=37.41;SB=-3750.76;VQSLOD=1.2131;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,243:232:99:255,255,0 1 11119899 rs7545802 T C 924.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.30;MQ=92.92;MQ0=0;QD=18.12;SB=-45.69;VQSLOD=-0.8788;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=37.39;SB=-480.46;VQSLOD=1.3579;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:255,117,0 1 11561593 rs2817580 G A 356.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.90;MQ=97.42;MQ0=0;QD=10.81;SB=-134.08;VQSLOD=-0.7258;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:25:99:255,0,255 1 11579470 rs2072994 G A 3108.99 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.52;MQ0=0;QD=37.91;SB=-1256.66;VQSLOD=1.9755;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:76:99:255,229,0 1 11728894 rs3125818 G A 2019.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.97;MQ=85.50;MQ0=1;QD=15.30;SB=-859.89;VQSLOD=0.7849;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,61:124:99:255,0,255 1 11771988 rs17037327 A G 2042.97 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.82;MQ0=0;QD=15.84;SB=-666.88;VQSLOD=0.6733;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,60:126:99:255,0,255 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G A 51.9 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=25.95;SB=-48.31;VQSLOD=-2.1352;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:84,6,0 1 12175729 rs1763642 C T 16111.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=396;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.83;MQ0=0;QD=40.69;SB=-3212.07;VQSLOD=1.6922;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,396:384:99:255,255,0 1 12198297 rs476488 T C 747.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.44;MQ=96.21;MQ0=0;QD=12.46;SB=-186.61;VQSLOD=-1.4414;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:49:99:255,0,255 1 12248942 rs945439 A G 564.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.25;MQ=98.38;MQ0=0;QD=6.21;SB=-181.52;VQSLOD=-1.7737;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,31:73:99:255,0,255 1 12252955 rs1061622 T G 2017.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.15;MQ=98.40;MQ0=0;QD=10.79;SB=-677.39;VQSLOD=-1.4845;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,73:167:99:255,0,255 1 12317102 . T G 71.94 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=475;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.66;MQ=98.45;MQ0=0;QD=0.15;SB=802.60;VQSLOD=-10.3745;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:285,190:315:99:103,0,255 1 12401868 rs28551666 A C 10676.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=282;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.63;MQ=98.44;MQ0=0;QD=37.86;SB=-3474.46;VQSLOD=-1.1450;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,281:259:99:255,255,0 1 12638964 rs2275875 T C 1444.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.38;MQ=98.02;MQ0=0;QD=11.94;SB=-625.54;VQSLOD=0.2666;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,50:113:99:255,0,255 1 12776344 rs3000859 A T 14443.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=359;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.51;MQ=98.69;MQ0=0;QD=40.23;SB=-7046.91;VQSLOD=-0.2642;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,358:346:99:255,255,0 1 12779560 rs3010876 T C 2581.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.00;MQ=98.35;MQ0=0;QD=15.93;SB=-1039.46;VQSLOD=-0.6963;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,75:158:99:255,0,255 1 12779618 rs3010877 T C 5384.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=326;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.54;MQ=98.44;MQ0=0;QD=16.52;SB=-1970.76;VQSLOD=-0.1273;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,140:298:99:255,0,255 1 12854068 . T C 6160.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1073;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.14;MQ=41.10;MQ0=249;QD=5.74;SB=-1103.86;VQSLOD=-2.5623;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:882,190:762:99:255,0,255 1 12854090 . T A 9834.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1423;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.14;MQ=40.70;MQ0=180;QD=6.91;SB=-2401.36;VQSLOD=-2.4015;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1163,258:1152:99:255,0,255 1 12854097 . T C 9845.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1495;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.76;MQ=40.34;MQ0=161;QD=6.59;SB=-2558.63;VQSLOD=-2.9735;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1215,278:1240:99:255,0,255 1 12854105 . A G 10930.9 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1536;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.71;MQ=40.20;MQ0=131;QD=7.12;SB=-2920.72;VQSLOD=-5.3211;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1252,284:1321:99:255,0,255 1 12854162 rs1063764 C T 2903.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1156;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.93;MQ=30.86;MQ0=235;QD=2.51;SB=608.99;VQSLOD=-3.6170;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:883,272:807:99:255,0,255 1 12854188 . T C 909.78 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1184;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.42;MQ=22.06;MQ0=617;QD=0.77;SB=379.02;VQSLOD=-8.2896;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:869,315:453:99:255,0,255 1 12854414 rs1063769 G A 9030.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1564;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.09;MQ=36.61;MQ0=579;QD=5.77;SB=-3123.39;VQSLOD=-2.6114;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1087,476:921:99:255,0,255 1 12854474 rs1063774 A C 631.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1448;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.53;MQ=48.78;MQ0=817;QD=0.44;SB=-135.92;VQSLOD=-4.0483;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1122,325:570:99:255,0,255 1 12854479 rs1063775 C G 536.32 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1339;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.18;MQ=51.38;MQ0=734;QD=0.40;SB=-250.54;VQSLOD=-8.8035;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1058,280:560:99:255,0,255 1 12855835 rs1063795 C G 2350.32 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=315;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.92;MQ=17.39;MQ0=235;QD=7.46;SB=-461.32;VQSLOD=-1.7353;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,314:52:99:255,157,0 1 12855845 rs1063797 G C 2487.27 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=274;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.62;MQ=18.59;MQ0=200;QD=9.08;SB=-696.03;VQSLOD=-1.5794;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,274:50:99:255,151,0 1 12856010 rs2142947 C G 16239.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1658;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.04;MQ=15.84;MQ0=1034;QD=9.79;SB=-5512.14;VQSLOD=-3.4233;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:779,876:553:99:255,0,255 1 12856111 rs2982215 C T 3991.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1077;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.41;MQ=12.29;MQ0=797;QD=3.71;SB=-1375.76;VQSLOD=-2.6159;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:577,500:169:99:255,0,255 1 12907275 . G C 8611.57 ESPStandard;SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1220;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=423.79;MQ=68.52;MQ0=93;QD=7.06;SB=290.94;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1015,205:1041:99:255,0,255 1 12907282 . G C 12060.8 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1295;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=450.21;MQ=69.68;MQ0=102;QD=9.31;SB=-2796.50;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1005,288:1098:99:255,0,255 1 12907284 . T C 19873.2 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1323;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=470.22;MQ=69.87;MQ0=109;QD=15.02;SB=-3744.21;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:773,550:1126:99:255,0,255 1 12907285 . G C 12614.2 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1325;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=470.73;MQ=70.09;MQ0=107;QD=9.52;SB=-3488.03;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1033,292:1119:99:255,0,255 1 12907316 . T C 9795.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1624;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.99;MQ=76.55;MQ0=78;QD=6.03;SB=-1211.00;VQSLOD=-4.5510;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1379,244:1360:99:255,0,255 1 12907350 rs2359486 C T 7691.22 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1428;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=399.25;MQ=83.23;MQ0=58;QD=5.39;SB=-569.09;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1242,185:1148:99:255,0,255 1 12907351 rs2359485 A G 7097.66 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1420;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=387.89;MQ=83.28;MQ0=55;QD=5.00;SB=-602.02;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1237,182:1144:99:255,0,255 1 12907358 . T C 14187 ESPStandard;SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1373;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=337.02;MQ=83.54;MQ0=29;QD=10.33;SB=-3297.44;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:797,574:1126:99:255,0,255 1 12907370 rs2076063 A T 12685.7 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1132;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=109.26;MQ=82.85;MQ0=9;QD=11.21;SB=-1710.64;VQSLOD=-26.0291;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:603,529:888:99:255,0,255 1 12907385 . G A 8362.35 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=897;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=105.51;MQ=78.59;MQ0=11;QD=9.32;SB=-613.64;VQSLOD=-27.0493;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:567,329:732:99:255,0,255 1 12907408 . T A 984.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=651;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.77;MQ=67.94;MQ0=16;QD=1.51;SB=772.53;VQSLOD=-4.6553;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:566,83:597:99:255,0,255 1 12907777 rs1737104 T C 931.26 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.56;MQ=69.88;MQ0=14;QD=4.14;SB=324.10;VQSLOD=-6.6701;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,47:200:99:255,0,255 1 12907781 rs1737105 T C 1272.84 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.46;MQ=66.21;MQ0=15;QD=5.92;SB=278.95;VQSLOD=-5.0476;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,54:189:99:255,0,255 1 12907798 . A C 2548.67 ESPStandard;SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.53;MQ=60.10;MQ0=4;QD=11.33;SB=87.72;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,92:196:99:255,0,255 1 12907802 . 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C T 4141.55 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.54;MQ=59.02;MQ0=3;QD=17.47;SB=-95.60;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,104:217:99:255,0,255 1 12907837 rs1736811 C T 11961.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=437;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.63;MQ=65.65;MQ0=3;QD=27.37;SB=-2665.52;VQSLOD=-1.5682;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,279:424:99:255,0,255 1 12907885 rs848418 T C 6762.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=685;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.84;MQ=60.52;MQ0=11;QD=9.87;SB=-2141.82;VQSLOD=-2.8579;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:484,200:622:99:255,0,255 1 12942119 rs3927874 C T 11889.8 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1305;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.78;MQ=18.46;MQ0=531;QD=9.11;SB=-3501.82;VQSLOD=-5.7154;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:727,578:547:99:255,0,255 1 12952968 rs1736772 C G 14.55 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=70.00;MQ0=1;QD=7.27;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:45,3,0 1 12953160 . 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DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.77;MQ=99.00;MQ0=0;QD=41.14;SB=-2744.62;VQSLOD=1.5312;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:134:99:255,255,0 1 17402255 rs3818032 C T 6739.56 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.10;MQ=98.70;MQ0=0;QD=39.18;SB=-1275.71;VQSLOD=0.6562;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:160:99:255,255,0 1 17405809 rs2057096 G A 3756.82 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.46;MQ=98.79;MQ0=0;QD=38.33;SB=-1521.68;VQSLOD=1.2852;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:91:99:255,255,0 1 17555508 rs2977234 G T 233.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=96.94;MQ0=0;QD=9.36;SB=-97.79;VQSLOD=-1.3802;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:21:99:255,0,255 1 17609448 rs2293920 G T 2398.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.34;MQ=98.61;MQ0=0;QD=12.83;SB=-381.68;VQSLOD=-1.3019;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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G A 15999.4 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=883;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.97;MQ=87.80;MQ0=83;QD=18.12;SB=-6383.06;VQSLOD=-2.2372;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,448:765:99:255,0,255 1 21808159 . G A 2872.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=291;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.46;MQ=17.62;MQ0=163;QD=9.87;SB=-944.94;VQSLOD=-2.2468;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,171:123:99:255,0,255 1 21809750 rs2651399 T C 2224.89 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.11;MQ=69.76;MQ0=16;QD=32.72;SB=-0.01;VQSLOD=-0.9783;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:52:99:255,157,0 1 21809850 rs4466620 T C 154.66 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=737;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.03;MQ=6.85;MQ0=729;QD=0.21;SB=-0.01;VQSLOD=-8.3212;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,530:7:64.27:186,0,64 1 21809876 rs4291471 C G 66.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=797;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.12;MQ=5.38;MQ0=781;QD=0.08;SB=-0.01;VQSLOD=-3.2017;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:620,174:16:97.24:97,0,255 1 21889635 rs1780316 T C 3570.32 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.35;MQ=97.86;MQ0=0;QD=31.32;SB=-1038.76;VQSLOD=0.3050;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:91:99:255,255,0 1 21904131 rs34605986 T C 266.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.22;MQ=97.50;MQ0=0;QD=11.57;SB=-44.67;VQSLOD=-3.3817;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:21:99:255,0,255 1 21940555 rs2275363 C T 1459.66 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.73;MQ=97.92;MQ0=0;QD=13.39;SB=-400.34;VQSLOD=0.5038;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,44:101:99:255,0,255 1 21943820 rs2275360 G A 529.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.09;SB=-271.78;VQSLOD=0.0070;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:30:99:255,0,255 1 21945530 . C T 425.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.75;MQ=98.16;MQ0=0;QD=9.05;SB=-133.65;VQSLOD=-2.7628;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:37:99:255,0,255 1 22109370 rs10917042 G A 661.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.21;MQ0=0;QD=34.81;SB=-284.87;VQSLOD=0.7633;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:17:51.17:255,51,0 1 22141206 rs10917051 A C 125.58 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=25.12;SB=-87.90;VQSLOD=-2.7480;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:159,12,0 1 22186113 . T G 47.63 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.30;MQ=96.67;MQ0=0;QD=0.73;SB=89.37;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:34:78.71:79,0,255 1 22191454 rs897471 G A 465.53 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.44;MQ0=0;QD=27.38;SB=-181.66;VQSLOD=-0.6314;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:13:39.12:255,39,0 1 22206649 rs989994 T C 6103.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.70;MQ=98.81;MQ0=0;QD=36.77;SB=-1561.90;VQSLOD=1.4016;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:146:99:255,255,0 1 22206942 rs1874793 G A 6324.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.02;MQ=98.09;MQ0=0;QD=36.99;SB=-1839.59;VQSLOD=1.6017;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,168:152:99:255,255,0 1 22207235 rs1874792 T C 1305.15 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.05;MQ=97.80;MQ0=0;QD=28.37;SB=-565.29;VQSLOD=-0.3935;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:38:99:255,114,0 1 22214127 rs2229478 A G 3543.58 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.90;MQ=98.43;MQ0=0;QD=35.08;SB=-1320.87;VQSLOD=1.5539;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:93:99:255,255,0 1 22217108 rs2501260 G A 4977.73 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.63;MQ=98.49;MQ0=0;QD=38.29;SB=-1715.73;VQSLOD=0.0903;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:117:99:255,255,0 1 22307340 rs1137254 C T 1126.49 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.57;MQ=48.06;MQ0=31;QD=14.63;SB=-0.01;VQSLOD=-1.1760;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:30:90.28:255,90,0 1 22307358 rs7528300 C G 1400.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.33;MQ=49.92;MQ0=35;QD=13.09;SB=-0.01;VQSLOD=-1.6618;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:33:99:255,99,0 1 22307538 rs7528405 C T 2969.33 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=96.05;MQ0=0;QD=39.59;SB=-791.04;VQSLOD=1.8007;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:71:99:255,214,0 1 22310262 rs10733033 G C 3990.08 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.06;MQ=33.26;MQ0=87;QD=17.81;SB=-293.24;VQSLOD=-0.4518;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:89:99:255,255,0 1 22310725 rs3820287 G C 6640.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.55;MQ=91.80;MQ0=0;QD=40.99;SB=-1830.57;VQSLOD=0.2155;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:147:99:255,255,0 1 22310824 rs1803531 T C 8308.83 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=438;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.81;MQ=54.14;MQ0=156;QD=18.97;SB=-2920.11;VQSLOD=0.1845;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,437:224:99:255,255,0 1 22313161 rs1803530 T C 4593.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.90;MQ=82.51;MQ0=20;QD=30.02;SB=-1394.90;VQSLOD=-1.2136;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:123:99:255,255,0 1 22332008 rs56968853 T C 1356.68 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=606;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.55;MQ=57.39;MQ0=102;QD=2.24;SB=105.75;VQSLOD=-12.9323;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:342,260:282:99:255,0,255 1 22332248 . G C 12.46 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=248;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.41;MQ=81.47;MQ0=23;QD=0.05;SB=170.55;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,13:182:43.27:43,0,255 1 22336277 rs3820285 C G 10024.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=267;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.92;MQ=84.78;MQ0=8;QD=37.54;SB=-3473.59;VQSLOD=0.9027;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,262:214:99:255,255,0 1 22336305 rs9187 C T 8003.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=236;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.29;MQ=84.60;MQ0=11;QD=33.91;SB=-2550.27;VQSLOD=-1.5181;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,221:200:99:255,255,0 1 22336308 rs12908 G A 8067.23 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.19;MQ=83.73;MQ0=12;QD=34.62;SB=-2394.81;VQSLOD=-1.4531;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,213:204:99:255,186,0 1 22835677 rs209729 A G 10437.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=550;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.53;MQ=98.78;MQ0=0;QD=18.98;SB=-3405.52;VQSLOD=1.0523;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:291,258:536:99:255,0,255 1 22846709 rs209720 G A 6519.97 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.39;MQ=98.60;MQ0=0;QD=40.50;SB=-3215.17;VQSLOD=1.7308;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:155:99:255,255,0 1 22852715 rs881646 G C 4538.25 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.64;MQ=98.61;MQ0=0;QD=19.23;SB=-1356.22;VQSLOD=-1.5241;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,98:224:99:255,0,255 1 22915753 rs606002 T C 3706.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.01;MQ=98.30;MQ0=0;QD=37.06;SB=-738.92;VQSLOD=-0.5308;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:89:99:255,255,0 1 22920094 rs56157621 C G 2315.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.79;MQ=98.62;MQ0=0;QD=39.92;SB=-822.58;VQSLOD=0.2519;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:52:99:255,157,0 1 22927241 . 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G T 283.54 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.99;MQ=97.87;MQ0=0;QD=1.52;SB=224.76;VQSLOD=-7.5883;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,67:121:99:255,0,255 1 23696152 rs665977 G A 2384.84 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.89;MQ=98.66;MQ0=0;QD=31.38;SB=-277.65;VQSLOD=-0.8241;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:58:99:255,175,0 1 23768196 . G A 4050.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.75;MQ=98.74;MQ0=0;QD=17.24;SB=-1380.10;VQSLOD=0.2018;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,96:229:99:255,0,255 1 23885498 rs11574 T C 3428.64 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.95;MQ=98.70;MQ0=0;QD=36.47;SB=-1494.35;VQSLOD=1.7900;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:87:99:255,255,0 1 24077451 rs2235541 C T 1453.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.96;MQ=98.53;MQ0=0;QD=15.46;SB=-728.22;VQSLOD=1.1410;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,45:85:99:255,0,255 1 24134721 rs719400 T C 23551 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=615;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.97;MQ=98.89;MQ0=0;QD=38.29;SB=-11071.12;VQSLOD=-0.7355;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,610:582:99:255,255,0 1 24201094 rs2229581 G C 3858.73 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.47;MQ=97.74;MQ0=0;QD=44.87;SB=-1716.28;VQSLOD=-2.1396;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:85:99:255,255,0 1 24201109 rs2229580 C T 2994.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.49;MQ0=0;QD=41.59;SB=-1471.87;VQSLOD=-0.1216;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:255,214,0 1 24201262 rs2502993 A G 6478.63 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.88;MQ=98.86;MQ0=0;QD=42.34;SB=-3018.56;VQSLOD=0.0563;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:255,255,0 1 24201357 rs4649124 A G 5530.26 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.02;MQ=98.35;MQ0=0;QD=35.45;SB=-2619.71;VQSLOD=-0.1413;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:135:99:255,255,0 1 24201448 rs3003336 C T 4897.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.86;MQ0=0;QD=39.81;SB=-2191.37;VQSLOD=0.5520;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:118:99:255,255,0 1 24201643 rs2501431 G A 4736.76 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.74;MQ=98.41;MQ0=0;QD=38.83;SB=-2070.34;VQSLOD=0.0019;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:117:99:255,255,0 1 24201919 rs2502992 T C 4305.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.24;MQ=97.41;MQ0=0;QD=33.90;SB=-1479.63;VQSLOD=-0.3756;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:109:99:255,255,0 1 24201920 rs2501432 T C 4421.78 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.32;MQ=97.65;MQ0=0;QD=32.75;SB=-1251.50;VQSLOD=-0.4408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:117:99:255,255,0 1 24393563 rs16829071 C T 687.82 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.51;MQ0=0;QD=14.33;SB=-313.76;VQSLOD=0.2218;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:46:99:255,0,255 1 24394811 rs12145360 A G 4206.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.42;MQ=98.83;MQ0=0;QD=17.98;SB=-861.31;VQSLOD=0.9402;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,106:229:99:255,0,255 1 24409165 rs4320728 C T 986.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.58;MQ=98.43;MQ0=0;QD=10.96;SB=-436.88;VQSLOD=-0.7557;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:78:99:255,0,255 1 24416059 rs4393101 T C 1276.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.59;MQ=99.00;MQ0=0;QD=36.46;SB=-656.94;VQSLOD=-0.4628;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:32:96.31:255,96,0 1 24416133 rs4276859 C T 706.59 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=-0.06;MQ=98.98;MQ0=0;QD=14.72;SB=-276.27;VQSLOD=-0.1441;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:47:99:255,0,255 1 24447943 rs34967816 G A 945.83 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.02;MQ0=0;QD=20.56;SB=-444.82;VQSLOD=-1.2776;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,27:43:99:255,0,255 1 24454688 rs16829204 C T 5151.82 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.47;MQ=98.78;MQ0=0;QD=19.81;SB=-1469.91;VQSLOD=1.1716;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,131:248:99:255,0,255 1 24460797 rs17852649 T G 8702 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.92;MQ=98.65;MQ0=0;QD=40.10;SB=-4120.57;VQSLOD=-1.3008;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:212:99:255,255,0 1 24484108 . G A 2227.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.53;MQ=98.93;MQ0=0;QD=16.26;SB=-366.86;VQSLOD=-0.9939;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,66:132:99:255,0,255 1 24496085 rs34654982 G A 6249.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=326;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.94;MQ=98.34;MQ0=0;QD=19.17;SB=-1669.27;VQSLOD=0.1339;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,161:306:99:255,0,255 1 24658063 rs2486668 C G 6175.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=303;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.81;MQ=98.82;MQ0=0;QD=20.38;SB=-2072.02;VQSLOD=1.1972;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,128:293:99:255,0,255 1 24668667 rs11576645 C G 1968.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.67;MQ=98.89;MQ0=0;QD=19.88;SB=-217.23;VQSLOD=0.1241;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:95:99:255,0,255 1 24680915 rs12030057 C T 5042.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=335;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.27;MQ=98.80;MQ0=0;QD=15.05;SB=-1983.98;VQSLOD=-0.7882;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,122:325:99:255,0,255 1 24768616 . G A 2954.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.14;MQ=98.93;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1383.36;VQSLOD=0.1505;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,92:163:99:255,0,255 1 25554719 rs35324907 G A 5310.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.93;MQ0=0;QD=18.57;SB=-1743.36;VQSLOD=0.0280;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,127:282:99:255,0,255 1 26131654 rs7349185 G A 1456.82 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=97.60;MQ0=0;QD=33.11;SB=-152.20;VQSLOD=-0.7909;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:39:82.42:255,82,0 1 26138262 rs760597 T C 1107.43 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.31;MQ0=0;QD=36.91;SB=-488.58;VQSLOD=-1.5492;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:27:81.27:255,81,0 1 26140573 rs2294228 C A 2388.56 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.70;MQ0=0;QD=35.65;SB=-866.83;VQSLOD=-0.1746;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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C T 118.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.44;MQ=96.75;MQ0=0;QD=4.24;SB=-79.29;VQSLOD=-4.4140;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:21:99:150,0,255 1 31898234 rs4949402 T C 5644.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.75;MQ=98.13;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2148.95;VQSLOD=-0.1766;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,141:304:99:255,0,255 1 32084904 rs1056526 C T 2467.69 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.76;MQ0=0;QD=38.56;SB=-1178.06;VQSLOD=0.4513;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:60:99:255,181,0 1 32092525 rs2271933 A G 4474.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=97.56;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1712.97;VQSLOD=1.4537;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:117:99:255,255,0 1 32096265 rs1061770 A G 7957.99 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.58;MQ=97.28;MQ0=0;QD=40.60;SB=-3773.52;VQSLOD=-0.9256;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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C G 35.53 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.41;MQ=80.81;MQ0=0;QD=0.32;SB=-28.60;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,9:104:66.60:67,0,255 1 33502376 . G A 96.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.90;MQ=85.60;MQ0=0;QD=3.13;SB=-22.49;VQSLOD=-4.5629;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,7:24:99:128,0,255 1 33646950 rs622407 A G 488.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.43;MQ=98.29;MQ0=0;QD=21.22;SB=-219.70;VQSLOD=-1.3311;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:14:42.12:255,42,0 1 33820033 rs16835408 C T 9251.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=441;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.80;MQ=98.14;MQ0=0;QD=20.98;SB=-3671.10;VQSLOD=0.2633;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,224:417:99:255,0,255 1 33832865 rs6425816 A G 5524.12 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.56;MQ=98.92;MQ0=0;QD=35.41;SB=-1949.60;VQSLOD=-1.8617;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:143:99:255,255,0 1 33957152 rs4403594 T G 4931.21 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.67;MQ=98.18;MQ0=0;QD=34.73;SB=-1245.55;VQSLOD=-0.5984;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:123:99:255,255,0 1 33960062 rs9943259 A G 3643.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.91;MQ0=0;QD=38.76;SB=-1732.70;VQSLOD=1.2626;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:93:99:255,255,0 1 34285342 rs17342512 G A 3023.78 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.01;MQ=97.83;MQ0=0;QD=39.79;SB=-740.44;VQSLOD=0.5594;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:70:99:255,211,0 1 34285381 rs11578857 C T 5598.53 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.92;MQ=98.49;MQ0=0;QD=39.71;SB=-1964.43;VQSLOD=-0.1709;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:134:99:255,255,0 1 34329897 rs911218 T C 2291.01 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=37.56;SB=-563.38;VQSLOD=1.4328;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:60:99:255,181,0 1 34330067 rs10379 A C 8655.36 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.75;MQ=98.74;MQ0=0;QD=39.70;SB=-3768.54;VQSLOD=1.6127;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,218:207:99:255,255,0 1 35259961 rs1764390 A G 24391.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=631;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.59;MQ=98.76;MQ0=0;QD=38.66;SB=-11506.98;VQSLOD=-0.2130;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,630:591:99:255,255,0 1 35260202 rs41266431 G A 577.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.30;MQ0=0;QD=18.64;SB=-238.93;VQSLOD=-1.2654;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:29:99:255,0,255 1 35562965 rs2971408 G A 21727.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=512;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.33;MQ=98.59;MQ0=0;QD=42.44;SB=-10671.18;VQSLOD=0.0517;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,512:506:99:255,255,0 1 36306879 . A C 100.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=18.56;MQ=97.84;MQ0=0;QD=0.71;SB=194.57;VQSLOD=-10.2010;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,51:95:99:131,0,255 1 36316571 rs4652895 A C 6428.96 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.79;MQ=97.94;MQ0=0;QD=34.20;SB=-817.85;VQSLOD=0.6101;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:185:99:255,255,0 1 36367581 . C T 5292.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.81;MQ=98.56;MQ0=0;QD=17.76;SB=-1896.79;VQSLOD=-0.1235;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,128:289:99:255,0,255 1 36380971 . A C 2074.31 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=597;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=68.00;MQ=98.15;MQ0=0;QD=3.47;SB=1237.44;VQSLOD=-23.2150;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:370,227:449:99:255,0,255 1 36553673 rs399393 A G 6642.88 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.37;MQ=98.74;MQ0=0;QD=36.70;SB=-3026.56;VQSLOD=1.5540;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:173:99:255,255,0 1 36642420 rs475591 T C 312.62 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.06;MQ=96.28;MQ0=0;QD=19.54;SB=-73.86;VQSLOD=-1.0167;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:9:27.08:255,27,0 1 36752433 rs6425977 C T 2560.34 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=71.87;MQ0=7;QD=33.69;SB=-966.72;VQSLOD=0.8580;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:65:99:255,196,0 1 36807481 rs3795498 C T 1942.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.21;MQ=96.93;MQ0=0;QD=15.30;SB=-307.29;VQSLOD=0.5800;REMAP_ALIGN=FP 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T C 2668.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.88;MQ=98.35;MQ0=0;QD=18.93;SB=-1183.40;VQSLOD=0.1187;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,77:135:99:255,0,255 1 39934315 . T G 46.75 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.48;MQ=97.95;MQ0=0;QD=0.20;SB=266.89;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,119:124:77.82:78,0,255 1 39945661 . 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G A 2225.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.80;MQ=98.93;MQ0=0;QD=16.99;SB=-296.22;VQSLOD=-2.3238;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,67:116:99:255,0,255 1 40229368 rs2463260 A G 691.31 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=235;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.78;MQ=31.90;MQ0=84;QD=2.94;SB=-10.56;VQSLOD=-6.4828;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,123:124:99:255,0,255 1 40349131 rs3845570 G A 2794.14 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.84;MQ=98.21;MQ0=0;QD=23.48;SB=-793.54;VQSLOD=-1.4553;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,106:68:99:255,205,0 1 40363054 rs3134614 G C 7855.31 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.89;MQ=98.46;MQ0=0;QD=45.15;SB=-3582.59;VQSLOD=0.4123;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:160:99:255,255,0 1 40533266 rs11207440 T G 5156.45 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.43;MQ=95.11;MQ0=0;QD=38.77;SB=-1668.25;VQSLOD=0.8794;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:127:99:255,255,0 1 40533287 rs6665926 T G 3133.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=91.53;MQ0=0;QD=37.75;SB=-1192.09;VQSLOD=-0.2366;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:80:99:255,241,0 1 40533315 rs6665933 T G 3935.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.00;MQ=89.10;MQ0=0;QD=38.59;SB=-1575.21;VQSLOD=1.3459;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:99:99:255,255,0 1 40533320 rs6665936 T G 4023.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=89.92;MQ0=0;QD=38.68;SB=-1481.53;VQSLOD=-0.1381;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:101:99:255,255,0 1 40533326 rs6665937 T G 4338.23 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=91.55;MQ0=0;QD=39.08;SB=-1308.68;VQSLOD=0.5222;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:107:99:255,255,0 1 40533347 rs6665944 T G 6307.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.90;MQ=93.57;MQ0=0;QD=39.92;SB=-2563.24;VQSLOD=1.0167;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:154:99:255,255,0 1 40705427 rs34141181 C G 5967.51 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.59;MQ=98.58;MQ0=0;QD=20.94;SB=-2284.90;VQSLOD=-0.3947;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,122:279:99:255,0,255 1 40705726 rs10889205 A T 2752.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.35;MQ=98.88;MQ0=0;QD=15.55;SB=-1102.88;VQSLOD=1.3736;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,85:174:99:255,0,255 1 40773123 rs2228567 G C 1209.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.09;MQ=98.36;MQ0=0;QD=9.37;SB=-109.65;VQSLOD=-2.5165;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,53:89:99:255,0,255 1 40881041 rs209606 C G 30727.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=674;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.32;MQ=98.79;MQ0=0;QD=45.59;SB=-8613.26;VQSLOD=-1.2177;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,673:656:99:255,255,0 1 41204569 rs1057925 C T 4569.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.16;MQ=98.86;MQ0=0;QD=18.80;SB=-1231.08;VQSLOD=1.3943;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,107:240:99:255,0,255 1 41285087 rs4660468 T C 5276.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.80;MQ=98.97;MQ0=0;QD=35.65;SB=-2409.13;VQSLOD=0.9790;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:139:99:255,255,0 1 41296828 rs34287852 T G 516.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.72;MQ=97.48;MQ0=0;QD=7.95;SB=-231.92;VQSLOD=-2.7108;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:35:99:255,0,255 1 41976217 . G A 283.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.75;SB=-89.31;VQSLOD=-1.8212;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:255,0,220 1 41976328 rs9439043 T C 96.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=90.19;MQ0=0;QD=24.23;SB=-51.23;VQSLOD=-2.4259;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:131,12,0 1 41976345 . T C 35.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.48;MQ=92.02;MQ0=0;QD=7.16;SB=-6.99;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:66.88:67,0,78 1 41976529 rs11809423 C T 1369.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.02;MQ=98.35;MQ0=0;QD=17.56;SB=-535.11;VQSLOD=0.8265;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:74:99:255,0,255 1 41978566 rs2991344 T G 156.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=26.15;SB=-90.31;VQSLOD=-4.2406;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:191,15,0 1 41978825 rs2483689 C G 2496.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=47.10;SB=-1224.17;VQSLOD=-1.4597;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:52:99:255,157,0 1 41979156 rs615177 A G 721.28 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.95;MQ=94.28;MQ0=0;QD=25.76;SB=-211.81;VQSLOD=-2.7926;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:19:57.18:255,57,0 1 41990461 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0/1:11,10:20:99:255,0,255 1 46073299 . C T 22.51 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=80.26;MQ0=0;QD=0.98;SB=-30.94;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:22:53.56:54,0,255 1 46073697 . C A 116.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.49;MQ=82.56;MQ0=1;QD=1.02;SB=25.81;VQSLOD=-4.3767;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,15:99:99:148,0,255 1 46094027 rs1250 A G 12904.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=372;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.26;MQ=98.76;MQ0=0;QD=34.69;SB=-4745.67;VQSLOD=-0.4710;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,371:333:99:255,255,0 1 46095272 rs1135812 T C 20751.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=502;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.63;MQ=98.73;MQ0=0;QD=41.34;SB=-7192.66;VQSLOD=-0.3129;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,502:494:99:255,255,0 1 46195375 rs28375469 T C 4309.69 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.97;MQ=98.78;MQ0=0;QD=43.10;SB=-852.68;VQSLOD=-0.3583;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:99:99:255,255,0 1 46476587 rs11211247 T G 10181.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.27;MQ=98.65;MQ0=0;QD=41.73;SB=-3858.57;VQSLOD=1.5155;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,244:241:99:255,255,0 1 46655158 rs6659553 T C 3214.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.40;MQ0=0;QD=39.68;SB=-1557.59;VQSLOD=1.3334;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:78:99:255,235,0 1 46660295 rs2292487 T C 16668 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=417;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.94;MQ=98.94;MQ0=0;QD=39.97;SB=-5650.31;VQSLOD=-0.8375;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,417:400:99:255,255,0 1 46751578 . 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G A 11.78 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=87.00;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:43,3,0 1 47904909 rs2405913 G C 327.48 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-186.38;VQSLOD=0.7103;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:255,24,0 1 48697733 rs212991 T G 13283.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.02;MQ=98.77;MQ0=0;QD=39.42;SB=-3923.56;VQSLOD=1.6216;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,336:321:99:255,255,0 1 48697751 rs61997212 C T 5429.63 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.32;MQ=98.83;MQ0=0;QD=20.11;SB=-1977.54;VQSLOD=-0.0958;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,132:265:99:255,0,255 1 48764419 rs1056042 C T 17176 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=419;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.43;MQ=98.67;MQ0=0;QD=40.99;SB=-7570.86;VQSLOD=0.9194;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,419:410:99:255,255,0 1 49224584 rs3820445 G T 2088.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.95;MQ=98.01;MQ0=0;QD=17.12;SB=-528.95;VQSLOD=0.9326;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,63:114:99:255,0,255 1 50661411 rs2480683 C T 10608.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=265;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.53;MQ=98.84;MQ0=0;QD=40.03;SB=-4406.55;VQSLOD=1.5643;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,265:254:99:255,255,0 1 50666515 rs2494876 C T 36693.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=866;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.35;MQ=98.68;MQ0=0;QD=42.37;SB=-15598.33;VQSLOD=-4.0054;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,863:847:99:255,255,0 1 51826921 rs17567 T C 7042.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.94;MQ=98.87;MQ0=0;QD=21.21;SB=-2494.61;VQSLOD=0.7157;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,179:318:99:255,0,255 1 51873951 rs1065754 G A 11833.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=288;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.19;MQ=98.69;MQ0=0;QD=41.09;SB=-4053.44;VQSLOD=0.8705;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,288:281:99:255,255,0 1 52266242 rs8375 G A 18939 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=439;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.24;MQ=98.85;MQ0=0;QD=43.14;SB=-9200.46;VQSLOD=-1.0726;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,437:430:99:255,255,0 1 52290984 rs11205896 T G 9332.86 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.77;MQ0=0;QD=40.75;SB=-4251.94;VQSLOD=1.1297;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:223:99:255,255,0 1 52991638 rs12123698 C T 15685.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=366;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.40;MQ=98.48;MQ0=0;QD=42.86;SB=-5214.52;VQSLOD=-0.3278;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,364:361:99:255,255,0 1 53072454 rs1970951 T C 14421.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=387;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.46;MQ=98.61;MQ0=0;QD=37.26;SB=-5535.93;VQSLOD=-1.6674;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,384:353:99:255,255,0 1 53250650 rs6588443 G A 1718.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.10;MQ=98.84;MQ0=0;QD=13.75;SB=-708.55;VQSLOD=-1.4081;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,50:120:99:255,0,255 1 53370357 . G T 855.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.86;MQ=98.96;MQ0=0;QD=10.18;SB=-404.70;VQSLOD=-2.2552;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:77:99:255,0,255 1 53535478 rs1288386 G A 891.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.79;MQ0=0;QD=38.76;SB=-412.54;VQSLOD=1.4136;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.22:255,66,0 1 53537266 rs1769316 G A 4329.62 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.26;MQ=99.00;MQ0=0;QD=29.65;SB=-1484.85;VQSLOD=0.2138;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:110:99:255,255,0 1 53544439 rs1288388 G A 2838.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.58;MQ=99.00;MQ0=0;QD=31.89;SB=-919.04;VQSLOD=0.5856;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:72:99:255,217,0 1 53544597 rs1288389 T C 161.43 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=32.29;SB=-90.67;VQSLOD=-0.0548;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0 1 53553702 rs1288400 A G 5095.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=97.94;MQ0=0;QD=34.20;SB=-1873.41;VQSLOD=1.3058;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:135:99:255,255,0 1 53553754 rs1288401 T C 6066.54 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.49;MQ=97.74;MQ0=0;QD=35.27;SB=-2589.04;VQSLOD=0.0963;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:157:99:255,255,0 1 53558270 rs1288406 A G 2271.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.14;MQ=98.36;MQ0=0;QD=35.49;SB=-1155.58;VQSLOD=1.6276;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:60:99:255,181,0 1 53676448 rs1799821 G A 3191.94 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.29;MQ0=0;QD=41.45;SB=-1498.74;VQSLOD=1.9235;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:76:99:255,229,0 1 53679229 rs1799822 A G 1576.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=121;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.92;MQ0=0;QD=13.03;SB=-433.12;VQSLOD=0.2545;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,51:120:99:255,0,255 1 53681699 rs1134688 T G 1071.59 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.97;MQ=98.60;MQ0=0;QD=13.92;SB=-481.76;VQSLOD=0.2707;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:70:99:255,0,255 1 53712727 rs5174 C T 11319.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=262;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.92;MQ0=0;QD=43.20;SB=-3837.86;VQSLOD=1.1596;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,262:259:99:255,255,0 1 53716416 rs3737983 G A 10728.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.58;MQ0=0;QD=41.58;SB=-4692.58;VQSLOD=1.1652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,258:253:99:255,255,0 1 53732315 rs2297660 G T 8129.31 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.16;MQ=98.88;MQ0=0;QD=37.99;SB=-3409.68;VQSLOD=0.1243;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,213:207:99:255,255,0 1 53746346 . T G 88.34 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=28.10;MQ=96.58;MQ0=0;QD=0.31;SB=369.17;VQSLOD=-10.1049;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,133:166:99:119,0,255 1 53792651 rs3820198 A C 4390.63 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.99;MQ=98.74;MQ0=0;QD=17.92;SB=-1137.02;VQSLOD=1.3949;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,117:226:99:255,0,255 1 54060016 rs35227000 G C 407.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.57;MQ=97.21;MQ0=0;QD=11.01;SB=-40.41;VQSLOD=-3.4202;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:24:99:255,0,255 1 54060248 rs4307514 T C 613.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.06;MQ=98.46;MQ0=0;QD=8.52;SB=-170.29;VQSLOD=-3.2211;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:61:99:255,0,255 1 54606804 rs3766465 C T 4147.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.74;MQ=98.79;MQ0=0;QD=21.60;SB=-881.49;VQSLOD=0.9379;REMAP_ALIGN=FP 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C T 68.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=89.89;MQ0=0;QD=9.79;SB=-0.01;VQSLOD=-3.0527;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:92.99:100,0,93 1 63877638 . C T 318.41 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=563;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=57.36;MQ=98.36;MQ0=0;QD=0.57;SB=817.73;VQSLOD=-15.1309;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:367,196:348:99:255,0,255 1 64515379 rs1772626 C T 5821.94 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.05;MQ=98.54;MQ0=0;QD=41.88;SB=-2848.63;VQSLOD=1.4807;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:135:99:255,255,0 1 64608329 rs2762833 G T 4871.41 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.05;MQ=98.86;MQ0=0;QD=39.60;SB=-2371.12;VQSLOD=0.1650;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:120:99:255,255,0 1 64624842 rs6668545 A G 11854.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=559;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.07;MQ=98.73;MQ0=0;QD=21.21;SB=-4106.81;VQSLOD=-1.6426;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,286:548:99:255,0,255 1 64643277 rs7527017 C T 2242.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.96;MQ=98.85;MQ0=0;QD=17.65;SB=-652.62;VQSLOD=0.8312;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,62:126:99:255,0,255 1 65098309 rs61731122 G A 5541.99 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=279;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.59;MQ=98.77;MQ0=0;QD=19.86;SB=-2180.11;VQSLOD=-0.1243;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,138:268:99:255,0,255 1 65113568 rs6588100 T C 8144.17 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.47;MQ=98.78;MQ0=0;QD=38.06;SB=-3978.28;VQSLOD=1.2007;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,214:212:99:255,255,0 1 65157120 . C G 6801.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=400;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.72;MQ=98.79;MQ0=0;QD=17.00;SB=-2535.42;VQSLOD=-0.3744;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:246,152:389:99:255,0,255 1 65311214 rs3737139 G C 2065.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.47;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.21;SB=-492.83;VQSLOD=0.6826;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,52:118:99:255,0,255 1 65321250 rs2230586 G A 1312.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.95;MQ=98.98;MQ0=0;QD=14.74;SB=-631.60;VQSLOD=-1.0338;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:84:99:255,0,255 1 65335095 rs11585932 T C 5800.29 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=308;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.05;MQ=98.79;MQ0=0;QD=18.83;SB=-2332.31;VQSLOD=-0.1601;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,140:303:99:255,0,255 1 65684548 . G C 2772.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=276;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.47;MQ=69.03;MQ0=125;QD=10.05;SB=-1406.99;VQSLOD=-2.9737;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,86:147:99:255,0,255 1 66058513 rs1137101 A G 4882.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.25;MQ=98.94;MQ0=0;QD=16.61;SB=-1714.69;VQSLOD=0.1079;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,129:287:99:255,0,255 1 66067109 rs1805134 T C 4126.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.18;MQ=98.76;MQ0=0;QD=18.34;SB=-1575.96;VQSLOD=-0.0061;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,108:219:99:255,0,255 1 66831370 rs783036 G A 2668.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.47;MQ=98.78;MQ0=0;QD=16.08;SB=-266.85;VQSLOD=0.4373;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,86:139:99:255,0,255 1 67147696 . C T 1255.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=21.29;SB=-543.12;VQSLOD=-1.3239;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:58:99:255,0,255 1 67236097 rs1060575 A T 9654.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=528;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.53;MQ=98.62;MQ0=0;QD=18.29;SB=-2956.82;VQSLOD=1.1748;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:285,243:523:99:255,0,255 1 67242087 rs3816989 G A 4443.83 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.00;MQ=98.91;MQ0=0;QD=22.33;SB=-1729.64;VQSLOD=1.3655;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,102:199:99:255,0,255 1 67243024 rs2133173 C A 4371.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.00;MQ=98.91;MQ0=0;QD=19.43;SB=-1277.94;VQSLOD=1.0883;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,109:225:99:255,0,255 1 67266756 rs549148 T A 16153.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=418;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.63;MQ=98.88;MQ0=0;QD=38.65;SB=-6841.96;VQSLOD=0.8860;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,418:407:99:255,255,0 1 67288045 rs482082 C T 6332.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.60;MQ=99.01;MQ0=0;QD=17.79;SB=-1422.71;VQSLOD=1.3233;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,148:349:99:255,0,255 1 67390416 rs3008858 G C 1413.82 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=16.45;MQ=98.68;MQ0=0;QD=10.79;SB=-419.25;VQSLOD=-1.4435;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:80:99:255,0,255 1 67390468 rs1886686 C G 1185.37 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.40;MQ=97.07;MQ0=0;QD=11.08;SB=-496.66;VQSLOD=0.1156;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,33:92:99:255,0,255 1 67558739 rs6588237 C T 1802.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.98;MQ=98.89;MQ0=0;QD=14.08;SB=-452.32;VQSLOD=-0.7959;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:128:99:255,0,255 1 67560956 rs11208997 C T 4259.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.47;MQ=98.88;MQ0=0;QD=19.54;SB=-1434.24;VQSLOD=1.1492;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,96:217:99:255,0,255 1 67633812 rs1884444 G T 15628.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=397;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.59;MQ=98.87;MQ0=0;QD=39.37;SB=-3766.14;VQSLOD=0.2666;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,394:390:99:255,255,0 1 67685387 rs7530511 T C 11552.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.31;MQ=98.86;MQ0=0;QD=37.39;SB=-4862.20;VQSLOD=-0.0583;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,309:300:99:255,255,0 1 67795319 rs1495963 T C 13504.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=351;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.51;MQ=98.92;MQ0=0;QD=38.47;SB=-6036.42;VQSLOD=-0.2575;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,350:344:99:255,255,0 1 68603586 rs983034 C T 7313.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=341;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.00;MQ=98.93;MQ0=0;QD=21.45;SB=-2746.19;VQSLOD=0.0499;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,177:332:99:255,0,255 1 68624878 rs3748705 C T 10508.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=465;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.44;MQ=98.94;MQ0=0;QD=22.60;SB=-3015.54;VQSLOD=-0.3695;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,250:450:99:255,0,255 1 68960349 . 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A G 7899.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.89;MQ=98.83;MQ0=0;QD=23.44;SB=-2880.92;VQSLOD=-0.9142;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,190:332:99:255,0,255 1 71331430 rs5702 G A 8188.18 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=393;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.88;MQ=98.55;MQ0=0;QD=20.84;SB=-2004.92;VQSLOD=-7.0644;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,215:332:99:255,0,255 1 71331498 rs1409986 A G 5681.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.27;MQ=98.98;MQ0=0;QD=35.96;SB=-1425.70;VQSLOD=0.1810;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,158:150:99:255,255,0 1 72058552 rs1413368 G A 8117.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.50;MQ=98.99;MQ0=0;QD=38.65;SB=-2814.07;VQSLOD=0.5632;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,209:188:99:255,255,0 1 74575182 rs1340472 C T 4327.26 PASS 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.06;MQ=98.59;MQ0=0;QD=18.31;SB=-1798.07;VQSLOD=0.0303;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,117:250:99:255,0,255 1 86838158 rs421105 C T 387.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.92;MQ0=0;QD=11.08;SB=-138.54;VQSLOD=-1.0624;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,12:35:99:255,0,255 1 86847955 rs272516 G A 1586.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=20.34;SB=-182.63;VQSLOD=-0.4141;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,43:78:99:255,0,255 1 86894241 . C T 5520.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=320;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.91;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.25;SB=-2090.28;VQSLOD=-0.3112;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,129:318:99:255,0,255 1 86900332 rs17449526 T C 2661.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.15;MQ=98.91;MQ0=0;QD=15.48;SB=-700.87;VQSLOD=0.9208;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,86:170:99:255,0,255 1 86900372 rs17409304 C G 2317.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.23;MQ=98.73;MQ0=0;QD=21.86;SB=-594.70;VQSLOD=0.3945;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,56:102:99:255,0,255 1 86939130 rs2145412 C T 12832.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=296;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.87;MQ=98.73;MQ0=0;QD=43.35;SB=-5730.45;VQSLOD=-0.5437;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,295:294:99:255,255,0 1 86952324 rs2734705 A G 19541.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=486;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.51;MQ=98.84;MQ0=0;QD=40.21;SB=-9032.66;VQSLOD=0.5460;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,485:472:99:255,255,0 1 86959173 rs2791494 T C 10971.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.78;MQ=98.83;MQ0=0;QD=37.45;SB=-5304.48;VQSLOD=0.9425;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:289:99:255,255,0 1 89225976 rs430600 T C 5772.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.98;MQ=98.95;MQ0=0;QD=19.91;SB=-2135.69;VQSLOD=-0.1207;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,137:288:99:255,0,255 1 89237556 rs9651072 C T 1722.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.56;MQ=98.85;MQ0=0;QD=16.88;SB=-408.88;VQSLOD=0.5574;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,48:100:99:255,0,255 1 89273287 rs6671949 G A 4118.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.35;MQ=98.98;MQ0=0;QD=17.98;SB=-889.44;VQSLOD=-0.8130;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,94:226:99:255,0,255 1 89322982 rs2794318 G A 7175.58 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.47;MQ=98.96;MQ0=0;QD=41.24;SB=-2314.42;VQSLOD=-0.1745;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:170:99:255,255,0 1 89426902 rs3738055 G A 14720 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=355;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.20;MQ=98.78;MQ0=0;QD=41.46;SB=-7188.35;VQSLOD=0.8550;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,355:351:99:255,255,0 1 89449278 . C T 1626.71 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=586;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=12.06;MQ=55.26;MQ0=170;QD=2.78;SB=-102.98;VQSLOD=-8.3066;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:460,123:359:99:255,0,255 1 89449298 . C G 6413.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=817;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.45;MQ=49.38;MQ0=224;QD=7.85;SB=-900.88;VQSLOD=-2.5721;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:618,197:530:99:255,0,255 1 89449390 . T C 7399.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=947;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.38;MQ=76.86;MQ0=158;QD=7.81;SB=-2077.53;VQSLOD=-2.4612;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:677,269:761:99:255,0,255 1 89449399 . T C 7390.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=907;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.99;MQ=79.37;MQ0=112;QD=8.15;SB=-1927.30;VQSLOD=-2.7572;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:638,269:775:99:255,0,255 1 89449434 rs2893084 T C 1597.82 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=900;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.38;MQ=76.32;MQ0=125;QD=1.78;SB=-236.32;VQSLOD=-3.0247;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:695,205:763:99:255,0,255 1 89449483 . C G 392.14 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=690;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.32;MQ=76.31;MQ0=108;QD=0.57;SB=384.32;VQSLOD=-8.4275;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:586,103:555:99:255,0,255 1 89474818 rs17433780 A G 1217.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.00;MQ=98.52;MQ0=0;QD=13.23;SB=-313.37;VQSLOD=0.2826;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:92:99:255,0,255 1 89475135 rs10493821 C T 7793.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=442;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.38;MQ=90.65;MQ0=27;QD=17.63;SB=-3113.32;VQSLOD=1.0164;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:236,206:404:99:255,0,255 1 89479063 rs4656077 G A 3997.24 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.06;MQ0=0;QD=22.46;SB=-1493.36;VQSLOD=0.9580;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,91:177:99:255,0,255 1 89479074 rs4656078 C T 3904.24 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.73;MQ=98.02;MQ0=0;QD=22.97;SB=-1416.85;VQSLOD=0.5527;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,91:168:99:255,0,255 1 89521841 rs1048443 G C 1940.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=449;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.49;MQ=31.45;MQ0=340;QD=4.32;SB=-607.08;VQSLOD=-3.9138;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,195:99:99:255,0,255 1 89522646 rs1048425 G C 17916.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=401;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.93;MQ=75.61;MQ0=11;QD=44.68;SB=-7658.54;VQSLOD=-2.0433;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,400:369:99:255,255,0 1 89579941 rs2230338 T C 3175.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=262;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.45;MQ=74.68;MQ0=46;QD=12.12;SB=-1306.50;VQSLOD=-1.3909;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,121:208:99:255,0,255 1 89582690 rs1803632 G C 1871.29 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.61;MQ=98.43;MQ0=0;QD=21.03;SB=-882.16;VQSLOD=-0.5172;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:87:99:255,0,255 1 89599037 . A G 191.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=636;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.65;MQ=97.42;MQ0=0;QD=0.30;SB=15.31;VQSLOD=-4.7816;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:584,52:627:99:222,0,255 1 89637578 rs676913 G A 6923.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.60;MQ=98.72;MQ0=0;QD=23.08;SB=-2506.58;VQSLOD=0.7793;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,165:291:99:255,0,255 1 89652071 rs561042 T C 1076.63 ESPStandard;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.41;MQ=96.79;MQ0=0;QD=2.68;SB=-467.67;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,124:319:99:255,0,255 1 89652072 rs561037 C T 1005.22 ESPStandard;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=391;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.41;MQ=96.80;MQ0=0;QD=2.57;SB=-400.74;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,119:308:99:255,0,255 1 89652078 rs608339 A T 96.77 ESPStandard;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.43;MQ=96.70;MQ0=0;QD=0.27;SB=59.32;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,98:272:99:128,0,255 1 89660991 . 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=369;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.97;MQ=98.81;MQ0=0;QD=17.36;SB=-1413.65;VQSLOD=1.1692;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,163:344:99:255,0,255 1 115236057 rs17602729 G A 2673.25 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.98;MQ=98.61;MQ0=0;QD=12.98;SB=-1276.55;VQSLOD=0.9104;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,80:199:99:255,0,255 1 115399884 rs17544210 C G 1442.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.73;MQ=98.14;MQ0=0;QD=11.63;SB=-745.31;VQSLOD=-0.6301;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,39:122:99:255,0,255 1 115576023 rs10776792 A G 17513.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=413;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.69;MQ=98.89;MQ0=0;QD=42.41;SB=-5012.69;VQSLOD=0.4531;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,412:407:99:255,255,0 1 115601528 rs3738702 C G 19543.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=848;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.86;MQ=98.91;MQ0=0;QD=23.05;SB=-6517.34;VQSLOD=-1.9349;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,394:824:99:255,0,255 1 115604798 rs10776795 C T 1436.91 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.97;MQ=97.82;MQ0=0;QD=35.05;SB=-586.33;VQSLOD=1.2851;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:37:99:255,111,0 1 115829313 rs6330 G A 3139.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.85;MQ=98.65;MQ0=0;QD=14.21;SB=-799.18;VQSLOD=1.0488;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,97:211:99:255,0,255 1 116206423 rs4839469 G A 10623.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=523;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.42;MQ=98.73;MQ0=0;QD=20.31;SB=-3507.43;VQSLOD=1.0226;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:254,268:501:99:255,0,255 1 116243877 rs7413162 G A 3080.97 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.60;MQ=98.75;MQ0=0;QD=17.51;SB=-796.21;VQSLOD=1.1842;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,89:173:99:255,0,255 1 116247826 . T C 956.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.43;MQ=98.58;MQ0=0;QD=9.47;SB=-365.25;VQSLOD=-3.7616;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,40:91:99:255,0,255 1 116310967 rs4074536 T C 9184.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.63;MQ=98.62;MQ0=0;QD=17.83;SB=-3053.94;VQSLOD=0.5865;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:279,236:505:99:255,0,255 1 117122285 . G C 343.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.29;MQ=95.94;MQ0=0;QD=6.35;SB=-11.76;VQSLOD=-4.3683;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,13:48:99:255,0,255 1 117122288 rs647711 G C 692.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.55;MQ=95.94;MQ0=0;QD=12.83;SB=-271.39;VQSLOD=-1.6326;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:47:99:255,0,255 1 117311147 rs699738 C A 1713.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.67;MQ0=0;QD=16.48;SB=-655.65;VQSLOD=0.5632;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,57:97:99:255,0,255 1 117487710 rs10159095 A G 8557.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.18;MQ=98.57;MQ0=0;QD=37.53;SB=-2573.13;VQSLOD=1.7807;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,228:214:99:255,255,0 1 117487711 rs4546904 T A 8206.23 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.56;MQ0=0;QD=36.97;SB=-2808.92;VQSLOD=-0.3087;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,220:209:99:255,255,0 1 117529458 rs10801922 G A 2109.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.81;MQ=98.16;MQ0=0;QD=15.07;SB=-896.40;VQSLOD=1.1729;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,67:122:99:255,0,255 1 117554421 rs3754112 A G 2912.94 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.21;MQ=98.62;MQ0=0;QD=14.07;SB=-1171.15;VQSLOD=1.1946;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,85:201:99:255,0,255 1 117559726 rs2249265 A G 17069 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=448;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.86;MQ=98.97;MQ0=0;QD=38.10;SB=-7223.57;VQSLOD=0.7438;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,447:437:99:255,255,0 1 117617705 rs998532 A G 4101.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=18.79;MQ=98.77;MQ0=0;QD=24.86;SB=-1410.02;VQSLOD=-1.3699;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,100:161:99:255,0,255 1 117618067 rs1289673 C T 1158.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.31;MQ=98.27;MQ0=0;QD=15.87;SB=-505.51;VQSLOD=-1.0048;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:69:99:255,0,255 1 117644058 rs41276572 A G 7415.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=363;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.78;MQ=98.53;MQ0=0;QD=20.43;SB=-2193.57;VQSLOD=-0.5760;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,186:359:99:255,0,255 1 117656088 rs1289658 A G 2165.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.79;MQ=98.44;MQ0=0;QD=15.58;SB=-854.19;VQSLOD=1.0744;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,70:133:99:255,0,255 1 117660754 rs749902 C T 2348.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.92;MQ0=0;QD=14.86;SB=-706.62;VQSLOD=0.4898;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,68:157:99:255,0,255 1 118165691 rs1630312 C T 5273.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=299;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.80;MQ=98.52;MQ0=0;QD=17.64;SB=-2090.57;VQSLOD=-0.1264;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,135:284:99:255,0,255 1 118537142 . T C 8070.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=392;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.55;MQ=98.80;MQ0=0;QD=20.59;SB=-3002.23;VQSLOD=-0.2832;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,212:383:99:255,0,255 1 118565953 rs10923472 G A 7922.52 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.58;MQ=98.90;MQ0=0;QD=42.14;SB=-3569.43;VQSLOD=1.4357;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,188:186:99:255,255,0 1 118583408 rs10923477 G A 16423.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=388;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.63;MQ=98.85;MQ0=0;QD=42.33;SB=-8079.38;VQSLOD=0.6821;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,387:380:99:255,255,0 1 118644430 rs10754367 A G 25632.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=685;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.22;MQ=98.60;MQ0=0;QD=37.42;SB=-11247.92;VQSLOD=-0.2507;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,683:657:99:255,255,0 1 119575818 rs3790549 C G 1703.48 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.35;MQ=98.73;MQ0=0;QD=22.12;SB=-831.61;VQSLOD=0.4281;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,44:68:99:255,0,255 1 119923724 rs2275607 T C 13942.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=712;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.00;MQ=98.85;MQ0=0;QD=19.58;SB=-5871.61;VQSLOD=-1.9934;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:376,336:700:99:255,0,255 1 119964933 . T C 6714.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=342;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.79;MQ=92.43;MQ0=6;QD=19.63;SB=-2545.99;VQSLOD=-1.7456;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,176:321:99:255,0,255 1 120057158 rs6203 C T 6734.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=360;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.15;MQ=91.46;MQ0=0;QD=18.71;SB=-1989.35;VQSLOD=1.2336;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,162:345:99:255,0,255 1 120057246 rs1047303 C A 4864.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.31;MQ=55.15;MQ0=56;QD=26.01;SB=-1427.95;VQSLOD=-0.1387;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,185:125:99:255,255,0 1 120285546 rs543703 G A 1065.99 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=36.76;SB=-298.38;VQSLOD=1.1428;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:27:81.26:255,81,0 1 120378678 rs3009182 C T 4524.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.00;MQ=98.85;MQ0=0;QD=19.34;SB=-1864.62;VQSLOD=1.2526;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,102:232:99:255,0,255 1 120384205 rs2994820 A G 12365.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=608;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.47;MQ=85.60;MQ0=4;QD=20.34;SB=-3752.36;VQSLOD=-1.8796;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,301:573:99:255,0,255 1 120436751 rs35273427 T C 8423.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=392;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.04;MQ=98.34;MQ0=1;QD=21.49;SB=-2623.94;VQSLOD=-0.3839;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,199:383:99:255,0,255 1 120437718 rs2793823 G A 15383.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=718;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.44;MQ=98.90;MQ0=0;QD=21.43;SB=-6020.45;VQSLOD=-0.5461;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:361,356:709:99:255,0,255 1 120437884 rs2641348 A G 12135.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=648;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.00;MQ=98.55;MQ0=0;QD=18.73;SB=-3865.25;VQSLOD=-0.3307;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:353,295:635:99:255,0,255 1 120458004 rs6685892 A T 9469.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=529;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.03;MQ=98.87;MQ0=0;QD=17.90;SB=-2536.69;VQSLOD=1.2572;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,248:502:99:255,0,255 1 120611964 rs11810554 G C 740.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.57;MQ=47.58;MQ0=7;QD=13.71;SB=-354.62;VQSLOD=-1.2749;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:33:99:255,0,255 1 120612006 . G A 464.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=58.46;MQ0=3;QD=11.33;SB=-201.88;VQSLOD=-2.0586;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:30:99:255,0,255 1 120854528 rs56354646 T C 2781.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.79;MQ=21.11;MQ0=158;QD=7.90;SB=-1207.04;VQSLOD=-2.4387;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,163:165:99:255,0,255 1 143767513 rs6604511 A T 13040.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2036;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.12;MQ=28.10;MQ0=1016;QD=6.40;SB=-3543.35;VQSLOD=-6.7930;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1435,600:704:99:255,0,255 1 143767522 rs6604512 A G 9979.16 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1817;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.85;MQ=25.59;MQ0=1062;QD=5.49;SB=-2692.89;VQSLOD=-2.5485;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1304,511:460:99:255,0,255 1 143767547 rs2490183 G A 3633.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1345;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.88;MQ=21.02;MQ0=1133;QD=2.70;SB=-597.73;VQSLOD=-2.8238;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1017,328:104:99:255,0,255 1 144854597 rs3851873 T C 1886.5 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=727;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=144.70;MQ=19.40;MQ0=618;QD=2.59;SB=-444.08;VQSLOD=-56.9246;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:349,378:99:99:255,0,255 1 144854598 rs3863691 C T 1827.74 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=713;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=235.85;MQ=19.47;MQ0=610;QD=2.56;SB=-498.55;VQSLOD=-157.4419;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:407,306:94:99:255,0,255 1 144854608 rs2798855 T G 968.39 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=653;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=129.41;MQ=19.34;MQ0=601;QD=1.48;SB=-352.97;VQSLOD=-48.7568;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:498,154:44:99:255,0,255 1 144863366 . G A 10.96 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=448;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.04;MQ=1.13;MQ0=447;QD=0.02;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:437,8:1:1.76:42,3,0 1 144864143 . 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T C 6638.4 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=833;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.67;MQ=98.86;MQ0=0;QD=7.97;SB=-1507.98;VQSLOD=-4.0408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:670,163:813:99:255,0,255 1 145075683 rs2762779 C T 265.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.73;MQ=97.56;MQ0=0;QD=2.71;SB=-83.52;VQSLOD=-3.4799;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,20:53:99:255,0,255 1 145075775 . G A 170.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.63;MQ=98.47;MQ0=0;QD=0.68;SB=-44.35;VQSLOD=-3.1567;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:226,20:186:99:201,0,255 1 145075854 rs1663853 G C 2093.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=18.89;MQ=96.48;MQ0=0;QD=15.74;SB=-55.46;VQSLOD=-3.7334;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,61:105:99:255,0,255 1 145273302 rs10910778 A G 7004.46 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2256;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=73.35;MQ=28.17;MQ0=1129;QD=3.10;SB=-1392.96;VQSLOD=-14.6344;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1829,421:1000:99:255,0,255 1 145273345 rs10910779 T C 13736.9 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2438;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=68.01;MQ=34.20;MQ0=270;QD=5.63;SB=-3686.37;VQSLOD=-11.9060;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2002,433:2079:99:255,0,255 1 145281408 rs3927729 C T 15412.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3099;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.32;MQ=21.07;MQ0=1104;QD=4.97;SB=-3665.48;VQSLOD=-3.7871;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2499,599:1693:99:255,0,255 1 145281543 rs8002 C T 5390.53 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=956;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=113.36;MQ=28.46;MQ0=360;QD=5.64;SB=-1616.84;VQSLOD=-30.3817;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:680,273:445:99:255,0,255 1 145281613 rs12120756 C A 6630.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=951;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.93;MQ=41.71;MQ0=33;QD=6.97;SB=-1991.90;VQSLOD=-4.6510;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:765,185:803:99:255,0,255 1 145281633 rs28576333 C A 6573.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1089;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.36;MQ=40.43;MQ0=95;QD=6.04;SB=-1723.84;VQSLOD=-2.9113;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:896,193:911:99:255,0,255 1 145281656 rs4649852 A T 797.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1087;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.05;MQ=35.19;MQ0=240;QD=0.73;SB=-8.91;VQSLOD=-3.2889;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:986,93:773:99:255,0,255 1 145532549 rs1328584 T C 8993.71 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.69;MQ=98.53;MQ0=0;QD=41.07;SB=-3016.88;VQSLOD=0.9991;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,218:211:99:255,255,0 1 145561116 rs11578772 G A 2287.82 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.15;MQ=98.81;MQ0=0;QD=17.20;SB=-877.32;VQSLOD=0.9065;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,62:130:99:255,0,255 1 145562087 rs41315701 G A 765.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.79;MQ0=0;QD=18.66;SB=-320.81;VQSLOD=-1.1983;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:40:99:255,0,255 1 145562293 rs11579366 G C 1213.44 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.48;MQ=95.66;MQ0=0;QD=26.38;SB=-564.62;VQSLOD=-1.4819;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:26:78.26:255,78,0 1 146046387 rs28626270 T C 44.04 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=582;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.54;MQ=2.10;MQ0=575;QD=0.08;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:446,136:2:6.02:76,6,0 1 146048237 . A G 13.11 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1692;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.65;MQ=0.66;MQ0=1691;QD=0.01;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1669,19:1:1.76:44,3,0 1 146051034 . C G 110.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=771;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.49;MQ=1.60;MQ0=768;QD=0.14;SB=-56.14;VQSLOD=-3.4900;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:680,91:3:9.03:144,9,0 1 146051100 rs6675215 A G 77.21 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=538;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=61.87;MQ=1.91;MQ0=535;QD=0.14;SB=-45.17;VQSLOD=-8.8065;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:315,223:3:9.03:110,9,0 1 146215152 . 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C T 2196.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.99;MQ=99.00;MQ0=0;QD=22.65;SB=-914.61;VQSLOD=-1.0981;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,60:95:99:255,0,255 1 151372138 rs7172 G A 6260.95 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.20;MQ=97.66;MQ0=0;QD=37.27;SB=-2946.10;VQSLOD=0.8968;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:153:99:255,255,0 1 151820298 rs6587624 G C 8618.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.93;MQ=98.72;MQ0=0;QD=45.12;SB=-2476.11;VQSLOD=0.9725;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,191:180:99:255,255,0 1 151820324 rs6587625 T C 9123.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.63;MQ=98.75;MQ0=0;QD=40.37;SB=-3990.37;VQSLOD=-0.1221;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,226:217:99:255,255,0 1 151825991 rs7556386 G T 4064.54 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.22;MQ=98.98;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1681.54;VQSLOD=0.6144;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:109:99:255,255,0 1 151867560 rs3762427 G A 8598.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=304;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.43;MQ=70.42;MQ0=92;QD=28.28;SB=-3298.81;VQSLOD=-1.0681;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,297:204:99:255,255,0 1 152079989 rs1131471 T G 5833.16 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.20;MQ=98.87;MQ0=0;QD=20.83;SB=-1419.51;VQSLOD=1.4763;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,147:274:99:255,0,255 1 152081921 rs2496253 G C 6046.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=234;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.27;MQ=98.86;MQ0=0;QD=25.84;SB=-1847.21;VQSLOD=-0.0597;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,127:228:99:255,0,255 1 152083325 rs11803731 A T 186.37 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.79;MQ=90.83;MQ0=0;QD=6.01;SB=-42.97;VQSLOD=-3.4965;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:28:99:217,0,255 1 152084039 rs6680692 G T 4487.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.51;MQ=98.55;MQ0=0;QD=17.06;SB=-1882.79;VQSLOD=1.4348;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,134:216:99:255,0,255 1 152085505 rs2515663 A C 5843.39 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.00;MQ=98.81;MQ0=0;QD=38.19;SB=-2678.30;VQSLOD=0.7834;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:152:99:255,255,0 1 152128121 . G A 46929.4 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2376;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=67.91;MQ=96.50;MQ0=0;QD=19.75;SB=-18097.18;VQSLOD=-24.3566;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1247,1125:2300:99:255,0,255 1 152185750 rs12729662 G A 9774.97 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=373;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.46;MQ=94.38;MQ0=0;QD=26.21;SB=-4049.27;VQSLOD=-1.7514;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,239:361:99:255,0,255 1 152185762 rs41266112 C G 3140.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.63;MQ=93.15;MQ0=0;QD=9.55;SB=-1222.74;VQSLOD=-1.8105;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:236,93:314:99:255,0,255 1 152185768 rs41266114 T G 1519.01 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.42;MQ=92.66;MQ0=0;QD=4.82;SB=-337.54;VQSLOD=-5.1655;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,72:297:99:255,0,255 1 152185774 rs61814932 A G 451.57 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.10;MQ=91.84;MQ0=0;QD=1.45;SB=-4.79;VQSLOD=-7.4815;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,50:280:99:255,0,255 1 152186099 . C T 3168.95 FDRtranche1.00to10.00+ AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=764;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=138.70;MQ=9.80;MQ0=666;QD=4.15;SB=-318.28;VQSLOD=-49.2287;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:507,255:80:99:255,200,0 1 152186120 . A G 37.69 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=954;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=73.48;MQ=4.46;MQ0=929;QD=0.04;SB=18.04;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:771,155:10:68.76:69,0,252 1 152186222 rs4845424 T C 28.48 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1038;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=77.69;MQ=7.96;MQ0=974;QD=0.03;SB=20.09;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:425,594:30:59.55:60,0,255 1 152186452 . G A 45.78 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1901;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=213.19;MQ=0.83;MQ0=1899;QD=0.02;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1726,173:2:6.02:78,6,0 1 152186591 . C G 20.89 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5014;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=119.01;MQ=0.35;MQ0=5013;QD=0.00;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4998,10:1:1.76:52,3,0 1 152186766 rs4845747 G A 8990.43 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4335;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=125.48;MQ=8.73;MQ0=3590;QD=2.07;SB=-3295.81;VQSLOD=-38.4118;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3188,1142:498:99:255,0,255 1 152187297 rs12116427 T A 154.13 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5525;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=205.78;MQ=1.16;MQ0=5519;QD=0.03;SB=-0.01;VQSLOD=-115.2072;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5427,70:5:15.05:188,15,0 1 152187554 . 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G A 95.21 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4381;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=203.08;MQ=20.43;MQ0=1159;QD=0.02;SB=-8.30;VQSLOD=-112.4134;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4073,302:2526:99:126,0,255 1 152187628 . A G 20080.5 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6241;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=203.80;MQ=20.52;MQ0=1437;QD=3.22;SB=-3907.89;VQSLOD=-106.0021;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5432,776:3960:99:255,0,255 1 152187810 . G A 842.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=411;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.68;MQ=6.38;MQ0=349;QD=2.05;SB=-0.01;VQSLOD=-2.6507;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,392:21:63.21:255,63,0 1 152187935 . C T 16.05 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1703;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.58;MQ=6.78;MQ0=1643;QD=0.01;SB=18.84;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1363,338:10:47.02:47,0,255 1 152187945 . C T 26.96 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=84.69;MQ=4.85;MQ0=2074;QD=0.01;SB=15.83;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1565,559:9:58.02:58,0,237 1 152188062 . T C 20092.8 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4464;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=86.08;MQ=17.96;MQ0=2031;QD=4.50;SB=-5216.39;VQSLOD=-17.2847;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3721,725:2177:99:255,0,255 1 152188109 rs61814940 T A 11751.8 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5107;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=354.27;MQ=7.79;MQ0=4701;QD=2.30;SB=-172.94;VQSLOD=-361.7550;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3143,1952:323:99:255,255,0 1 152188413 . C T 10212.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5849;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=120.40;MQ=15.44;MQ0=3461;QD=1.75;SB=-1990.65;VQSLOD=-40.1408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5232,612:1915:99:255,0,255 1 152188463 . G A 12669 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4982;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=103.75;MQ=19.01;MQ0=2090;QD=2.54;SB=-2098.40;VQSLOD=-27.5894;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4414,563:2479:99:255,0,255 1 152188920 . C T 80.55 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1683;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=177.45;MQ=2.30;MQ0=1679;QD=0.05;SB=-0.01;VQSLOD=-84.8397;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1387,288:4:30.64:112,0,31 1 152188940 . A G 129.78 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1542;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=92.89;MQ=2.89;MQ0=1533;QD=0.08;SB=-0.01;VQSLOD=-22.8854;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1100,398:6:12.60:161,0,13 1 152188961 . C T 25.64 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1910;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=225.12;MQ=9.04;MQ0=1768;QD=0.01;SB=-36.74;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1784,112:46:56.70:57,0,255 1 152188964 . C T 159.49 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1982;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=223.83;MQ=9.14;MQ0=1831;QD=0.08;SB=-83.55;VQSLOD=-142.4519;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1771,188:50:99:191,0,255 1 152188998 . C T 333.98 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2066;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=311.46;MQ=10.77;MQ0=1691;QD=0.16;SB=59.41;VQSLOD=-276.6197;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1776,285:155:99:255,0,255 1 152188999 . G A 288.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2052;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=309.60;MQ=10.80;MQ0=1677;QD=0.14;SB=-44.97;VQSLOD=-272.6084;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1801,243:155:99:255,0,255 1 152189016 . G A 28.77 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1857;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=117.49;MQ=11.48;MQ0=1483;QD=0.02;SB=37.71;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1745,105:155:59.84:60,0,255 1 152189038 . A G 218.9 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1371;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.30;MQ=13.47;MQ0=999;QD=0.16;SB=-71.80;VQSLOD=-7.8315;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1187,157:152:99:250,0,255 1 152189055 . G C 214.79 FDRtranche1.00to10.00+ AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=650;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.62;MQ=7.44;MQ0=616;QD=0.33;SB=-0.01;VQSLOD=-7.8119;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,634:5:15.05:249,15,0 1 152189272 . G A 245.86 FDRtranche1.00to10.00+ AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1964;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.38;MQ=1.47;MQ0=1957;QD=0.13;SB=-0.01;VQSLOD=-105.5387;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1805,152:7:21.07:255,21,0 1 152189497 . A G 10.06 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3308;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=102.32;MQ=0.52;MQ0=3307;QD=0.00;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3264,37:1:1.76:41,3,0 1 152189586 . G A 56.9 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=427;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.34;MQ=1.65;MQ0=424;QD=0.13;SB=-53.31;VQSLOD=-3.6206;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:299,128:2:6.02:89,6,0 1 152190329 . C T 10.85 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=723;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.20;MQ=3.16;MQ0=717;QD=0.02;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:704,19:1:1.76:42,3,0 1 152190408 . C T 12.83 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.78;MQ=10.63;MQ0=122;QD=0.10;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,5:1:1.76:44,3,0 1 152190682 . G A 104.08 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1932;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=187.10;MQ=1.37;MQ0=1926;QD=0.05;SB=5.55;VQSLOD=-94.7507;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1755,173:6:54.86:135,0,55 1 152190835 . 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C T 5912.58 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2537;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=111.57;MQ=20.28;MQ0=2159;QD=2.33;SB=-2397.23;VQSLOD=-31.8670;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1897,639:281:99:255,0,255 1 152191709 rs6662450 C G 5365.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.54;MQ=98.73;MQ0=0;QD=22.45;SB=-1629.15;VQSLOD=0.2068;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,110:237:99:255,0,255 1 152191879 rs10788828 G A 15175.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=767;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.43;MQ=97.43;MQ0=0;QD=19.79;SB=-5819.59;VQSLOD=-0.3007;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:402,365:749:99:255,0,255 1 152192114 rs7520249 C T 14050 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=863;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.91;MQ=73.87;MQ0=151;QD=16.28;SB=-4635.39;VQSLOD=-0.8907;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:506,354:666:99:255,0,255 1 152192293 rs7520375 C T 11608.5 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1691;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.18;MQ=41.36;MQ0=522;QD=6.86;SB=-3940.45;VQSLOD=-5.6289;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:830,857:1000:99:255,0,255 1 152192555 rs41266134 T C 21698.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1165;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.89;MQ=96.48;MQ0=1;QD=18.63;SB=-9190.52;VQSLOD=-3.5854;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:605,554:1099:99:255,0,255 1 152192631 rs6587647 C T 30193 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1491;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.75;MQ=96.83;MQ0=2;QD=20.25;SB=-12894.40;VQSLOD=-6.7988;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:785,706:1465:99:255,0,255 1 152192687 rs6587648 T C 47734.6 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1184;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.46;MQ=97.23;MQ0=1;QD=40.32;SB=-18236.95;VQSLOD=-5.3624;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1183:1144:99:255,255,0 1 152192825 rs6666097 C T 5131.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.15;MQ=98.10;MQ0=0;QD=19.66;SB=-1709.25;VQSLOD=0.2229;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,132:245:99:255,0,255 1 152192978 rs6587649 T C 25063.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=655;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.59;MQ=98.37;MQ0=0;QD=38.26;SB=-10609.19;VQSLOD=0.1054;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,654:640:99:255,255,0 1 152193052 rs6587650 A G 22892.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=614;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.24;MQ=98.50;MQ0=0;QD=37.28;SB=-8642.37;VQSLOD=0.2684;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,613:595:99:255,255,0 1 152193121 rs6587651 G T 5621.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=368;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.04;MQ=97.65;MQ0=0;QD=15.27;SB=-2142.20;VQSLOD=0.8561;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,158:352:99:255,0,255 1 152193286 rs7545406 G T 25029.5 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1478;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=58.08;MQ=82.41;MQ0=3;QD=16.93;SB=-8600.99;VQSLOD=-8.5126;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:838,638:1444:99:255,0,255 1 152193291 rs6587652 G T 26175.8 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1498;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=56.14;MQ=81.95;MQ0=3;QD=17.47;SB=-8884.09;VQSLOD=-9.0699;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:841,655:1455:99:255,0,255 1 152193544 rs7535536 A G 3937.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=215;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.17;MQ=98.44;MQ0=0;QD=18.32;SB=-1075.20;VQSLOD=-0.4199;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,108:201:99:255,0,255 1 152193547 rs6587653 G A 8179.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.68;MQ=98.26;MQ0=0;QD=39.51;SB=-2473.35;VQSLOD=0.0470;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,205:190:99:255,255,0 1 152193851 rs11204937 C T 1485.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.31;MQ=98.90;MQ0=0;QD=12.91;SB=-131.47;VQSLOD=-0.1929;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,43:114:99:255,0,255 1 152276149 rs3126080 C T 22649.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1441;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.30;MQ=78.02;MQ0=201;QD=15.72;SB=-7407.77;VQSLOD=-8.1353;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:690,740:1117:99:255,0,255 1 152276459 . C T 19172.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4014;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=95.66;MQ=16.26;MQ0=1986;QD=4.78;SB=-5706.63;VQSLOD=-28.3728;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2963,1046:1421:99:255,0,255 1 152276671 rs7518080 C T 35.03 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=845;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.59;MQ=40.44;MQ0=180;QD=0.04;SB=775.42;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:786,59:559:66.10:66,0,255 1 152276699 rs12728605 A G 1122.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=893;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.88;MQ=47.63;MQ0=300;QD=1.26;SB=-515.27;VQSLOD=-3.2369;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:662,223:484:99:255,0,255 1 152276772 . C A 13692.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=923;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.64;MQ=86.94;MQ0=82;QD=14.83;SB=-4947.32;VQSLOD=-3.4523;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:506,415:797:99:255,0,255 1 152276871 rs58280918 A G 18420.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1155;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.10;MQ=93.14;MQ0=4;QD=15.95;SB=-6806.21;VQSLOD=-2.9891;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:590,557:1054:99:255,0,255 1 152276889 rs57037957 A G 23168.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1370;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.64;MQ=92.00;MQ0=3;QD=16.91;SB=-7498.22;VQSLOD=-3.8865;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:711,654:1310:99:255,0,255 1 152277055 rs56734521 C G 33215.1 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2169;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.78;MQ=45.35;MQ0=364;QD=15.31;SB=-13918.04;VQSLOD=-13.1132;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1236,932:1559:99:255,0,255 1 152277168 rs59973656 A G 7100.14 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1027;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.20;MQ=25.76;MQ0=490;QD=6.91;SB=-2534.43;VQSLOD=-5.5353;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:549,476:497:99:255,0,255 1 152277345 . C T 37113.6 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2177;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=70.84;MQ=56.58;MQ0=6;QD=17.05;SB=-15059.90;VQSLOD=-17.9408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1172,1003:1960:99:255,0,255 1 152277396 . T C 38438.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2339;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=60.09;MQ=70.28;MQ0=10;QD=16.43;SB=-14408.53;VQSLOD=-14.4765;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1248,1085:2093:99:255,0,255 1 152277717 rs57672167 C A 91.04 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1225;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.91;MQ=13.30;MQ0=1156;QD=0.07;SB=44.17;VQSLOD=-8.4223;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:651,573:53:99:122,0,255 1 152278442 . C G 104.29 FDRtranche1.00to10.00+ AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3638;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=161.23;MQ=0.86;MQ0=3635;QD=0.03;SB=-0.01;VQSLOD=-72.4225;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3554,83:3:9.03:137,9,0 1 152278689 . C A 1080.89 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1842;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=52.38;MQ=9.12;MQ0=1744;QD=0.59;SB=-220.91;VQSLOD=-11.1097;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:701,1137:66:99:255,0,255 1 152278814 . C T 14713.4 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3319;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=85.90;MQ=32.17;MQ0=563;QD=4.43;SB=-3779.80;VQSLOD=-17.3539;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2644,673:2343:99:255,0,255 1 152278856 . T G 11069.7 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3593;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=89.07;MQ=21.01;MQ0=2435;QD=3.08;SB=-2945.33;VQSLOD=-18.9586;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2754,837:974:99:255,0,255 1 152279019 . G A 24041.8 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3854;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.23;MQ=22.17;MQ0=972;QD=6.24;SB=-7175.91;VQSLOD=-14.5023;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2898,950:2574:99:255,0,255 1 152279284 . C G 20.89 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3296;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=172.19;MQ=0.52;MQ0=3295;QD=0.01;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3245,47:1:1.76:52,3,0 1 152279406 . T G 24.88 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3778;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=179.86;MQ=3.08;MQ0=3771;QD=0.01;SB=-3.99;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3131,645:7:55.94:56,0,180 1 152279414 . C G 32.78 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3685;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=161.03;MQ=3.44;MQ0=3677;QD=0.01;SB=12.83;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3594,88:8:63.85:64,0,255 1 152279729 . C T 18878.8 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1170;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.06;MQ=81.80;MQ0=115;QD=16.14;SB=-6253.70;VQSLOD=-3.0921;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:561,608:961:99:255,0,255 1 152279841 rs3126074 G C 29979.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1830;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.73;MQ=74.59;MQ0=290;QD=16.38;SB=-11656.65;VQSLOD=-7.6577;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:865,963:1424:99:255,0,255 1 152279920 rs55650366 A G 27916.8 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1797;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.81;MQ=80.99;MQ0=69;QD=15.54;SB=-9838.81;VQSLOD=-7.7480;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:837,936:1493:99:255,0,255 1 152280032 . T C 22488.5 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1508;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.56;MQ=77.82;MQ0=94;QD=14.91;SB=-7211.82;VQSLOD=-4.1098;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:730,775:1292:99:255,0,255 1 152280170 . C G 2439.28 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1585;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.74;MQ=24.91;MQ0=1417;QD=1.54;SB=-55.92;VQSLOD=-8.2994;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1137,435:141:99:255,0,255 1 152280265 . C G 269.44 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2353;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=97.10;MQ=8.19;MQ0=2325;QD=0.11;SB=-6.99;VQSLOD=-25.2674;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1867,485:23:99:255,0,255 1 152280471 . C G 15188.5 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1964;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.97;MQ=30.88;MQ0=658;QD=7.73;SB=-5305.45;VQSLOD=-4.9936;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1372,587:1181:99:255,0,255 1 152280736 . T C 13822.1 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1877;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.78;MQ=94.65;MQ0=0;QD=7.36;SB=-2185.57;VQSLOD=-3.2972;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1496,379:1802:99:255,0,255 1 152280759 . A G 21480.8 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2148;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.06;MQ=93.87;MQ0=0;QD=10.00;SB=-6498.66;VQSLOD=-7.1009;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1538,602:2052:99:255,0,255 1 152280782 . A G 61964.5 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2462;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=730.66;MQ=91.80;MQ0=51;QD=25.17;SB=-21244.68;VQSLOD=-1626.1096;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:852,1607:2326:99:255,0,255 1 152280788 . T G 28546.6 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2496;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=767.14;MQ=90.40;MQ0=110;QD=11.44;SB=-9251.39;VQSLOD=-1745.3182;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1762,733:2314:99:255,0,255 1 152280864 . A G 32980.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2194;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=154.05;MQ=77.87;MQ0=309;QD=15.03;SB=-8985.71;VQSLOD=-68.0514;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:872,1317:1496:99:255,0,255 1 152280900 . T G 19985.2 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2132;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=68.15;MQ=85.26;MQ0=146;QD=9.37;SB=-6382.14;VQSLOD=-10.6706;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1463,667:1783:99:255,0,255 1 152281007 . A G 22446.8 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1655;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.30;MQ=93.89;MQ0=34;QD=13.56;SB=-7638.53;VQSLOD=-5.5276;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1062,590:1567:99:255,0,255 1 152281008 . A G 21978.7 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1638;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.11;MQ=93.98;MQ0=34;QD=13.42;SB=-7385.59;VQSLOD=-5.8906;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1055,582:1561:99:255,0,255 1 152281039 . G A 18295.2 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1232;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.30;MQ=96.88;MQ0=0;QD=14.85;SB=-6484.36;VQSLOD=-3.3151;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:780,450:1198:99:255,0,255 1 152281228 rs7546186 C G 19981.6 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3142;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=112.97;MQ=64.08;MQ0=447;QD=6.36;SB=-6306.10;VQSLOD=-33.1169;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2350,788:2382:99:255,0,255 1 152281290 rs7512779 A G 16084 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3762;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=72.56;MQ=51.06;MQ0=523;QD=4.28;SB=-2812.41;VQSLOD=-11.7977;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2770,986:2920:99:255,0,255 1 152281304 rs7512857 A C 21611.4 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3800;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.21;MQ=52.05;MQ0=414;QD=5.69;SB=-4730.49;VQSLOD=-9.7101;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2726,1069:3100:99:255,0,255 1 152281479 rs3126079 G T 36133.5 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1664;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.33;MQ=77.55;MQ0=29;QD=21.71;SB=-12424.90;VQSLOD=-9.0533;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:652,1010:1529:99:255,0,255 1 152281523 . A C 9108.8 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1231;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=20.15;MQ=82.19;MQ0=96;QD=7.40;SB=-1611.22;VQSLOD=-4.6920;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:910,321:1077:99:255,0,255 1 152281534 . A T 7161.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1190;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.81;MQ=78.17;MQ0=163;QD=6.02;SB=-713.92;VQSLOD=-3.1888;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:910,276:961:99:255,0,255 1 152281690 . C T 30611.3 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1518;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=51.03;MQ=87.09;MQ0=26;QD=20.17;SB=-12653.81;VQSLOD=-9.2902;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:754,761:1393:99:255,0,255 1 152281948 rs12405241 G A 32592.2 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1911;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.45;MQ=74.64;MQ0=164;QD=17.06;SB=-13193.80;VQSLOD=-12.6913;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:968,938:1576:99:255,0,255 1 152282267 rs56401605 G A 27812.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1378;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.38;MQ=98.04;MQ0=0;QD=20.18;SB=-9382.72;VQSLOD=-4.0723;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:664,704:1306:99:255,0,255 1 152282311 rs12407807 C T 33810.1 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1736;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.80;MQ=96.00;MQ0=0;QD=19.48;SB=-14227.65;VQSLOD=-10.7292;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:856,866:1615:99:255,0,255 1 152282917 . G T 34226.2 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1867;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.07;MQ=87.98;MQ0=66;QD=18.33;SB=-11679.21;VQSLOD=-6.6654;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:898,969:1720:99:255,0,255 1 152283236 rs11581433 T C 11136.7 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2066;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.09;MQ=53.90;MQ0=489;QD=5.39;SB=-2202.45;VQSLOD=-7.2146;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1249,816:1471:99:255,0,255 1 152283283 rs11586631 C T 21348.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2031;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=101.28;MQ=64.72;MQ0=248;QD=10.51;SB=-6865.34;VQSLOD=-26.3607;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1099,886:1477:99:255,0,255 1 152283862 rs58001094 G C 23260.4 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2084;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=32.25;MQ=65.11;MQ0=447;QD=11.16;SB=-6750.48;VQSLOD=-7.0037;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1186,897:1440:99:255,0,255 1 152283975 . A G 6795.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=961;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.00;MQ=31.13;MQ0=454;QD=7.07;SB=-1935.56;VQSLOD=-4.3371;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:538,420:462:99:255,0,255 1 152284854 . A G 31428.6 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1984;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.54;MQ=81.52;MQ0=115;QD=15.84;SB=-13060.18;VQSLOD=-9.1886;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:985,996:1758:99:255,0,255 1 152285099 . C T 39968.8 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2179;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=45.62;MQ=75.96;MQ0=100;QD=18.34;SB=-16955.79;VQSLOD=-18.2451;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1204,973:1952:99:255,0,255 1 152285930 . G A 20360.8 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=940;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.61;MQ=93.54;MQ0=2;QD=21.66;SB=-8757.83;VQSLOD=-3.2903;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:426,512:895:99:255,0,255 1 152286002 rs60352258 T C 16663.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=983;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.25;MQ=96.99;MQ0=2;QD=16.95;SB=-6207.63;VQSLOD=-2.8907;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:497,480:894:99:255,0,255 1 152286032 rs11588170 C T 17307.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=977;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.33;MQ=98.33;MQ0=0;QD=17.71;SB=-6941.11;VQSLOD=-2.7150;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:527,447:916:99:255,0,255 1 152286367 rs41267154 C A 14528.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=782;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.97;MQ=98.10;MQ0=0;QD=18.58;SB=-4298.35;VQSLOD=-1.1777;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:390,392:754:99:255,0,255 1 152323132 rs12568784 G T 7508.77 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=422;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.11;MQ=98.83;MQ0=0;QD=17.79;SB=-1871.68;VQSLOD=0.1131;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,194:406:99:255,0,255 1 152325732 rs12022217 G A 31311.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1470;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.33;MQ=93.31;MQ0=11;QD=21.30;SB=-11512.48;VQSLOD=-6.8635;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:716,751:1417:99:255,0,255 1 152327469 . 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A G 1655.99 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=943;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.16;MQ=84.48;MQ0=21;QD=1.76;SB=-134.81;VQSLOD=-8.4804;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:815,128:905:99:255,0,255 1 152328411 rs6679449 A G 6355.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=929;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.27;MQ=48.76;MQ0=170;QD=6.84;SB=61.56;VQSLOD=-2.1929;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:693,236:743:99:255,0,255 1 152329435 rs2282303 C T 14032 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=618;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.76;MQ=98.75;MQ0=0;QD=22.71;SB=-3472.83;VQSLOD=-1.0011;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,338:592:99:255,0,255 1 152331240 rs3818831 G A 1338.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.77;MQ0=0;QD=21.24;SB=-380.40;VQSLOD=-1.0213;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:62:99:255,0,255 1 152382120 rs3829868 C T 5648.6 PASS 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T G 14886.7 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=890;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.68;MQ=81.69;MQ0=76;QD=16.73;SB=-3638.49;VQSLOD=-2.2354;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:423,467:685:99:255,0,255 1 153509890 rs3795393 T C 9854.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=533;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.78;MQ=98.85;MQ0=0;QD=18.49;SB=-3807.14;VQSLOD=0.0004;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,240:523:99:255,0,255 1 153926078 rs11264680 T C 2424.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.12;MQ=99.00;MQ0=0;QD=16.17;SB=-865.57;VQSLOD=0.6471;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,69:149:99:255,0,255 1 153941514 rs11264743 C T 7531.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.67;MQ=98.82;MQ0=0;QD=17.35;SB=-3041.12;VQSLOD=0.8867;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:241,192:408:99:255,0,255 1 153994647 rs11264875 C T 1030 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.48;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.93;SB=-192.27;VQSLOD=0.0538;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:68:99:255,0,255 1 154108387 rs3001361 G A 12331.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=301;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.85;MQ0=0;QD=40.97;SB=-4788.47;VQSLOD=1.3301;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,300:294:99:255,255,0 1 154310048 rs1760795 C G 34583.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=731;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.52;MQ=98.83;MQ0=0;QD=47.31;SB=-9763.65;VQSLOD=-2.9487;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,731:721:99:255,255,0 1 154317153 rs1194587 C T 13237.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=315;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.62;MQ=98.63;MQ0=0;QD=42.02;SB=-4255.30;VQSLOD=1.4644;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,314:304:99:255,255,0 1 154401679 rs8192282 G A 4221.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.07;MQ=98.63;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1513.73;VQSLOD=-1.8408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,134:182:99:255,0,255 1 154426970 rs2228145 A C 1306.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.59;MQ0=0;QD=17.66;SB=-360.86;VQSLOD=-1.0643;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:255,0,255 1 154474131 rs4845635 C G 1595.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.85;MQ=97.13;MQ0=0;QD=19.22;SB=-450.76;VQSLOD=0.7344;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,46:68:99:255,0,255 1 154516477 rs12750774 G A 16493.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=840;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.87;MQ=98.69;MQ0=0;QD=19.64;SB=-5074.72;VQSLOD=-0.1059;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:431,406:786:99:255,0,255 1 154516571 rs6678164 T C 8648.65 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.94;MQ=98.71;MQ0=0;QD=38.78;SB=-1944.43;VQSLOD=0.5235;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:204:99:255,255,0 1 154541971 . T G 32.25 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.63;MQ=98.55;MQ0=0;QD=0.24;SB=179.54;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,54:80:63.32:63,0,255 1 154573967 rs2229857 T C 37294.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=895;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.93;MQ=98.61;MQ0=0;QD=41.67;SB=-18127.08;VQSLOD=-3.7116;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,894:882:99:255,255,0 1 154574820 rs1466731 T C 12115.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=346;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.29;MQ=98.83;MQ0=0;QD=35.02;SB=-4474.11;VQSLOD=-0.2557;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,342:314:99:255,255,0 1 154575040 rs1802645 C T 3228.29 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=39.86;SB=-1300.06;VQSLOD=1.9176;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:78:99:255,235,0 1 154744807 rs1051614 C G 2473.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.42;MQ=98.04;MQ0=0;QD=16.82;SB=-1037.55;VQSLOD=1.1406;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,67:133:99:255,0,255 1 154744852 rs1131820 A G 2107.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.81;MQ=98.53;MQ0=0;QD=11.90;SB=-770.05;VQSLOD=0.3753;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,75:170:99:255,0,255 1 154919080 rs2061690 C T 726.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.37;MQ=97.86;MQ0=0;QD=12.53;SB=-127.09;VQSLOD=-0.4299;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:48:99:255,0,255 1 154938235 rs1131397 G C 1094.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.32;MQ=98.52;MQ0=0;QD=13.35;SB=-536.11;VQSLOD=0.0113;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:78:99:255,0,255 1 154938662 rs8191979 T C 1974.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.05;MQ=98.70;MQ0=0;QD=11.22;SB=-367.75;VQSLOD=-2.2101;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,71:166:99:255,0,255 1 154987526 rs11264295 C T 3979.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=229;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.86;MQ=98.45;MQ0=0;QD=17.38;SB=-1583.78;VQSLOD=1.1398;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,101:215:99:255,0,255 1 154988957 rs2242195 A G 2084 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.43;MQ=98.21;MQ0=0;QD=24.52;SB=-694.93;VQSLOD=-1.2856;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:60:99:255,180,0 1 154995920 . 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A C 130.55 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=22.58;MQ=98.01;MQ0=0;QD=0.60;SB=333.08;VQSLOD=-9.3693;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,81:150:99:162,0,255 1 155033308 rs11589479 G A 603.18 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=18.85;SB=-43.63;VQSLOD=-1.1595;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:30:99:255,0,255 1 155034780 . 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C A 352.5 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=93.76;MQ0=0;QD=16.02;SB=-105.13;VQSLOD=-1.7340;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:19:99:255,0,215 1 156878531 rs11264580 T C 57.88 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=96.39;MQ0=0;QD=5.79;SB=-0.01;VQSLOD=-4.3432;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:88.95:89,0,252 1 156878737 rs6671392 T C 6981.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=395;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.16;MQ=98.63;MQ0=0;QD=17.67;SB=-2616.84;VQSLOD=-0.3359;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,187:373:99:255,0,255 1 156879580 rs3737224 C T 1694 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.66;MQ=98.01;MQ0=0;QD=14.12;SB=-718.25;VQSLOD=0.9173;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,63:95:99:255,0,255 1 156882996 rs822441 G C 9493.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=473;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.13;MQ=98.82;MQ0=0;QD=20.07;SB=-2437.64;VQSLOD=-0.2405;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:238,234:422:99:255,0,255 1 156883215 rs822442 C A 398.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.98;MQ=99.00;MQ0=0;QD=8.67;SB=-155.80;VQSLOD=-3.9668;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:43:99:255,0,255 1 156884584 rs56260937 C T 2303.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.05;MQ=98.38;MQ0=0;QD=15.77;SB=-764.25;VQSLOD=-0.2258;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,72:135:99:255,0,255 1 156907081 rs945508 T C 2051.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.41;MQ0=0;QD=14.66;SB=-985.23;VQSLOD=0.7124;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,67:137:99:255,0,255 1 156909695 rs2275199 G A 2512.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.22;MQ=98.02;MQ0=0;QD=13.80;SB=-1178.25;VQSLOD=0.9728;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,76:175:99:255,0,255 1 157062696 rs1176537 G T 689.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.67;SB=-224.48;VQSLOD=-1.6455;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:44:99:255,0,255 1 157068533 rs12083811 G A 1176.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.82;MQ=98.86;MQ0=0;QD=11.42;SB=-237.68;VQSLOD=-2.1064;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,40:96:99:255,0,255 1 157508882 rs6427384 C T 4131.74 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.86;MQ=95.91;MQ0=0;QD=33.59;SB=-1785.65;VQSLOD=0.9220;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:104:99:255,255,0 1 157509025 rs2012199 C T 10398 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.47;MQ=98.31;MQ0=0;QD=41.76;SB=-4858.38;VQSLOD=1.0362;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:244:99:255,255,0 1 157514097 rs6679793 A G 25259.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=601;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.31;MQ=98.78;MQ0=0;QD=42.03;SB=-10580.80;VQSLOD=-0.1290;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,601:594:99:255,255,0 1 157557701 rs2777962 G A 2312.84 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.69;MQ0=0;QD=42.05;SB=-1065.87;VQSLOD=1.7157;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:255,166,0 1 157559122 rs11582663 C T 9443.49 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.12;MQ=98.40;MQ0=0;QD=42.54;SB=-3839.28;VQSLOD=1.3584;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,221:218:99:255,255,0 1 157771880 rs4971154 C T 6664.54 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.55;MQ0=0;QD=39.91;SB=-3287.32;VQSLOD=1.3759;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:159:99:255,255,0 1 158064830 . A C 62.13 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.31;MQ=98.52;MQ0=0;QD=0.49;SB=179.58;VQSLOD=-8.2847;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,51:82:93.21:93,0,255 1 158548788 . A G 9724.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=468;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.72;MQ=98.97;MQ0=0;QD=20.78;SB=-2628.90;VQSLOD=-1.3393;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,244:458:99:255,0,255 1 158577167 rs2427808 A T 153.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=95.51;MQ0=0;QD=12.81;SB=-6.99;VQSLOD=-0.6125;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:185,0,240 1 158619728 rs2482965 A C 4039.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.12;MQ0=0;QD=41.22;SB=-1039.26;VQSLOD=0.4078;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:97:99:255,255,0 1 158644366 . 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T G 120.67 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=247;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.39;MQ=98.53;MQ0=0;QD=0.49;SB=263.87;VQSLOD=-8.4193;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,120:139:99:152,0,255 1 158911921 . C A 23.88 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.20;MQ=97.93;MQ0=0;QD=0.12;SB=293.87;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,58:119:54.94:55,0,255 1 158986477 rs866484 G C 10388.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=431;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.91;MQ=98.78;MQ0=0;QD=24.10;SB=-3669.13;VQSLOD=0.1259;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,222:411:99:255,0,255 1 158988270 rs11539423 T C 2223.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.98;MQ=98.98;MQ0=0;QD=15.23;SB=-911.23;VQSLOD=-0.5224;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,72:143:99:255,0,255 1 159002377 rs1057027 C A 3973.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.31;MQ=98.52;MQ0=0;QD=16.84;SB=-1074.90;VQSLOD=1.2730;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,103:228:99:255,0,255 1 159002389 rs1057028 T A 4776.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.26;MQ=98.52;MQ0=0;QD=17.24;SB=-1094.44;VQSLOD=1.0630;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,118:269:99:255,0,255 1 159021506 rs62621173 C T 1533.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.74;MQ0=0;QD=18.04;SB=-238.89;VQSLOD=-2.7955;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,43:83:99:255,0,255 1 159169641 rs862999 T C 2765.77 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.00;MQ=98.96;MQ0=0;QD=13.49;SB=-435.58;VQSLOD=0.5776;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,96:193:99:255,0,255 1 159175354 rs12075 G A 3839.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.21;MQ=98.82;MQ0=0;QD=18.28;SB=-1064.15;VQSLOD=1.0440;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,104:175:99:255,0,255 1 159409734 rs10908722 G T 23408.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=611;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.95;MQ=98.87;MQ0=0;QD=38.31;SB=-8420.98;VQSLOD=-0.4989;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,611:602:99:255,255,0 1 159409857 rs12048482 A G 4518.18 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.58;MQ=98.41;MQ0=0;QD=17.38;SB=-1680.71;VQSLOD=1.1509;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,110:254:99:255,0,255 1 159410340 rs12409540 T A 8037.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=406;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.66;MQ=98.90;MQ0=0;QD=19.80;SB=-2490.39;VQSLOD=1.2300;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,204:395:99:255,0,255 1 159505101 rs35393723 G A 6039.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=304;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.99;MQ=98.84;MQ0=0;QD=19.87;SB=-1963.65;VQSLOD=0.0818;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,144:298:99:255,0,255 1 159505297 rs4656837 C T 7937.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.87;MQ=98.85;MQ0=0;QD=16.50;SB=-2367.02;VQSLOD=1.0116;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,194:469:99:255,0,255 1 159778910 . G A 2400.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.00;MQ=91.69;MQ0=0;QD=17.78;SB=-1046.61;VQSLOD=0.0912;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,71:130:99:255,0,255 1 159778983 rs12083967 T C 458.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.69;MQ=91.67;MQ0=4;QD=9.18;SB=-240.59;VQSLOD=-5.0905;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:41:99:255,0,255 1 159785413 rs61823162 C T 4282.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.73;MQ=98.90;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1285.17;VQSLOD=-0.1978;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,101:208:99:255,0,255 1 159785425 rs4443889 A G 3214.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.26;MQ=98.76;MQ0=0;QD=16.07;SB=-1392.83;VQSLOD=0.9423;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,95:197:99:255,0,255 1 159854251 rs16842789 T C 11662 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=592;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.89;MQ=98.91;MQ0=0;QD=19.70;SB=-3937.10;VQSLOD=-0.5317;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,282:577:99:255,0,255 1 159898100 rs3747615 A G 557.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.32;MQ=96.65;MQ0=0;QD=14.68;SB=-237.62;VQSLOD=-1.3740;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:35:99:255,0,255 1 159923111 rs2789417 T G 18312.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=450;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.39;MQ=98.89;MQ0=0;QD=40.69;SB=-5978.36;VQSLOD=1.1112;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,450:442:99:255,255,0 1 160000435 rs12409352 A T 4247.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=237;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.56;MQ=98.57;MQ0=0;QD=17.92;SB=-1762.70;VQSLOD=0.5299;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,110:225:99:255,0,255 1 160062340 rs41265757 G A 672.32 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.70;MQ=96.06;MQ0=0;QD=18.68;SB=-337.88;VQSLOD=-0.8714;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:28:99:255,0,242 1 160062472 rs2295622 C T 5624.15 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.06;MQ=98.15;MQ0=0;QD=40.46;SB=-2752.51;VQSLOD=0.1750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,137:129:99:255,255,0 1 160062727 rs2295621 A G 2227.39 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=97.55;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1139.69;VQSLOD=1.5784;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:60:99:255,181,0 1 160124875 rs6427504 G A 2055.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=157;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.42;MQ=98.67;MQ0=0;QD=13.09;SB=-736.05;VQSLOD=0.2803;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,60:150:99:255,0,255 1 160134205 rs11265338 C T 1536.79 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.63;MQ0=0;QD=39.40;SB=-519.16;VQSLOD=1.5115;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:255,114,0 1 160136350 rs7529215 G A 5073.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.40;MQ=86.15;MQ0=35;QD=15.52;SB=-1546.52;VQSLOD=0.8135;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,151:275:99:255,0,255 1 160141196 rs625549 C T 9161.41 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.62;MQ=98.90;MQ0=0;QD=43.42;SB=-4573.21;VQSLOD=-1.4864;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,211:210:99:255,255,0 1 160209535 . C G 164.78 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=61.93;MQ=92.61;MQ0=0;QD=1.04;SB=119.46;VQSLOD=-13.6424;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,55:44:99:196,0,255 1 160303416 rs1802778 G A 8712.43 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.87;MQ=99.00;MQ0=0;QD=42.92;SB=-3776.90;VQSLOD=-0.0500;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,202:201:99:255,255,0 1 160393905 rs12086448 A G 519.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.75;MQ=97.92;MQ0=0;QD=21.65;SB=-88.35;VQSLOD=-0.5576;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:22:99:255,0,237 1 160394937 rs17380127 A C 4364.94 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.75;MQ=98.84;MQ0=0;QD=14.50;SB=-1783.15;VQSLOD=-0.4076;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,139:256:99:255,0,255 1 160395003 rs17380141 G A 3884.48 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.31;MQ=98.71;MQ0=0;QD=18.77;SB=-1246.69;VQSLOD=0.1288;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,96:196:99:255,0,255 1 160784275 . 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C T 1710.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.92;MQ=98.96;MQ0=0;QD=20.36;SB=-518.01;VQSLOD=-2.1879;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:81:99:255,0,255 1 161011931 . T G 165.6 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=14.68;MQ=96.62;MQ0=0;QD=1.67;SB=41.14;VQSLOD=-8.0063;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,69:34:99:197,0,255 1 161019040 rs3813609 G C 1648.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.77;MQ0=0;QD=44.54;SB=-678.81;VQSLOD=0.9953;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:255,111,0 1 161068836 rs11576830 A C 1138.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=3.47;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.60;SB=-593.85;VQSLOD=-2.0665;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:74:99:255,0,255 1 161130701 rs34779722 C T 2695.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.61;MQ=98.75;MQ0=0;QD=15.67;SB=-1327.81;VQSLOD=0.0038;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,82:164:99:255,0,255 1 161163037 rs4233367 T C 356.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=10.80;SB=-198.96;VQSLOD=-1.8783;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:29:99:255,0,255 1 161168004 rs33941127 C T 3046.05 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.09;MQ=98.83;MQ0=0;QD=15.38;SB=-1409.62;VQSLOD=-0.0305;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,86:186:99:255,0,255 1 161202605 rs2307424 G A 9255.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=437;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.27;MQ=98.80;MQ0=0;QD=21.18;SB=-3618.74;VQSLOD=0.5419;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,218:422:99:255,0,255 1 161476204 rs9427397 C T 2695 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.01;MQ=81.87;MQ0=11;QD=12.89;SB=-1247.04;VQSLOD=-0.1353;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,87:189:99:255,0,255 1 161476205 rs9427398 A G 2607.63 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=14.85;MQ=80.73;MQ0=14;QD=12.48;SB=-1248.85;VQSLOD=-5.7634;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,87:188:99:255,0,255 1 161479745 rs1801274 A G 5058.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.91;MQ=92.42;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1726.81;VQSLOD=1.6591;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,137:272:99:255,0,255 1 161480649 rs11810143 A G 8690.51 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=544;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.57;MQ=94.67;MQ0=0;QD=15.98;SB=-1180.97;VQSLOD=-3.8949;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:250,293:451:99:255,0,255 1 161495477 rs17853454 A T 4346.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.96;MQ=85.49;MQ0=5;QD=35.34;SB=-2129.34;VQSLOD=-0.0576;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:109:99:255,255,0 1 161495885 rs404508 T C 7021 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.65;MQ=62.64;MQ0=36;QD=28.31;SB=-2555.54;VQSLOD=-0.7450;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,245:174:99:255,255,0 1 161514542 rs396991 A C 129.87 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=198;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.58;MQ=28.28;MQ0=61;QD=0.66;SB=-30.46;VQSLOD=-2.8207;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,78:110:99:161,0,255 1 161518333 rs10127939 A T 9567.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1081;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.78;MQ=26.72;MQ0=159;QD=8.85;SB=-1751.50;VQSLOD=-3.4509;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:721,345:704:99:255,0,255 1 161599693 rs448740 T C 1128.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=286;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.41;MQ=15.10;MQ0=221;QD=3.94;SB=-226.08;VQSLOD=-1.0979;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,276:29:87.27:255,87,0 1 161642774 . T G 71.61 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.60;MQ=61.05;MQ0=14;QD=1.10;SB=83.28;VQSLOD=-8.1758;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:32:99:103,0,255 1 161681780 rs2275603 A G 1870.84 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=117;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.72;MQ=98.83;MQ0=0;QD=15.99;SB=-793.68;VQSLOD=0.8343;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,59:108:99:255,0,255 1 161683136 rs11746 G A 1868.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.16;MQ=98.84;MQ0=0;QD=14.60;SB=-742.50;VQSLOD=0.8995;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,53:127:99:255,0,255 1 161695639 rs7520519 G T 3034.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.94;MQ0=0;QD=31.61;SB=-356.82;VQSLOD=0.2960;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:78:99:255,235,0 1 161696782 rs11585450 G C 420.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.90;MQ=97.47;MQ0=0;QD=11.67;SB=-114.35;VQSLOD=-3.3000;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:31:99:255,0,255 1 161697072 . 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C A 78.21 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=278;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.84;MQ=98.57;MQ0=0;QD=0.28;SB=459.52;VQSLOD=-8.6445;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,73:200:99:109,0,255 1 162745952 . C A 340.11 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=566;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=155.07;MQ=98.31;MQ0=0;QD=0.60;SB=594.94;VQSLOD=-69.0914;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:412,154:314:99:255,0,255 1 162775267 rs12563263 C T 983.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=15.89;MQ0=163;QD=3.84;SB=-194.13;VQSLOD=-4.7471;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,101:84:99:255,0,255 1 165173216 rs1354509 A G 6401.89 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.13;MQ=98.81;MQ0=0;QD=39.76;SB=-3119.53;VQSLOD=0.2780;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:155:99:255,255,0 1 165218679 rs9970062 C T 5019.59 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=314;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.93;MQ=98.76;MQ0=0;QD=15.99;SB=-1397.24;VQSLOD=0.9262;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,141:273:99:255,0,255 1 165377552 rs2134095 G A 6593.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.47;MQ=98.73;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1683.53;VQSLOD=1.0457;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,161:299:99:255,0,255 1 165398115 rs113471 T C 1083.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.94;MQ=98.25;MQ0=0;QD=15.25;SB=-424.15;VQSLOD=-0.9591;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,37:69:99:255,0,255 1 165648709 rs11808728 C T 3189.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.87;MQ=98.75;MQ0=0;QD=15.19;SB=-1135.06;VQSLOD=-0.0812;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,96:204:99:255,0,255 1 165652273 rs1143659 A G 7467.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=375;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.46;MQ=98.96;MQ0=0;QD=19.91;SB=-2055.58;VQSLOD=1.5388;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,201:367:99:255,0,255 1 166039898 rs41269662 C G 10062.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=408;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.40;MQ=98.60;MQ0=0;QD=24.66;SB=-3639.45;VQSLOD=-1.4986;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,207:401:99:255,0,255 1 167095163 rs267745 G C 1946.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.95;MQ=98.44;MQ0=0;QD=13.15;SB=-745.37;VQSLOD=0.7301;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,54:141:99:255,0,255 1 167095765 rs6668826 G A 582.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=21.57;SB=-180.67;VQSLOD=-0.6325;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:26:99:255,0,255 1 167095881 rs3795605 G A 843.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.80;MQ0=0;QD=17.58;SB=-298.18;VQSLOD=0.2208;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:40:99:255,0,255 1 167097739 rs2281959 C A 1587.29 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.74;MQ=98.67;MQ0=0;QD=13.92;SB=-805.11;VQSLOD=0.5058;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,49:108:99:255,0,255 1 167792356 . G A 2426 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.91;MQ=98.30;MQ0=0;QD=15.65;SB=-756.96;VQSLOD=-0.3383;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,70:149:99:255,0,255 1 167815030 rs12048517 A G 6398.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.16;MQ=98.81;MQ0=0;QD=21.47;SB=-2717.84;VQSLOD=0.7969;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,152:296:99:255,0,255 1 167817639 rs203795 A G 8830.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.82;MQ0=0;QD=38.73;SB=-2900.84;VQSLOD=1.5543;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,228:228:99:255,255,0 1 167825485 rs2071921 T C 19954.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=534;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.42;MQ=98.90;MQ0=0;QD=37.37;SB=-5261.48;VQSLOD=-1.7782;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,534:526:99:255,255,0 1 167825606 rs2071922 A G 1277.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.62;MQ0=0;QD=14.85;SB=-559.10;VQSLOD=0.5386;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:255,0,255 1 167839578 . G A 2599.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.26;MQ=98.87;MQ0=0;QD=18.43;SB=-741.34;VQSLOD=-1.7978;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,73:138:99:255,0,255 1 167849414 rs203849 A G 1780.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.68;MQ0=0;QD=9.13;SB=-618.39;VQSLOD=-0.8238;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,61:192:99:255,0,255 1 167893759 rs203861 G A 542.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.13;MQ0=0;QD=11.29;SB=-265.47;VQSLOD=-2.9971;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:47:99:255,0,255 1 167906239 rs203788 A C 1419.34 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.20;MQ0=0;QD=30.86;SB=-476.28;VQSLOD=-1.2294;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:36:99:255,108,0 1 167973976 rs1060041 C T 7239.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=480;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.14;MQ=98.52;MQ0=0;QD=15.08;SB=-2871.90;VQSLOD=0.0221;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=545;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.57;MQ=98.70;MQ0=0;QD=20.09;SB=-4297.40;VQSLOD=-1.9297;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,277:528:99:255,0,255 1 169512027 rs6021 T C 9537.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.63;MQ=98.68;MQ0=0;QD=17.37;SB=-2508.70;VQSLOD=1.1227;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:308,241:545:99:255,0,255 1 169512039 rs6024 T C 13947.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=610;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.55;MQ=98.67;MQ0=0;QD=22.87;SB=-4776.02;VQSLOD=-1.8964;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,338:606:99:255,0,255 1 169512093 rs6017 A G 13150.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=773;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.11;MQ=98.77;MQ0=0;QD=17.01;SB=-4090.78;VQSLOD=-0.6545;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:420,351:717:99:255,0,255 1 169512120 rs6016 G A 12777.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=797;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.94;MQ=98.87;MQ0=0;QD=16.03;SB=-3956.41;VQSLOD=-3.0756;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:435,361:688:99:255,0,255 1 169513583 rs6037 G T 6085.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=335;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.03;MQ=98.96;MQ0=0;QD=18.17;SB=-2504.54;VQSLOD=-0.5437;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,160:330:99:255,0,255 1 169515726 rs6036 C T 7798.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=366;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.98;MQ=98.77;MQ0=0;QD=21.31;SB=-2235.00;VQSLOD=-0.0645;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,177:362:99:255,0,255 1 169519049 rs6025 T C 5248.96 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.00;MQ=97.96;MQ0=0;QD=38.31;SB=-1153.80;VQSLOD=1.4312;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:131:99:255,255,0 1 169519894 rs6015 G A 6440.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=303;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.28;MQ=98.83;MQ0=0;QD=21.26;SB=-1690.13;VQSLOD=0.7414;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,151:296:99:255,0,255 1 169521853 rs6033 A G 3083.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.01;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.13;SB=-1047.13;VQSLOD=1.5322;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,93:177:99:255,0,255 1 169586281 . C T 10613.7 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=574;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.94;MQ=98.69;MQ0=0;QD=18.49;SB=-3576.57;VQSLOD=-0.6597;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,266:546:99:255,0,255 1 169951997 rs33943686 C T 2160.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.99;MQ=98.74;MQ0=0;QD=18.00;SB=-435.90;VQSLOD=-0.7305;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:119:99:255,0,255 1 170501385 rs7531125 A C 4266.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.88;MQ0=0;QD=36.16;SB=-1802.26;VQSLOD=1.6043;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:104:99:255,255,0 1 170521376 rs913257 G A 8338.55 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.99;MQ=98.85;MQ0=0;QD=42.54;SB=-3329.71;VQSLOD=-0.4398;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:193:99:255,255,0 1 170927615 rs17563089 A G 2114.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.49;MQ=97.64;MQ0=0;QD=13.56;SB=-504.53;VQSLOD=0.6174;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,69:136:99:255,0,255 1 170959029 rs16863922 C T 11030.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=583;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.10;MQ=98.89;MQ0=0;QD=18.92;SB=-4178.48;VQSLOD=-0.1551;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,257:571:99:255,0,255 1 170959088 rs28634500 C T 4857.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=262;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.89;MQ=99.00;MQ0=0;QD=18.54;SB=-1070.03;VQSLOD=0.1023;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,117:257:99:255,0,255 1 170965681 rs9427213 T C 7001.16 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=344;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.58;MQ=98.89;MQ0=0;QD=20.35;SB=-2537.05;VQSLOD=-0.1805;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,172:340:99:255,0,255 1 171076966 rs2266782 G A 10712.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=509;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=13.34;MQ=98.73;MQ0=0;QD=21.05;SB=-4084.97;VQSLOD=-3.4781;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:256,253:486:99:255,0,255 1 171168584 rs2020862 C T 8748.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=429;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.00;MQ=98.91;MQ0=0;QD=20.39;SB=-2458.68;VQSLOD=1.0918;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,204:426:99:255,0,255 1 171168585 rs2020861 A G 8681.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.00;MQ=98.91;MQ0=0;QD=20.19;SB=-2299.63;VQSLOD=-1.6395;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,203:426:99:255,0,255 1 171174531 rs2020863 A G 4991.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.91;MQ=98.89;MQ0=0;QD=19.81;SB=-1600.29;VQSLOD=0.0149;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,122:249:99:255,0,255 1 171303836 rs45599742 G A 6137.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=277;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.39;MQ=98.85;MQ0=0;QD=22.16;SB=-2307.16;VQSLOD=-0.2975;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,141:275:99:255,0,255 1 171605387 rs56314834 T C 6575.82 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.94;MQ=98.98;MQ0=0;QD=19.51;SB=-2275.72;VQSLOD=-0.4526;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,167:325:99:255,0,255 1 171751236 rs2294720 T C 6586.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=317;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.95;MQ=98.70;MQ0=0;QD=20.78;SB=-2612.02;VQSLOD=1.2202;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,162:310:99:255,0,255 1 171755182 rs2232819 G A 1963.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.11;MQ=98.97;MQ0=0;QD=14.33;SB=-808.43;VQSLOD=1.0832;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,57:130:99:255,0,255 1 171763549 rs2232825 C T 3150.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.50;SB=-1268.01;VQSLOD=1.5975;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,88:179:99:255,0,255 1 172410967 rs1063412 G A 4903.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.84;MQ0=0;QD=20.52;SB=-1822.19;VQSLOD=0.7804;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,115:234:99:255,0,255 1 172411496 rs2230471 A G 1929.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.89;MQ=88.09;MQ0=0;QD=14.84;SB=-739.56;VQSLOD=0.4828;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,57:126:99:255,0,255 1 172437592 rs1129942 G A 10877.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=28.83;MQ=98.84;MQ0=0;QD=19.81;SB=-2816.16;VQSLOD=-3.6520;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,256:533:99:255,0,255 1 172547465 rs2285664 A G 5913.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=265;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.52;MQ=98.71;MQ0=0;QD=22.31;SB=-1569.83;VQSLOD=0.2882;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,139:262:99:255,0,255 1 173472465 . G A 1527.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.72;MQ0=0;QD=15.28;SB=-654.99;VQSLOD=-0.7501;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,44:99:99:255,0,255 1 173878832 rs5878 T C 15477.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=806;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.28;MQ=98.20;MQ0=0;QD=19.20;SB=-5867.11;VQSLOD=-0.8923;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:422,382:777:99:255,0,255 1 173878862 rs5877 T C 12636.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=642;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.61;MQ=98.50;MQ0=0;QD=19.68;SB=-3704.00;VQSLOD=0.0435;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:339,302:626:99:255,0,255 1 175046789 rs2072032 A G 4841.45 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.74;MQ0=0;QD=32.28;SB=-2157.50;VQSLOD=-1.2012;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:136:99:255,255,0 1 175054548 rs1573758 C T 1847.76 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.12;MQ0=0;QD=34.86;SB=-359.35;VQSLOD=1.1172;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:45:99:255,135,0 1 175087729 rs6696455 T C 8513.13 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=329;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.79;MQ=92.68;MQ0=0;QD=25.88;SB=-1600.48;VQSLOD=-1.5095;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,308:220:99:255,255,0 1 175092674 rs2285215 C T 16486.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=409;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.25;MQ=98.45;MQ0=0;QD=40.31;SB=-6918.01;VQSLOD=1.0035;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,408:389:99:255,255,0 1 175092707 rs10798333 C T 7537.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=383;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.28;MQ=98.12;MQ0=0;QD=19.68;SB=-2850.86;VQSLOD=1.2531;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:197,186:365:99:255,0,255 1 175113578 rs10912897 T C 19272.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=555;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.81;MQ=98.71;MQ0=0;QD=34.73;SB=-9455.45;VQSLOD=-0.3738;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,554:501:99:255,255,0 1 175299301 rs2027867 T C 2879.98 PASS 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G A 8449.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.57;MQ=98.49;MQ0=0;QD=19.65;SB=-3421.93;VQSLOD=-1.9895;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:229,200:423:99:255,0,255 1 179604864 rs4628468 C T 2135.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.26;MQ=98.86;MQ0=0;QD=10.47;SB=-967.32;VQSLOD=-0.0594;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,67:200:99:255,0,255 1 179621224 rs10913851 G A 5493.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=312;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.88;MQ=98.92;MQ0=0;QD=17.61;SB=-2204.96;VQSLOD=1.3120;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,131:306:99:255,0,255 1 179631242 rs35448215 G A 10582.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=536;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.53;MQ=98.93;MQ0=0;QD=19.74;SB=-2877.14;VQSLOD=-1.6485;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,250:529:99:255,0,255 1 179632536 . A G 5151.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.29;MQ=98.97;MQ0=0;QD=16.67;SB=-1449.85;VQSLOD=-1.5641;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,131:305:99:255,0,255 1 179852074 rs1281378 T C 1315.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.35;MQ=98.83;MQ0=0;QD=14.00;SB=-442.69;VQSLOD=0.6223;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,46:82:99:255,0,255 1 179876988 rs609521 C G 4642.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.43;MQ=98.45;MQ0=0;QD=24.69;SB=-1767.85;VQSLOD=0.8382;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,100:182:99:255,0,255 1 179887125 rs627897 G A 15560 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=361;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.02;MQ=98.78;MQ0=0;QD=43.10;SB=-7745.38;VQSLOD=0.6609;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,359:354:99:255,255,0 1 180145088 rs2298206 A G 885.86 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.06;MQ=92.93;MQ0=0;QD=14.52;SB=-252.70;VQSLOD=0.3179;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:25:75.21:255,75,0 1 180165699 rs3738115 A C 1588.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=97.82;MQ0=0;QD=13.46;SB=-698.96;VQSLOD=0.3792;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:109:99:255,0,255 1 180235728 rs16855642 C T 1187.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.23;MQ0=0;QD=16.96;SB=-207.17;VQSLOD=0.1120;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,34:65:99:255,0,255 1 180243524 rs7536561 A G 3834.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.41;MQ=98.57;MQ0=0;QD=20.95;SB=-1265.99;VQSLOD=1.4032;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,98:180:99:255,0,255 1 180885430 rs10732273 T C 3196.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.80;MQ0=0;QD=35.91;SB=-1102.75;VQSLOD=-1.3649;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:85:99:255,255,0 1 180905352 rs3795505 C T 3114.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=247;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.20;MQ=98.80;MQ0=0;QD=12.61;SB=-680.83;VQSLOD=-0.2979;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,99:230:99:255,0,255 1 180905448 rs3795504 G T 4626.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.76;MQ=98.50;MQ0=0;QD=16.95;SB=-1223.43;VQSLOD=-0.1400;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,123:261:99:255,0,255 1 180913597 rs2331995 A G 6227.27 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=13.40;MQ=98.59;MQ0=0;QD=31.93;SB=-3087.15;VQSLOD=-3.1986;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,194:167:99:255,255,0 1 180953853 rs3747957 A G 7362.78 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.49;MQ=98.96;MQ0=0;QD=35.92;SB=-3307.64;VQSLOD=1.1634;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,205:193:99:255,255,0 1 181018236 rs2236410 A G 1241.32 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=179;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.95;MQ=33.31;MQ0=96;QD=6.93;SB=-425.96;VQSLOD=-2.6695;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,86:72:99:255,0,255 1 181021483 rs35223984 C T 3053.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.32;MQ=98.99;MQ0=0;QD=17.86;SB=-1153.67;VQSLOD=0.0986;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,86:171:99:255,0,255 1 181058313 rs3747955 G A 355.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=97.79;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;VQSLOD=-1.8122;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:18:99:255,0,192 1 182026813 rs12568050 G C 2981.05 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.90;MQ0=0;QD=20.01;SB=-738.01;VQSLOD=0.5016;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,71:143:99:255,0,255 1 182027022 rs12564283 C T 9347.99 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.36;MQ=98.62;MQ0=0;QD=20.28;SB=-3856.30;VQSLOD=-0.3222;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:233,227:432:99:255,0,255 1 182544581 rs36053738 C T 2905.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.10;MQ=98.63;MQ0=0;QD=17.19;SB=-1374.42;VQSLOD=-1.6970;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,87:162:99:255,0,255 1 182551337 rs627928 A C 567 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.62;MQ0=0;QD=12.60;SB=-240.33;VQSLOD=-0.4944;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:43:99:255,0,255 1 182554557 rs486907 C T 5351.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=248;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.90;MQ=98.68;MQ0=0;QD=21.58;SB=-2149.01;VQSLOD=-0.6545;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,125:244:99:255,0,255 1 182569626 rs1144566 T C 11024.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=361;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.34;MQ=98.66;MQ0=0;QD=30.54;SB=-2480.53;VQSLOD=0.1984;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,359:301:99:255,255,0 1 182785882 . C G 40.51 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=190;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=48.25;MQ=96.96;MQ0=0;QD=0.21;SB=8.05;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,64:14:71.58:72,0,255 1 182850727 rs6677840 T C 7551.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.73;MQ=98.86;MQ0=0;QD=41.26;SB=-3088.89;VQSLOD=0.8641;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:179:99:255,255,0 1 182993025 rs10911194 C T 2286.53 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.86;MQ=98.21;MQ0=0;QD=17.06;SB=-1150.09;VQSLOD=-0.2625;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,68:122:99:255,0,255 1 183072590 rs2296288 T C 2557.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.52;MQ=98.09;MQ0=0;QD=15.98;SB=-1183.68;VQSLOD=1.4789;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,84:151:99:255,0,255 1 183085755 rs20563 A G 11071.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=523;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.69;MQ=98.78;MQ0=0;QD=21.17;SB=-4369.26;VQSLOD=0.3446;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:260,262:517:99:255,0,255 1 183086757 rs2296292 A C 7217.97 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=424;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.62;MQ=98.76;MQ0=0;QD=17.02;SB=-2523.48;VQSLOD=0.6941;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:225,199:407:99:255,0,255 1 183091229 . 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T C 36.94 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.09;MQ=98.88;MQ0=0;QD=0.29;SB=107.39;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,69:60:68.01:68,0,255 1 202733238 rs3196669 C T 3000.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.76;MQ=98.50;MQ0=0;QD=16.86;SB=-1029.39;VQSLOD=1.4910;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,82:173:99:255,0,255 1 203148633 rs4950927 A G 1442.69 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=36.99;SB=-356.65;VQSLOD=-0.1524;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:37:99:255,111,0 1 203152801 rs880633 T C 7324.16 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.74;MQ=98.85;MQ0=0;QD=40.24;SB=-2819.44;VQSLOD=-0.1889;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:177:99:255,255,0 1 203317162 rs7543148 C T 767.14 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=40.38;SB=-273.02;VQSLOD=0.9502;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:255,57,0 1 203452409 rs41313926 G A 1257.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.75;MQ=98.51;MQ0=0;QD=19.35;SB=-642.11;VQSLOD=-0.6060;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:60:99:255,0,255 1 203452720 rs2233725 C T 2639.16 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.10;MQ=98.87;MQ0=0;QD=15.00;SB=-1054.54;VQSLOD=-0.2428;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,80:172:99:255,0,255 1 203472119 . G A 4926.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=218;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.16;MQ=98.74;MQ0=0;QD=22.60;SB=-1874.56;VQSLOD=-0.3076;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,121:214:99:255,0,255 1 203652444 rs1419114 A G 4865.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.63;MQ=98.65;MQ0=0;QD=17.95;SB=-1700.61;VQSLOD=1.5171;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,127:265:99:255,0,255 1 203667409 rs2228445 T C 10372.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=501;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.57;MQ=98.82;MQ0=0;QD=20.70;SB=-4061.73;VQSLOD=0.6278;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,258:481:99:255,0,255 1 203787700 rs4951260 T C 12008 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=305;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.29;MQ0=0;QD=39.37;SB=-4515.19;VQSLOD=1.1589;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,305:301:99:255,255,0 1 204131186 rs5705 T G 2530.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.85;MQ=98.80;MQ0=0;QD=37.21;SB=-874.98;VQSLOD=1.1537;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:64:99:255,193,0 1 204159787 rs4889 G C 154.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=99.00;MQ0=0;QD=19.26;SB=-78.83;VQSLOD=-1.7865;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:6:28.41:185,0,28 1 204161947 rs12998 C T 499.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.52;MQ=98.08;MQ0=0;QD=7.68;SB=-175.73;VQSLOD=-2.1520;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,19:61:99:255,0,255 1 204172060 rs6689599 G C 1108.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=22.62;SB=-378.98;VQSLOD=-1.9491;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:255,0,255 1 204172096 rs6689607 G A 549.87 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.58;MQ0=0;QD=13.41;SB=-147.55;VQSLOD=-1.9598;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:40:99:255,0,255 1 204198209 rs3795571 A G 5211.72 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.26;MQ=98.39;MQ0=0;QD=35.45;SB=-2216.48;VQSLOD=1.2011;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:136:99:255,255,0 1 204199614 rs10900562 C T 497.45 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.90;MQ=99.00;MQ0=0;QD=29.26;SB=-141.00;VQSLOD=-1.2357;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.13:255,39,0 1 204218334 . A C 62.63 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.89;MQ=97.95;MQ0=0;QD=0.31;SB=351.11;VQSLOD=-8.9471;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,76:141:93.70:94,0,255 1 204237416 rs10900571 C T 4818.96 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.19;MQ0=0;QD=40.16;SB=-1369.28;VQSLOD=2.0472;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:113:99:255,255,0 1 204379617 rs3014626 T C 2659.39 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-435.55;VQSLOD=1.1692;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:68:99:255,205,0 1 204401504 . C A 23.44 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=164;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.02;MQ=98.19;MQ0=0;QD=0.14;SB=309.05;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,41:125:54.50:54,0,255 1 204438334 rs1124777 C T 3797.46 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.89;MQ=98.77;MQ0=0;QD=42.19;SB=-1193.07;VQSLOD=0.9489;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:87:99:255,255,0 1 204438643 rs1553921 G T 7539.12 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.87;MQ=98.54;MQ0=0;QD=34.11;SB=-3760.03;VQSLOD=0.6403;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,220:200:99:255,255,0 1 204587047 rs11588857 G A 2589.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=143;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.33;MQ=98.38;MQ0=0;QD=18.11;SB=-1186.15;VQSLOD=1.1265;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,78:127:99:255,0,255 1 204587240 rs3747632 G A 502.84 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.32;MQ=98.83;MQ0=0;QD=14.37;SB=-240.74;VQSLOD=0.2144;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:34:99:255,0,255 1 204587569 rs3747631 G C 1812.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.24;MQ=98.54;MQ0=0;QD=18.88;SB=-598.79;VQSLOD=-0.4384;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:85:99:255,0,255 1 204588140 rs3747630 G A 1812.64 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.57;MQ0=0;QD=18.69;SB=-444.50;VQSLOD=0.5720;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,57:90:99:255,0,255 1 204589101 rs3789044 G A 1019.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.19;MQ0=0;QD=16.99;SB=-202.87;VQSLOD=0.0739;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:52:99:255,0,255 1 204924020 rs3795564 C T 1920.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.49;MQ=98.51;MQ0=0;QD=18.29;SB=-803.84;VQSLOD=1.3003;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,56:97:99:255,0,255 1 204944441 rs56223230 G A 2253.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.89;MQ=97.63;MQ0=0;QD=18.32;SB=-1058.16;VQSLOD=-1.6271;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:111:99:255,0,255 1 204944454 rs55969362 G A 2242.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.83;MQ=97.79;MQ0=0;QD=18.85;SB=-988.57;VQSLOD=0.0168;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,65:110:99:255,0,255 1 204944536 rs55778126 A G 1953.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.02;MQ=97.64;MQ0=0;QD=18.09;SB=-765.90;VQSLOD=-0.2249;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:100:99:255,0,255 1 204945814 rs55726173 C T 1131.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.11;MQ=98.77;MQ0=0;QD=13.80;SB=-275.12;VQSLOD=-1.0685;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:80:99:255,0,255 1 204948659 rs6667532 A G 26848.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=795;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.53;MQ=98.38;MQ0=0;QD=33.77;SB=-10863.92;VQSLOD=-1.9843;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,783:710:99:255,255,0 1 205027737 rs2275697 G A 832.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.26;MQ=98.85;MQ0=0;QD=13.00;SB=-386.85;VQSLOD=-1.6501;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:62:99:255,0,255 1 205031116 rs2229866 C T 325.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.17;MQ=98.72;MQ0=0;QD=11.61;SB=-105.60;VQSLOD=-1.9480;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:23:99:255,0,255 1 205052939 rs4950979 G A 4478.65 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.02;MQ=98.40;MQ0=0;QD=39.99;SB=-2206.11;VQSLOD=1.5175;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:104:99:255,255,0 1 205053219 rs4951168 C T 15274.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.05;MQ=98.98;MQ0=0;QD=42.43;SB=-6878.65;VQSLOD=0.4077;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,359:353:99:255,255,0 1 205130413 rs3851294 A G 8216.26 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.79;MQ=98.87;MQ0=0;QD=36.68;SB=-3450.07;VQSLOD=0.3185;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:214:99:255,255,0 1 205210827 . C T 1351.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.90;MQ=97.83;MQ0=0;QD=12.52;SB=-625.19;VQSLOD=-1.1157;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,44:99:99:255,0,255 1 205238275 rs1768586 A G 5890.43 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.82;MQ=98.41;MQ0=0;QD=37.28;SB=-2166.63;VQSLOD=0.2347;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:151:99:255,255,0 1 205238530 rs1779411 C T 1054.16 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.65;MQ=95.31;MQ0=0;QD=28.49;SB=-314.69;VQSLOD=-0.2780;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:28:84.26:255,84,0 1 205240251 rs1668867 C T 3584.36 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1333.72;VQSLOD=1.4906;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:86:99:255,255,0 1 205272926 rs1106201 C T 917.05 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.38;MQ=98.76;MQ0=0;QD=11.76;SB=-88.84;VQSLOD=-0.2908;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,29:76:99:255,0,255 1 205272983 rs1106202 C G 2783.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.86;MQ=98.59;MQ0=0;QD=19.60;SB=-1016.09;VQSLOD=0.8778;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,67:139:99:255,0,255 1 205275421 rs4951197 A G 18130.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=441;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.00;MQ=98.82;MQ0=0;QD=41.11;SB=-8791.51;VQSLOD=-0.3927;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,441:430:99:255,255,0 1 205308335 rs1105385 G A 3799.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.34;MQ=98.53;MQ0=0;QD=20.88;SB=-754.82;VQSLOD=-0.5156;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,91:158:99:255,0,255 1 205308368 rs1105387 C T 4870 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.34;MQ=98.49;MQ0=0;QD=21.36;SB=-1949.79;VQSLOD=-0.0073;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,119:219:99:255,0,255 1 205389653 . C T 8388.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.89;MQ=98.83;MQ0=0;QD=20.87;SB=-2520.80;VQSLOD=-1.7742;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,198:399:99:255,0,255 1 205492756 rs7529442 A G 26.25 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.54;MQ=97.53;MQ0=0;QD=3.28;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:5:57.31:57,0,113 1 205589574 rs1064406 C T 2565.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.67;MQ=98.86;MQ0=0;QD=14.74;SB=-874.76;VQSLOD=1.1265;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,77:166:99:255,0,255 1 205631176 . A C 17.48 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.85;MQ=97.28;MQ0=0;QD=0.21;SB=110.37;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,34:55:48.47:48,0,255 1 205767885 rs708727 G A 7761.92 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.62;MQ=98.51;MQ0=0;QD=34.04;SB=-2712.04;VQSLOD=0.6016;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,226:193:99:255,255,0 1 205801872 rs1361754 A G 14682.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=362;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.19;MQ=98.61;MQ0=0;QD=40.56;SB=-4693.93;VQSLOD=0.3967;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,362:355:99:255,255,0 1 205814497 rs1891460 T C 4925.42 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.86;MQ0=0;QD=38.48;SB=-1907.99;VQSLOD=1.9340;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:125:99:255,255,0 1 206239403 rs28602496 C T 4717.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.86;MQ=98.79;MQ0=0;QD=18.21;SB=-1165.62;VQSLOD=-0.1439;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,107:255:99:255,0,255 1 206239415 rs28639473 C T 5121.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.07;MQ=98.81;MQ0=0;QD=17.42;SB=-1595.54;VQSLOD=0.1419;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,121:289:99:255,0,255 1 206239574 rs28391411 T C 1012.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.72;MQ0=0;QD=16.60;SB=-234.02;VQSLOD=-1.2982;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:255,0,255 1 206327510 rs61742539 T C 3801.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.16;MQ=98.84;MQ0=0;QD=21.36;SB=-1562.14;VQSLOD=-0.1245;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,99:174:99:255,0,255 1 206328803 rs41302235 T C 2784.59 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.40;MQ=98.89;MQ0=0;QD=16.77;SB=-772.88;VQSLOD=-2.2550;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,83:157:99:255,0,255 1 206647742 rs1539242 A G 3634.27 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.86;MQ=98.32;MQ0=0;QD=35.63;SB=-1468.56;VQSLOD=-0.3559;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:91:99:255,255,0 1 206647787 rs1539243 T C 3503.16 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=97.97;MQ0=0;QD=37.27;SB=-1654.00;VQSLOD=1.8939;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:91:99:255,255,0 1 206650065 rs41296034 A G 3157.94 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.77;MQ=98.82;MQ0=0;QD=14.62;SB=-965.82;VQSLOD=-0.5574;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,99:201:99:255,0,255 1 206651107 rs2297545 G A 156.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=19.61;SB=-83.31;VQSLOD=-0.5093;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:54.57:188,0,55 1 206680983 rs2095124 A C 292.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=92.73;MQ0=0;QD=26.57;SB=-157.02;VQSLOD=-2.0491;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.08:255,27,0 1 206773659 rs6662929 A G 18492.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=478;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.74;MQ=98.72;MQ0=0;QD=38.69;SB=-7982.30;VQSLOD=-2.9158;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,478:468:99:255,255,0 1 206903395 . 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C A 13.37 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=94.87;MQ0=0;QD=1.49;SB=-21.86;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:44.24:44,0,255 1 207238419 . C T 1833.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.07;MQ=99.00;MQ0=0;QD=16.08;SB=-284.15;VQSLOD=-1.2287;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:113:99:255,0,255 1 207269919 rs8942 C T 4935.19 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.97;MQ0=0;QD=18.35;SB=-1746.53;VQSLOD=-0.2265;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,118:260:99:255,0,255 1 207286381 rs55867570 C A 1805 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=5.81;MQ=98.62;MQ0=0;QD=12.53;SB=-922.07;VQSLOD=-5.2721;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,60:137:99:255,0,255 1 207297680 rs1126618 T C 8251.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.27;MQ=98.59;MQ0=0;QD=38.02;SB=-3719.50;VQSLOD=1.5545;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:210:99:255,255,0 1 207300070 rs45574833 G A 5394.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.18;MQ=98.72;MQ0=0;QD=17.69;SB=-1496.31;VQSLOD=0.2271;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,127:301:99:255,0,255 1 207304900 rs4844573 T C 2637.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.38;MQ=98.73;MQ0=0;QD=17.01;SB=-833.72;VQSLOD=1.3123;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,80:147:99:255,0,255 1 207653364 rs17258982 A G 5067.99 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.58;MQ=98.98;MQ0=0;QD=17.97;SB=-2032.15;VQSLOD=1.0931;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,133:278:99:255,0,255 1 207653395 rs6540433 C A 4441.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.93;MQ0=0;QD=20.76;SB=-1301.32;VQSLOD=0.8325;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,109:212:99:255,0,255 1 208207839 rs3736963 G A 8501.64 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.79;MQ=98.75;MQ0=0;QD=40.87;SB=-2223.40;VQSLOD=1.5684;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:201:99:255,255,0 1 209785206 rs11119315 G A 2329.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.31;MQ=98.65;MQ0=0;QD=16.88;SB=-807.34;VQSLOD=1.3333;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,73:126:99:255,0,255 1 209788703 rs1049607 T C 1780.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.11;MQ=98.97;MQ0=0;QD=13.38;SB=-643.63;VQSLOD=-1.3091;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:125:99:255,0,255 1 209799253 rs2179402 A G 922.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.77;MQ=98.48;MQ0=0;QD=18.45;SB=-347.66;VQSLOD=0.5537;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:43:99:255,0,255 1 209811886 rs2076356 T G 2150.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.21;MQ=97.51;MQ0=0;QD=13.96;SB=-441.16;VQSLOD=-0.0008;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,81:126:99:255,0,255 1 209950760 rs669694 C G 6760.37 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.93;MQ0=0;QD=46.95;SB=-3142.69;VQSLOD=0.2992;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:142:99:255,255,0 1 209968684 rs2013162 C A 19256.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=482;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.87;MQ=98.78;MQ0=0;QD=39.95;SB=-5648.61;VQSLOD=1.2670;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,482:473:99:255,255,0 1 210004199 rs585627 C G 10224 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.84;MQ=98.36;MQ0=0;QD=49.39;SB=-3591.68;VQSLOD=-0.7667;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:203:99:255,255,0 1 210006603 rs656566 C T 9424.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.65;MQ=98.85;MQ0=0;QD=42.07;SB=-2968.13;VQSLOD=0.8378;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:218:99:255,255,0 1 210334081 rs17188183 T C 1957.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.98;MQ=98.11;MQ0=0;QD=17.79;SB=-236.59;VQSLOD=0.2917;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,59:109:99:255,0,255 1 210577831 rs34772809 C T 1908.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.57;MQ=98.36;MQ0=0;QD=14.35;SB=-571.37;VQSLOD=-0.7245;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,58:121:99:255,0,255 1 210577873 rs2066721 G C 7266.24 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.48;MQ=98.47;MQ0=0;QD=42.49;SB=-2900.42;VQSLOD=1.0795;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:150:99:255,255,0 1 210577901 rs34228541 T C 2036.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.43;MQ=98.72;MQ0=0;QD=12.73;SB=-999.63;VQSLOD=-1.5104;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,71:151:99:255,0,255 1 210857261 . 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C A 131.63 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.54;MQ=97.61;MQ0=0;QD=1.12;SB=101.32;VQSLOD=-7.8318;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,55:55:99:163,0,255 1 211846876 rs701929 A G 7264.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=384;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.47;MQ=96.52;MQ0=2;QD=18.92;SB=-2456.21;VQSLOD=1.2407;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,200:371:99:255,0,255 1 212273606 rs35137676 G A 3885.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.86;MQ0=0;QD=18.50;SB=-513.94;VQSLOD=-1.0055;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,92:201:99:255,0,255 1 212273639 rs3135474 C T 11246.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=298;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.86;MQ=98.83;MQ0=0;QD=37.74;SB=-4310.92;VQSLOD=-0.1951;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,293:284:99:255,255,0 1 212274413 rs6540718 A C 4751.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=40.61;SB=-869.42;VQSLOD=1.7231;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:115:99:255,255,0 1 212526288 rs792442 C T 11291.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=536;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.60;MQ=98.85;MQ0=0;QD=21.07;SB=-2296.61;VQSLOD=0.6668;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,265:525:99:255,0,255 1 212560327 rs792449 A G 4018.06 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.25;MQ=98.51;MQ0=0;QD=24.65;SB=-902.56;VQSLOD=-1.6620;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,159:98:99:255,255,0 1 212798977 rs3122712 A G 434.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=97.32;MQ0=0;QD=14.98;SB=-206.94;VQSLOD=-0.1876;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:28:99:255,0,255 1 212799870 rs3122713 A G 4298.84 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.52;MQ=98.51;MQ0=0;QD=38.38;SB=-474.20;VQSLOD=0.7052;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:101:99:255,255,0 1 212799949 rs3795842 C T 6701.29 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=385;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.18;MQ=98.81;MQ0=0;QD=17.41;SB=-2375.08;VQSLOD=0.9722;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,177:334:99:255,0,255 1 212911836 rs15702 T C 8779.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=439;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.98;MQ=98.96;MQ0=0;QD=20.00;SB=-2789.68;VQSLOD=0.8979;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,231:430:99:255,0,255 1 213009469 rs10864004 A G 8591.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=427;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.06;MQ=98.95;MQ0=0;QD=20.12;SB=-3358.21;VQSLOD=1.0795;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,209:419:99:255,0,255 1 214492286 rs1134647 G A 17868.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=417;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.98;MQ=98.95;MQ0=0;QD=42.85;SB=-6268.95;VQSLOD=0.4978;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,417:413:99:255,255,0 1 214787130 rs2070064 G A 2503.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.77;MQ0=0;QD=20.19;SB=-938.95;VQSLOD=1.0432;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,67:122:99:255,0,255 1 214814571 rs3795521 C T 475.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.94;MQ0=0;QD=13.22;SB=-167.14;VQSLOD=-0.3967;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:35:99:255,0,255 1 214820099 rs3748697 A G 428.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=97.59;MQ0=0;QD=14.79;SB=-182.69;VQSLOD=-0.1446;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:28:99:255,0,255 1 214826196 rs335524 G A 1713.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.47;MQ=98.64;MQ0=0;QD=16.47;SB=-721.15;VQSLOD=0.7410;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,48:103:99:255,0,255 1 214830592 . A G 2737.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.18;MQ=98.99;MQ0=0;QD=17.22;SB=-1378.54;VQSLOD=-0.3286;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,82:155:99:255,0,255 1 214830617 rs438034 A G 2431.54 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.99;MQ0=0;QD=17.75;SB=-1201.56;VQSLOD=0.7575;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:135:99:255,0,255 1 214837110 rs7289 C G 2596.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.60;MQ=98.56;MQ0=0;QD=16.75;SB=-1295.12;VQSLOD=-0.2643;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,64:150:99:255,0,255 1 215793834 rs14137 G A 7246.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=320;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.89;MQ=98.85;MQ0=0;QD=22.65;SB=-2925.44;VQSLOD=0.7653;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,171:315:99:255,0,255 1 215844373 rs45549044 C T 8561.64 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=438;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.00;MQ=98.92;MQ0=0;QD=19.55;SB=-3548.56;VQSLOD=-0.4754;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:243,195:436:99:255,0,255 1 215848587 rs2797234 T C 4162.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=259;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.33;MQ=98.67;MQ0=0;QD=16.07;SB=-1591.81;VQSLOD=0.7848;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,109:253:99:255,0,255 1 215848641 rs2797235 T C 12700.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=327;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.74;MQ=98.90;MQ0=0;QD=38.84;SB=-5142.47;VQSLOD=0.8487;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,327:321:99:255,255,0 1 215914826 rs35309576 T C 4087.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.32;MQ=98.91;MQ0=0;QD=18.84;SB=-1246.91;VQSLOD=0.0930;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,98:213:99:255,0,255 1 215916563 rs11120616 G A 7779.77 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=417;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.14;MQ=98.91;MQ0=0;QD=18.66;SB=-3186.21;VQSLOD=0.3632;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,178:413:99:255,0,255 1 215960153 . A C 108.46 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.17;MQ=95.57;MQ0=0;QD=0.67;SB=98.27;VQSLOD=-8.3247;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,74:59:99:140,0,255 1 215960167 rs10864198 T G 1688.87 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.41;MQ=96.47;MQ0=0;QD=10.24;SB=-572.73;VQSLOD=-0.0742;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,76:103:99:255,0,255 1 216172380 rs10864219 A G 3157.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.86;MQ=98.83;MQ0=0;QD=16.27;SB=-1536.65;VQSLOD=1.4652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,95:191:99:255,0,255 1 216219781 rs6657250 A G 5884.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=257;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.15;MQ=98.94;MQ0=0;QD=22.90;SB=-1758.19;VQSLOD=1.2669;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,137:256:99:255,0,255 1 216348764 rs1805049 C T 8069.97 PASS 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G C 3113.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.33;MQ=98.96;MQ0=0;QD=19.58;SB=-1488.09;VQSLOD=0.1557;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,88:147:99:255,0,255 1 226074563 rs360057 T G 1393.95 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.86;MQ=78.90;MQ0=24;QD=9.23;SB=-517.73;VQSLOD=-1.3331;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,68:112:99:255,0,255 1 226352498 rs2306120 T G 11148 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=286;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.94;MQ=98.38;MQ0=0;QD=38.98;SB=-4993.78;VQSLOD=1.3318;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,286:282:99:255,255,0 1 226474132 rs10799347 G A 1781.82 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=42.42;SB=-629.37;VQSLOD=-0.4162;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:255,126,0 1 226555302 rs1136410 A G 9881.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=262;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.47;MQ=98.81;MQ0=0;QD=37.71;SB=-4620.95;VQSLOD=1.1901;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,262:250:99:255,255,0 1 226568846 . 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C G 2849.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=97.91;MQ0=0;QD=16.76;SB=-1250.88;VQSLOD=-0.1257;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,75:159:99:255,0,255 1 229730452 rs2295625 G A 1448.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.76;MQ0=0;QD=16.46;SB=-687.69;VQSLOD=0.7119;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:83:99:255,0,255 1 229738170 rs3753886 T G 9306.53 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=536;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.22;MQ=98.47;MQ0=0;QD=17.36;SB=-3530.10;VQSLOD=0.7142;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,245:523:99:255,0,255 1 229738236 rs4925500 G A 6234.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.45;MQ=97.72;MQ0=0;QD=20.18;SB=-2129.09;VQSLOD=-2.7134;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,149:260:99:255,0,255 1 229772693 rs3811473 T G 2759.13 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.03;SB=-775.05;VQSLOD=0.5903;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,79:161:99:255,0,255 1 229787030 rs12142450 G A 4235.69 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.97;MQ=98.71;MQ0=0;QD=20.46;SB=-1631.08;VQSLOD=1.4911;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,98:205:99:255,0,255 1 229790048 rs7521953 A G 8933.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=462;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.69;MQ=98.93;MQ0=0;QD=19.34;SB=-3642.60;VQSLOD=0.2497;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:231,231:443:99:255,0,255 1 230384937 rs3748006 T C 665.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.98;MQ=98.80;MQ0=0;QD=9.24;SB=-298.15;VQSLOD=-0.6721;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:59:99:255,0,255 1 230415148 rs2273970 G A 1943.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.65;MQ=98.99;MQ0=0;QD=13.49;SB=-709.52;VQSLOD=0.8716;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,64:130:99:255,0,255 1 230841687 rs7080 T C 1373.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.63;MQ=98.74;MQ0=0;QD=13.74;SB=-428.19;VQSLOD=-0.8551;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:80:99:255,0,255 1 230845794 rs699 A G 1611.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.06;MQ=98.71;MQ0=0;QD=9.76;SB=-0.98;VQSLOD=-1.4488;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,71:127:99:255,0,255 1 230898494 rs2282319 C T 2759.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.37;MQ=98.92;MQ0=0;QD=12.10;SB=-674.57;VQSLOD=0.5278;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,83:218:99:255,0,255 1 230903350 rs3828126 T C 3110.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=239;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.27;MQ=98.72;MQ0=0;QD=13.01;SB=-1442.48;VQSLOD=0.3366;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,110:233:99:255,0,255 1 231042732 rs3811502 T A 2561.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.16;MQ=98.74;MQ0=0;QD=15.81;SB=-782.23;VQSLOD=0.7960;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,75:160:99:255,0,255 1 231057247 rs2275333 A T 741.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.32;MQ=98.79;MQ0=0;QD=10.60;SB=-224.56;VQSLOD=-0.7620;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,24:69:99:255,0,255 1 231114465 . C G 15.96 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.96;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:47,3,0 1 231376806 rs2274067 G C 1440.88 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.96;MQ=98.82;MQ0=0;QD=14.41;SB=-593.91;VQSLOD=0.9070;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:98:99:255,0,255 1 231401902 rs574553 G A 8571.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.94;MQ=98.84;MQ0=0;QD=19.93;SB=-3588.18;VQSLOD=0.1342;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,202:427:99:255,0,255 1 231488524 rs2437150 C T 1856.26 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.26;MQ=98.56;MQ0=0;QD=14.62;SB=-525.56;VQSLOD=0.4460;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:123:99:255,0,255 1 231830295 rs3738401 G A 1442.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.47;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.81;SB=-402.89;VQSLOD=0.5238;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:73:99:255,0,255 1 231954101 rs6675281 C T 5878.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.81;MQ=98.74;MQ0=0;QD=21.85;SB=-2436.25;VQSLOD=0.6787;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,138:260:99:255,0,255 1 232534957 rs12043251 T C 1918.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.11;MQ=98.87;MQ0=0;QD=12.07;SB=-772.72;VQSLOD=-0.2079;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,61:153:99:255,0,255 1 232561396 rs41271519 T C 790.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.55;MQ=98.64;MQ0=0;QD=11.80;SB=-188.53;VQSLOD=-1.6662;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,33:58:99:255,0,255 1 232564297 rs3210731 T A 6407.05 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=322;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.57;MQ=98.62;MQ0=0;QD=19.90;SB=-2636.63;VQSLOD=-0.6237;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,161:317:99:255,0,255 1 232574921 rs2275307 T C 6793.83 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.45;MQ=98.61;MQ0=0;QD=34.14;SB=-2836.70;VQSLOD=0.5364;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:180:99:255,255,0 1 232581436 rs12757779 G A 1073.43 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.66;MQ0=0;QD=34.63;SB=-555.30;VQSLOD=0.8862;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:27:81.26:255,81,0 1 232650750 rs3795366 A G 24490 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=641;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.85;MQ=98.80;MQ0=0;QD=38.21;SB=-10328.78;VQSLOD=-0.8750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,640:626:99:255,255,0 1 232650867 rs4649383 C T 13917.1 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=366;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=50.26;MQ=97.11;MQ0=0;QD=38.02;SB=-6405.69;VQSLOD=-7.2421;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,360:321:99:255,255,0 1 233086456 rs13381 T C 1466.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.24;MQ=98.44;MQ0=0;QD=12.98;SB=-725.64;VQSLOD=-0.7103;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,46:101:99:255,0,255 1 233498026 rs56052041 C T 5696.95 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=287;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.75;MQ0=0;QD=19.85;SB=-2405.29;VQSLOD=-0.8679;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,135:281:99:255,0,255 1 234041317 . C T 270.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.57;MQ=98.45;MQ0=0;QD=8.47;SB=-112.93;VQSLOD=-3.0302;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:30:99:255,0,255 1 234041422 rs57010808 G C 2322.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.23;MQ0=0;QD=38.07;SB=-1035.17;VQSLOD=-1.2401;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:51:99:255,154,0 1 234529552 rs2175594 C T 2587.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.84;MQ0=0;QD=21.21;SB=-777.71;VQSLOD=0.8088;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,68:122:99:255,0,255 1 234529570 rs2175593 G A 2195.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.99;MQ=98.66;MQ0=0;QD=19.78;SB=-567.73;VQSLOD=0.6037;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,61:108:99:255,0,255 1 234546245 rs1141264 C T 2010.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.78;MQ0=0;QD=13.59;SB=-917.76;VQSLOD=0.5995;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,58:143:99:255,0,255 1 234582651 rs4920246 T C 23309.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=573;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.83;MQ=98.98;MQ0=0;QD=40.68;SB=-10894.12;VQSLOD=-0.7492;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,572:559:99:255,255,0 1 234584231 rs2102596 C T 2632.64 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.95;MQ=98.07;MQ0=0;QD=38.15;SB=-481.35;VQSLOD=-0.2598;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:64:99:255,193,0 1 234744250 rs8722 G A 1680.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.94;MQ=98.97;MQ0=0;QD=16.01;SB=-859.32;VQSLOD=0.7950;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,50:96:99:255,0,255 1 234744413 rs4636 C A 253.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.97;MQ=98.78;MQ0=0;QD=11.52;SB=-0.01;VQSLOD=-1.9813;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:15:99:255,0,194 1 235324298 rs2295815 T C 2626.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.77;MQ=98.22;MQ0=0;QD=15.18;SB=-913.58;VQSLOD=-0.9998;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,89:150:99:255,0,255 1 235341162 . 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A C 120.12 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.63;MQ=97.26;MQ0=0;QD=0.72;SB=164.56;VQSLOD=-8.0408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,90:88:99:151,0,255 1 235940450 rs2273584 C T 5393.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.92;MQ0=0;QD=21.07;SB=-1374.28;VQSLOD=-2.1348;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,125:254:99:255,0,255 1 235945294 rs6696123 T C 5666.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=278;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.99;MQ=98.83;MQ0=0;QD=20.38;SB=-2150.71;VQSLOD=1.4661;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:143,135:276:99:255,0,255 1 235955172 . T G 187.77 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=475;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=47.52;MQ=98.51;MQ0=0;QD=0.40;SB=561.58;VQSLOD=-12.2697;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:290,183:255:99:219,0,255 1 235972435 rs3820553 T C 12624.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=571;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.27;MQ=98.86;MQ0=0;QD=22.11;SB=-3781.73;VQSLOD=-1.7877;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:275,295:566:99:255,0,255 1 235972867 rs1063128 T C 7449.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=354;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.11;MQ=98.68;MQ0=0;QD=21.04;SB=-2977.74;VQSLOD=-0.3330;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,177:346:99:255,0,255 1 236141174 rs3213190 T C 5457.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.85;MQ=98.14;MQ0=0;QD=16.59;SB=-2052.72;VQSLOD=0.8353;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,142:325:99:255,0,255 1 236144951 rs3738525 A G 3066.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.87;MQ=98.56;MQ0=0;QD=20.31;SB=-1088.91;VQSLOD=0.9188;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,90:144:99:255,0,255 1 236154186 . C T 4790.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=287;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.26;MQ=98.61;MQ0=0;QD=16.69;SB=-1465.34;VQSLOD=0.0955;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,111:280:99:255,0,255 1 236175339 rs2031487 T C 2688.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.35;MQ=97.90;MQ0=0;QD=12.68;SB=-168.31;VQSLOD=-3.3486;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,101:159:99:255,0,255 1 236208773 rs10733133 C T 4026.05 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.63;MQ=99.00;MQ0=0;QD=20.54;SB=-385.43;VQSLOD=0.1674;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,96:194:99:255,0,255 1 236381825 rs1055851 G C 1780.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.31;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.09;SB=-486.83;VQSLOD=0.8475;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,44:116:99:255,0,255 1 236413230 rs2477599 T A 3083.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=194;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.01;MQ=98.86;MQ0=0;QD=15.90;SB=-1317.45;VQSLOD=-0.2098;REMAP_ALIGN=FP 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C T 220.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.48;MQ=21.01;MQ0=59;QD=2.65;SB=-110.62;VQSLOD=-3.4146;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,19:12:99:251,0,154 1 240371328 . G A 73.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.75;MQ=17.23;MQ0=68;QD=0.89;SB=-7.00;VQSLOD=-3.3417;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,14:6:97.27:105,0,97 1 240371554 rs12732924 A G 86.21 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.27;MQ=32.08;MQ0=28;QD=2.61;SB=-48.17;VQSLOD=-5.5007;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:3:9.03:119,9,0 1 240492734 rs3795677 G A 7510.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=365;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.99;MQ=98.90;MQ0=0;QD=20.58;SB=-2891.75;VQSLOD=0.4316;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:186,179:363:99:255,0,255 1 241712134 rs12410855 C T 3740.99 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.45;MQ0=0;QD=40.23;SB=-720.71;VQSLOD=1.1179;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:92:99:255,255,0 1 241755348 rs1053230 C T 10489.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=523;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.94;MQ=98.91;MQ0=0;QD=20.06;SB=-2540.63;VQSLOD=1.1904;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:283,240:518:99:255,0,255 1 242023898 rs4149909 A G 9079.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=478;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.15;MQ=98.87;MQ0=0;QD=18.99;SB=-3121.88;VQSLOD=0.9414;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:262,216:474:99:255,0,255 1 242030151 rs735943 A G 13160.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=345;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.87;MQ=98.88;MQ0=0;QD=38.15;SB=-3843.56;VQSLOD=1.5643;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,344:341:99:255,255,0 1 242035438 rs4149965 G A 2884.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.86;MQ=98.78;MQ0=0;QD=16.77;SB=-1406.37;VQSLOD=-0.1464;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,78:170:99:255,0,255 1 242042545 rs1776148 A G 6939.54 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=42.31;SB=-2291.59;VQSLOD=0.0581;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:163:99:255,255,0 1 242045275 rs1635498 C T 10394.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.92;MQ=98.81;MQ0=0;QD=43.31;SB=-4200.39;VQSLOD=1.1970;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,240:238:99:255,255,0 1 242048674 rs9350 C T 1322.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.49;MQ=98.48;MQ0=0;QD=14.07;SB=-335.82;VQSLOD=0.2686;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,42:83:99:255,0,255 1 243493888 . C G 129.98 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.00;MQ=97.55;MQ0=0;QD=0.94;SB=255.37;VQSLOD=-8.3332;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,46:100:99:161,0,255 1 243493907 rs2275155 A T 1887.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.40;MQ=97.43;MQ0=0;QD=14.19;SB=-382.80;VQSLOD=-0.0984;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:115:99:255,0,255 1 243579112 rs10927011 G A 3058.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.11;MQ=98.94;MQ0=0;QD=20.26;SB=-1073.52;VQSLOD=0.9267;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,80:148:99:255,0,255 1 244724092 rs7544794 G A 5702.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.63;MQ=98.70;MQ0=0;QD=21.20;SB=-2375.14;VQSLOD=1.2647;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,129:263:99:255,0,255 1 244735858 rs10927267 A G 4218.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.83;MQ0=0;QD=18.50;SB=-1616.85;VQSLOD=1.2682;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,112:224:99:255,0,255 1 246021941 rs2362587 T C 9161.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=490;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.26;MQ=98.71;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3535.87;VQSLOD=0.9439;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:255,235:479:99:255,0,255 1 246714587 rs10754526 G A 5113.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.10;MQ=97.44;MQ0=0;QD=41.57;SB=-1567.42;VQSLOD=0.5989;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:118:99:255,255,0 1 246720798 rs3124071 G A 6695.83 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.48;MQ=97.95;MQ0=0;QD=43.20;SB=-3020.50;VQSLOD=1.3344;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:153:99:255,255,0 1 246755124 rs6702823 T C 3443.83 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.78;MQ0=0;QD=37.43;SB=-694.61;VQSLOD=1.4978;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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T C 16054.2 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=759;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.18;MQ=94.58;MQ0=5;QD=21.15;SB=-5278.72;VQSLOD=-1.6592;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:372,387:741:99:255,0,255 1 248224489 rs56834114 A G 946.25 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=642;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.26;MQ=36.50;MQ0=135;QD=1.47;SB=609.52;VQSLOD=-3.2702;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:556,84:474:99:255,0,255 1 248224569 . G T 9553.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1005;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.69;MQ=49.00;MQ0=257;QD=9.51;SB=-3310.62;VQSLOD=-2.4863;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:723,282:726:99:255,0,255 1 248224595 . C T 10139.1 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1018;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=22.14;MQ=50.88;MQ0=196;QD=9.96;SB=-2625.67;VQSLOD=-4.4945;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:783,235:801:99:255,0,255 1 248224618 . C G 3111.1 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=871;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.50;MQ=42.28;MQ0=268;QD=3.57;SB=-895.91;VQSLOD=-5.8232;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:765,106:582:99:255,0,255 1 248224746 rs6697812 G T 9064.62 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=615;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=11.47;MQ=32.12;MQ0=359;QD=14.74;SB=-3162.93;VQSLOD=-4.1272;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,566:243:99:255,255,0 1 248263471 rs45577033 G A 8461.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=475;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.75;MQ=98.62;MQ0=0;QD=17.81;SB=-3518.85;VQSLOD=-0.6314;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:263,207:457:99:255,0,255 1 248309020 . G A 731.88 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1210;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=39.80;MQ=48.69;MQ0=31;QD=0.60;SB=367.01;VQSLOD=-9.7149;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1068,142:1156:99:255,0,255 1 248343543 rs9435919 C T 12035.6 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1308;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=43.59;MQ=58.69;MQ0=612;QD=9.20;SB=-4204.70;VQSLOD=-8.0922;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:682,626:604:99:255,0,255 1 248343945 rs4244171 C G 8349.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1387;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.90;MQ=36.53;MQ0=273;QD=6.02;SB=-2216.09;VQSLOD=-4.9500;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:924,460:1049:99:255,0,255 1 248343990 rs4916104 T C 2283.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1140;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.06;MQ=42.01;MQ0=223;QD=2.00;SB=31.17;VQSLOD=-3.0700;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:766,371:859:99:255,0,255 1 248366702 rs4916112 G A 22205 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1070;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.43;MQ=90.96;MQ0=0;QD=20.75;SB=-8576.80;VQSLOD=-1.8872;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:503,567:990:99:255,0,255 1 248367306 rs41304018 T A 2066.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.16;MQ=84.80;MQ0=0;QD=14.87;SB=-222.76;VQSLOD=-1.0601;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,63:137:99:255,0,255 1 248402758 rs6666148 C T 12499.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=655;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=7.20;MQ=98.77;MQ0=0;QD=19.08;SB=-5077.20;VQSLOD=-6.5512;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:348,307:643:99:255,0,255 1 248436456 . C A 22.75 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=446;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.97;MQ=13.41;MQ0=435;QD=0.05;SB=-7.00;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,150:11:53.80:54,0,255 1 248436611 rs10888338 G A 633.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.00;MQ=25.93;MQ0=235;QD=2.12;SB=-87.09;VQSLOD=-1.5296;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:157,136:37:99:255,0,255 1 248436616 rs10909376 A G 1831.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=306;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.13;MQ=26.29;MQ0=222;QD=5.99;SB=-156.72;VQSLOD=-2.2448;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,302:52:99:255,156,0 1 248436638 rs61857491 A G 1258.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=475;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.40;MQ=34.63;MQ0=207;QD=2.65;SB=-110.91;VQSLOD=-3.0251;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,116:189:99:255,0,255 1 248436805 rs28399248 T G 16927.8 HARD_TO_VALIDATE;SnpCluster DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1142;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=120.39;MQ=42.39;MQ0=577;QD=14.82;SB=-5798.53;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,1102:432:99:255,255,0 1 248436809 rs61832700 G A 10305.8 HARD_TO_VALIDATE;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=111.29;MQ=42.40;MQ0=544;QD=8.87;SB=-3124.08;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:678,481:477:99:255,0,255 1 248436811 rs61832701 G C 12011.1 HARD_TO_VALIDATE;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1196;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=109.16;MQ=42.40;MQ0=540;QD=10.04;SB=-3847.04;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:698,493:496:99:255,0,255 1 248436912 . T C 776.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1149;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.82;MQ=25.33;MQ0=425;QD=0.68;SB=582.38;VQSLOD=-3.4992;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:952,196:425:99:255,0,255 1 248436972 . A G 144.82 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=729;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.39;MQ=17.75;MQ0=543;QD=0.20;SB=143.50;VQSLOD=-8.4489;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:567,154:136:99:176,0,255 1 248437002 . C T 155.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=577;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.88;MQ=13.38;MQ0=531;QD=0.27;SB=59.22;VQSLOD=-4.5972;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:449,128:32:99:186,0,255 1 248457979 rs6667171 C A 35219.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=936;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.47;MQ=71.05;MQ0=10;QD=37.63;SB=-13437.64;VQSLOD=-3.1503;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,934:875:99:255,255,0 1 248458571 rs12137982 T A 304.66 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=517;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=115.76;MQ=13.22;MQ0=504;QD=0.59;SB=-0.01;VQSLOD=-35.6907;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,226:12:20.65:255,0,21 1 248458604 . C T 261.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=470;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.99;MQ=18.81;MQ0=448;QD=0.56;SB=-0.01;VQSLOD=-3.1632;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:354,108:21:99:255,0,255 1 248458676 rs6678138 T C 3420.87 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.59;MQ=56.03;MQ0=138;QD=15.00;SB=19.64;VQSLOD=-1.2676;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,193:87:99:255,232,0 1 248458689 rs6674940 A G 4288.42 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=257;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.33;MQ=58.18;MQ0=152;QD=16.69;SB=-109.04;VQSLOD=-0.7887;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,188:99:99:255,255,0 1 248458717 rs12745228 C G 7264.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=278;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.95;MQ=71.96;MQ0=74;QD=26.13;SB=-1159.53;VQSLOD=-1.2002;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,275:163:99:255,255,0 1 248487300 rs4916129 C T 11160.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=927;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.89;MQ=26.03;MQ0=633;QD=12.04;SB=-3841.32;VQSLOD=-4.3000;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,918:266:99:255,255,0 1 248487338 rs4916130 C A 7003.04 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=864;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.45;MQ=22.12;MQ0=657;QD=8.11;SB=-3209.60;VQSLOD=-3.5867;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,862:179:99:255,255,0 1 248487638 rs7555310 A G 43719.2 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1192;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.73;MQ=55.71;MQ0=117;QD=36.68;SB=-19746.18;VQSLOD=-8.1470;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,1178:1023:99:255,255,0 1 248487768 rs7555424 A G 37373.9 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=960;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=30.40;MQ=80.66;MQ0=32;QD=38.93;SB=-18605.44;VQSLOD=-7.4177;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,960:892:99:255,255,0 1 248512094 rs28728105 C T 14193.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=328;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.90;MQ0=0;QD=43.27;SB=-5257.61;VQSLOD=-0.3926;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,328:324:99:255,255,0 1 248512498 rs28448343 A G 6772.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=391;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.55;MQ=98.58;MQ0=0;QD=17.32;SB=-2758.93;VQSLOD=-0.7827;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,181:370:99:255,0,255 1 248512637 rs2039824 C T 13065.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.81;MQ=98.83;MQ0=0;QD=42.28;SB=-5804.63;VQSLOD=-1.6075;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,309:304:99:255,255,0 1 248512749 rs28377739 G A 11217.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=271;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.11;MQ=98.41;MQ0=0;QD=41.39;SB=-5527.80;VQSLOD=-0.9120;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,270:260:99:255,255,0 1 248512767 rs28545014 G T 10606.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=277;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.68;MQ=98.64;MQ0=0;QD=38.29;SB=-4313.21;VQSLOD=0.0244;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,277:274:99:255,255,0 1 248525100 . G A 9699.21 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1039;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=30.76;MQ=72.78;MQ0=4;QD=9.34;SB=-2577.81;VQSLOD=-5.4124;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:810,229:1008:99:255,0,255 1 248525135 . G A 16759.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1563;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.17;MQ=60.15;MQ0=54;QD=10.72;SB=-4440.99;VQSLOD=-4.1798;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1131,430:1428:99:255,0,255 1 248525138 . C T 17482.3 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1615;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=65.13;MQ=59.48;MQ0=71;QD=10.82;SB=-4978.79;VQSLOD=-9.3986;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1171,442:1472:99:255,0,255 1 248550976 rs6587467 T G 16348.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=402;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.24;MQ=98.64;MQ0=0;QD=40.67;SB=-7243.94;VQSLOD=-1.6379;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,402:393:99:255,255,0 1 248569369 rs28599722 A G 14436.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=384;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.88;MQ=98.81;MQ0=0;QD=37.59;SB=-3958.95;VQSLOD=0.0400;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,384:381:99:255,255,0 1 248616401 rs34496488 G A 19439 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1135;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.77;MQ=84.21;MQ0=96;QD=17.13;SB=-6283.07;VQSLOD=-2.3840;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:670,465:1021:99:255,0,255 1 248616408 . C T 19280.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1072;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.29;MQ=85.83;MQ0=55;QD=17.99;SB=-5704.44;VQSLOD=-1.9559;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:609,462:1003:99:255,0,255 1 248637046 . G A 181.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=479;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.65;MQ=9.08;MQ0=422;QD=0.38;SB=-0.01;VQSLOD=-4.4592;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:370,109:32:99:212,0,255 1 248637362 . C T 10301.5 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1680;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.36;MQ=25.75;MQ0=246;QD=6.13;SB=-1602.23;VQSLOD=-3.6357;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1377,302:1287:99:255,0,255 1 248637543 . C T 366.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1365;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.06;MQ=5.90;MQ0=1273;QD=0.27;SB=-102.95;VQSLOD=-3.2031;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1056,309:67:99:255,0,255 1 248651927 rs1770043 A G 669.6 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=232;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.16;MQ=21.50;MQ0=90;QD=2.89;SB=71.27;VQSLOD=-6.6031;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,124:131:99:255,0,255 1 248651959 . 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T A 70.05 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=6.48;MQ0=64;QD=0.95;SB=3.00;VQSLOD=-8.7820;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:5:60.73:101,0,61 1 248813547 rs1770073 G C 59.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=31.31;MQ0=3;QD=11.81;SB=-53.22;VQSLOD=-2.0946;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:2:6.02:91,6,0 1 248813785 rs1782240 A T 23 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=315;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.07;MQ=26.58;MQ0=139;QD=0.07;SB=233.76;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,110:144:54.06:54,0,255 1 248813827 rs1782241 T C 41.27 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=407;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.42;MQ=19.73;MQ0=196;QD=0.10;SB=227.23;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,63:180:72.34:72,0,255 1 248813901 rs61834487 A T 66.59 PASS 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G A 179.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=96.15;MQ0=0;QD=13.78;SB=-0.01;VQSLOD=-1.8828;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:11:99:210,0,170 10 12046546 rs7079388 T C 635.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.86;MQ0=0;QD=15.13;SB=-162.76;VQSLOD=-0.2965;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:41:99:255,0,255 10 12111090 rs1279138 T C 1567.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.25;MQ=97.91;MQ0=0;QD=30.15;SB=-124.05;VQSLOD=-1.0178;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:38:99:255,114,0 10 12131081 rs3740015 T G 8290.54 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.40;MQ=98.63;MQ0=0;QD=19.10;SB=-3138.38;VQSLOD=0.6464;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:217,217:412:99:255,0,255 10 12131218 rs3740016 C T 3085.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.99;MQ=98.67;MQ0=0;QD=15.12;SB=-944.88;VQSLOD=0.7704;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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C A 38.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.56;SB=-43.37;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:61.53:69,0,62 10 15573050 rs1041135 A G 7707.17 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.94;MQ=98.69;MQ0=0;QD=41.89;SB=-1491.61;VQSLOD=0.3310;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:180:99:255,255,0 10 15726088 . C T 2339.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.74;MQ=98.85;MQ0=0;QD=14.18;SB=-704.57;VQSLOD=-1.1357;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,68:161:99:255,0,255 10 16547058 rs7904014 A G 6133.26 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=352;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.69;MQ=98.89;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2264.21;VQSLOD=1.2563;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:202,150:343:99:255,0,255 10 16562600 . 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A G 579.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.83;MQ=78.55;MQ0=15;QD=3.25;SB=-56.98;VQSLOD=-4.2306;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,39:158:99:255,0,255 10 29784072 rs2368406 G C 1988.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=78.73;MQ0=12;QD=37.51;SB=-475.66;VQSLOD=1.4207;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:41:99:255,123,0 10 29812602 rs7070678 G T 9396.08 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=287;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.13;MQ=98.04;MQ0=0;QD=32.74;SB=-2051.89;VQSLOD=0.7217;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,287:246:99:255,255,0 10 29821089 rs17756919 C T 4167.34 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.06;MQ=97.57;MQ0=0;QD=40.46;SB=-1627.06;VQSLOD=1.8219;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:98:99:255,255,0 10 29821523 rs1328323 T C 4441.49 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.44;MQ0=0;QD=38.96;SB=-2056.51;VQSLOD=0.1339;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:107:99:255,255,0 10 29822032 rs1247696 C T 2553.69 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=41.19;SB=-884.04;VQSLOD=1.6976;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:255,187,0 10 29822159 rs7076239 T C 10443.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.97;MQ=98.62;MQ0=0;QD=40.48;SB=-4716.58;VQSLOD=-0.4055;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,257:248:99:255,255,0 10 29833998 rs2368393 A G 16571.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=413;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.32;MQ=98.24;MQ0=0;QD=40.13;SB=-6426.96;VQSLOD=-1.2825;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,413:399:99:255,255,0 10 29834003 rs2368392 G A 15497 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=385;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.94;MQ=98.15;MQ0=0;QD=40.25;SB=-5044.14;VQSLOD=0.9496;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,385:371:99:255,255,0 10 29839787 rs10160013 A G 9098.41 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.64;MQ=98.76;MQ0=0;QD=37.60;SB=-3896.58;VQSLOD=1.2614;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,242:235:99:255,255,0 10 29839864 rs1270874 A C 6728.21 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.49;MQ=98.93;MQ0=0;QD=35.60;SB=-3167.33;VQSLOD=1.3091;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:177:99:255,255,0 10 29840038 rs3740003 A G 18671.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=512;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.81;MQ=98.69;MQ0=0;QD=36.47;SB=-9005.06;VQSLOD=0.2675;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,511:486:99:255,255,0 10 29840164 rs3740002 A G 5894.94 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.00;MQ=98.76;MQ0=0;QD=37.79;SB=-1735.21;VQSLOD=0.4890;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:149:99:255,255,0 10 29843833 rs1547169 C T 1197.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=41.30;SB=-602.77;VQSLOD=1.0187;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.29:255,87,0 10 30316072 rs3739998 C G 2979.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=99.00;MQ0=0;QD=25.25;SB=-1504.25;VQSLOD=0.3876;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,73:114:99:255,0,255 10 30316208 rs2185724 T C 2624.77 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.67;MQ0=0;QD=19.59;SB=-994.51;VQSLOD=0.6700;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,75:127:99:255,0,255 10 30316872 rs3739996 T C 2002.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.39;MQ0=0;QD=14.84;SB=-832.35;VQSLOD=0.7145;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,65:131:99:255,0,255 10 30317073 rs9337951 G A 4186.19 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.36;MQ0=0;QD=20.83;SB=-1549.96;VQSLOD=1.4499;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,99:196:99:255,0,255 10 30317826 rs7920682 A G 4846.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=294;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.84;MQ=98.22;MQ0=0;QD=16.49;SB=-1786.36;VQSLOD=0.6291;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,129:285:99:255,0,255 10 30317838 rs7920686 A G 4465.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=273;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.77;MQ=98.19;MQ0=0;QD=16.36;SB=-1377.21;VQSLOD=-0.3452;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,122:252:99:255,0,255 10 30317949 rs2478835 C T 1529.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.78;MQ=98.18;MQ0=0;QD=14.29;SB=-711.20;VQSLOD=0.5436;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:77:99:255,0,255 10 30336672 . C T 5764.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=256;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.47;MQ=98.90;MQ0=0;QD=22.52;SB=-2340.58;VQSLOD=-0.5396;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,140:251:99:255,0,255 10 30629226 rs1047991 G A 7734.54 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=379;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.07;MQ=98.89;MQ0=0;QD=20.41;SB=-2349.11;VQSLOD=0.1445;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,184:371:99:255,0,255 10 30728101 rs1042058 T C 14671.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=382;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.16;MQ=98.87;MQ0=0;QD=38.41;SB=-6806.46;VQSLOD=0.7014;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,381:379:99:255,255,0 10 31134214 rs3740236 A G 2361.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.96;MQ=98.94;MQ0=0;QD=15.33;SB=-1188.82;VQSLOD=1.2009;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,74:153:99:255,0,255 10 32120678 rs2808100 C T 1196.19 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.88;MQ=98.87;MQ0=0;QD=15.95;SB=-221.83;VQSLOD=-3.8091;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:73:99:255,0,255 10 32128611 rs2808096 A G 3079.24 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=190;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.90;MQ0=0;QD=16.21;SB=-1304.98;VQSLOD=1.2320;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,86:190:99:255,0,255 10 32141460 rs2799021 T C 2429.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.88;SB=-740.69;VQSLOD=1.0282;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,70:152:99:255,0,255 10 32560772 . 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T G 37.16 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.16;MQ=95.28;MQ0=0;QD=0.33;SB=2.14;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,23:99:68.24:68,0,255 10 43678796 rs2435381 C T 12385.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=620;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.42;MQ=89.72;MQ0=1;QD=19.98;SB=-3677.69;VQSLOD=-0.9104;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,292:605:99:255,0,255 10 44111806 rs10899839 G A 9287.97 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=42.41;SB=-4358.48;VQSLOD=1.1405;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,219:216:99:255,255,0 10 44112245 rs12354886 G A 6260.71 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.99;MQ=98.94;MQ0=0;QD=42.02;SB=-2853.46;VQSLOD=1.7750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:148:99:255,255,0 10 45430462 rs17417442 C T 2026.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.99;MQ0=0;QD=19.48;SB=-918.85;VQSLOD=1.0545;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:99:99:255,0,255 10 45496120 rs12269028 A T 1983.83 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.62;MQ0=0;QD=16.53;SB=-978.09;VQSLOD=-0.7789;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,58:119:99:255,0,255 10 45869748 rs55977909 C T 29.98 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=90.12;MQ0=0;QD=4.28;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:4:61.05:61,0,61 10 45953767 rs7908745 A G 5168.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.56;MQ=98.93;MQ0=0;QD=21.10;SB=-2036.81;VQSLOD=1.3842;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,124:242:99:255,0,255 10 46322375 . 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T G 144.95 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.50;MQ=98.28;MQ0=0;QD=1.18;SB=305.90;VQSLOD=-8.3131;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,33:106:99:176,0,255 10 63520698 rs1992625 T C 3998.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.30;MQ=99.00;MQ0=0;QD=19.99;SB=-1448.74;VQSLOD=1.6377;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,99:195:99:255,0,255 10 63958112 rs3125734 T C 4356.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.16;MQ=98.81;MQ0=0;QD=21.57;SB=-799.72;VQSLOD=0.7843;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,116:200:99:255,0,255 10 63977980 rs61850830 C T 5278.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=361;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.13;MQ=98.22;MQ0=0;QD=14.62;SB=-988.53;VQSLOD=-1.6583;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,143:330:99:255,0,255 10 63995983 rs3852448 C T 5300.94 PASS 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A G 3922.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=-0.06;MQ=98.92;MQ0=0;QD=25.64;SB=-1069.34;VQSLOD=-1.6905;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,92:152:99:255,0,255 10 70405855 rs3998860 A G 2197.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.86;MQ0=0;QD=15.92;SB=-1065.34;VQSLOD=0.9122;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:138:99:255,0,255 10 70496773 . C A 55.62 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=24.92;MQ=96.53;MQ0=0;QD=0.38;SB=98.36;VQSLOD=-8.5525;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,74:71:86.70:87,0,255 10 70502288 rs1300253 G A 31607.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=760;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.34;MQ=98.79;MQ0=0;QD=41.59;SB=-14363.90;VQSLOD=-2.3311;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,759:742:99:255,255,0 10 70641860 rs1341667 T C 5486.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=264;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.22;MQ=98.92;MQ0=0;QD=20.78;SB=-1628.51;VQSLOD=1.0844;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:136,128:263:99:255,0,255 10 70645376 rs10509305 A C 11290.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=587;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.94;MQ=98.89;MQ0=0;QD=19.23;SB=-4310.80;VQSLOD=0.4220;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:286,301:574:99:255,0,255 10 70645697 rs10509306 C T 8737.61 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=428;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.61;MQ=98.79;MQ0=0;QD=20.41;SB=-3609.62;VQSLOD=0.9133;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,206:422:99:255,0,255 10 70696713 rs5030895 C T 10449.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=95.44;MQ0=0;QD=42.13;SB=-4835.58;VQSLOD=1.1249;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,248:244:99:255,255,0 10 70700944 rs5030900 A G 1833.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.97;MQ=94.45;MQ0=3;QD=12.73;SB=-590.82;VQSLOD=-1.1983;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,55:141:99:255,0,255 10 70856852 rs2805910 G A 9939.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.16;MQ=98.97;MQ0=0;QD=43.21;SB=-3845.29;VQSLOD=1.2198;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,230:227:99:255,255,0 10 70856963 . C G 4514.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=233;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.92;MQ0=0;QD=19.38;SB=-1131.02;VQSLOD=-0.1689;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,96:231:99:255,0,255 10 70892791 rs5030932 C T 8010.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.29;MQ0=0;QD=43.54;SB=-3626.52;VQSLOD=1.1613;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,184:182:99:255,255,0 10 70992664 rs874556 C T 6434.29 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.76;MQ0=0;QD=38.07;SB=-2922.37;VQSLOD=1.7519;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:155:99:255,255,0 10 71010375 rs5030948 C T 11802.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=578;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.84;MQ=98.83;MQ0=0;QD=20.42;SB=-5006.17;VQSLOD=-0.7579;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:301,275:555:99:255,0,255 10 71018660 rs1111335 T C 3441.98 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.17;MQ0=0;QD=37.01;SB=-1245.15;VQSLOD=0.9945;REMAP_ALIGN=FP 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G A 150.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=98.22;MQ0=0;QD=13.69;SB=-7.00;VQSLOD=-1.9462;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:99:182,0,123 10 104849468 rs3740387 G A 1355.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.99;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.42;SB=-194.13;VQSLOD=0.2019;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,41:95:99:255,0,255 10 104899197 . C G 347.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.79;SB=-144.69;VQSLOD=-1.7409;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:255,0,255 10 105154089 rs7911488 A G 7118.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.53;MQ=98.58;MQ0=0;QD=13.82;SB=-1162.85;VQSLOD=-3.1469;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:259,249:352:99:255,0,255 10 105177645 rs11598673 G T 2647.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=159;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.47;MQ=98.64;MQ0=0;QD=16.65;SB=-934.99;VQSLOD=0.8577;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,82:156:99:255,0,255 10 105194086 rs2986014 C T 5228.29 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.90;MQ=98.78;MQ0=0;QD=19.44;SB=-1469.29;VQSLOD=1.2019;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,123:257:99:255,0,255 10 105205302 rs7831 A C 1481.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.75;MQ=98.41;MQ0=0;QD=16.10;SB=-189.79;VQSLOD=0.3730;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,53:82:99:255,0,255 10 105218252 rs2986017 A G 1759.24 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.09;MQ=96.14;MQ0=0;QD=22.27;SB=-397.49;VQSLOD=-1.1907;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:54:99:255,162,0 10 105218254 rs4918016 C T 919.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.46;MQ=96.17;MQ0=0;QD=11.50;SB=-144.57;VQSLOD=-1.7093;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:57:99:255,0,255 10 105218359 rs2986018 T C 7745.48 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.55;MQ=98.35;MQ0=0;QD=36.03;SB=-3261.99;VQSLOD=0.5994;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,215:204:99:255,255,0 10 105344451 rs11191737 G A 39 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=99.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=0.78;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:4:53.87:70,0,54 10 105344756 rs2236209 T C 210.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.75;MQ=98.19;MQ0=0;QD=11.06;SB=-93.91;VQSLOD=-3.4830;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:15:99:241,0,255 10 105361816 rs4918031 T G 2226.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.56;MQ=98.45;MQ0=0;QD=16.13;SB=-650.74;VQSLOD=-2.5129;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,71:129:99:255,0,255 10 105362104 rs11191741 G A 2815.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.29;MQ0=0;QD=15.64;SB=-647.67;VQSLOD=-0.6621;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,80:167:99:255,0,255 10 105362209 rs4917396 T C 13295.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=690;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.05;MQ=98.66;MQ0=0;QD=19.27;SB=-5488.70;VQSLOD=-0.3914;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:341,347:655:99:255,0,255 10 105615007 . C T 24.09 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=4.02;SB=-23.60;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:55.15:55,0,153 10 105657316 rs10786775 G C 13190.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=274;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.06;MQ=98.18;MQ0=0;QD=48.14;SB=-6158.89;VQSLOD=-0.9131;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,274:265:99:255,255,0 10 105659826 rs2487999 T C 11646.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=296;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.81;MQ=98.89;MQ0=0;QD=39.35;SB=-3940.62;VQSLOD=1.1616;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,296:293:99:255,255,0 10 105796819 rs2476958 A G 4796.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.26;MQ=98.84;MQ0=0;QD=41.35;SB=-2063.50;VQSLOD=1.1465;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:113:99:255,255,0 10 105798872 rs2274100 T C 1624.46 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.28;MQ0=0;QD=35.31;SB=-706.62;VQSLOD=-0.2697;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=531;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.17;MQ=98.88;MQ0=0;QD=39.83;SB=-9666.07;VQSLOD=-0.2303;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,527:496:99:255,255,0 10 105824333 rs805708 G A 3611.14 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.67;MQ=98.42;MQ0=0;QD=40.12;SB=-1438.07;VQSLOD=1.1924;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:87:99:255,255,0 10 106075081 rs34043167 G A 417.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.14;MQ=98.34;MQ0=0;QD=18.99;SB=-149.60;VQSLOD=-1.3095;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:19:99:255,0,219 10 108367020 rs7082289 C T 1165.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.39;SB=-475.40;VQSLOD=-1.2401;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:77:99:255,0,255 10 108380213 rs4917481 G A 20075 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=934;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.82;MQ=98.75;MQ0=0;QD=21.49;SB=-7354.76;VQSLOD=-2.6355;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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C T 1286.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.13;MQ=98.74;MQ0=0;QD=14.14;SB=-495.46;VQSLOD=-0.7060;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:82:99:255,0,255 10 115364585 rs45438894 A G 1320.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.37;MQ=98.12;MQ0=0;QD=10.00;SB=-477.43;VQSLOD=-1.7083;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:113:99:255,0,255 10 115381747 rs868738 G A 10080.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=512;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.42;MQ=98.79;MQ0=0;QD=19.69;SB=-3666.78;VQSLOD=0.7783;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,244:498:99:255,0,255 10 115389356 rs2286736 G A 6958.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=364;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.95;MQ=98.95;MQ0=0;QD=19.12;SB=-1680.46;VQSLOD=1.1034;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,160:359:99:255,0,255 10 115389366 rs2286735 G A 7807.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=410;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.34;MQ=98.95;MQ0=0;QD=19.04;SB=-1955.81;VQSLOD=1.5101;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:224,186:400:99:255,0,255 10 115392919 rs2270182 T A 4570.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.14;MQ=99.00;MQ0=0;QD=20.49;SB=-1119.83;VQSLOD=-0.8998;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,114:222:99:255,0,255 10 115393948 rs11196400 C T 5008.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.98;MQ=98.74;MQ0=0;QD=20.36;SB=-1388.78;VQSLOD=0.9852;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,115:244:99:255,0,255 10 115400044 . T G 744.14 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=743;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=77.05;MQ=98.44;MQ0=0;QD=1.00;SB=1482.75;VQSLOD=-25.9407;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:462,280:532:99:255,0,255 10 115405615 rs3127106 T C 1055.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.20;MQ0=0;QD=14.07;SB=-168.60;VQSLOD=-1.4296;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:73:99:255,0,255 10 115405664 rs3121478 C T 2064 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.95;MQ=97.54;MQ0=0;QD=14.85;SB=-811.28;VQSLOD=1.0869;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,68:121:99:255,0,255 10 115409840 rs2275799 C T 12259.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=838;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.56;MQ=98.52;MQ0=0;QD=14.63;SB=-3125.77;VQSLOD=-2.3027;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:455,382:677:99:255,0,255 10 115411598 rs4918861 C A 4998.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.94;MQ=98.73;MQ0=0;QD=14.04;SB=-1768.81;VQSLOD=0.5313;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,133:333:99:255,0,255 10 115411614 rs2154028 A G 14681 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=384;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.98;MQ=98.72;MQ0=0;QD=38.23;SB=-6880.46;VQSLOD=0.8902;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,384:374:99:255,255,0 10 115412793 rs3737322 A G 6642.84 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=396;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.55;MQ=98.74;MQ0=0;QD=16.77;SB=-615.79;VQSLOD=0.8078;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,204:323:99:255,0,255 10 115417289 rs1891762 G A 12851 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=306;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.93;MQ=98.86;MQ0=0;QD=42.00;SB=-5759.92;VQSLOD=0.6406;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,306:297:99:255,255,0 10 115422474 rs3127122 A G 8517.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=366;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.00;MQ=98.61;MQ0=0;QD=23.27;SB=-3691.21;VQSLOD=-0.2201;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,202:363:99:255,0,255 10 115489152 rs2227310 C G 6251.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.89;MQ=98.70;MQ0=0;QD=23.77;SB=-1590.01;VQSLOD=-0.0599;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,132:254:99:255,0,255 10 115489167 rs2227309 G A 6325.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=296;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.42;MQ=98.78;MQ0=0;QD=21.37;SB=-1581.97;VQSLOD=1.0470;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,146:291:99:255,0,255 10 115609915 rs3750898 C G 21427.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=442;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.72;MQ=98.87;MQ0=0;QD=48.48;SB=-9275.31;VQSLOD=-1.5634;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,442:431:99:255,255,0 10 115644040 rs7913176 G A 5903.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=312;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.11;MQ=98.35;MQ0=0;QD=18.92;SB=-2180.65;VQSLOD=1.3912;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,146:304:99:255,0,255 10 115805056 rs1801253 G C 2167.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.11;MQ=98.30;MQ0=0;QD=29.69;SB=-668.56;VQSLOD=0.0182;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:50:99:255,151,0 10 116032519 rs597371 A G 3054.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.31;MQ=98.72;MQ0=0;QD=13.82;SB=-1219.10;VQSLOD=-0.6635;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,89:216:99:255,0,255 10 116060387 rs2286396 T C 6490.42 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.33;MQ=98.66;MQ0=0;QD=39.34;SB=-2343.92;VQSLOD=0.5101;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:157:99:255,255,0 10 116073696 rs3813722 C T 15309.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=391;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.91;MQ=98.67;MQ0=0;QD=39.16;SB=-7452.98;VQSLOD=-0.4738;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,389:367:99:255,255,0 10 116164202 . T G 12.74 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:44,3,0 10 116307504 rs2247528 A G 2811.13 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.63;MQ=97.64;MQ0=0;QD=28.68;SB=-1371.89;VQSLOD=0.2027;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:75:99:255,226,0 10 116595358 . 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T G 576.12 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.57;MQ=98.36;MQ0=0;QD=4.24;SB=110.38;VQSLOD=-6.1178;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,72:91:99:255,0,255 10 117075175 rs1953758 G A 15805.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=369;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.48;MQ=98.56;MQ0=0;QD=42.83;SB=-6919.45;VQSLOD=-0.4631;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,368:361:99:255,255,0 10 117228794 rs10885721 A G 3159.1 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.00;MQ=98.91;MQ0=0;QD=15.26;SB=-1324.86;VQSLOD=1.4245;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,99:206:99:255,0,255 10 117486763 rs2254619 G T 798.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.52;SB=-98.10;VQSLOD=-0.1831;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:54:99:255,0,255 10 118228763 rs7077408 T C 1649.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.07;MQ=98.87;MQ0=0;QD=14.22;SB=-705.84;VQSLOD=0.2523;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:113:99:255,0,255 10 118231305 rs10510020 A G 3958.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.35;MQ=98.67;MQ0=0;QD=21.05;SB=-1065.95;VQSLOD=1.2839;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,96:183:99:255,0,255 10 118231360 rs10736251 G A 8869 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.42;MQ0=0;QD=41.25;SB=-3472.17;VQSLOD=1.4332;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,215:207:99:255,255,0 10 118231363 rs1897519 A G 8098.99 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.41;MQ0=0;QD=38.20;SB=-3005.98;VQSLOD=0.3109;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,212:199:99:255,255,0 10 118313265 rs2915748 T C 5379.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.85;MQ=98.66;MQ0=0;QD=19.21;SB=-1218.67;VQSLOD=1.2929;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,142:268:99:255,0,255 10 118351414 rs11197744 A G 490.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=12.58;SB=-258.51;VQSLOD=-0.5109;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:37:99:255,0,255 10 118363642 rs3010501 T C 7280.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.07;MQ=98.66;MQ0=0;QD=41.37;SB=-2056.15;VQSLOD=1.3652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:169:99:255,255,0 10 118368606 rs1049125 T C 1504.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.90;MQ=98.74;MQ0=0;QD=11.66;SB=-752.47;VQSLOD=-0.1944;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,52:123:99:255,0,255 10 118957027 . A G 449.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.56;MQ0=0;QD=7.75;SB=-231.60;VQSLOD=-4.6254;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:53:99:255,0,255 10 119133968 rs3814230 G C 3037.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.58;MQ=98.70;MQ0=0;QD=19.98;SB=-833.00;VQSLOD=0.8259;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,79:145:99:255,0,255 10 119134058 rs3814229 T C 316.46 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.62;MQ0=0;QD=6.33;SB=-33.18;VQSLOD=-5.6338;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:44:99:255,0,255 10 119768551 rs7923321 C T 10768.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=254;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.57;MQ0=0;QD=42.39;SB=-4561.91;VQSLOD=1.1286;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,254:251:99:255,255,0 10 120353910 rs1613448 T C 1822.44 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.70;MQ=97.05;MQ0=0;QD=29.39;SB=-765.63;VQSLOD=-0.9805;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:47:99:255,141,0 10 120828969 rs7908387 A G 3094.29 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.64;MQ0=0;QD=37.74;SB=-800.99;VQSLOD=1.5908;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:255,247,0 10 120896027 rs11198799 G A 9128.94 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=420;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.41;MQ=66.00;MQ0=207;QD=21.74;SB=-4162.23;VQSLOD=-0.7094;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:108,312:211:99:255,255,0 10 120919246 rs2181118 T C 11449.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=300;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.04;MQ=98.90;MQ0=0;QD=38.16;SB=-5687.85;VQSLOD=-0.3593;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,300:294:99:255,255,0 10 120920588 rs10749291 T C 1909.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.27;MQ=98.49;MQ0=0;QD=19.69;SB=-414.31;VQSLOD=0.4283;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,53:95:99:255,0,255 10 120933324 rs3758609 G A 11069.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=268;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=95.97;MQ0=1;QD=41.30;SB=-2626.13;VQSLOD=1.7904;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,268:265:99:255,255,0 10 121429633 rs2234962 T C 268.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.13;MQ0=0;QD=10.31;SB=-48.68;VQSLOD=-1.0603;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:23:99:255,0,255 10 121436362 rs196295 A G 11322.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.94;MQ=98.68;MQ0=0;QD=40.58;SB=-4914.98;VQSLOD=1.0408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,278:266:99:255,255,0 10 121679013 rs2475298 A G 10499.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=251;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.69;MQ0=0;QD=41.83;SB=-4179.34;VQSLOD=1.2023;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,251:249:99:255,255,0 10 122216862 . C T 44.01 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=88.40;MQ0=0;QD=14.67;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33.65:75,0,34 10 122624679 rs10886789 G A 7886.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.56;MQ=98.93;MQ0=0;QD=22.86;SB=-2572.04;VQSLOD=0.7981;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:166,179:344:99:255,0,255 10 122645376 rs7899928 A T 2541.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.11;MQ=99.00;MQ0=0;QD=16.29;SB=-1265.44;VQSLOD=1.5058;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,81:151:99:255,0,255 10 122649482 rs2289337 A G 2597.19 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.16;MQ=98.88;MQ0=0;QD=14.76;SB=-925.21;VQSLOD=1.2311;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,80:174:99:255,0,255 10 122663585 rs1652727 G A 10188.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.29;MQ=98.52;MQ0=0;QD=41.42;SB=-3178.15;VQSLOD=1.3610;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,219:164:99:255,255,0 10 134017295 rs12313 A G 1084.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.12;MQ=97.96;MQ0=0;QD=15.71;SB=-267.32;VQSLOD=-0.9255;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,42:48:99:255,0,255 10 134036193 rs2818401 A G 734.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.31;MQ=98.62;MQ0=0;QD=7.13;SB=-309.63;VQSLOD=-4.1348;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,28:98:99:255,0,255 10 134161517 rs2474329 C T 1114.95 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=98.58;MQ0=0;QD=11.15;SB=-544.47;VQSLOD=-0.2272;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:91:99:255,0,255 10 134161633 rs2474328 A G 634.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.55;MQ0=0;QD=13.80;SB=-93.96;VQSLOD=-1.8221;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:44:99:255,0,255 10 134218269 rs11146363 C T 488.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=95.49;MQ0=0;QD=34.89;SB=-53.56;VQSLOD=0.6695;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:255,39,0 10 134218296 rs10747057 C G 166.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.00;MQ=92.14;MQ0=0;QD=27.76;SB=-88.93;VQSLOD=-3.8310;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:26.86:198,0,27 10 134218580 . C T 28.11 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=96.57;MQ0=0;QD=4.68;SB=-33.64;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:59.17:59,0,86 10 134459388 rs1133400 A G 2110.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.10;MQ=98.72;MQ0=0;QD=14.17;SB=-551.52;VQSLOD=0.4182;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,62:145:99:255,0,255 10 134598628 rs2804003 A G 2406.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.99;MQ=98.59;MQ0=0;QD=32.96;SB=-778.87;VQSLOD=-0.6824;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:66:99:255,197,0 10 134622408 rs2767434 T C 825.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.72;MQ=97.95;MQ0=0;QD=15.87;SB=-331.00;VQSLOD=0.4803;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:45:99:255,0,255 10 134623959 rs2254419 T C 525.64 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.84;MQ=97.04;MQ0=0;QD=11.95;SB=-273.39;VQSLOD=-0.4545;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:40:99:255,0,255 10 134646988 rs4880433 C T 2668.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.63;MQ=98.38;MQ0=0;QD=13.08;SB=-447.96;VQSLOD=-0.1832;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,100:146:99:255,0,255 10 134648279 rs12356978 C T 818.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.68;MQ=97.87;MQ0=0;QD=14.37;SB=-357.44;VQSLOD=-1.0590;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:52:99:255,0,255 10 134748331 rs12781609 C T 6245.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=305;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.62;MQ=98.92;MQ0=0;QD=20.48;SB=-2145.54;VQSLOD=0.9997;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,142:303:99:255,0,255 10 134942166 rs2806452 A G 2362.73 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.08;MQ=98.58;MQ0=0;QD=26.85;SB=-441.52;VQSLOD=-1.5922;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:69:99:255,208,0 10 134942319 rs2806453 C T 2181.79 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.40;MQ=98.70;MQ0=0;QD=17.05;SB=-129.14;VQSLOD=-1.1249;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,64:114:99:255,0,255 10 134973995 . G A 506.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.70;MQ0=0;QD=25.33;SB=-242.26;VQSLOD=-1.9626;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:14:42.13:255,42,0 10 134997480 rs57510763 C T 1273.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.25;MQ=96.15;MQ0=0;QD=13.13;SB=-424.30;VQSLOD=-2.5906;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,36:93:99:255,0,255 10 134999602 rs3008393 G C 586.82 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=41.92;SB=-205.68;VQSLOD=-0.5759;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:255,39,0 10 135000148 rs3810965 T C 959.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-346.66;VQSLOD=0.2471;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:54:99:255,0,255 10 135000159 rs3810964 A G 723.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.63;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.77;SB=-195.70;VQSLOD=-1.2703;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:45:99:255,0,255 10 135012162 rs2998139 T C 342.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.79;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.53;SB=-135.63;VQSLOD=-2.7738;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:31:99:255,0,255 10 135012429 rs3008390 T A 257.65 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=91.41;MQ0=0;QD=25.77;SB=-50.96;VQSLOD=-2.1386;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:8:24.07:255,24,0 10 135012430 rs3008389 T C 243.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=91.78;MQ0=0;QD=27.03;SB=-48.65;VQSLOD=-2.1059;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.06:255,24,0 10 135012652 rs3008388 T C 75.53 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.29;MQ=95.85;MQ0=0;QD=3.28;SB=5.04;VQSLOD=-4.1665;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:13:99:107,0,255 10 135032376 rs3008370 A G 1333.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.99;MQ=98.63;MQ0=0;QD=14.50;SB=-448.24;VQSLOD=-0.7452;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,43:89:99:255,0,255 10 135061112 rs12355840 C T 10.96 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=5.48;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:42,3,0 10 135076596 rs2230576 T C 2221.87 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=95.75;MQ0=0;QD=35.84;SB=-975.40;VQSLOD=1.3565;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:59:99:255,178,0 10 135082346 rs2275720 A G 5450.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.08;MQ=97.88;MQ0=0;QD=35.39;SB=-1879.28;VQSLOD=0.4157;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,153:135:99:255,255,0 10 135085321 rs1131720 C T 4860.52 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.74;MQ=97.53;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1785.67;VQSLOD=-0.9249;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:118:99:255,255,0 10 135085426 rs1131719 A G 4161.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.64;MQ=98.03;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1825.36;VQSLOD=0.1121;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:100:99:255,255,0 10 135085754 rs1131718 G A 266.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=38.01;SB=-93.14;VQSLOD=1.0949;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:255,21,0 10 135087342 . C T 22.11 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=4.42;SB=-29.51;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53.15:53,0,106 10 135087521 rs3008326 G A 2193.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.18;MQ=97.72;MQ0=0;QD=32.26;SB=-732.99;VQSLOD=-1.3044;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:56:99:255,169,0 10 135089035 rs2275725 A G 276.52 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=99.00;MQ0=0;QD=25.14;SB=-155.36;VQSLOD=-0.6374;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:8:24.08:255,24,0 10 135097434 rs2995326 A G 12346.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=328;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.16;MQ=98.39;MQ0=0;QD=37.64;SB=-4772.75;VQSLOD=-0.4750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,328:318:99:255,255,0 10 135098672 rs3008334 G A 3153.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.86;MQ=96.96;MQ0=0;QD=33.54;SB=-789.04;VQSLOD=-0.3477;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:76:99:255,229,0 10 135165790 rs4369319 A G 6076.18 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.82;MQ=98.46;MQ0=0;QD=30.08;SB=-2461.38;VQSLOD=-1.0200;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:168:99:255,255,0 10 135180430 rs2230261 A G 2299.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.52;MQ=98.94;MQ0=0;QD=33.82;SB=-852.33;VQSLOD=-0.9199;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:62:99:255,187,0 10 135184126 rs1049951 G A 2978.08 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.70;MQ=98.57;MQ0=0;QD=37.70;SB=-340.44;VQSLOD=1.0674;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:72:99:255,217,0 10 135186806 rs10466126 A G 205.98 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.32;MQ=95.76;MQ0=0;QD=25.75;SB=-127.22;VQSLOD=-3.7536;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:6:18.06:240,18,0 10 135204950 rs1046175 C G 3699.91 PASS 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1/1:0,146:145:99:255,255,0 11 244197 rs1128322 T C 6401.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=92.51;MQ0=0;QD=39.04;SB=-2889.19;VQSLOD=1.5919;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:164:99:255,255,0 11 280221 rs6421985 A C 45.25 LowQual DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=94.61;MQ0=0;QD=22.63;SB=-47.33;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0 11 280464 . C G 1359.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.49;MQ=98.72;MQ0=0;QD=26.66;SB=-607.35;VQSLOD=-3.7835;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,32:46:99:255,0,255 11 280673 rs12807092 C T 130.76 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=94.69;MQ0=0;QD=21.79;SB=-53.22;VQSLOD=-1.8992;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.04:164,12,0 11 280816 rs56159585 A T 14050.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=398;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.10;MQ=98.12;MQ0=0;QD=35.30;SB=-4119.19;VQSLOD=-2.7270;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,396:358:99:255,255,0 11 280817 rs7482279 T C 14985.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=405;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.78;MQ=98.13;MQ0=0;QD=37.00;SB=-4680.39;VQSLOD=-0.6245;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,404:370:99:255,255,0 11 284538 rs6598047 T C 4878.72 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.06;MQ=98.68;MQ0=0;QD=36.14;SB=-2326.41;VQSLOD=-1.7775;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:126:99:255,255,0 11 290816 rs10902120 A G 2057.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.62;MQ=98.74;MQ0=0;QD=29.39;SB=-965.91;VQSLOD=-0.8721;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:55:99:255,166,0 11 293188 rs12801980 T C 2138.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=144;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.44;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.85;SB=-1001.85;VQSLOD=1.1577;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,66:141:99:255,0,255 11 299411 rs57285449 C G 64.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=98.19;MQ0=0;QD=4.58;SB=-31.40;VQSLOD=-4.3797;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:12:95.19:95,0,255 11 299467 . C T 19.09 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.79;MQ=99.00;MQ0=0;QD=1.59;SB=-29.60;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:50.11:50,0,255 11 299471 . C T 138.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.95;MQ=99.00;MQ0=0;QD=11.58;SB=-69.07;VQSLOD=-1.9428;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:10:99:170,0,152 11 308290 rs1058900 T C 2039.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=187;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.83;MQ=91.22;MQ0=8;QD=10.91;SB=-496.88;VQSLOD=-0.6644;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,88:155:99:255,0,255 11 314207 rs9667990 C G 18005.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=461;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=15.38;MQ=98.29;MQ0=0;QD=39.06;SB=-7230.26;VQSLOD=-3.3032;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,459:396:99:255,255,0 11 396915 rs12419281 C T 639.43 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=96.54;MQ0=0;QD=35.52;SB=-281.85;VQSLOD=-0.4540;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:255,51,0 11 400109 rs8858 A G 608.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=30.43;SB=-155.84;VQSLOD=-2.5469;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:17:51.15:255,51,0 11 403725 . C T 4216.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.83;MQ=98.81;MQ0=0;QD=16.22;SB=-1450.83;VQSLOD=-0.5741;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,105:241:99:255,0,255 11 403980 rs11748 G A 985.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=33.98;SB=-210.77;VQSLOD=0.6344;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:24:72.24:255,72,0 11 404317 rs1134578 C T 10174.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=257;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.36;MQ=98.29;MQ0=0;QD=39.59;SB=-2961.82;VQSLOD=0.3654;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,257:240:99:255,255,0 11 406043 rs7947 G A 595.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=39.69;SB=-55.67;VQSLOD=-2.0165;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:255,45,0 11 406473 rs3087588 A C 1157.66 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.01;MQ0=0;QD=32.16;SB=-479.05;VQSLOD=-1.5546;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:31:93.28:255,93,0 11 406483 rs3210908 T C 1317.96 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.27;MQ=98.13;MQ0=0;QD=32.15;SB=-563.39;VQSLOD=-0.1089;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:35:99:255,105,0 11 428385 rs10794323 A G 2393.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.16;MQ=98.66;MQ0=0;QD=34.20;SB=-982.53;VQSLOD=1.2890;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:66:99:255,162,0 11 428489 rs10794324 T C 1911.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.26;MQ=98.61;MQ0=0;QD=9.80;SB=-582.39;VQSLOD=-0.2922;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,74:169:99:255,0,255 11 433387 rs7395065 A G 3579.26 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.44;MQ=99.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-1417.24;VQSLOD=-0.3241;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:87:99:255,255,0 11 549959 rs7942030 C T 5298.78 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.99;MQ=98.50;MQ0=0;QD=31.35;SB=-1242.64;VQSLOD=-0.5109;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:126:99:255,255,0 11 551753 rs4963198 G A 1803.92 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.69;MQ0=0;QD=37.58;SB=-372.99;VQSLOD=-0.0199;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:45:99:255,135,0 11 554166 rs10902170 C G 1347.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=97.58;MQ0=0;QD=40.82;SB=-546.59;VQSLOD=-0.3002;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:29:87.29:255,87,0 11 554214 rs10902171 G C 3084.71 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.75;MQ=97.33;MQ0=0;QD=41.13;SB=-1279.08;VQSLOD=1.7525;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:65:99:255,196,0 11 614864 rs1061501 C T 311.62 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.26;MQ0=0;QD=38.95;SB=-93.24;VQSLOD=1.1349;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:255,24,0 11 617537 rs2740380 C T 4493.54 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.36;MQ=97.34;MQ0=0;QD=24.55;SB=-1900.76;VQSLOD=-3.7259;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,153:111:99:255,255,0 11 617967 rs2740379 C G 1820.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.99;MQ=94.96;MQ0=0;QD=38.74;SB=-765.49;VQSLOD=-0.1652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:38:99:255,114,0 11 618998 rs2740375 G A 798.65 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.54;MQ=92.99;MQ0=0;QD=27.54;SB=-49.67;VQSLOD=-1.8723;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:21:63.20:255,63,0 11 619789 rs2246614 T G 1497.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.34;MQ0=0;QD=31.85;SB=-316.04;VQSLOD=-0.2113;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:38:99:255,114,0 11 624674 . C T 2250.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.31;MQ=97.94;MQ0=0;QD=13.40;SB=-1136.01;VQSLOD=-1.5207;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,70:161:99:255,0,255 11 720197 rs3087546 C T 729.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.48;MQ=97.77;MQ0=0;QD=11.22;SB=-320.83;VQSLOD=-0.5311;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:57:99:255,0,255 11 721570 rs7635 C T 1464.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.99;MQ=97.80;MQ0=0;QD=15.91;SB=-217.90;VQSLOD=0.3882;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:79:99:255,0,255 11 771034 rs7930569 A G 738.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.97;MQ=97.57;MQ0=0;QD=12.52;SB=-211.53;VQSLOD=-0.1772;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:49:99:255,0,255 11 772490 rs12224894 G A 1424.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.99;MQ=98.24;MQ0=0;QD=14.99;SB=-554.73;VQSLOD=0.8386;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,41:88:99:255,0,255 11 801092 rs11539604 G A 658.27 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.37;MQ=98.17;MQ0=0;QD=16.88;SB=-320.82;VQSLOD=-0.9408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:35:99:255,0,255 11 802379 rs10902221 T C 611.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.86;MQ=97.73;MQ0=0;QD=11.53;SB=-223.40;VQSLOD=-0.1578;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:44:99:255,0,255 11 804212 rs7104785 C A 921.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.37;MQ=97.82;MQ0=0;QD=18.43;SB=-388.23;VQSLOD=-1.0081;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:45:99:255,0,255 11 823729 rs56152088 C T 441.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.60;MQ=97.15;MQ0=0;QD=13.00;SB=-140.60;VQSLOD=-1.5276;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,20:24:99:255,0,255 11 823809 rs1135628 C G 278.16 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.23;MQ0=0;QD=7.73;SB=-103.64;VQSLOD=-4.7174;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:32:99:255,0,255 11 828916 rs7126805 G A 549.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.36;MQ=97.90;MQ0=0;QD=9.48;SB=-250.50;VQSLOD=-1.0230;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,20:51:99:255,0,255 11 830044 rs35567200 G A 309 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=99.00;MQ0=0;QD=19.31;SB=-75.29;VQSLOD=-1.8557;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:15:99:255,0,185 11 830120 . A G 161.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.32;MQ=85.45;MQ0=0;QD=17.97;SB=-101.85;VQSLOD=-2.5801;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:8:62.04:193,0,62 11 862652 rs28505621 T C 6603.36 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.38;MQ=98.16;MQ0=0;QD=38.84;SB=-3194.49;VQSLOD=0.0014;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:160:99:255,255,0 11 870446 rs6682 G A 1107.88 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.26;MQ0=0;QD=14.39;SB=-511.98;VQSLOD=0.2673;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,33:75:99:255,0,255 11 903070 rs28380110 G C 7322.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.15;MQ=99.00;MQ0=0;QD=48.18;SB=-3249.83;VQSLOD=-1.8759;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:147:99:255,255,0 11 1309956 rs3750920 C T 2227.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.89;MQ=98.07;MQ0=0;QD=20.82;SB=-685.66;VQSLOD=0.8202;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,60:104:99:255,0,255 11 1619202 rs61869706 G A 1268.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.03;MQ=81.49;MQ0=13;QD=7.42;SB=53.11;VQSLOD=-4.4297;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,43:112:99:255,0,255 11 1628965 rs57186801 G A 4331.92 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.44;MQ=67.76;MQ0=43;QD=14.44;SB=-1693.11;VQSLOD=-0.9319;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:162,137:212:99:255,0,255 11 1628992 rs60210378 G A 2483.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.91;MQ=56.84;MQ0=72;QD=7.57;SB=-1066.86;VQSLOD=-4.0549;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,148:149:99:255,0,255 11 1651120 . G T 1511.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.00;MQ=70.74;MQ0=5;QD=11.62;SB=-7.00;VQSLOD=-2.3193;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,56:110:99:255,0,255 11 1651161 . T C 353.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.19;MQ=63.49;MQ0=4;QD=6.79;SB=8.05;VQSLOD=-4.1413;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:41:99:255,0,255 11 1651169 . T C 379.2 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.81;MQ=61.15;MQ0=4;QD=8.43;SB=-107.99;VQSLOD=-3.2432;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:33:99:255,0,255 11 1651199 . A G 24.51 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.80;MQ=72.72;MQ0=0;QD=0.77;SB=-15.30;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:20:55.57:56,0,255 11 1651228 . C G 1152.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.12;MQ=83.44;MQ0=3;QD=12.26;SB=-195.21;VQSLOD=-3.4134;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,34:72:99:255,0,255 11 1651540 rs61867581 C G 121.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.44;MQ=74.86;MQ0=0;QD=1.13;SB=13.29;VQSLOD=-4.8084;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,36:36:99:153,0,255 11 1651550 rs61867582 C T 454.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=136;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.70;MQ=73.36;MQ0=2;QD=3.34;SB=-135.53;VQSLOD=-2.8514;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,47:59:99:255,0,255 11 1651555 . C A 484.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.95;MQ=73.69;MQ0=2;QD=3.34;SB=-106.65;VQSLOD=-2.8641;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,47:69:99:255,0,255 11 1651595 . G A 1592.8 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.65;MQ=76.65;MQ0=6;QD=6.90;SB=-140.58;VQSLOD=-4.6937;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,65:173:99:255,0,255 11 1651613 rs4752771 T C 2182.57 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=291;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=93.75;MQ=81.31;MQ0=6;QD=7.50;SB=-110.48;VQSLOD=-25.7598;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,105:209:99:255,0,255 11 1651615 . A G 344.7 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=121.25;MQ=81.98;MQ0=6;QD=1.12;SB=89.28;VQSLOD=-39.1189;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,33:215:99:255,0,255 11 1651625 . G A 308.79 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=326;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=93.03;MQ=84.65;MQ0=4;QD=0.95;SB=86.26;VQSLOD=-25.3236;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:256,51:224:99:255,0,255 11 1651645 . A G 273.94 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=394;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.72;MQ=89.81;MQ0=1;QD=0.70;SB=55.01;VQSLOD=-7.2352;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:276,39:256:99:255,0,255 11 1857173 rs564271 T C 6086.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.01;MQ=98.70;MQ0=0;QD=32.90;SB=-2956.49;VQSLOD=-0.6974;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,185:164:99:255,255,0 11 1857762 rs3741230 C T 1635.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.03;MQ=95.24;MQ0=0;QD=13.40;SB=-236.44;VQSLOD=-1.5954;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,49:107:99:255,0,255 11 1858572 rs2292474 C T 265.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=97.02;MQ0=0;QD=8.29;SB=-73.28;VQSLOD=-3.2052;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:27:99:255,0,255 11 1861760 rs907610 T C 632.67 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=97.21;MQ0=0;QD=31.63;SB=-342.62;VQSLOD=-1.4084;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.16:255,54,0 11 1902768 rs621679 G A 135.59 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.75;MQ=98.67;MQ0=0;QD=7.53;SB=-0.01;VQSLOD=-3.4589;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:11:99:167,0,217 11 1972143 rs34134444 G A 1554.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.85;MQ=98.64;MQ0=0;QD=11.86;SB=-625.95;VQSLOD=-1.9839;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,47:126:99:255,0,255 11 1972205 rs2240197 G A 405.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=97.38;MQ0=0;QD=13.08;SB=-81.29;VQSLOD=-2.1384;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:27:99:255,0,255 11 2167543 rs1003483 T G 7974.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.67;MQ=98.58;MQ0=0;QD=36.75;SB=-2401.32;VQSLOD=1.2668;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:198:99:255,255,0 11 2167618 rs1003484 A G 983.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.72;MQ0=0;QD=35.11;SB=-179.77;VQSLOD=0.7539;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:26:78.24:255,78,0 11 2169014 rs10770125 A G 138.72 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=34.68;SB=-93.12;VQSLOD=0.2874;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:172,12,0 11 2188238 rs6357 C T 160.47 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.63;MQ=98.93;MQ0=0;QD=5.73;SB=-69.03;VQSLOD=-5.6253;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:26:99:192,0,255 11 2190951 rs6356 C T 2822.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.37;MQ=98.00;MQ0=0;QD=15.51;SB=-631.13;VQSLOD=0.1265;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,89:160:99:255,0,255 11 2424684 rs2234283 A C 592.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.48;MQ=99.00;MQ0=0;QD=34.84;SB=-162.02;VQSLOD=-1.7582;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45.15:255,45,0 11 2427291 rs800342 A C 12188.3 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=302;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=3.64;MQ=98.46;MQ0=0;QD=40.36;SB=-5812.84;VQSLOD=-5.4178;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,302:292:99:255,255,0 11 2432666 rs34364959 C T 208.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.93;SB=-84.31;VQSLOD=-1.8573;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:11:99:240,0,128 11 2432964 rs2074234 T C 892.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.65;MQ=98.87;MQ0=0;QD=10.25;SB=-287.56;VQSLOD=-0.8976;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,36:75:99:255,0,255 11 2438963 rs34350821 C A 976.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.63;MQ=98.56;MQ0=0;QD=21.70;SB=-366.34;VQSLOD=-1.5404;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:40:99:255,0,255 11 2439542 rs3986599 A G 380.65 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.13;SB=-136.74;VQSLOD=-2.0270;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:27:99:255,0,255 11 2441603 . G A 439.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.57;MQ0=0;QD=10.99;SB=-69.30;VQSLOD=-2.5784;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:33:99:255,0,255 11 2869188 rs11601907 C T 150.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=91.70;MQ0=0;QD=15.10;SB=-81.08;VQSLOD=-1.7399;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:8:91.52:182,0,92 11 2924610 rs1048047 G A 780.34 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=98.08;MQ0=0;QD=17.74;SB=-316.32;VQSLOD=-1.1207;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:38:99:255,0,255 11 2929552 rs429886 A G 909.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.39;MQ=98.94;MQ0=0;QD=10.10;SB=-124.68;VQSLOD=-2.1070;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:75:99:255,0,255 11 2950558 rs13390 A G 1896.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.07;MQ=95.56;MQ0=0;QD=29.63;SB=-178.85;VQSLOD=-1.5499;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:49:99:255,147,0 11 3129027 rs3741350 G A 1330.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.37;MQ=97.06;MQ0=0;QD=21.11;SB=-465.43;VQSLOD=-1.2303;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:62:99:255,0,255 11 3249829 rs11026040 G A 1690.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.86;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-742.69;VQSLOD=0.9218;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,55:103:99:255,0,255 11 3381369 rs62619253 G C 8073.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=357;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.20;MQ=98.90;MQ0=0;QD=22.61;SB=-3161.17;VQSLOD=-0.7243;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,177:351:99:255,0,255 11 3392811 . G A 2779.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.97;MQ=98.88;MQ0=0;QD=16.07;SB=-894.72;VQSLOD=-0.7507;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,79:170:99:255,0,255 11 3659993 rs2271586 G T 2530.84 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=155;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.36;MQ=99.00;MQ0=0;QD=16.33;SB=-1224.58;VQSLOD=0.8897;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,78:148:99:255,0,255 11 3661140 rs4910876 T C 1163.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.81;MQ0=0;QD=37.54;SB=-421.48;VQSLOD=-1.8349;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:29:87.27:255,87,0 11 3681519 rs2280134 T C 2992.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.18;MQ=98.38;MQ0=0;QD=13.30;SB=-1230.42;VQSLOD=0.3573;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,103:207:99:255,0,255 11 4103524 rs2304891 A G 2542.27 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.90;MQ=98.43;MQ0=0;QD=14.95;SB=-495.23;VQSLOD=0.5567;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,87:147:99:255,0,255 11 4104729 . G T 16.24 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=1.35;SB=-14.27;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:47.21:47,0,255 11 4141132 rs183484 C A 5275.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.97;MQ=98.81;MQ0=0;QD=18.71;SB=-2020.89;VQSLOD=1.2431;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,133:278:99:255,0,255 11 4159457 rs9937 A G 2376.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.49;MQ=98.62;MQ0=0;QD=14.76;SB=-1210.66;VQSLOD=-0.5781;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,74:158:99:255,0,255 11 4159466 rs1042858 G A 2773.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.63;MQ=98.55;MQ0=0;QD=17.12;SB=-1325.67;VQSLOD=0.0107;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,74:159:99:255,0,255 11 4388905 rs11031960 C T 4515.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=246;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.95;MQ=98.96;MQ0=0;QD=18.35;SB=-1440.29;VQSLOD=1.2157;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,108:239:99:255,0,255 11 4608262 rs12793957 A C 755.33 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=742;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.80;MQ=27.58;MQ0=418;QD=1.02;SB=327.03;VQSLOD=-8.5645;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:314,428:297:99:255,0,255 11 4661285 rs905871 A G 2131.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.99;MQ=99.00;MQ0=0;QD=12.61;SB=-1061.14;VQSLOD=0.6195;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,64:167:99:255,0,255 11 4674575 rs3817098 G A 11673 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=554;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.26;MQ=98.83;MQ0=0;QD=21.07;SB=-4955.57;VQSLOD=-0.1005;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:268,286:535:99:255,0,255 11 4703165 rs1123991 C A 12122.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=324;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.77;MQ=98.86;MQ0=0;QD=37.41;SB=-5449.89;VQSLOD=0.4105;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,324:312:99:255,255,0 11 4824878 rs2053116 A C 1200.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=16.91;SB=-542.25;VQSLOD=0.4640;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:69:99:255,0,255 11 4825010 rs6578533 T A 8618.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=396;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.37;MQ=98.68;MQ0=0;QD=21.76;SB=-1518.85;VQSLOD=0.9265;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:174,220:386:99:255,0,255 11 4825225 rs7941731 A G 8624.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=483;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.47;MQ=98.98;MQ0=0;QD=17.86;SB=-2741.00;VQSLOD=0.6946;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,230:457:99:255,0,255 11 4928866 rs7941509 C T 11575.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=585;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.17;MQ=98.77;MQ0=0;QD=19.79;SB=-4586.05;VQSLOD=0.0093;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:318,267:580:99:255,0,255 11 4945196 rs1378739 T G 1966.89 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=97.25;MQ0=0;QD=36.42;SB=-897.13;VQSLOD=0.9206;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:48:99:255,144,0 11 4967468 rs28698374 G A 14852.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=408;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.04;MQ=26.30;MQ0=29;QD=36.40;SB=-7074.95;VQSLOD=-0.8169;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,408:348:99:255,255,0 11 4967651 rs28673258 A G 461.79 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.11;MQ=9.59;MQ0=103;QD=3.79;SB=-0.01;VQSLOD=-6.0272;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:13:39.12:255,39,0 11 4968198 rs3845246 C A 5119.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=391;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.82;MQ=21.96;MQ0=255;QD=13.09;SB=-1748.43;VQSLOD=-1.1403;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,391:128:99:255,255,0 11 4976086 rs2570572 C T 8130.48 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.73;MQ=28.79;MQ0=34;QD=33.60;SB=-4029.33;VQSLOD=-0.8971;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,242:192:99:255,255,0 11 4976241 rs2570571 C G 347.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.47;MQ=21.90;MQ0=73;QD=1.85;SB=116.43;VQSLOD=-4.2528;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,73:102:99:255,0,255 11 4976291 rs55889636 G A 737.31 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.31;MQ=18.01;MQ0=169;QD=2.45;SB=-273.98;VQSLOD=-7.2531;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,98:122:99:255,0,255 11 4976447 . C G 12458 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=706;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.76;MQ=24.80;MQ0=218;QD=17.65;SB=-4904.53;VQSLOD=-1.7782;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:321,384:476:99:255,0,255 11 4976554 rs2595986 A G 1055.42 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=743;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=17.99;MQ=44.96;MQ0=141;QD=1.42;SB=805.72;VQSLOD=-7.0897;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:613,129:582:99:255,0,255 11 4976768 rs1817206 C T 1037.66 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=56.83;MQ0=46;QD=4.07;SB=106.12;VQSLOD=-3.2792;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,52:200:99:255,0,255 11 4976811 rs28482315 C A 4631.31 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=349;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.94;MQ=40.16;MQ0=227;QD=13.27;SB=-2282.22;VQSLOD=-1.0619;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,349:118:99:255,255,0 11 5020416 rs2445290 A G 25599 PASS 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C G 4705.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.35;MQ=98.75;MQ0=0;QD=16.51;SB=-626.58;VQSLOD=-0.7211;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,132:220:99:255,0,255 11 10555589 rs1065052 A G 4736.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=290;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.03;MQ=98.76;MQ0=0;QD=16.33;SB=-1156.15;VQSLOD=0.8591;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,155:238:99:255,0,255 11 10582240 . A G 7600.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=442;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=25.61;MQ=98.71;MQ0=0;QD=17.20;SB=-1926.02;VQSLOD=-2.1173;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,200:398:99:255,0,255 11 10786175 rs7118399 C T 5377.24 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.87;MQ=98.56;MQ0=0;QD=42.01;SB=-2476.39;VQSLOD=1.3811;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:125:99:255,255,0 11 10822350 rs7951708 C T 11181.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.46;MQ=98.77;MQ0=0;QD=40.08;SB=-3337.58;VQSLOD=1.3462;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,276:267:99:255,255,0 11 10823079 rs10840492 T C 2150 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=125;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=-0.06;MQ=98.92;MQ0=0;QD=17.20;SB=-925.46;VQSLOD=-0.5411;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,64:123:99:255,0,255 11 11292700 rs10831567 G C 711.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.64;MQ=99.00;MQ0=0;QD=11.66;SB=-298.49;VQSLOD=-0.4576;REMAP_ALIGN=FP 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=36.07;MQ=97.54;MQ0=0;QD=9.97;SB=-256.69;VQSLOD=-5.0382;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,90:97:99:255,0,255 11 12183846 rs28625145 C T 1314.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.29;MQ=98.79;MQ0=0;QD=14.44;SB=-624.10;VQSLOD=-3.5748;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,41:89:99:255,0,255 11 12225946 rs3763823 T G 15338.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=379;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.91;MQ=98.25;MQ0=0;QD=40.47;SB=-7590.06;VQSLOD=-0.5280;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,377:372:99:255,255,0 11 12229655 rs2279390 T G 5790.66 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=267;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.77;MQ=98.94;MQ0=0;QD=21.69;SB=-566.82;VQSLOD=0.4796;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,142:260:99:255,0,255 11 12261007 rs61733868 T C 6791.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=350;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.12;MQ=98.76;MQ0=0;QD=19.40;SB=-2751.36;VQSLOD=-0.5366;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=98.94;MQ0=0;QD=13.41;SB=-674.62;VQSLOD=0.3460;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,43:100:99:255,0,255 11 12315891 rs1493953 G A 2440.42 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.98;MQ0=0;QD=38.13;SB=-657.03;VQSLOD=1.6688;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:61:99:255,184,0 11 12315915 rs1493954 A G 638.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.20;SB=-129.75;VQSLOD=-0.0578;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:255,0,255 11 12903443 rs2304733 C T 6637.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=361;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.88;MQ=98.71;MQ0=0;QD=18.39;SB=-1689.07;VQSLOD=1.3588;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:189,171:333:99:255,0,255 11 14810762 rs4757268 A G 7675.86 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.99;MQ=98.55;MQ0=0;QD=41.49;SB=-3640.74;VQSLOD=1.3575;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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T G 732.17 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=122;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.65;MQ=98.37;MQ0=0;QD=6.00;SB=104.35;VQSLOD=-5.4312;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,58:83:99:255,0,255 11 17418477 rs757110 C A 2898.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.92;MQ=98.06;MQ0=0;QD=14.00;SB=-1330.36;VQSLOD=1.0726;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,96:193:99:255,0,255 11 17419279 rs1799859 C T 4771.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=260;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.25;MQ=98.81;MQ0=0;QD=18.35;SB=-1709.77;VQSLOD=1.6707;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,119:240:99:255,0,255 11 17449929 rs1799858 C T 567.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.44;MQ0=0;QD=14.54;SB=-236.73;VQSLOD=-2.7493;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:255,0,255 11 17452492 rs1799857 G A 1013.76 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=38.99;SB=-178.68;VQSLOD=-0.0509;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:255,78,0 11 17519742 rs1064074 C G 18562.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1011;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.66;MQ=98.74;MQ0=0;QD=18.36;SB=-4854.85;VQSLOD=-1.3558;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:572,435:960:99:255,0,255 11 17522638 rs10832796 G A 2635.48 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.62;MQ=98.54;MQ0=0;QD=12.86;SB=-1193.63;VQSLOD=0.2706;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,87:166:99:255,0,255 11 17981047 rs211146 C T 13252.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=314;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.10;MQ=98.47;MQ0=0;QD=42.21;SB=-5968.95;VQSLOD=1.0256;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,314:311:99:255,255,0 11 18108492 rs12363226 T C 6716.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=370;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.28;MQ=98.65;MQ0=0;QD=18.15;SB=-2506.40;VQSLOD=-0.5178;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:179,190:353:99:255,0,255 11 18108512 rs35525096 T C 5357.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=330;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.68;MQ=98.68;MQ0=0;QD=16.23;SB=-1785.95;VQSLOD=-0.0694;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:181,148:317:99:255,0,255 11 18158993 rs12291017 T C 4719.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.37;MQ=97.94;MQ0=0;QD=15.89;SB=-1349.89;VQSLOD=0.0998;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,141:282:99:255,0,255 11 18159169 rs2468839 A G 18420.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=505;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.29;MQ=98.46;MQ0=0;QD=36.48;SB=-7993.89;VQSLOD=-0.6088;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,501:483:99:255,255,0 11 18159254 rs4274188 A G 11397.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=507;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.84;MQ=98.23;MQ0=0;QD=22.48;SB=-3906.94;VQSLOD=0.4672;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:216,290:478:99:255,0,255 11 18159455 . T C 2777.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.79;MQ=96.75;MQ0=0;QD=12.57;SB=-1413.82;VQSLOD=-0.7161;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,93:216:99:255,0,255 11 18195051 rs2445179 T C 9157.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.26;MQ=97.89;MQ0=0;QD=38.16;SB=-4397.24;VQSLOD=1.4209;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,240:235:99:255,255,0 11 18195348 rs11024532 C T 10850.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=558;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.44;MQ=98.78;MQ0=0;QD=19.44;SB=-2807.80;VQSLOD=0.5091;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,268:528:99:255,0,255 11 18253104 . C T 8019.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=351;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.75;MQ=98.86;MQ0=0;QD=22.85;SB=-2390.34;VQSLOD=-0.7860;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,188:338:99:255,0,255 11 18253176 rs2460827 C T 4737.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.99;MQ=98.13;MQ0=0;QD=40.14;SB=-1427.39;VQSLOD=2.0614;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:116:99:255,255,0 11 18267027 rs2468844 C T 9047.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.68;MQ=96.21;MQ0=0;QD=32.08;SB=-2568.40;VQSLOD=-0.9562;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,260:215:99:255,255,0 11 18267463 . 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C G 5097.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=275;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.78;MQ=98.82;MQ0=0;QD=18.54;SB=-1623.44;VQSLOD=0.0735;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,121:253:99:255,0,255 11 18735947 rs7125943 T C 10734.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=592;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.98;MQ=98.67;MQ0=0;QD=18.13;SB=-3567.97;VQSLOD=0.7388;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:301,290:570:99:255,0,255 11 18737095 rs4424652 C T 7009.37 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=332;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.13;MQ=98.97;MQ0=0;QD=21.11;SB=-2966.76;VQSLOD=0.7235;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:168,164:328:99:255,0,255 11 18738281 rs10766494 C T 7661.64 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=461;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.96;MQ=98.66;MQ0=0;QD=16.62;SB=-2044.09;VQSLOD=0.3777;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:246,212:418:99:255,0,255 11 18738329 rs61886891 C T 11401.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=546;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.65;MQ=98.72;MQ0=0;QD=20.88;SB=-4619.26;VQSLOD=-2.2778;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:267,279:521:99:255,0,255 11 18743180 rs10832975 C G 2222.27 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.39;MQ0=0;QD=21.79;SB=-791.47;VQSLOD=-0.7738;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,55:97:99:255,0,255 11 18751041 rs1550870 C T 2289.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.09;MQ=98.14;MQ0=0;QD=11.74;SB=-65.86;VQSLOD=-3.5194;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,88:124:99:255,0,255 11 18764026 rs4757707 G C 3117.26 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.57;MQ=98.17;MQ0=0;QD=39.46;SB=-904.31;VQSLOD=0.9136;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:70:99:255,211,0 11 18955861 . 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A C 346.68 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.99;MQ=97.06;MQ0=0;QD=1.80;SB=263.84;VQSLOD=-7.5524;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,82:131:99:255,0,255 11 20101704 rs1867114 C T 2302.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.05;MQ=97.34;MQ0=0;QD=11.93;SB=-806.65;VQSLOD=-0.8750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,72:185:99:255,0,255 11 20101744 rs1867115 C A 2106.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=7.42;MQ=98.48;MQ0=0;QD=11.51;SB=-820.41;VQSLOD=0.3429;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,69:173:99:255,0,255 11 20104669 rs2028570 G A 8644.48 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.09;MQ=98.88;MQ0=0;QD=19.92;SB=-2544.96;VQSLOD=1.3073;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,206:428:99:255,0,255 11 20112492 rs1837971 G A 4558.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=263;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.43;MQ=98.59;MQ0=0;QD=17.33;SB=-1834.07;VQSLOD=0.1117;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:150,112:249:99:255,0,255 11 20124914 rs2243411 A C 12448.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=326;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.83;MQ=98.93;MQ0=0;QD=38.18;SB=-5547.64;VQSLOD=1.0865;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,326:320:99:255,255,0 11 20404613 rs3824886 T G 4185.85 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.32;MQ=98.36;MQ0=0;QD=39.49;SB=-1777.42;VQSLOD=-0.3029;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:102:99:255,255,0 11 20529886 rs6483700 G A 12184.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=287;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.99;MQ=98.68;MQ0=0;QD=42.45;SB=-4450.72;VQSLOD=-0.8963;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,283:277:99:255,255,0 11 20622975 rs1443547 G A 477.46 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=96.45;MQ0=0;QD=36.73;SB=-171.16;VQSLOD=-0.2966;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.11:255,36,0 11 20623042 rs1443548 T C 2373.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=36.52;SB=-611.46;VQSLOD=1.4302;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:60:99:255,181,0 11 20623156 rs1443549 C G 6912.14 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.40;MQ=98.38;MQ0=0;QD=41.64;SB=-3031.83;VQSLOD=0.1285;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:143:99:255,255,0 11 20639400 rs7925597 A G 19323.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=513;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.42;MQ=98.82;MQ0=0;QD=37.67;SB=-6100.15;VQSLOD=0.7289;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,509:495:99:255,255,0 11 20673867 rs2276433 G A 10319.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=487;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.55;MQ=98.76;MQ0=0;QD=21.19;SB=-3678.68;VQSLOD=-0.0324;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,247:473:99:255,0,255 11 20805286 rs8176785 G A 17203.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=410;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.23;MQ=98.71;MQ0=0;QD=41.96;SB=-6117.74;VQSLOD=0.3373;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,410:398:99:255,255,0 11 21581805 rs8176789 C T 19992.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=477;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.52;MQ=98.83;MQ0=0;QD=41.91;SB=-6924.70;VQSLOD=-2.6381;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,477:464:99:255,255,0 11 22242729 rs4312063 T C 6110.25 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.85;MQ0=0;QD=38.43;SB=-2357.96;VQSLOD=1.7591;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:156:99:255,255,0 11 22271870 rs7481951 A T 4688.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=40.77;SB=-1673.42;VQSLOD=0.0992;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:115:99:255,255,0 11 22696451 rs922571 A G 7169.72 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.45;MQ=98.91;MQ0=0;QD=34.64;SB=-3578.76;VQSLOD=-0.2737;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,206:177:99:255,255,0 11 25098938 rs7930185 G C 27124.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=546;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=19.07;MQ=98.89;MQ0=0;QD=49.68;SB=-7672.91;VQSLOD=-3.2184;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,545:534:99:255,255,0 11 26568966 rs2663168 A G 40816.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=964;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.71;MQ=98.89;MQ0=0;QD=42.34;SB=-16242.84;VQSLOD=-2.3785;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,961:955:99:255,255,0 11 26586801 rs15783 G A 10452.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.71;MQ=99.00;MQ0=0;QD=41.81;SB=-4750.89;VQSLOD=1.1255;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,250:247:99:255,255,0 11 26586990 . T C 13664.2 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=678;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.88;MQ=98.90;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5819.62;VQSLOD=-1.8183;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:349,329:670:99:255,0,255 11 26587133 rs293980 T C 9681.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=263;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.05;MQ=98.93;MQ0=0;QD=36.81;SB=-4340.10;VQSLOD=1.1836;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,263:254:99:255,255,0 11 26694979 rs4369354 A G 2454.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=169;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.15;MQ=98.69;MQ0=0;QD=14.52;SB=-1170.74;VQSLOD=0.9581;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,76:167:99:255,0,255 11 26702664 rs10734383 C T 6850.45 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.16;MQ=98.77;MQ0=0;QD=40.78;SB=-1628.63;VQSLOD=0.3746;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:164:99:255,255,0 11 26718732 . C A 24.81 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.53;MQ=97.51;MQ0=0;QD=0.26;SB=152.54;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,38:64:55.87:56,0,255 11 26734209 rs10742156 C T 5620 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.52;MQ=98.28;MQ0=0;QD=42.26;SB=-2247.10;VQSLOD=0.9490;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:128:99:255,255,0 11 27077118 rs10767598 C T 9154.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.86;MQ0=0;QD=43.18;SB=-4133.53;VQSLOD=-0.0849;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,212:210:99:255,255,0 11 27114788 rs3183973 C T 5586.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=275;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.06;MQ=98.64;MQ0=0;QD=20.32;SB=-2220.31;VQSLOD=1.3051;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,134:266:99:255,0,255 11 27147270 rs1044273 G A 1248.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.88;MQ0=0;QD=17.58;SB=-162.17;VQSLOD=-0.2113;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:70:99:255,0,255 11 27389681 . C T 8831.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=507;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.99;MQ=98.78;MQ0=0;QD=17.42;SB=-2554.98;VQSLOD=-0.3002;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:285,222:497:99:255,0,255 11 27390089 rs2447997 T C 18991.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=471;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.12;MQ=98.74;MQ0=0;QD=40.32;SB=-7912.81;VQSLOD=-0.4974;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,471:464:99:255,255,0 11 27406844 rs6484295 G A 4360.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.09;MQ=98.92;MQ0=0;QD=39.64;SB=-1529.04;VQSLOD=2.0899;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:105:99:255,255,0 11 27679662 rs2353512 T C 18214 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=612;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.24;MQ=97.15;MQ0=0;QD=29.76;SB=-8520.74;VQSLOD=-6.1390;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,611:479:99:255,255,0 11 27720937 . C T 2651.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=17.54;MQ=98.66;MQ0=0;QD=18.28;SB=-1255.48;VQSLOD=-1.6950;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,77:135:99:255,0,255 11 30255185 rs6169 C T 3002.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.83;MQ=98.89;MQ0=0;QD=17.06;SB=-1194.74;VQSLOD=1.5339;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,86:173:99:255,0,255 11 31327316 rs2616815 C T 2208.42 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.94;MQ0=0;QD=16.00;SB=-398.77;VQSLOD=0.4543;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,60:136:99:255,0,255 11 32124978 rs4876 T C 6571.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=539;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.90;MQ=76.81;MQ0=158;QD=12.19;SB=-1995.93;VQSLOD=-0.4112;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:310,229:375:99:255,0,255 11 32125961 rs11529889 C T 4167.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=242;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.42;MQ=82.03;MQ0=11;QD=17.22;SB=-1274.97;VQSLOD=0.9294;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,101:223:99:255,0,255 11 32954344 rs1022586 G A 11994 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=287;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.99;MQ0=0;QD=41.79;SB=-4269.47;VQSLOD=1.3934;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,286:286:99:255,255,0 11 32956244 rs7940077 A G 12292.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=292;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.88;MQ0=0;QD=42.10;SB=-5002.71;VQSLOD=1.1763;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,292:290:99:255,255,0 11 32956620 rs7481878 A G 2159.62 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=37.23;SB=-992.07;VQSLOD=0.9951;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:255,175,0 11 33053107 rs966191 C T 5994.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=299;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.98;MQ=98.92;MQ0=0;QD=20.05;SB=-1719.11;VQSLOD=1.4099;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,139:290:99:255,0,255 11 33054856 rs17852859 C T 1816.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.97;MQ=99.00;MQ0=0;QD=17.63;SB=-579.33;VQSLOD=-0.4654;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,51:100:99:255,0,255 11 33065394 rs1064005 C T 1801.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.53;SB=-806.71;VQSLOD=0.3851;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,50:116:99:255,0,255 11 33076191 rs2273544 T C 6072.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=331;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.06;MQ=98.92;MQ0=0;QD=18.35;SB=-2213.78;VQSLOD=1.3149;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,160:325:99:255,0,255 11 33083263 rs61889262 G A 2449.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.48;MQ0=0;QD=16.22;SB=-1200.79;VQSLOD=-0.0885;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,72:146:99:255,0,255 11 33087551 . A C 29.77 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.47;MQ=98.60;MQ0=0;QD=1.24;SB=20.11;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:15:60.84:61,0,255 11 33308836 . T C 44.59 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=30.82;MQ=97.90;MQ0=0;QD=0.17;SB=402.36;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,110:169:75.66:76,0,255 11 33881016 rs3740617 T C 9590.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.91;MQ=98.98;MQ0=0;QD=38.98;SB=-4533.11;VQSLOD=1.5021;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,246:235:99:255,255,0 11 34152939 rs2957516 T C 11111.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=272;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.04;MQ=98.56;MQ0=0;QD=40.85;SB=-4435.00;VQSLOD=1.5421;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,272:265:99:255,255,0 11 34154641 rs2957518 C T 19058.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=455;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.38;MQ=98.79;MQ0=0;QD=41.89;SB=-6926.31;VQSLOD=-1.2166;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,454:443:99:255,255,0 11 34482908 rs769217 C T 4709.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.14;MQ=98.60;MQ0=0;QD=16.82;SB=-1865.50;VQSLOD=0.1298;REMAP_ALIGN=FP 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DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.44;MQ=98.51;MQ0=0;QD=36.78;SB=-3069.25;VQSLOD=1.1872;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:163:99:255,255,0 11 44331309 rs12421995 G A 43.78 ESPStandard;LowQual DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=21.89;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0 11 44331509 rs3824915 C G 724.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.56;MQ0=0;QD=15.10;SB=-251.23;VQSLOD=0.0885;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:45:99:255,0,255 11 44640268 rs1139971 A G 249.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.72;MQ=99.00;MQ0=0;QD=11.34;SB=-70.88;VQSLOD=-0.7247;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:20:99:255,0,255 11 44958879 . C G 40.22 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=3.66;SB=-40.41;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:71.29:71,0,255 11 45672261 rs3802762 A G 926.81 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=97.17;MQ0=0;QD=15.19;SB=-443.03;VQSLOD=0.4663;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:56:99:255,0,255 11 45924953 . C T 454.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.51;MQ0=0;QD=12.62;SB=-102.53;VQSLOD=-2.2248;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:35:99:255,0,255 11 45935384 rs1132349 A G 2399.68 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.54;MQ=97.26;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1046.38;VQSLOD=-0.7188;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:65:99:255,196,0 11 45937267 rs10742772 C T 5631.05 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.31;MQ=99.00;MQ0=0;QD=38.83;SB=-2506.61;VQSLOD=1.6361;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:137:99:255,255,0 11 45949534 rs939105 C T 3172.45 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.77;MQ=98.53;MQ0=0;QD=34.11;SB=-1330.20;VQSLOD=-0.0900;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:78:99:255,235,0 11 45986887 . G T 32.77 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.05;MQ=98.62;MQ0=0;QD=0.22;SB=137.48;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,53:75:63.84:64,0,255 11 46702920 rs4268467 T C 21131.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=507;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.85;MQ=98.84;MQ0=0;QD=41.68;SB=-6936.77;VQSLOD=0.7932;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,505:495:99:255,255,0 11 46799779 . A C 15.23 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=397;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.74;MQ=98.66;MQ0=0;QD=0.04;SB=369.17;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,212:198:46.18:46,0,255 11 46806071 . G A 21883.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1064;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.39;MQ=98.79;MQ0=0;QD=20.57;SB=-7895.69;VQSLOD=-2.7612;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:547,515:1047:99:255,0,255 11 46890165 rs3816614 C T 4300.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.63;MQ0=0;QD=37.39;SB=-1014.38;VQSLOD=1.8483;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:102:99:255,255,0 11 46893108 rs2306029 T C 3762.81 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.88;MQ=98.64;MQ0=0;QD=26.50;SB=-301.56;VQSLOD=-1.7566;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:94:99:255,255,0 11 46898771 rs6485702 T C 16108 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=430;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.15;MQ=98.95;MQ0=0;QD=37.46;SB=-7270.60;VQSLOD=-0.1299;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,429:414:99:255,255,0 11 46914583 rs10838631 T C 3433.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.26;MQ=98.47;MQ0=0;QD=38.58;SB=-1599.29;VQSLOD=0.0167;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:84:99:255,253,0 11 46914598 rs10769215 A G 2605.26 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.42;MQ0=0;QD=32.16;SB=-1074.44;VQSLOD=-0.6204;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:73:99:255,220,0 11 46916179 . T G 745.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=12.63;SB=-42.56;VQSLOD=-2.0681;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:57:99:255,0,255 11 47188314 rs4752820 T C 10833.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=312;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.15;MQ=98.64;MQ0=0;QD=34.72;SB=-5047.46;VQSLOD=-1.9501;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,312:276:99:255,255,0 11 47238522 rs326212 T C 7159.77 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.24;MQ=98.50;MQ0=0;QD=35.98;SB=-2578.31;VQSLOD=1.1179;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:189:99:255,255,0 11 47298360 rs326214 G A 10539.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=260;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.94;MQ=98.44;MQ0=0;QD=40.54;SB=-2755.07;VQSLOD=0.3991;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,260:251:99:255,255,0 11 47303275 rs326217 T C 5414.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.74;MQ0=0;QD=37.86;SB=-2377.64;VQSLOD=1.6745;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:139:99:255,255,0 11 47331116 rs1017594 T C 27906.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=675;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.33;MQ=98.71;MQ0=0;QD=41.34;SB=-12762.09;VQSLOD=-1.0264;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,675:659:99:255,255,0 11 47431728 rs2010519 A G 3018.44 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.40;MQ=98.06;MQ0=0;QD=30.18;SB=-241.75;VQSLOD=-2.4057;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:79:99:255,238,0 11 47460306 rs7126210 A G 803.91 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.91;MQ0=0;QD=34.95;SB=-337.47;VQSLOD=-0.3214;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:20:60.20:255,60,0 11 47469439 rs7111873 A G 2954.38 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.23;MQ0=0;QD=35.59;SB=-1442.20;VQSLOD=1.6523;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:79:99:255,238,0 11 47470355 . C T 856.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.09;MQ=99.00;MQ0=0;QD=21.42;SB=-159.60;VQSLOD=-1.8005;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:37:99:255,0,255 11 47640429 rs1064608 G C 16737.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=364;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.99;MQ=98.80;MQ0=0;QD=45.98;SB=-6907.00;VQSLOD=-1.1247;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,364:359:99:255,255,0 11 47701528 rs12286721 C A 2110.97 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.00;MQ=98.66;MQ0=0;QD=37.70;SB=-650.22;VQSLOD=-0.1270;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:255,169,0 11 47834592 rs7110289 G A 2328.64 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.94;MQ0=0;QD=40.85;SB=-428.69;VQSLOD=1.3937;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:255,172,0 11 48145247 rs2270992 T C 8173.63 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.02;MQ=98.67;MQ0=0;QD=35.08;SB=-3755.61;VQSLOD=0.6806;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,233:213:99:255,255,0 11 48166267 rs4752904 G C 13382.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=294;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.11;MQ=98.71;MQ0=0;QD=45.52;SB=-5169.16;VQSLOD=0.6919;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,294:288:99:255,255,0 11 48238421 rs10769329 T G 20622.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=570;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.33;MQ=98.71;MQ0=0;QD=36.18;SB=-9171.90;VQSLOD=-1.4111;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,570:551:99:255,255,0 11 48285842 rs1503193 A G 12558.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.78;MQ=97.95;MQ0=0;QD=40.64;SB=-4812.62;VQSLOD=-0.1405;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,308:303:99:255,255,0 11 48285856 rs10838850 C T 11654 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=289;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.41;MQ=97.70;MQ0=0;QD=40.33;SB=-4105.03;VQSLOD=-0.4382;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,286:282:99:255,255,0 11 48286231 rs10838851 T A 18846.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=477;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.76;MQ=98.89;MQ0=0;QD=39.51;SB=-5542.85;VQSLOD=-0.4676;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,477:470:99:255,255,0 11 48286234 rs61732322 A G 8425.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=454;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.81;MQ=98.89;MQ0=0;QD=18.56;SB=-1765.46;VQSLOD=-1.5004;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:236,217:448:99:255,0,255 11 48286256 rs10838852 C T 12084.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=285;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.14;MQ=98.85;MQ0=0;QD=42.40;SB=-2333.96;VQSLOD=1.1945;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,285:283:99:255,255,0 11 48346681 . G A 406.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=243;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.38;MQ=97.45;MQ0=0;QD=1.67;SB=-80.26;VQSLOD=-4.7418;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:214,28:235:99:255,0,255 11 48346729 . G C 2117.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=183;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.49;MQ=97.18;MQ0=0;QD=11.57;SB=-719.62;VQSLOD=-2.0730;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,60:175:99:255,0,255 11 48346791 . C T 7086.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=479;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.11;MQ=97.26;MQ0=0;QD=14.79;SB=-851.31;VQSLOD=-2.0795;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:313,166:471:99:255,0,255 11 48346822 . A C 15631.4 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=980;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.29;MQ=96.74;MQ0=0;QD=15.95;SB=-3117.14;VQSLOD=-1.6750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:588,391:927:99:255,0,255 11 48346843 . C T 21592.1 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1228;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.29;MQ=96.68;MQ0=0;QD=17.58;SB=-6445.83;VQSLOD=-2.4453;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:724,504:1176:99:255,0,255 11 48346916 . G C 19301.9 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=979;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.85;MQ=95.88;MQ0=0;QD=19.72;SB=-4360.88;VQSLOD=-1.3994;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:585,393:959:99:255,0,255 11 48346924 . T C 13765.6 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=862;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.32;MQ=95.31;MQ0=0;QD=15.97;SB=-2354.77;VQSLOD=-0.7482;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:531,330:846:99:255,0,255 11 48346932 . G A 11485.8 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=784;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.77;MQ=94.84;MQ0=0;QD=14.65;SB=-1898.69;VQSLOD=-1.4352;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:493,291:762:99:255,0,255 11 48346961 . A T 6803.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=525;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.25;MQ=93.92;MQ0=0;QD=12.96;SB=-157.83;VQSLOD=-1.3868;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:357,166:514:99:255,0,255 11 48346962 . A G 6388.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=518;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.25;MQ=93.95;MQ0=0;QD=12.33;SB=-203.26;VQSLOD=-1.4464;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:355,163:508:99:255,0,255 11 48346996 rs12794960 G A 941.31 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=324;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.87;MQ=95.00;MQ0=0;QD=2.91;SB=-103.53;VQSLOD=-7.5062;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:273,50:315:99:255,0,255 11 48346999 . T G 2954.5 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=52.67;MQ=95.25;MQ0=0;QD=9.53;SB=-462.15;VQSLOD=-7.6043;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,96:303:99:255,0,255 11 48347014 . G A 1783.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=226;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.55;MQ=95.58;MQ0=0;QD=7.89;SB=-417.39;VQSLOD=-2.9562;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,65:221:99:255,0,255 11 48347023 . C T 1778.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.07;MQ=96.13;MQ0=0;QD=8.51;SB=-434.32;VQSLOD=-4.0316;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,61:200:99:255,0,255 11 48347067 . C T 1675.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=96.26;MQ0=0;QD=11.17;SB=-460.27;VQSLOD=-1.9418;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,50:143:99:255,0,255 11 48347100 . C T 981.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.00;MQ=97.42;MQ0=0;QD=7.67;SB=-351.12;VQSLOD=-2.6346;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,33:127:99:255,0,255 11 48347124 . A G 12.57 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.15;MQ=97.44;MQ0=0;QD=0.13;SB=-22.49;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,15:91:43.39:43,0,255 11 48347130 . C G 32.24 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.99;MQ=97.54;MQ0=0;QD=0.35;SB=-16.52;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,15:82:63.31:63,0,255 11 48347267 . T C 1254.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=97.42;MQ0=0;QD=4.81;SB=-266.07;VQSLOD=-4.1338;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,53:255:99:255,0,255 11 48347306 . G T 1458.99 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=492;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.55;MQ=97.37;MQ0=0;QD=2.97;SB=-753.75;VQSLOD=-6.3763;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:419,73:486:99:255,0,255 11 48347342 . G A 366.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=600;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.95;MQ=97.70;MQ0=0;QD=0.61;SB=-31.20;VQSLOD=-4.8386;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:539,61:589:99:255,0,255 11 48347346 . A T 530 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=591;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.95;MQ=97.70;MQ0=0;QD=0.90;SB=27.26;VQSLOD=-8.1950;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:533,58:586:99:255,0,255 11 48347358 . C T 305.24 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=553;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=10.25;MQ=97.70;MQ0=0;QD=0.55;SB=144.48;VQSLOD=-8.7961;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:508,45:548:99:255,0,255 11 48347363 . C T 266.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=537;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.11;MQ=97.69;MQ0=0;QD=0.50;SB=99.80;VQSLOD=-4.5269;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:492,44:531:99:255,0,255 11 48347392 . T C 43.52 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.73;MQ=98.05;MQ0=0;QD=0.12;SB=-9.40;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:339,32:364:74.60:75,0,255 11 48347419 . A G 186.93 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=205;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.43;MQ0=0;QD=0.91;SB=-103.58;VQSLOD=-5.2790;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:183,22:203:99:218,0,255 11 48510654 rs7103557 A C 16065.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=520;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.76;MQ=27.27;MQ0=57;QD=30.89;SB=-6623.41;VQSLOD=-2.6207;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,520:390:99:255,255,0 11 48510777 rs7103992 G A 10877.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=261;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.16;MQ=37.25;MQ0=7;QD=41.68;SB=-3701.34;VQSLOD=-0.1068;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,261:250:99:255,255,0 11 49204732 . T C 344.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=300;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.52;MQ=66.09;MQ0=7;QD=1.15;SB=193.02;VQSLOD=-4.5150;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:271,29:266:99:255,0,255 11 49204779 . C T 1472.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=274;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.85;MQ=79.79;MQ0=6;QD=5.37;SB=-550.24;VQSLOD=-3.5951;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:220,54:242:99:255,0,255 11 49204790 . A G 1269.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=227;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.96;MQ=83.58;MQ0=6;QD=5.59;SB=-275.03;VQSLOD=-2.9042;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,50:211:99:255,0,255 11 49208267 . G A 209.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.76;MQ=63.91;MQ0=72;QD=0.78;SB=-36.24;VQSLOD=-3.7589;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:206,62:190:99:240,0,255 11 49208298 . A G 5604.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=388;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.63;MQ=78.28;MQ0=84;QD=14.45;SB=-2234.53;VQSLOD=-1.1022;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:232,156:292:99:255,0,255 11 49974371 rs28662375 G A 10412.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=393;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.54;MQ=56.60;MQ0=135;QD=26.50;SB=-4841.89;VQSLOD=-1.9492;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,393:246:99:255,255,0 11 50003191 rs4598671 C A 4012.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=193;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.78;MQ=87.96;MQ0=3;QD=20.79;SB=-1699.66;VQSLOD=0.9864;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,100:189:99:255,0,255 11 51411460 rs34285763 G A 220.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=96.32;MQ0=0;QD=12.95;SB=-85.08;VQSLOD=-1.9610;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:16:99:251,0,255 11 51411740 rs35083184 A T 4857.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=15.98;MQ=98.34;MQ0=0;QD=17.04;SB=-1735.42;VQSLOD=-1.5278;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:164,121:280:99:255,0,255 11 51412327 rs56302591 T A 2863.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=52.03;MQ0=24;QD=17.57;SB=-1245.00;VQSLOD=-0.1110;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,102:133:99:255,0,255 11 51516000 rs11246607 C T 6744.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.39;MQ=41.03;MQ0=37;QD=18.18;SB=-2617.87;VQSLOD=0.5874;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:188,183:322:99:255,0,255 11 51516036 rs11246608 G A 5027.89 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=536;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.33;MQ=29.86;MQ0=272;QD=9.38;SB=-1824.52;VQSLOD=-0.9734;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:300,236:247:99:255,0,255 11 51516144 rs11246609 A G 533.62 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=274;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.82;MQ=45.13;MQ0=58;QD=1.95;SB=105.19;VQSLOD=-7.8836;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:205,68:209:99:255,0,255 11 55111238 rs11229158 C A 22582 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1268;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.28;MQ=98.73;MQ0=0;QD=17.81;SB=-9133.83;VQSLOD=-3.8896;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:689,576:1246:99:255,0,255 11 55111584 rs10896659 A T 1704.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.33;MQ=98.33;MQ0=0;QD=21.04;SB=-829.01;VQSLOD=1.0107;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,49:80:99:255,0,255 11 55135435 rs1425193 C T 1931.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.71;MQ=99.00;MQ0=0;QD=15.09;SB=-963.38;VQSLOD=1.2896;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,55:127:99:255,0,255 11 55322211 rs9804659 A G 10646.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=553;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.59;MQ=98.61;MQ0=0;QD=19.25;SB=-3843.06;VQSLOD=0.1683;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:288,264:537:99:255,0,255 11 55322818 . G T 4203.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.59;MQ=98.76;MQ0=0;QD=16.88;SB=-170.48;VQSLOD=-1.3362;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,123:228:99:255,0,255 11 55339652 rs1459101 C T 6151.76 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=336;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.94;MQ=98.73;MQ0=0;QD=18.31;SB=-2494.18;VQSLOD=1.3055;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:191,145:336:99:255,0,255 11 55339798 rs557667 C T 10961 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=567;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.98;MQ=98.99;MQ0=0;QD=19.33;SB=-4300.67;VQSLOD=-0.9415;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:317,249:559:99:255,0,255 11 55339829 rs557590 A G 29773.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=707;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.08;MQ=98.92;MQ0=0;QD=42.11;SB=-11730.03;VQSLOD=-1.5121;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,706:700:99:255,255,0 11 55340379 rs559449 T C 8714.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=455;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.96;MQ=98.87;MQ0=0;QD=19.15;SB=-3250.48;VQSLOD=-0.6709;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:249,206:450:99:255,0,255 11 55433040 rs11230600 T C 9415.53 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=441;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.71;MQ=98.74;MQ0=0;QD=21.35;SB=-4001.44;VQSLOD=-0.0042;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:207,233:432:99:255,0,255 11 55541098 rs297118 G A 14969.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=371;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.49;MQ=98.62;MQ0=0;QD=40.35;SB=-7461.47;VQSLOD=0.8459;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,370:362:99:255,255,0 11 55563602 . G A 15890.5 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=708;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.22;MQ=98.72;MQ0=0;QD=22.44;SB=-6588.19;VQSLOD=-2.4399;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:333,374:700:99:255,0,255 11 55563738 . G A 7416.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=357;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.00;MQ=98.75;MQ0=0;QD=20.77;SB=-2502.90;VQSLOD=-0.7701;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,182:349:99:255,0,255 11 55563776 rs297054 T G 10767.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=265;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.67;MQ=98.72;MQ0=0;QD=40.63;SB=-3511.48;VQSLOD=1.4365;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,265:257:99:255,255,0 11 55578987 rs61732386 T C 9159.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=876;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.87;MQ=62.94;MQ0=425;QD=10.46;SB=-3731.02;VQSLOD=-2.3567;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:488,388:438:99:255,0,255 11 55578991 rs61732387 C T 9798.41 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=902;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.27;MQ=60.79;MQ0=459;QD=10.86;SB=-3855.39;VQSLOD=-5.5762;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:501,400:431:99:255,0,255 11 55579102 rs34961497 C T 19209.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1022;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.11;MQ=64.63;MQ0=39;QD=18.80;SB=-7746.04;VQSLOD=-2.7534;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:554,467:948:99:255,0,255 11 55579419 rs34948392 T C 10766 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=602;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.66;MQ=97.75;MQ0=0;QD=17.88;SB=-3088.55;VQSLOD=-0.4672;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:335,267:596:99:255,0,255 11 55579801 rs12790505 T C 4367.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=208;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.30;MQ=97.93;MQ0=0;QD=21.00;SB=-1110.81;VQSLOD=0.8693;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,107:202:99:255,0,255 11 55587117 rs297082 T A 5614.68 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.00;MQ=98.93;MQ0=0;QD=41.59;SB=-1302.12;VQSLOD=0.5304;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:255,255,0 11 55587511 rs297081 A G 26782.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=650;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.06;MQ=98.78;MQ0=0;QD=41.20;SB=-11898.08;VQSLOD=-0.5736;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,650:634:99:255,255,0 11 55587914 rs55832853 A G 5279.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=283;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.37;MQ=72.05;MQ0=12;QD=18.66;SB=-1799.47;VQSLOD=0.1492;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,145:263:99:255,0,255 11 55594869 rs56711116 G A 6676.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=912;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.22;MQ=38.16;MQ0=177;QD=7.32;SB=-2081.13;VQSLOD=-2.3589;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:442,468:558:99:255,0,255 11 55595012 rs35645945 A T 5045.04 ESPStandard;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=519;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.59;MQ=75.53;MQ0=50;QD=9.72;SB=64.62;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:372,146:444:99:255,0,255 11 55595017 . G T 4914.58 ESPStandard;SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=506;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.74;MQ=78.35;MQ0=36;QD=9.71;SB=3.61;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:363,143:447:99:255,0,255 11 55595018 rs61745634 A G 5765.4 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=510;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.74;MQ=79.27;MQ0=30;QD=11.30;SB=-173.60;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:356,154:455:99:255,0,255 11 55595114 rs34929168 G T 12747.9 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=752;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.60;MQ=94.85;MQ0=0;QD=16.95;SB=-5257.02;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:388,364:693:99:255,0,255 11 55595115 . C T 13598.3 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=745;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.44;MQ=94.81;MQ0=0;QD=18.25;SB=-5511.60;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:380,362:683:99:255,0,255 11 55595116 . G C 15597.5 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=742;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.12;MQ=94.84;MQ0=0;QD=21.02;SB=-6025.36;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:375,365:679:99:255,0,255 11 55606302 rs6591699 G T 5443.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=292;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.88;MQ=98.80;MQ0=0;QD=18.64;SB=-1854.22;VQSLOD=1.2452;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,141:288:99:255,0,255 11 55606818 rs11231253 C T 7910.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=429;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.14;MQ=98.89;MQ0=0;QD=18.44;SB=-2547.42;VQSLOD=1.2806;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,189:422:99:255,0,255 11 55681130 rs34573569 A T 121.13 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=10.09;SB=-31.34;VQSLOD=-2.9760;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:152,0,247 11 55681494 rs2457239 G A 14466.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=340;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.72;MQ=98.91;MQ0=0;QD=42.55;SB=-5682.72;VQSLOD=0.8084;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,340:335:99:255,255,0 11 55681566 rs61749302 G A 9175.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=450;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.60;MQ=98.80;MQ0=0;QD=20.39;SB=-3348.29;VQSLOD=-0.3983;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:239,211:444:99:255,0,255 11 55703247 rs4465383 G A 761.19 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.57;MQ=97.58;MQ0=0;QD=14.64;SB=-0.98;VQSLOD=-0.2942;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:44:99:255,0,255 11 55703728 rs4367963 A G 4466.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=225;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.84;MQ0=0;QD=19.85;SB=-1805.59;VQSLOD=1.5257;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,115:223:99:255,0,255 11 55761221 rs2449134 C T 12955.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=371;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.84;MQ=81.64;MQ0=22;QD=34.92;SB=-3989.50;VQSLOD=-0.2569;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,371:304:99:255,255,0 11 55761528 rs35607186 T C 6220.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.69;MQ=98.69;MQ0=0;QD=18.46;SB=-1858.31;VQSLOD=-0.1824;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,160:334:99:255,0,255 11 55761738 rs2128152 T G 6083.18 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.63;MQ=58.73;MQ0=25;QD=29.25;SB=-2366.41;VQSLOD=-1.0283;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:165:99:255,255,0 11 55798152 rs1482011 G A 9489.01 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.66;MQ0=0;QD=42.36;SB=-4564.19;VQSLOD=1.2011;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:219:99:255,255,0 11 55872657 rs28681529 A C 4847.44 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=686;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.25;MQ=55.62;MQ0=152;QD=7.07;SB=-106.14;VQSLOD=-2.5738;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:463,222:495:99:255,0,255 11 55872876 rs2512961 C T 20566.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=799;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.92;MQ=52.35;MQ0=209;QD=25.74;SB=-6522.69;VQSLOD=-1.9377;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,798:489:99:255,255,0 11 55873024 rs2449148 A G 37589.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=887;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.51;MQ=86.91;MQ0=2;QD=42.38;SB=-14429.81;VQSLOD=-1.4432;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,887:874:99:255,255,0 11 55873144 . T C 11332.7 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=576;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.80;MQ=96.38;MQ0=0;QD=19.67;SB=-3598.39;VQSLOD=-1.0202;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:280,295:572:99:255,0,255 11 55873368 rs1842696 G A 7658.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.70;MQ=87.69;MQ0=11;QD=36.47;SB=-2597.35;VQSLOD=1.3964;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:185:99:255,255,0 11 55890257 rs1842691 C T 9241.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=375;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.65;MQ=64.44;MQ0=124;QD=24.64;SB=-3981.30;VQSLOD=0.0523;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,373:222:99:255,255,0 11 56000066 rs62621278 G A 10288.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=606;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.90;MQ=88.33;MQ0=5;QD=16.98;SB=-4220.45;VQSLOD=-1.8495;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:338,268:577:99:255,0,255 11 56000403 rs10791893 C G 10822 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.31;MQ=98.82;MQ0=0;QD=49.19;SB=-5286.00;VQSLOD=-0.5845;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,219:218:99:255,255,0 11 56000600 rs3919907 G T 10421.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=549;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.85;MQ=98.92;MQ0=0;QD=18.98;SB=-2368.86;VQSLOD=1.1452;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,277:546:99:255,0,255 11 56043604 rs12360890 A G 11393.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1047;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.10;MQ=47.53;MQ0=245;QD=10.88;SB=-3666.97;VQSLOD=-2.9434;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:544,503:749:99:255,0,255 11 56043702 rs7125697 G C 34464.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=813;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.71;MQ=86.21;MQ0=87;QD=42.39;SB=-17076.54;VQSLOD=-5.0117;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,813:697:99:255,255,0 11 56058197 rs1842674 G A 9110.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=430;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.79;MQ=98.31;MQ0=0;QD=21.19;SB=-1503.87;VQSLOD=1.0491;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,209:428:99:255,0,255 11 56086147 rs960193 T G 12858.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=357;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.15;MQ=98.92;MQ0=0;QD=36.02;SB=-5066.91;VQSLOD=-0.2718;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,357:346:99:255,255,0 11 56113516 rs1905055 T C 4899.17 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.70;MQ0=0;QD=38.27;SB=-1148.80;VQSLOD=1.7884;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:124:99:255,255,0 11 56113575 rs10896271 A G 2867.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.47;MQ=98.78;MQ0=0;QD=14.41;SB=-1102.82;VQSLOD=1.2473;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,94:194:99:255,0,255 11 56113593 rs10896272 C A 2849.23 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=222;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.44;MQ=98.80;MQ0=0;QD=12.83;SB=-930.63;VQSLOD=0.7200;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,95:214:99:255,0,255 11 56127746 rs7942390 A G 5336.68 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.15;MQ=70.95;MQ0=65;QD=25.91;SB=-1534.42;VQSLOD=-1.3288;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,203:128:99:255,255,0 11 56128524 rs7928704 C T 25890.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=603;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.35;MQ=98.64;MQ0=0;QD=42.94;SB=-10805.91;VQSLOD=-0.7434;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,601:590:99:255,255,0 11 56143156 rs11228165 C T 7178.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=391;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.56;MQ=98.23;MQ0=0;QD=18.36;SB=-2354.75;VQSLOD=1.3481;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,178:377:99:255,0,255 11 56143158 rs11228166 A G 6963.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=411;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.40;MQ=98.24;MQ0=0;QD=16.94;SB=-2124.96;VQSLOD=1.2449;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,190:399:99:255,0,255 11 56143357 . G A 370.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=589;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.35;MQ=98.10;MQ0=0;QD=0.63;SB=462.39;VQSLOD=-3.3689;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:524,65:575:99:255,0,255 11 56143424 rs12788990 A G 11602.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=542;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.90;MQ=98.80;MQ0=0;QD=21.41;SB=-4945.63;VQSLOD=-0.3362;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:259,282:532:99:255,0,255 11 56143489 . A G 698.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=434;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.26;MQ=97.17;MQ0=0;QD=1.61;SB=494.57;VQSLOD=-3.4673;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:378,50:376:99:255,0,255 11 56143510 rs10791963 T C 452.68 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=484;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.59;MQ=96.58;MQ0=0;QD=0.94;SB=479.81;VQSLOD=-8.3723;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:392,90:423:99:255,0,255 11 56143570 rs11228169 A G 1589.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1038;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.67;MQ=95.58;MQ0=0;QD=1.53;SB=-312.00;VQSLOD=-3.2653;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:667,368:740:99:255,0,255 11 56143592 rs17150411 C T 16934.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1353;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.11;MQ=95.61;MQ0=0;QD=12.52;SB=-5351.98;VQSLOD=-4.0750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:953,398:1289:99:255,0,255 11 56143690 rs4990123 C A 11613.8 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=843;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.24;MQ=95.36;MQ0=0;QD=13.78;SB=-474.40;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:532,310:826:99:255,0,255 11 56143696 rs4990122 C T 10992.1 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=796;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=27.05;MQ=95.32;MQ0=0;QD=13.81;SB=-269.40;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:534,261:774:99:255,0,255 11 56143699 rs4990121 T G 1736.58 ESPStandard;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.43;MQ=95.25;MQ0=0;QD=2.28;SB=-99.80;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:520,241:601:99:255,0,255 11 56143968 . A G 1078.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=18.59;SB=-358.48;VQSLOD=-1.3321;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:255,0,255 11 56184888 rs998544 G A 12455.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=615;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.99;MQ=98.98;MQ0=0;QD=20.25;SB=-5001.84;VQSLOD=-0.8809;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:322,292:608:99:255,0,255 11 56185224 rs12785840 A G 10883.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=599;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.67;MQ=98.82;MQ0=0;QD=18.17;SB=-4130.33;VQSLOD=-1.1808;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:323,274:580:99:255,0,255 11 56185345 rs6591324 A G 8967.73 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=481;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.55;MQ=98.74;MQ0=0;QD=18.64;SB=-3149.97;VQSLOD=1.1168;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:251,230:468:99:255,0,255 11 56431216 rs11228710 C T 15191.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=743;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.13;MQ=98.80;MQ0=0;QD=20.45;SB=-5353.01;VQSLOD=-0.1763;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:386,357:733:99:255,0,255 11 56431834 rs56067375 A G 8661.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=446;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.58;MQ=98.46;MQ0=0;QD=19.42;SB=-3080.77;VQSLOD=-0.2604;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,218:432:99:255,0,255 11 56467881 . T C 5934.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.90;MQ=95.77;MQ0=0;QD=18.15;SB=-1765.95;VQSLOD=0.1793;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:178,149:320:99:255,0,255 11 56467926 rs1704284 A G 6962.91 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=385;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.06;MQ=95.70;MQ0=0;QD=18.09;SB=-2806.80;VQSLOD=-1.9350;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:212,173:375:99:255,0,255 11 56467945 rs36184181 G T 2556.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=391;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.70;MQ=96.19;MQ0=0;QD=6.54;SB=-1066.35;VQSLOD=-4.1697;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:298,93:379:99:255,0,255 11 56468020 rs532637 T C 6174.21 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=76.05;MQ=93.96;MQ0=0;QD=22.95;SB=-2684.74;VQSLOD=-14.7698;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,158:251:99:255,0,255 11 56468021 rs532635 G A 1868.39 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.83;MQ=93.59;MQ0=0;QD=7.02;SB=-823.00;VQSLOD=-13.2693;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,67:245:99:255,0,255 11 56468044 rs3975155 T G 4387.53 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.15;MQ=88.85;MQ0=8;QD=20.50;SB=-1741.03;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,125:192:99:255,0,255 11 56468047 rs2865519 A G 3895.51 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=210;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=88.28;MQ0=11;QD=18.55;SB=-1529.52;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,122:184:99:255,0,255 11 56468048 rs2865520 C T 7731.46 SnpCluster DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=88.12;MQ0=11;QD=37.53;SB=-3800.51;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,206:181:99:255,255,0 11 56468111 rs602224 C T 7313.49 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=512;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.76;MQ=81.48;MQ0=90;QD=14.28;SB=-2206.82;VQSLOD=-0.9865;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:309,203:415:99:255,0,255 11 56468155 rs11228732 T G 5592.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=588;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.90;MQ=90.53;MQ0=35;QD=9.51;SB=-1975.62;VQSLOD=-3.0614;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:428,160:531:99:255,0,255 11 56468198 rs4990194 A G 5076.52 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=500;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.47;MQ=93.75;MQ0=0;QD=10.15;SB=-1832.28;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:285,197:399:99:255,0,255 11 56468200 rs4990195 C T 5365.99 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=499;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.71;MQ=93.78;MQ0=0;QD=10.75;SB=-1682.41;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,195:400:99:255,0,255 11 56468202 rs4990196 G A 4888.67 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=498;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.68;MQ=93.77;MQ0=0;QD=9.82;SB=-1559.27;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:302,193:396:99:255,0,255 11 56468212 rs591369 G A 2834.87 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=508;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.69;MQ=94.26;MQ0=0;QD=5.58;SB=-918.25;VQSLOD=-4.9454;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:307,174:345:99:255,0,255 11 56468259 rs503776 C T 15959.4 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=766;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.73;MQ=96.88;MQ0=0;QD=20.83;SB=-6324.67;VQSLOD=-4.8305;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:350,414:678:99:255,0,255 11 56468368 rs11228733 C T 6816.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=425;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.09;MQ=97.62;MQ0=0;QD=16.04;SB=-1922.85;VQSLOD=-0.5029;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:266,159:418:99:255,0,255 11 56468403 rs11228734 G A 4937.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=380;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.02;MQ=97.00;MQ0=0;QD=12.99;SB=-1753.30;VQSLOD=-1.0163;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:258,122:373:99:255,0,255 11 56468416 rs11228735 G A 5518.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=370;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.02;MQ=96.12;MQ0=0;QD=14.92;SB=-1939.90;VQSLOD=0.6391;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,130:366:99:255,0,255 11 56468440 rs12421330 G T 993.3 ESPStandard;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=358;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=65.39;MQ=95.33;MQ0=0;QD=2.77;SB=-236.75;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:303,54:349:99:255,0,255 11 56468448 . A G 4786.15 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=363;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.74;MQ=94.94;MQ0=0;QD=13.18;SB=-1355.98;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:241,121:355:99:255,0,255 11 56468449 . A T 3200.05 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=361;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=52.74;MQ=94.91;MQ0=0;QD=8.86;SB=-1402.98;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:242,119:351:99:255,0,255 11 56468452 . A C 4809.63 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=380;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.77;MQ=95.01;MQ0=0;QD=12.66;SB=-1429.85;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,126:364:99:255,0,255 11 56468493 rs10792053 A G 8238.32 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=584;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.65;MQ=95.89;MQ0=0;QD=14.11;SB=-2927.27;VQSLOD=-2.2077;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:363,220:561:99:255,0,255 11 56468554 rs12420076 A C 11810 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=842;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=20.88;MQ=95.66;MQ0=0;QD=14.03;SB=-3231.64;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:520,321:788:99:255,0,255 11 56468560 rs10896516 T C 11745.4 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=859;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.72;MQ=95.71;MQ0=0;QD=13.67;SB=-3411.32;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:529,329:805:99:255,0,255 11 56468561 rs10896517 A G 11374 SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=857;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.49;MQ=95.71;MQ0=0;QD=13.27;SB=-3657.86;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:525,330:801:99:255,0,255 11 56468637 . C T 17143.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1106;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.09;MQ=97.25;MQ0=0;QD=15.50;SB=-4315.33;VQSLOD=-2.1438;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:679,426:1023:99:255,0,255 11 56468646 . C T 15434.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1017;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.45;MQ=96.97;MQ0=0;QD=15.18;SB=-3188.16;VQSLOD=-1.8122;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:622,395:956:99:255,0,255 11 56468694 . C T 5948.75 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=471;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.74;MQ=95.98;MQ0=0;QD=12.63;SB=-1427.55;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:326,145:467:99:255,0,255 11 56468699 . T A 5144.94 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=419;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.10;MQ=95.49;MQ0=0;QD=12.28;SB=-1416.99;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,127:416:99:255,0,255 11 56468704 . T C 5156.72 SnpCluster AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=410;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.98;MQ=95.66;MQ0=0;QD=12.58;SB=-1476.75;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:283,127:402:99:255,0,255 11 56468720 . T C 6087.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=384;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.46;MQ=95.97;MQ0=0;QD=15.85;SB=-1997.87;VQSLOD=-0.5365;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:240,144:383:99:255,0,255 11 56510672 rs577576 T C 5286 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.89;MQ=99.00;MQ0=0;QD=41.62;SB=-1746.99;VQSLOD=2.0206;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:126:99:255,255,0 11 56756664 rs2853083 G A 12850.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=311;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.61;MQ=95.94;MQ0=2;QD=41.32;SB=-5083.53;VQSLOD=1.2877;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,311:305:99:255,255,0 11 56757021 rs61886711 G A 15193.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=761;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.77;MQ=91.42;MQ0=7;QD=19.96;SB=-5023.62;VQSLOD=-1.4933;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:403,358:749:99:255,0,255 11 56954846 rs716745 C T 3053.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.91;MQ=98.53;MQ0=0;QD=15.34;SB=-1134.10;VQSLOD=-0.2519;REMAP_ALIGN=FP 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.07;MQ=98.12;MQ0=0;QD=16.70;SB=-1543.48;VQSLOD=1.2856;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,122:259:99:255,0,255 11 57147016 rs540687 A G 7595.74 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.18;MQ=98.32;MQ0=0;QD=34.06;SB=-3082.98;VQSLOD=-1.1082;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,223:188:99:255,255,0 11 57148175 rs669661 A G 2777.71 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=99.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-913.03;VQSLOD=1.8289;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:72:99:255,217,0 11 57155001 rs536455 G A 5849.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=98.52;MQ0=0;QD=40.90;SB=-2086.71;VQSLOD=2.0724;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:136:99:255,255,0 11 57155288 rs630396 T C 1105.87 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-526.86;VQSLOD=-0.5136;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:32:96.25:255,96,0 11 57157405 rs490358 A G 3919.63 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.26;MQ=98.54;MQ0=0;QD=38.05;SB=-1736.34;VQSLOD=-1.8326;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:99:99:255,255,0 11 57463500 rs1783978 T C 2250.54 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=184;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.33;MQ=98.96;MQ0=0;QD=12.23;SB=-1052.11;VQSLOD=-0.0678;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,72:179:99:255,0,255 11 57799183 rs7123727 C T 11021 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=611;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.14;MQ=98.88;MQ0=0;QD=18.04;SB=-4096.71;VQSLOD=-2.3397;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:343,268:594:99:255,0,255 11 57799371 rs1374570 G C 3028.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.95;MQ=98.63;MQ0=0;QD=20.33;SB=-278.09;VQSLOD=0.2129;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,72:144:99:255,0,255 11 57947264 rs11229273 C G 7692.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=381;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.39;MQ=98.72;MQ0=0;QD=20.19;SB=-2777.89;VQSLOD=1.1167;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:201,179:363:99:255,0,255 11 57958775 rs7120468 C T 7939.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=386;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.93;MQ=98.77;MQ0=0;QD=20.57;SB=-2703.21;VQSLOD=1.2057;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:195,190:376:99:255,0,255 11 57971195 rs11229279 G A 10475.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=597;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=35.54;MQ=93.68;MQ0=25;QD=17.55;SB=-3449.12;VQSLOD=-3.7303;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:351,246:560:99:255,0,255 11 57971201 rs11229280 G A 10232.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=560;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.96;MQ=95.50;MQ0=13;QD=18.27;SB=-3478.32;VQSLOD=-1.1239;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:319,241:542:99:255,0,255 11 57982229 rs1966836 A G 5895.38 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=295;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.21;MQ=98.40;MQ0=0;QD=19.98;SB=-1971.11;VQSLOD=1.1542;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,143:285:99:255,0,255 11 57982584 rs1966835 T C 9449.96 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=571;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.13;MQ=88.48;MQ0=33;QD=16.55;SB=-3788.45;VQSLOD=0.1878;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,265:530:99:255,0,255 11 57982620 rs1966834 A G 10502.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=582;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.52;MQ=96.50;MQ0=1;QD=18.05;SB=-4119.15;VQSLOD=-0.0218;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:305,277:572:99:255,0,255 11 57982726 rs1993089 G T 8641.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=820;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.71;MQ=77.74;MQ0=34;QD=10.54;SB=-1582.32;VQSLOD=-2.1176;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:547,272:759:99:255,0,255 11 57982763 rs1993088 A G 2305.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=599;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.81;MQ=66.30;MQ0=47;QD=3.85;SB=287.26;VQSLOD=-3.3956;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:464,135:540:99:255,0,255 11 57982832 rs2867400 T A 1084.19 FDRtranche1.00to10.00+ 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G A 4179.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=298;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.49;MQ=97.97;MQ0=0;QD=14.02;SB=-1619.44;VQSLOD=-1.3836;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,130:239:99:255,0,255 11 62434173 rs11231181 G A 2699.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=153;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.02;MQ=98.89;MQ0=0;QD=17.65;SB=-779.74;VQSLOD=0.8505;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,81:130:99:255,0,255 11 62439569 rs13941 G A 164.22 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.48;MQ=99.00;MQ0=0;QD=12.63;SB=-45.66;VQSLOD=-0.7515;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:10:99:195,0,134 11 62458275 rs6856 T C 1778.27 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.90;MQ=98.09;MQ0=0;QD=13.27;SB=-621.88;VQSLOD=-1.3674;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,57:127:99:255,0,255 11 62496519 rs584845 T C 4113.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.20;MQ=98.95;MQ0=0;QD=22.24;SB=-1041.52;VQSLOD=0.9556;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,98:181:99:255,0,255 11 62505764 rs6675 C T 1127.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.14;MQ=98.47;MQ0=0;QD=8.17;SB=-50.79;VQSLOD=-2.7099;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,51:104:99:255,0,255 11 62521475 . T C 6633.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=431;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.32;MQ=98.11;MQ0=0;QD=15.39;SB=-2317.72;VQSLOD=-1.6414;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:257,174:392:99:255,0,255 11 62564009 rs4693 T C 1313.33 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.06;MQ0=0;QD=41.04;SB=-212.42;VQSLOD=0.8813;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.31:255,93,0 11 62652779 rs4726 C T 2639.09 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=147;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.88;MQ=98.95;MQ0=0;QD=17.95;SB=-908.28;VQSLOD=0.8666;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,72:146:99:255,0,255 11 62677220 rs2067480 G A 310.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.54;MQ=98.33;MQ0=0;QD=14.11;SB=-126.62;VQSLOD=-1.4537;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:14:99:255,0,155 11 62677352 rs2067479 G A 665.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.42;MQ=98.36;MQ0=0;QD=10.56;SB=-15.50;VQSLOD=-0.9387;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=953;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.84;MQ=98.87;MQ0=0;QD=23.85;SB=-6690.90;VQSLOD=-1.6858;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:469,484:933:99:255,0,255 11 62984868 rs11231409 T C 5497.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.65;MQ=98.91;MQ0=0;QD=19.22;SB=-1857.98;VQSLOD=1.2144;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,134:282:99:255,0,255 11 63057925 rs1790218 G A 9316.47 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=510;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.00;MQ=98.56;MQ0=0;QD=18.27;SB=-3522.09;VQSLOD=0.9050;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:272,237:475:99:255,0,255 11 63064823 rs576641 T C 9690.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=488;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.68;MQ=98.95;MQ0=0;QD=19.86;SB=-4080.53;VQSLOD=-1.6928;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:254,233:479:99:255,0,255 11 63072310 rs1201559 C T 13432.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=688;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.64;MQ=98.72;MQ0=0;QD=19.52;SB=-5034.70;VQSLOD=-0.0828;REMAP_ALIGN=FP 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DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=14.06;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:45,3,0 11 63681513 rs10897461 T C 2871.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.36;MQ0=0;QD=35.89;SB=-668.37;VQSLOD=-1.4670;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:73:99:255,220,0 11 63883985 rs614397 T C 8174.21 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.81;MQ=98.74;MQ0=0;QD=35.54;SB=-3551.66;VQSLOD=1.2098;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,229:217:99:255,255,0 11 63884027 rs614035 C T 2879.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.29;MQ=98.69;MQ0=0;QD=17.77;SB=-1042.99;VQSLOD=0.9677;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,80:155:99:255,0,255 11 63885287 rs947939 C T 2284.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.64;MQ=98.09;MQ0=0;QD=13.05;SB=-1081.03;VQSLOD=0.8298;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,75:157:99:255,0,255 11 63885632 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DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=95.69;MQ0=0;QD=20.97;SB=-0.01;VQSLOD=-1.9115;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:117,9,0 11 64496357 rs2230414 G T 1638.88 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.33;MQ0=0;QD=19.06;SB=-635.06;VQSLOD=-0.8120;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,52:82:99:255,0,255 11 64572018 rs2959656 T C 1802.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=96.94;MQ0=0;QD=32.77;SB=-679.61;VQSLOD=0.5391;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:49:99:255,147,0 11 64572557 rs540012 A G 5711.05 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.55;MQ=98.46;MQ0=0;QD=35.47;SB=-2460.31;VQSLOD=0.1610;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:151:99:255,255,0 11 64591972 rs10792447 T C 2321.16 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.32;MQ=97.25;MQ0=0;QD=38.05;SB=-1093.43;VQSLOD=1.9125;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:57:99:255,172,0 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G A 13.23 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.92;MQ=98.60;MQ0=0;QD=0.78;SB=-29.59;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,2:15:44.09:44,0,255 11 64677293 rs656195 G C 753.66 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.38;MQ=97.14;MQ0=0;QD=25.12;SB=-128.74;VQSLOD=-3.4957;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:18:54.18:255,54,0 11 64680819 rs618006 G A 1202.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.61;MQ0=0;QD=36.42;SB=-558.69;VQSLOD=1.2711;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:30:90.30:255,90,0 11 64789194 rs664226 T C 1402.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.45;MQ=96.26;MQ0=0;QD=25.96;SB=-241.74;VQSLOD=-2.1852;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:36:99:255,108,0 11 64799998 rs534236 T C 4805.74 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.31;MQ=97.97;MQ0=0;QD=36.97;SB=-2257.25;VQSLOD=-1.0210;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:124:99:255,255,0 11 64809090 rs12271134 T G 97.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=94.82;MQ0=0;QD=24.40;SB=-0.01;VQSLOD=-2.1835;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:131,9,0 11 64809133 rs10792455 T G 50.82 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=25.41;SB=-0.01;VQSLOD=-3.0247;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:83,6,0 11 64880090 rs4930284 G C 97.64 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=32.55;SB=-0.01;VQSLOD=-0.8763;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:131,9,0 11 64882789 rs1129195 C T 1700.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.24;MQ0=0;QD=17.54;SB=-657.01;VQSLOD=0.5721;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,47:96:99:255,0,255 11 64884052 rs1546532 G A 2301.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.10;MQ=98.74;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1151.50;VQSLOD=0.2408;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:56:99:255,169,0 11 64898187 . A G 11.77 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.43;MQ=94.89;MQ0=0;QD=0.84;SB=-21.89;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:10:42.54:43,0,255 11 65144075 rs624307 T C 12941.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=370;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.01;MQ=98.91;MQ0=0;QD=34.98;SB=-3644.16;VQSLOD=-0.1644;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,369:347:99:255,255,0 11 65161129 rs2073800 C T 713.13 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.49;MQ=93.70;MQ0=0;QD=8.70;SB=-163.17;VQSLOD=-1.1267;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,34:60:99:255,0,255 11 65164357 rs12417665 C T 517.27 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.22;MQ=89.32;MQ0=0;QD=12.62;SB=-227.51;VQSLOD=-1.5532;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:34:99:255,0,255 11 65178810 rs61755084 C T 1136.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.65;MQ=92.98;MQ0=0;QD=14.57;SB=-208.21;VQSLOD=-1.0970;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,34:69:99:255,0,255 11 65211979 rs12803915 G A 237.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.41;MQ=96.94;MQ0=0;QD=10.81;SB=-104.60;VQSLOD=-2.2041;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:19:99:255,0,255 11 65338944 rs2236684 T G 609.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.95;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.23;SB=-254.81;VQSLOD=-1.6379;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,26:58:99:255,0,255 11 65380916 rs2004649 G A 319.39 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.92;MQ=97.56;MQ0=0;QD=13.31;SB=-183.20;VQSLOD=-1.4147;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:19:99:255,0,217 11 65408937 rs3741378 C T 712.79 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.92;MQ=98.75;MQ0=0;QD=12.29;SB=-214.86;VQSLOD=-0.2114;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:48:99:255,0,255 11 65414401 . C T 20.13 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.31;MQ=94.02;MQ0=0;QD=2.24;SB=-29.51;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:7:51.16:51,0,156 11 65415028 rs4930157 T G 63.57 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=21.19;SB=-0.01;VQSLOD=-1.9427;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0 11 65623519 rs4621 G A 15567.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=728;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.86;MQ=97.53;MQ0=0;QD=21.38;SB=-6398.97;VQSLOD=-3.2641;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,396:677:99:255,0,255 11 65628334 rs13817 G A 29.99 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.65;MQ=95.19;MQ0=0;QD=3.00;SB=-7.00;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:5:61.06:61,0,97 11 65629932 rs659857 T C 509.64 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.63;MQ=98.22;MQ0=0;QD=7.18;SB=-126.62;VQSLOD=-2.7957;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,24:63:99:255,0,255 11 65629934 rs545500 G C 781.28 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.37;MQ=98.24;MQ0=0;QD=10.70;SB=-301.27;VQSLOD=-2.3909;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,24:66:99:255,0,255 11 65631167 rs648732 C T 1385.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.81;MQ=98.57;MQ0=0;QD=14.14;SB=-353.41;VQSLOD=0.5175;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,48:83:99:255,0,255 11 65631973 rs630303 G A 6289.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.59;MQ=99.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-1931.31;VQSLOD=1.5005;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:172,155:313:99:255,0,255 11 65632262 rs558114 G T 2583.63 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=186;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.16;MQ=98.42;MQ0=0;QD=13.89;SB=-1035.01;VQSLOD=-0.3200;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,91:172:99:255,0,255 11 65636053 rs601314 T C 3617.39 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.40;MQ=97.48;MQ0=0;QD=25.66;SB=-1734.96;VQSLOD=-0.0097;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:98:99:255,255,0 11 65649774 rs604630 A G 5110.94 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.46;MQ=98.29;MQ0=0;QD=28.88;SB=-1854.13;VQSLOD=-0.8652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:139:99:255,255,0 11 65649984 rs687672 T C 8358.79 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=271;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.66;MQ=98.08;MQ0=0;QD=30.84;SB=-2915.06;VQSLOD=0.3198;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,269:225:99:255,255,0 11 65664346 rs637571 T C 1339.51 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.67;MQ0=0;QD=31.15;SB=-693.32;VQSLOD=-1.4089;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:35:99:255,105,0 11 65667796 rs1058068 G A 54.79 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=18.26;SB=-0.01;VQSLOD=-2.3007;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:87,6,0 11 65684929 rs9667389 C T 345.93 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;VQSLOD=0.4920;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:9:27.09:255,27,0 11 65685225 rs7947504 T C 2749.79 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.31;MQ=97.70;MQ0=0;QD=33.53;SB=-702.25;VQSLOD=0.3739;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:75:99:255,226,0 11 65732651 rs550435 G A 2833.17 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.22;MQ=98.78;MQ0=0;QD=34.98;SB=-364.99;VQSLOD=1.0562;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:71:99:255,214,0 11 65735174 rs660118 G C 463.24 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=99.00;MQ0=0;QD=38.60;SB=-189.81;VQSLOD=1.2604;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.11:255,33,0 11 65788072 rs3814747 C T 4113.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.19;MQ=97.82;MQ0=0;QD=41.13;SB=-1906.96;VQSLOD=1.3291;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:96:99:255,255,0 11 65790527 rs2845570 G T 2802.15 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.97;MQ=98.61;MQ0=0;QD=16.20;SB=-701.51;VQSLOD=1.1700;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,90:163:99:255,0,255 11 65793454 rs1203998 C T 1659.95 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.49;MQ=98.97;MQ0=0;QD=17.29;SB=-744.60;VQSLOD=1.1649;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,48:91:99:255,0,255 11 65793797 rs1893316 G A 9146.11 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=439;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.26;MQ=97.20;MQ0=0;QD=20.83;SB=-3835.79;VQSLOD=0.8002;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,220:424:99:255,0,255 11 65810749 rs7937692 T C 3336.87 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.60;MQ0=0;QD=38.80;SB=-1106.78;VQSLOD=0.4936;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:81:99:255,244,0 11 65826704 rs1049872 G A 581.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.32;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.85;SB=-316.20;VQSLOD=-2.7547;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:41:99:255,0,255 11 65829457 . G A 2283.1 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.41;MQ=98.50;MQ0=0;QD=12.97;SB=-646.61;VQSLOD=-1.1770;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,73:168:99:255,0,255 11 66083129 rs3741367 T C 997.81 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.75;MQ0=0;QD=35.64;SB=-253.75;VQSLOD=0.9200;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.25:255,84,0 11 66083782 rs3741368 G A 1561.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.83;MQ=97.17;MQ0=0;QD=22.96;SB=-597.34;VQSLOD=-1.1332;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:40:99:255,120,0 11 66099987 rs1784029 C T 1440.45 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.34;MQ=98.64;MQ0=0;QD=23.23;SB=-537.20;VQSLOD=0.0774;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:36:99:255,108,0 11 66100152 rs1784030 T C 1867.73 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.66;MQ0=0;QD=36.62;SB=-433.55;VQSLOD=-0.4518;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:48:99:255,144,0 11 66107674 rs1784035 A G 6069.11 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.07;MQ0=0;QD=35.70;SB=-2013.76;VQSLOD=1.6622;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:158:99:255,255,0 11 66109033 rs11537993 T C 5683.63 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.51;MQ=98.94;MQ0=0;QD=41.19;SB=-2680.64;VQSLOD=-1.1206;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:134:99:255,255,0 11 66206169 rs11110 C T 336.58 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.06;MQ=98.34;MQ0=0;QD=12.95;SB=-156.16;VQSLOD=-1.6866;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:22:99:255,0,255 11 66272142 rs1671063 A G 5479.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=371;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.48;MQ=98.54;MQ0=0;QD=14.77;SB=-2046.10;VQSLOD=0.1591;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:209,162:347:99:255,0,255 11 66278154 rs55848325 T C 607.54 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.63;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.21;SB=-239.29;VQSLOD=-1.7220;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:41:99:255,0,255 11 66358126 rs486584 C T 1988.01 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=36.82;SB=-586.75;VQSLOD=1.3519;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:49:99:255,147,0 11 66436689 . 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G A 1980.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.80;MQ=98.27;MQ0=0;QD=14.78;SB=-578.07;VQSLOD=-0.5411;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:120:99:255,0,255 11 68840397 rs1466221 T C 4236.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=266;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.78;MQ=98.91;MQ0=0;QD=15.93;SB=-1151.65;VQSLOD=-0.2870;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,110:259:99:255,0,255 11 68840412 rs1466220 C G 6497.41 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=321;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.23;MQ=98.92;MQ0=0;QD=20.24;SB=-2454.10;VQSLOD=-0.2375;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,137:312:99:255,0,255 11 68846399 rs35264875 A T 2695.45 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=209;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.79;MQ=98.72;MQ0=0;QD=12.90;SB=-1123.23;VQSLOD=-1.7362;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,86:202:99:255,0,255 11 68851414 rs2376558 T C 7483.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.05;MQ=98.75;MQ0=0;QD=36.68;SB=-2147.33;VQSLOD=0.4182;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,203:192:99:255,255,0 11 68851466 rs896973 G T 4094.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=236;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.87;MQ=98.63;MQ0=0;QD=17.35;SB=-1375.21;VQSLOD=-0.5798;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,108:220:99:255,0,255 11 68854012 rs35337391 A G 5231.74 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.62;MQ=98.51;MQ0=0;QD=19.31;SB=-1927.70;VQSLOD=-0.0313;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,130:263:99:255,0,255 11 68855363 rs3829241 G A 1828.99 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.34;MQ=98.54;MQ0=0;QD=17.59;SB=-747.21;VQSLOD=1.2814;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,53:99:99:255,0,255 11 69063136 rs7117236 C T 2150.14 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=212;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.30;MQ=98.55;MQ0=0;QD=10.14;SB=-713.66;VQSLOD=-0.7271;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,90:137:99:255,0,255 11 69063393 rs7103126 T C 669.8 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.94;MQ0=0;QD=13.67;SB=-344.61;VQSLOD=0.0194;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:46:99:255,0,255 11 69063510 rs11539762 G A 1631.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.71;MQ=98.30;MQ0=0;QD=14.19;SB=-509.42;VQSLOD=-0.8717;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,53:105:99:255,0,255 11 69063728 rs11228610 G C 1423.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.06;MQ=98.77;MQ0=0;QD=20.34;SB=-592.73;VQSLOD=0.6808;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,38:66:99:255,0,255 11 69462910 rs9344 G A 4777.94 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.57;MQ=98.82;MQ0=0;QD=23.19;SB=-827.83;VQSLOD=-1.0008;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,115:197:99:255,0,255 11 70185325 rs1061328 C T 5172.72 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=284;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.16;MQ=98.71;MQ0=0;QD=18.21;SB=-1990.38;VQSLOD=-0.2569;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,132:263:99:255,0,255 11 70200529 rs17853270 C T 1643.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.84;MQ=98.90;MQ0=0;QD=13.36;SB=-536.53;VQSLOD=-1.1938;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,54:105:99:255,0,255 11 70253475 rs2298397 C T 74.54 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.89;MQ=99.00;MQ0=0;QD=9.32;SB=-6.99;VQSLOD=-1.3686;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:5:66.60:106,0,67 11 71146577 rs909217 G A 1006.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.97;MQ=95.70;MQ0=0;QD=23.40;SB=-311.91;VQSLOD=-1.4563;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:26:78.24:255,78,0 11 71146691 rs760241 A G 3523.82 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.28;MQ=97.88;MQ0=0;QD=30.91;SB=-1216.16;VQSLOD=0.1697;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:94:99:255,255,0 11 71146837 . C T 1035.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.27;MQ=98.55;MQ0=0;QD=15.01;SB=-397.43;VQSLOD=-1.0797;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:61:99:255,0,255 11 71152461 rs949177 A G 3334.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.07;MQ0=0;QD=39.69;SB=-779.21;VQSLOD=1.6884;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:255,253,0 11 71155153 rs1790334 A G 2428.95 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.56;MQ=98.84;MQ0=0;QD=26.69;SB=-1197.50;VQSLOD=-0.5977;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:65:99:255,196,0 11 71155171 rs1044482 C T 2090.61 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.87;MQ=98.26;MQ0=0;QD=25.81;SB=-719.34;VQSLOD=-0.7796;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:52:99:255,157,0 11 71169547 rs2276360 G C 16471.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=355;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.43;MQ=98.62;MQ0=0;QD=46.40;SB=-6771.40;VQSLOD=-0.6396;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,352:335:99:255,255,0 11 71184678 rs7950441 A C 3483.63 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.03;MQ=98.55;MQ0=0;QD=36.67;SB=-931.08;VQSLOD=1.7335;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:89:99:255,255,0 11 71185479 rs2276354 T C 8208.69 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.90;MQ=98.56;MQ0=0;QD=26.57;SB=-942.41;VQSLOD=0.0515;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,303:211:99:255,255,0 11 71185518 rs2186778 T C 16271.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=448;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.04;MQ=98.46;MQ0=0;QD=36.32;SB=-6986.35;VQSLOD=0.5612;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,447:422:99:255,255,0 11 71238639 . A G 697.71 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=207;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=47.58;MQ=67.71;MQ0=14;QD=3.37;SB=81.75;VQSLOD=-5.6204;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,42:97:99:255,0,255 11 71238645 . C A 19.34 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=223;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.48;MQ=68.31;MQ0=14;QD=0.09;SB=65.41;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,20:111:50.36:50,0,255 11 71238685 . G A 60.42 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.97;MQ=71.72;MQ0=12;QD=0.24;SB=4.14;VQSLOD=-11.2878;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:218,26:171:91.50:91,0,255 11 71249152 . C T 55.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=231;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.98;MQ=66.77;MQ0=14;QD=0.24;SB=134.43;VQSLOD=-3.6090;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:182,26:150:86.33:86,0,255 11 71249183 rs55921335 T C 1868.27 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=309;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.61;MQ=57.42;MQ0=20;QD=6.05;SB=-452.11;VQSLOD=-5.2044;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:204,103:223:99:255,0,255 11 71249386 rs7101792 T C 2076.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.87;MQ=47.28;MQ0=99;QD=10.76;SB=-902.70;VQSLOD=-1.8808;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,193:52:99:255,156,0 11 71276632 rs36164574 T C 1769.71 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.82;MQ=64.97;MQ0=36;QD=7.11;SB=-661.26;VQSLOD=-3.6543;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,100:190:99:255,0,255 11 71276769 . G A 1109.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.07;MQ=43.63;MQ0=127;QD=3.54;SB=-336.84;VQSLOD=-2.7827;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,120:76:99:255,0,255 11 71276831 . C G 2714.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=392;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=26.43;MQ=56.63;MQ0=125;QD=6.92;SB=-359.51;VQSLOD=-2.6232;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:228,163:182:99:255,0,255 11 71276939 . G A 67.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.58;MQ=71.20;MQ0=8;QD=0.79;SB=38.60;VQSLOD=-3.3161;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,10:48:98.96:99,0,255 11 71498591 rs12270466 C G 152.21 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=61.54;MQ0=0;QD=30.44;SB=-99.60;VQSLOD=-2.6099;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:186,12,0 11 71498601 rs12283300 G T 162.79 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=64.98;MQ0=0;QD=27.13;SB=-79.07;VQSLOD=-0.7211;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:197,15,0 11 71498648 rs12277291 A G 39.59 ESPStandard;LowQual DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=64.31;MQ0=0;QD=7.92;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:2:6.02:72,6,0 11 71498671 rs12283346 G C 163.66 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=32.73;SB=-57.02;VQSLOD=-2.1970;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:197,12,0 11 71544269 rs11235192 C T 13.67 ESPStandard;HARD_TO_VALIDATE;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=199;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.00;MQ=1.91;MQ0=198;QD=0.07;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,107:1:1.76:45,3,0 11 71548465 rs12285436 A G 3633.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.00;MQ=95.87;MQ0=0;QD=40.82;SB=-1686.65;VQSLOD=0.0053;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:87:99:255,255,0 11 71548492 rs12793731 C T 3098.3 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.00;MQ=94.12;MQ0=0;QD=40.77;SB=-1487.42;VQSLOD=1.3877;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:74:99:255,220,0 11 71548520 rs12285495 A T 1740.96 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=78.36;MQ0=15;QD=30.02;SB=-795.43;VQSLOD=-2.7695;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:43:99:255,129,0 11 71548544 rs7120658 A G 931.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.73;MQ=63.24;MQ0=24;QD=17.90;SB=-417.55;VQSLOD=-0.4811;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:25:75.24:255,75,0 11 71712875 . T C 39.42 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.26;MQ=97.78;MQ0=0;QD=0.96;SB=53.19;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:30:70.50:70,0,255 11 71941212 rs2276048 A G 1514.53 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.16;MQ=98.29;MQ0=0;QD=15.45;SB=-516.04;VQSLOD=0.3673;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,49:93:99:255,0,255 11 72288599 rs1980091 G A 3944.3 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.19;MQ=95.26;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1692.75;VQSLOD=1.4066;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,116:175:99:255,0,255 11 72290629 rs392565 G A 2447.35 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.32;MQ=98.83;MQ0=0;QD=17.23;SB=-1019.45;VQSLOD=0.9223;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,70:138:99:255,0,255 11 72293602 rs4944557 A G 8032.72 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=253;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.85;MQ=98.67;MQ0=0;QD=31.75;SB=-2576.99;VQSLOD=0.4270;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,253:209:99:255,255,0 11 72415329 rs2306615 G A 477.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.75;MQ=97.95;MQ0=0;QD=10.61;SB=-250.49;VQSLOD=-0.3699;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:39:99:255,0,255 11 72945341 rs2511241 C T 28492.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=681;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.54;MQ=98.78;MQ0=0;QD=41.84;SB=-12454.14;VQSLOD=-1.2682;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,681:650:99:255,255,0 11 72946308 rs17244555 T A 4280.06 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.69;MQ=98.13;MQ0=0;QD=33.18;SB=-1329.23;VQSLOD=0.3898;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:110:99:255,255,0 11 73670645 rs653263 T C 2072.31 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.29;MQ=98.83;MQ0=0;QD=15.46;SB=-964.22;VQSLOD=1.3048;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,65:133:99:255,0,255 11 73681090 rs2306819 C T 3213.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.29;MQ=98.01;MQ0=0;QD=14.88;SB=-1290.14;VQSLOD=-0.4184;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,101:182:99:255,0,255 11 73681135 . G A 2019.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.02;MQ=97.17;MQ0=0;QD=11.74;SB=-732.04;VQSLOD=-1.0574;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,66:160:99:255,0,255 11 73689104 rs660339 G A 1580.46 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.43;MQ=98.99;MQ0=0;QD=16.46;SB=-772.65;VQSLOD=1.1584;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,52:89:99:255,0,255 11 73715542 rs2075577 G A 8888.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=417;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.28;MQ=98.92;MQ0=0;QD=21.32;SB=-1844.79;VQSLOD=0.7517;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:203,214:404:99:255,0,255 11 73785326 rs4453265 T C 5447.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=271;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.84;MQ0=0;QD=20.10;SB=-1534.52;VQSLOD=0.8459;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,136:258:99:255,0,255 11 73796917 rs826058 C T 3084.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.94;MQ0=0;QD=19.16;SB=-1036.43;VQSLOD=1.3658;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,84:156:99:255,0,255 11 73850002 . G C 2222.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.98;MQ=98.60;MQ0=0;QD=22.22;SB=-890.39;VQSLOD=-0.7067;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,55:100:99:255,0,255 11 74049569 rs3867270 A G 5697.04 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=351;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.71;MQ=98.88;MQ0=0;QD=16.23;SB=-2102.32;VQSLOD=1.1462;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:196,153:343:99:255,0,255 11 74053547 rs592644 C T 2718.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=195;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.33;MQ=98.43;MQ0=0;QD=13.94;SB=-1230.17;VQSLOD=1.1223;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,80:178:99:255,0,255 11 74168411 rs2270676 A G 4128.43 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=219;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.86;MQ=98.49;MQ0=0;QD=18.85;SB=-993.13;VQSLOD=-0.1423;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,105:191:99:255,0,255 11 74329615 rs4944052 T C 13066.9 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=624;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=15.01;MQ=98.72;MQ0=0;QD=20.94;SB=-5311.07;VQSLOD=-3.5970;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:302,320:604:99:255,0,255 11 74419357 rs1944937 C T 484.37 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.22;MQ=99.00;MQ0=0;QD=24.22;SB=-228.72;VQSLOD=-0.6873;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:12:36.12:255,36,0 11 74904362 rs1621378 T C 10746.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=312;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.79;MQ=98.73;MQ0=0;QD=34.45;SB=-4973.52;VQSLOD=-0.4613;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,312:272:99:255,255,0 11 75277628 rs584961 A G 2684.39 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.59;MQ=82.28;MQ0=0;QD=36.28;SB=-999.11;VQSLOD=-0.3973;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:66:99:255,199,0 11 75277757 rs650241 C G 241.7 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.42;MQ=94.90;MQ0=0;QD=9.67;SB=-122.35;VQSLOD=-1.1776;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:20:99:255,0,255 11 75277992 rs651581 C T 1987.87 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.63;MQ=98.28;MQ0=0;QD=14.83;SB=-462.39;VQSLOD=0.3169;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,58:125:99:255,0,255 11 75279846 rs649257 C T 7754.68 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=385;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.26;MQ=98.27;MQ0=0;QD=20.14;SB=-2874.26;VQSLOD=1.2364;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,189:362:99:255,0,255 11 75282882 rs585821 G A 3830.02 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.48;MQ=98.10;MQ0=0;QD=21.64;SB=-1307.97;VQSLOD=1.3291;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,94:173:99:255,0,255 11 75298797 rs1231128 A G 9081.12 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=522;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.21;MQ=98.62;MQ0=0;QD=17.40;SB=-2785.18;VQSLOD=-1.8181;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:285,237:510:99:255,0,255 11 76370792 rs4304809 A G 16277.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=439;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.13;MQ=98.24;MQ0=0;QD=37.08;SB=-7154.13;VQSLOD=-0.7599;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,438:417:99:255,255,0 11 76372052 rs3740779 A G 2525.94 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.54;MQ=98.01;MQ0=0;QD=35.58;SB=-1271.19;VQSLOD=0.9989;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:61:99:255,184,0 11 76372418 rs3740778 T C 1414.18 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.15;MQ=99.00;MQ0=0;QD=29.46;SB=-621.25;VQSLOD=-1.0393;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:38:99:255,114,0 11 76637651 rs4379869 G A 21940.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=501;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.52;MQ=98.78;MQ0=0;QD=43.79;SB=-9506.72;VQSLOD=-0.5861;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,501:499:99:255,255,0 11 76637680 rs4479014 G A 18453.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=438;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=14.31;MQ=98.63;MQ0=0;QD=42.13;SB=-7502.01;VQSLOD=-4.7601;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,437:433:99:255,255,0 11 76701606 rs3740767 G A 1350.04 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=40.91;SB=-543.03;VQSLOD=1.0261;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.32:255,96,0 11 76954812 rs11237145 T C 1952.65 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=181;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.32;MQ=96.35;MQ0=0;QD=10.79;SB=-785.40;VQSLOD=-0.1642;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,71:170:99:255,0,255 11 76954833 rs11237146 G A 2114.98 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.33;MQ=97.03;MQ0=0;QD=12.02;SB=-1052.93;VQSLOD=0.6079;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,72:160:99:255,0,255 11 77412646 . G A 10336.3 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=510;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.15;MQ=98.76;MQ0=0;QD=20.27;SB=-4339.61;VQSLOD=-2.1765;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:269,240:498:99:255,0,255 11 77412851 rs7950873 A G 4930.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=270;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=9.42;MQ=98.77;MQ0=0;QD=18.26;SB=-1584.32;VQSLOD=-1.5365;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,121:265:99:255,0,255 11 77553638 rs585721 T C 6925.53 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.18;MQ=98.91;MQ0=0;QD=41.22;SB=-3208.24;VQSLOD=1.5192;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:163:99:255,255,0 11 77635882 rs7119720 A C 1926.88 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.88;MQ=43.43;MQ0=165;QD=9.00;SB=-877.13;VQSLOD=-1.4750;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,133:47:99:255,141,0 11 77639466 rs11607043 A G 1325.14 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=65.93;MQ0=30;QD=20.71;SB=-0.01;VQSLOD=-1.4404;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:34:99:255,102,0 11 77639511 rs11607479 T A 470.99 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.98;MQ=57.77;MQ0=18;QD=15.19;SB=-0.01;VQSLOD=-1.1297;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:13:39.13:255,39,0 11 77727932 . C T 37.9 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.38;MQ=98.69;MQ0=0;QD=1.22;SB=35.15;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:20:68.97:69,0,255 11 77734209 rs11237362 T C 1825.19 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.99;MQ=97.88;MQ0=0;QD=27.24;SB=-664.13;VQSLOD=-1.4662;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:50:99:255,150,0 11 77790653 rs534418 T C 319.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-54.95;VQSLOD=0.7279;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:255,27,0 11 77790655 rs8875 G C 170.63 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=18.96;SB=-52.92;VQSLOD=-1.9621;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:202,0,161 11 77825320 rs665278 T C 4637.75 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.33;MQ=98.44;MQ0=0;QD=22.96;SB=-1845.32;VQSLOD=1.2421;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,115:195:99:255,0,255 11 77921418 . T G 13.03 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.78;MQ=96.05;MQ0=0;QD=0.34;SB=17.10;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:13:43.89:44,0,255 11 77921527 rs2512526 G C 5782 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.11;MQ=97.84;MQ0=0;QD=34.01;SB=-796.77;VQSLOD=-1.1807;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:123:99:255,255,0 11 78277277 rs10751296 A G 6447.47 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.42;MQ=98.86;MQ0=0;QD=36.43;SB=-2381.91;VQSLOD=1.1991;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:160:99:255,255,0 11 78279790 rs10501429 T G 2530 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.82;MQ0=0;QD=40.16;SB=-817.12;VQSLOD=1.7069;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:255,187,0 11 82443672 rs6592081 C G 10.77 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=96.05;MQ0=0;QD=5.39;SB=-0.01;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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G A 24.1 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.65;MQ=95.57;MQ0=0;QD=1.34;SB=-35.53;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,2:7:55.16:55,0,156 11 93212254 rs2658797 C T 5378.57 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.79;MQ=98.90;MQ0=0;QD=37.61;SB=-669.31;VQSLOD=0.2124;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:136:99:255,255,0 11 93464175 rs1944108 A C 1177.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=13.85;SB=-562.77;VQSLOD=0.1635;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:255,0,255 11 93466866 rs2155248 G T 3566.29 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.06;MQ=98.64;MQ0=0;QD=32.13;SB=-602.20;VQSLOD=-0.7861;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:95:99:255,255,0 11 93529655 rs34057693 G A 9726.06 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=442;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.25;MQ=98.91;MQ0=0;QD=22.00;SB=-3791.57;VQSLOD=-0.9760;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,223:440:99:255,0,255 11 93862493 rs1138800 A C 4615.59 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.61;MQ=98.12;MQ0=0;QD=35.23;SB=-1644.19;VQSLOD=0.6593;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:116:99:255,255,0 11 94231257 rs2509943 C G 11608.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.79;MQ=98.43;MQ0=0;QD=50.47;SB=-2865.09;VQSLOD=-2.1035;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,230:228:99:255,255,0 11 94320237 rs7110167 T C 4479.52 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.16;MQ=98.89;MQ0=0;QD=20.93;SB=-1126.03;VQSLOD=1.3500;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,114:210:99:255,0,255 11 94322352 rs11020845 A T 9319.67 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=532;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.20;MQ=98.64;MQ0=0;QD=17.52;SB=-3627.62;VQSLOD=0.6652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:299,232:523:99:255,0,255 11 94322353 rs11020846 G A 9871.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=528;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.52;MQ=98.63;MQ0=0;QD=18.70;SB=-3671.46;VQSLOD=-0.5233;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:296,232:522:99:255,0,255 11 94326765 rs57607909 G C 8496.55 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=328;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.12;MQ=98.97;MQ0=0;QD=25.90;SB=-3098.23;VQSLOD=-1.6038;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,174:320:99:255,0,255 11 94337220 rs593690 C T 3085.02 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=42.26;SB=-897.66;VQSLOD=1.0219;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:71:99:255,214,0 11 94862577 rs3740861 G T 9156.03 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=515;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.78;MQ=98.91;MQ0=0;QD=17.78;SB=-3672.19;VQSLOD=0.6378;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:262,253:493:99:255,0,255 11 95512060 rs1150360 A G 2591.85 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=154;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.66;MQ=98.90;MQ0=0;QD=16.83;SB=-1217.10;VQSLOD=1.5137;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,75:153:99:255,0,255 11 95564259 rs644799 A G 832.21 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.26;MQ=97.78;MQ0=0;QD=11.89;SB=-32.64;VQSLOD=-0.6827;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:51:99:255,0,255 11 95580926 rs566204 G A 6907.13 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=356;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.41;MQ=98.48;MQ0=0;QD=19.40;SB=-2864.21;VQSLOD=0.8890;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:198,158:352:99:255,0,255 11 95657111 rs3824874 T G 14.05 ESPStandard;LowQual DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=2.34;SB=-3.99;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:44.95:45,0,142 11 96116444 rs10831519 T C 975.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.00;MQ=98.88;MQ0=0;QD=13.19;SB=-227.39;VQSLOD=-0.1266;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:72:99:255,0,255 11 100863096 rs515552 A G 5640.16 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=269;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.31;MQ=98.73;MQ0=0;QD=20.97;SB=-1678.21;VQSLOD=0.1131;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,136:259:99:255,0,255 11 100863354 rs471933 C A 11700.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=608;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.64;MQ=98.77;MQ0=0;QD=19.24;SB=-4361.39;VQSLOD=-0.3939;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,301:598:99:255,0,255 11 100999253 . T C 165.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.49;MQ0=0;QD=7.90;SB=-75.32;VQSLOD=-3.8485;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:15:99:197,0,255 11 101325788 . G A 2222.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.45;MQ=98.62;MQ0=0;QD=15.01;SB=-1040.90;VQSLOD=-2.2794;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,64:144:99:255,0,255 11 101347093 rs12366144 A G 9897.24 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=484;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.70;MQ=98.68;MQ0=0;QD=20.45;SB=-3924.04;VQSLOD=0.7652;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,257:480:99:255,0,255 11 101359750 rs36111323 G A 4684.01 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.42;MQ=98.81;MQ0=0;QD=25.32;SB=-2021.65;VQSLOD=-1.4159;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,112:176:99:255,0,255 11 101454192 rs3802829 G A 109.07 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.00;MQ=97.74;MQ0=0;QD=15.58;SB=-6.99;VQSLOD=-1.5836;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:140,0,108 11 101771248 rs3858418 G A 10620.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=43.00;SB=-5191.93;VQSLOD=1.0156;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,247:246:99:255,255,0 11 101786014 . G A 660.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.57;MQ=97.44;MQ0=0;QD=11.39;SB=-353.42;VQSLOD=-2.9805;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:51:99:255,0,255 11 101832478 rs7926728 G T 4061.41 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.62;MQ=98.29;MQ0=0;QD=39.43;SB=-950.30;VQSLOD=-0.9462;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:100:99:255,255,0 11 101833644 rs7109233 C T 2204.67 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.28;MQ0=0;QD=41.60;SB=-873.01;VQSLOD=1.6561;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:255,160,0 11 101857758 rs6590942 G A 12567.8 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.29;MQ=98.80;MQ0=0;QD=42.89;SB=-4324.22;VQSLOD=1.2374;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:291:99:255,255,0 11 102398593 rs10502001 C T 7378.78 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=326;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.53;MQ=98.26;MQ0=0;QD=22.63;SB=-3110.25;VQSLOD=0.3603;REMAP_ALIGN=FP 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A G 6727.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=359;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.44;MQ=98.64;MQ0=0;QD=18.74;SB=-1798.62;VQSLOD=-0.7524;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,165:349:99:255,0,255 11 111896324 rs2303436 C T 3135.17 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=201;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.09;MQ=97.48;MQ0=0;QD=15.60;SB=-1101.63;VQSLOD=0.8414;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,97:178:99:255,0,255 11 111908162 rs627441 T C 2406.57 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.95;MQ=98.96;MQ0=0;QD=14.50;SB=-981.52;VQSLOD=0.8523;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,77:161:99:255,0,255 11 111916647 rs10891314 G A 4044.86 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.79;MQ=98.90;MQ0=0;QD=21.40;SB=-1536.97;VQSLOD=0.7897;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,92:187:99:255,0,255 11 112065434 rs10891338 T C 24625.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=643;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.84;MQ=98.77;MQ0=0;QD=38.30;SB=-12270.79;VQSLOD=-2.2798;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,641:622:99:255,255,0 11 112088499 rs2217401 A C 3865.12 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.56;MQ0=0;QD=42.47;SB=-549.08;VQSLOD=1.3119;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:90:99:255,255,0 11 113194168 rs723077 A C 6164.62 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.97;MQ=98.82;MQ0=0;QD=18.24;SB=-951.75;VQSLOD=0.8016;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:187,151:332:99:255,0,255 11 113283477 rs6275 A G 1482.56 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.59;MQ=98.62;MQ0=0;QD=13.48;SB=-253.44;VQSLOD=0.3048;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,55:92:99:255,0,255 11 113670052 rs2459971 T A 10524.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=295;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.03;MQ=98.38;MQ0=0;QD=35.68;SB=-4125.79;VQSLOD=0.5328;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,295:272:99:255,255,0 11 113679119 rs2465647 C T 8151.27 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.16;MQ=98.42;MQ0=0;QD=41.59;SB=-4053.80;VQSLOD=1.5010;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:193:99:255,255,0 11 113803028 rs1176744 A C 12642 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=695;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.75;MQ=98.89;MQ0=0;QD=18.19;SB=-4573.89;VQSLOD=-1.9900;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:393,302:690:99:255,0,255 11 113860425 rs1176713 A G 6348.33 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=422;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.08;MQ=98.70;MQ0=0;QD=15.04;SB=-1745.20;VQSLOD=-0.1369;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:253,167:366:99:255,0,255 11 114393652 rs10891692 C T 5909.35 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=99.00;MQ0=0;QD=44.43;SB=-2481.46;VQSLOD=1.4937;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:133:99:255,255,0 11 114441943 rs10891705 G A 11403.1 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=289;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.12;MQ=98.42;MQ0=0;QD=39.46;SB=-3822.76;VQSLOD=1.5632;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,288:280:99:255,255,0 11 114442103 rs550897 A G 5922.33 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.33;MQ=98.85;MQ0=0;QD=40.56;SB=-2916.87;VQSLOD=1.4363;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:142:99:255,255,0 11 115085467 rs45525440 A C 15500.5 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=812;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.12;MQ=98.81;MQ0=0;QD=19.09;SB=-6113.49;VQSLOD=-2.2284;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:428,384:787:99:255,0,255 11 116633825 rs918144 C T 928.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.00;MQ=98.74;MQ0=0;QD=12.89;SB=-338.39;VQSLOD=0.2279;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,27:71:99:255,0,255 11 116968937 . 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C G 28.69 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.59;MQ=91.36;MQ0=0;QD=4.78;SB=0.78;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:4:59.76:60,0,77 11 119005088 rs512703 C T 10740.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.43;MQ=98.94;MQ0=0;QD=41.63;SB=-2851.14;VQSLOD=1.5093;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,257:252:99:255,255,0 11 119005132 rs100803 C T 2156.08 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.32;MQ=98.79;MQ0=0;QD=20.53;SB=-385.90;VQSLOD=0.0134;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:103:99:255,0,255 11 119043656 rs643423 C T 14661.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=387;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.56;MQ=98.41;MQ0=0;QD=37.89;SB=-7323.07;VQSLOD=0.6908;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,381:355:99:255,255,0 11 119052826 rs4245191 C A 4046.72 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.13;MQ=98.87;MQ0=0;QD=31.62;SB=-1072.22;VQSLOD=0.4340;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:104:99:255,255,0 11 119059404 rs1815811 G A 6891.09 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.93;MQ=98.45;MQ0=0;QD=31.18;SB=-2939.47;VQSLOD=0.3503;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:168:99:255,255,0 11 119063908 rs2301574 C T 5529.22 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.52;MQ=98.52;MQ0=0;QD=39.21;SB=-2129.37;VQSLOD=1.5324;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:134:99:255,255,0 11 119185677 rs34587557 T C 1231.36 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.80;MQ=98.58;MQ0=0;QD=13.99;SB=-403.20;VQSLOD=-1.1531;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,39:84:99:255,0,255 11 119210514 . 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C G 2218.7 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=188;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.85;MQ=98.19;MQ0=0;QD=11.80;SB=-602.86;VQSLOD=-2.1425;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,75:139:99:255,0,255 11 121032978 rs526433 G A 8908.78 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.44;MQ=98.00;MQ0=0;QD=38.90;SB=-3433.50;VQSLOD=0.7943;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,225:214:99:255,255,0 11 121367626 rs12364988 T C 10007.9 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=266;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.91;MQ=98.63;MQ0=0;QD=37.62;SB=-4012.67;VQSLOD=1.4054;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,266:255:99:255,255,0 11 121403229 rs636588 T C 13765.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=325;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.90;MQ=98.74;MQ0=0;QD=42.35;SB=-4987.68;VQSLOD=1.0054;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,325:321:99:255,255,0 11 121437819 rs1699107 C G 13688.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=294;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.82;MQ=98.91;MQ0=0;QD=46.56;SB=-4588.29;VQSLOD=0.0449;REMAP_ALIGN=FP 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G C 1215.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=856;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.31;MQ=80.21;MQ0=160;QD=1.42;SB=-228.58;VQSLOD=-3.2756;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:601,255:652:99:255,0,255 11 123893729 rs634361 A G 681.32 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=883;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=28.58;MQ=79.97;MQ0=162;QD=0.77;SB=-161.21;VQSLOD=-6.4933;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:614,264:674:99:255,0,255 11 123893791 rs3017765 A C 389.9 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1319;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=42.54;MQ=65.60;MQ0=284;QD=0.30;SB=-164.82;VQSLOD=-12.1264;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:985,330:873:99:255,0,255 11 123893984 rs11219412 A C 193 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=766;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.16;MQ=8.41;MQ0=759;QD=0.25;SB=-0.01;VQSLOD=-9.6733;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:486,280:7:21.05:227,21,0 11 123893988 rs11535718 C T 183.52 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=753;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.78;MQ=7.24;MQ0=748;QD=0.24;SB=-0.01;VQSLOD=-8.9342;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:465,283:5:15.05:217,15,0 11 123894136 rs28499345 A G 3887.56 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=412;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.20;MQ=22.47;MQ0=287;QD=9.44;SB=-0.01;VQSLOD=-2.3967;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,412:91:99:255,255,0 11 123894234 rs11219413 A G 22049.5 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1009;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.84;MQ=51.39;MQ0=363;QD=21.85;SB=-8625.79;VQSLOD=-1.9410;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,997:569:99:255,255,0 11 123894402 rs12221656 A G 9088.6 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=347;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.21;MQ=71.29;MQ0=68;QD=26.19;SB=-3328.82;VQSLOD=-1.3539;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,344:241:99:255,255,0 11 123900367 . T C 612.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1086;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.80;MQ=81.07;MQ0=4;QD=0.56;SB=93.84;VQSLOD=-3.1801;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:981,100:1039:99:255,0,255 11 123900382 . C T 799.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1145;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.08;MQ=76.90;MQ0=12;QD=0.70;SB=10.30;VQSLOD=-3.1546;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1038,107:1094:99:255,0,255 11 123900385 . C A 537.74 FDRtranche1.00to10.00+ AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1164;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.56;MQ=75.84;MQ0=13;QD=0.46;SB=137.72;VQSLOD=-8.1722;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1057,107:1114:99:255,0,255 11 123909073 rs11219419 C G 17804.2 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=439;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.64;MQ=79.04;MQ0=61;QD=40.56;SB=-6448.75;VQSLOD=-0.8666;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,429:357:99:255,255,0 11 123909172 rs28414940 G A 20551.2 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1731;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.73;MQ=41.24;MQ0=1142;QD=11.87;SB=-6960.88;VQSLOD=-4.4482;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:554,1176:527:99:255,0,252 11 123909342 rs470242 G A 22218.7 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=624;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.57;MQ=83.22;MQ0=84;QD=35.61;SB=-5510.90;VQSLOD=-1.8897;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,624:510:99:255,255,0 11 123909650 rs3894199 C G 12336 HARD_TO_VALIDATE;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=664;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.92;MQ=57.04;MQ0=121;QD=18.58;SB=-4311.83;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:330,334:499:99:255,0,255 11 123909653 rs4998340 G T 11027.9 HARD_TO_VALIDATE;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=665;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.92;MQ=59.25;MQ0=118;QD=16.58;SB=-3572.16;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:318,346:504:99:255,0,255 11 123909656 rs3894198 G A 11872 HARD_TO_VALIDATE;SnpCluster DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=637;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.62;MQ=61.20;MQ0=110;QD=18.64;SB=-4113.38;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:292,345:487:99:255,0,255 11 123909695 rs3894197 G C 10680.4 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=264;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.63;MQ=81.61;MQ0=43;QD=40.46;SB=-2454.35;VQSLOD=0.8449;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,262:211:99:255,255,0 11 123988432 . T G 21.13 ESPStandard;LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=18.55;MQ=98.01;MQ0=0;QD=0.14;SB=191.64;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,67:87:52.17:52,0,255 11 124007900 . C T 2291.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.00;MQ=98.85;MQ0=0;QD=17.10;SB=-1133.49;VQSLOD=-0.3901;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,66:130:99:255,0,255 11 124252422 rs503220 G A 4797.03 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=363;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=15.02;MQ=21.55;MQ0=248;QD=13.21;SB=-1333.41;VQSLOD=-2.2295;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,279:111:99:255,255,0 11 124252718 rs55989857 G A 89.55 FDRtranche1.00to10.00+ DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.60;MQ=7.75;MQ0=183;QD=0.47;SB=-0.01;VQSLOD=-8.1746;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,133:3:9.03:123,9,0 11 124252892 rs644147 A G 3939.27 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.32;MQ=38.97;MQ0=59;QD=22.77;SB=-559.20;VQSLOD=-1.2366;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,173:94:99:255,255,0 11 124253100 . 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G A 108.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.48;MQ=98.27;MQ0=0;QD=8.32;SB=-49.65;VQSLOD=-3.6887;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:12:99:139,0,255 11 124767686 rs55941905 G T 133.6 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.97;MQ=97.12;MQ0=0;QD=5.34;SB=-38.92;VQSLOD=-4.0709;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:21:99:165,0,255 11 124789755 rs3802904 T C 7051.07 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.56;MQ=98.47;MQ0=0;QD=35.97;SB=-3154.96;VQSLOD=1.0020;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:184:99:255,255,0 11 124793682 rs10790715 T C 10241 PASS DB;AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.09;MQ=98.39;MQ0=0;QD=30.39;SB=-3455.72;VQSLOD=0.2260;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,335:274:99:255,255,0 11 124947396 rs55752830 A G 1865.93 PASS DB;AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.88;MQ=98.57;MQ0=0;QD=13.23;SB=-867.24;VQSLOD=-0.5264;REMAP_ALIGN=FP GT:AD:DP:GQ:PL 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