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C CTTTCTT 469.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=30;FS=9.118;HRun=0;HaplotypeScore=216.7206;MQ0=0;MQ=54.32;MQRankSum=-3.682;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.578;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:509,0,1255 1 1647928 rs1883424 A G 405.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.092;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=54.16;MQRankSum=2.171;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.373;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:436,0,313 1 1650657 rs72909028 C G 146.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=54.44;MQRankSum=-0.935;QD=11.27;ReadPosRankSum=-2.777;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:177,0,204 1 1650787 rs1137003 T C 725.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=15.985;HRun=0;HaplotypeScore=3.9820;MQ0=0;MQ=55.25;MQRankSum=-0.560;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:755,0,1094 1 1650832 rs72909030 A G 860.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=55.68;MQRankSum=-2.467;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:890,0,1375 1 1650845 rs1059831 G A 1618.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=1.605;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=54.92;MQRankSum=4.156;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:1648,0,1096 1 1650920 rs36191908 G A 761.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=6.287;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=53.11;MQRankSum=-6.126;QD=8.19;ReadPosRankSum=-2.786;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:93:99:791,0,1635 1 1650960 rs72634834 G A 352.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.945;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.66;MQRankSum=-5.070;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.160;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:382,0,655 1 1650967 rs75384210 T C 270.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.201;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=49.37;MQRankSum=-4.480;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:301,0,541 1 1650996 rs74223875 T C 146.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.88;MQRankSum=-3.532;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:176,0,350 1 1651003 rs76941027 G A 90.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.22;MQRankSum=-2.927;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:121,0,279 1 1669734 rs80140081 G T 115.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=1;MQ=43.27;MQRankSum=-0.933;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:145,0,245 1 1669748 rs115554296 A G 171.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=2.6287;MQ0=0;MQ=44.79;MQRankSum=0.133;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:201,0,147 1 1684169 rs7796 C G 76.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.35:106,0,70 1 1685921 . 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C T 285.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=43;Dels=0.00;FS=1.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.905;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:315,0,724 1 9323463 rs77405831 C CTGAGGCAG 694.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=77.9400;MQ0=0;MQ=49.17;MQRankSum=-3.163;QD=49.60;ReadPosRankSum=-1.097;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:733,0,609 1 9323910 rs6688832 G A 435.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=9.525;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.127;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:465,0,614 1 9324213 rs17368528 C T 140.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=20.13;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:53.64:171,0,54 1 9324571 rs9434742 T C 639.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.238;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=-1.461;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:669,0,403 1 9324670 rs9434743 A G 652.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.125;HRun=0;HaplotypeScore=3.2350;MQ0=0;MQ=57.37;MQRankSum=0.293;QD=12.55;ReadPosRankSum=2.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:683,0,663 1 9416151 rs9435243 G A 1278.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.914;HRun=2;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.201;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.715;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1308,0,1000 1 9416346 rs3795309 C T 569.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.843;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=1.604;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.743;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:599,0,620 1 9627521 rs6698575 A G 115.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.09:146,0,59 1 9642329 rs56026893 C T 169.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.480;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:40.86:200,0,41 1 9658465 rs9430181 T G 264.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.585;HRun=0;HaplotypeScore=4.4323;MQ0=0;MQ=56.88;MQRankSum=0.837;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.097;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:294,0,457 1 9658707 rs9430182 G A 73.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.39:103,0,95 1 9770690 rs34885574 C CAG 237.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DB;DP=35;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=102.3302;MQ0=0;MQ=60.31;MQRankSum=-0.453;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.815;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:35:99:276,0,328 1 9777586 rs28730669 G C 316.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.380;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:346,0,407 1 9781412 rs12735071 C G 85.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-0.796;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:115,0,342 1 10068261 . 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A G 414.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=47;Dels=0.00;FS=7.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=40.12;MQRankSum=-0.663;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.900;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:444,0,658 1 16893335 rs663405 T C 104.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=1;MQ=48.19;MQRankSum=0.198;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:57.50:135,0,57 1 16907124 rs615115 A C 1349.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.034;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=16;MQ=43.01;MQRankSum=-0.734;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.126;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:1379,0,1548 1 16913416 rs76915367 G C 185.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.37;MQRankSum=0.318;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:216,0,296 1 16918502 rs3925698 A G 2402.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=0.512;HRun=1;HaplotypeScore=10.8874;MQ0=2;MQ=49.22;MQRankSum=-8.389;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,117:244:99:2432,0,3916 1 16918717 rs3872321 C T 177.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.71;MQRankSum=-0.836;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:207,0,268 1 16918734 rs3928093 G C 219.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.68;MQRankSum=-1.148;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:250,0,256 1 16935283 rs1762922 T C 82.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.720;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.54:112,0,61 1 16948473 rs446948 C T 483.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.79;MQRankSum=1.833;QD=24.19;ReadPosRankSum=1.309;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:20:99:514,0,132 1 16952993 rs942268 C G 778.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.49;MQRankSum=0.060;QD=27.81;ReadPosRankSum=-1.680;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:28:89.63:809,0,90 1 16953672 rs3738597 C T 392.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.913;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=48.31;MQRankSum=-0.272;QD=9.34;ReadPosRankSum=-2.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:422,0,595 1 16959101 rs698884 C T 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:81,0,31 1 16959551 rs849696 T C 277.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-1.592;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:308,0,291 1 16969381 rs9727604 C T 1263.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=7;MQ=42.42;MQRankSum=-6.553;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.112;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,54:79:99:1293,0,561 1 16969715 rs9329444 A G 219.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.444;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.239;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:250,0,456 1 16972920 rs4661882 C T 433.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.10;MQRankSum=-1.096;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.830;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:463,0,848 1 16973114 . AGCCATGGTT A 302.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.276;DP=37;FS=2.026;HRun=0;HaplotypeScore=277.7551;MQ0=2;MQ=52.11;MQRankSum=-1.815;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.485;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:37:99:341,0,4051 1 16974869 rs4570422 G C 790.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.420;HRun=0;HaplotypeScore=8.5877;MQ0=8;MQ=48.18;MQRankSum=3.530;QD=15.50;ReadPosRankSum=1.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:820,0,219 1 17013214 rs10907263 T C 475.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=5.041;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.04;MQRankSum=1.626;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.623;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:505,0,531 1 17013916 rs67138410 GT G 1210.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.394;DB;DP=77;FS=5.856;HRun=2;HaplotypeScore=193.3356;MQ0=4;MQ=51.20;MQRankSum=1.086;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.878;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:77:99:1250,0,1479 1 17017717 rs12561804 C T 202.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.688;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.471;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:232,0,176 1 17017734 rs12561805 C T 147.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.466;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:177,0,146 1 17030504 rs601031 T A 503.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.504;HRun=0;HaplotypeScore=12.8016;MQ0=0;MQ=54.90;MQRankSum=-3.324;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:64:99:533,0,891 1 17030590 rs590170 G A 164.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.38;MQRankSum=-1.082;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:194,0,420 1 17030615 . 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C T 116.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.919;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:147,0,275 1 17281759 . C CG 634.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=37.4944;MQ0=0;MQ=61.69;QD=33.39;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:676,57,0 1 17431277 rs6701159 G T 118.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:149,0,172 1 17550121 rs2293912 G A 312.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.388;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.462;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.96;MQRankSum=0.561;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.226;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:343,0,468 1 17563967 rs2977306 T C 272.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=4.129;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.408;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:303,0,353 1 17570466 rs2293921 T C 110.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:93.83:141,0,94 1 17575645 rs3763589 A C 503.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.564;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:534,0,483 1 17586010 rs45438395 G A 316.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=-0.085;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:347,0,683 1 17586134 rs3750300 A G 772.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.342;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.662;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:802,0,758 1 17593144 rs2272628 C G 168.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=9.615;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.272;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.833;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:199,0,349 1 17593316 rs2272629 G A 771.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.951;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.85;MQRankSum=-0.942;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.978;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:801,0,665 1 17597721 rs4595409 A G 63.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:93.06:93,0,256 1 17609448 rs2293920 G T 254.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=0.242;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:285,0,556 1 17720391 rs6678552 G A 56.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:86.39:86,0,142 1 17720439 rs6695849 T C 121.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.272;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:151,0,444 1 17720615 rs10458537 A C 91.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.148;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:122,0,166 1 17725358 rs57383037 C G 872.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.360;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=1;HaplotypeScore=2.7577;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=-1.732;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.950;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:903,0,351 1 17736578 rs2762890 A G 215.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.811;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:245,0,159 1 17739586 rs942457 G A 169.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=8.704;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.840;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:200,0,376 1 17939405 . C A 204.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=-0.036;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:234,0,451 1 17948305 . G GGGCCACAGCAGGTACT 1588.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=33;FS=1.657;HRun=0;HaplotypeScore=354.3895;MQ0=0;MQ=51.54;MQRankSum=-4.690;QD=48.13;ReadPosRankSum=-1.421;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,3:33:99:1627,0,2682 1 17953748 . G T 204.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-1.184;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:235,0,234 1 17959044 rs115686702 A T 323.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.181;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:353,0,172 1 18023877 rs11589634 G A 233.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.279;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.341;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:264,0,353 1 18149510 rs694214 G T 106.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.394;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:137,0,436 1 18149566 rs2296035 C A 546.49 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G T 114.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=15;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.286;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:145,0,283 1 21043913 rs604659 T C 112.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.35:142,0,64 1 21571601 rs12562197 G A 239.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.122;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:270,0,325 1 21573722 rs2229450 G A 352 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.833;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.187;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.037;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:99:382,0,170 1 21583973 rs3026879 A G 118.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.717;QD=10.82;ReadPosRankSum=2.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:149,0,139 1 21584128 rs41497052 G A 130.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.16:160,0,58 1 21755345 rs41302023 T C 229.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7219;MQ0=0;MQ=43.22;MQRankSum=-1.342;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.342;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:259,0,425 1 21786251 rs4654750 T C 133.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.307;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:164,0,116 1 21795288 rs61740199 C T 1249.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=0.117;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1280,0,1394 1 21797204 rs72872292 G C 702.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=1;HaplotypeScore=4.2231;MQ0=0;MQ=58.12;MQRankSum=0.526;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:732,0,761 1 21798144 . C T 1245.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9031;MQ0=4;MQ=47.30;MQRankSum=-5.191;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,58:144:99:1275,0,2134 1 21798249 rs72872297 C G 693.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3216;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.804;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.816;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:723,0,1093 1 21799414 rs78430674 G A 1120.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.791;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9952;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.188;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.004;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:1150,0,1527 1 21799489 rs1971327 T C 153.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.779;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:183,0,195 1 21800185 rs7520015 T G 116.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=19.45;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.90:147,0,56 1 21801346 rs7531217 G A 759.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.677;QD=17.65;ReadPosRankSum=-1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:789,0,525 1 21804620 . C T 1051.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.999;DP=100;Dels=0.00;FS=1.693;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.058;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:1081,0,1590 1 21805730 rs2316504 A G 156.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.10;MQRankSum=-0.742;QD=22.33;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.07:186,0,18 1 21805978 rs4654948 G A 365.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.160;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=1.003;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:395,0,418 1 21806571 rs41265989 A G 857.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.094;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.124;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=6;MQ=48.32;MQRankSum=1.565;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.687;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:888,0,602 1 21806840 . 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A G 249.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.495;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.919;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:279,0,108 1 26085048 rs35646892 AG A 337.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=35.9610;MQ0=0;MQ=60.00;QD=25.99;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:36.08:380,36,0 1 26110236 rs79507311 G A 342.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.899;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:372,0,464 1 26161677 . C T 921.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.680;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.603;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:951,0,1004 1 26310394 rs2275102 A G 468.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.409;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=5.709;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.286;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.584;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:499,0,699 1 26349109 rs78022960 C CT 273.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=23.8355;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.377;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.382;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:78.53:313,0,79 1 26357656 rs2736831 C A 432.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6320;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.868;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:462,0,327 1 26357667 rs11247848 G A 332.77 PASS 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C G 464.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.491;QD=14.50;ReadPosRankSum=2.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:494,0,436 1 26665991 rs6675432 C G 152.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.572;QD=19.03;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60.17:182,0,60 1 26786627 rs3816539 G A 677.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=3.9782;MQ0=0;MQ=58.94;MQRankSum=3.082;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.476;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:707,0,873 1 26799941 rs2255389 A G 100.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9905;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=1.309;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:131,0,180 1 26846195 rs4970514 C T 543.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.98;MQRankSum=0.171;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.933;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:574,0,501 1 26872554 rs12723936 A G 103.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.380;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:134,0,167 1 26879792 rs4970489 T C 174.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:205,0,208 1 26880989 rs873151 T C 251.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.025;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:282,0,214 1 26887150 rs34062688 A G 284.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=6.690;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=1.021;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.669;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:315,0,337 1 26887592 rs1064196 T C 358.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.238;HRun=0;HaplotypeScore=2.9570;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.100;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:388,0,599 1 26898575 . 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G T 473.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.910;DP=55;Dels=0.00;FS=2.352;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.548;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.114;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:504,0,975 1 27687366 rs35733093 C G 117.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=-1.447;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:147,0,107 1 27709020 rs2504779 T C 351.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=-1.276;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.087;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,16:20:96.90:381,0,97 1 27720178 rs2504786 T C 418.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.114;HRun=1;HaplotypeScore=1.8737;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.528;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.060;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:448,0,545 1 27755156 . G A 122.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.14;MQRankSum=-1.268;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:152,0,143 1 27878162 rs112179924 C T 1201.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.700;HRun=0;HaplotypeScore=12.4064;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.242;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1232,0,1158 1 28206588 rs12568383 T C 68.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.07:98,0,96 1 28209305 rs3766398 A G 1247.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.513;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.114;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=0.477;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.795;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1277,0,874 1 28209362 rs3766399 T C 789.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.342;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.932;HRun=0;HaplotypeScore=2.7764;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=-0.205;QD=10.82;ReadPosRankSum=-3.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:820,0,1164 1 28209366 rs3766400 A G 767.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.022;HRun=1;HaplotypeScore=3.5104;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=-1.342;QD=10.66;ReadPosRankSum=-2.553;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:798,0,1189 1 28212272 rs11247705 G A 128.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=21.41;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:23.18:158,0,23 1 28220484 rs17257252 C A 71.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:102,0,146 1 28282292 rs3813803 T C 671.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4731;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=1.516;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.374;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:701,0,430 1 28599160 . C T 1031.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=87;Dels=0.00;FS=0.806;HRun=0;HaplotypeScore=1.9092;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.072;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.043;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1061,0,1339 1 29040799 rs16837667 A G 269.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=16.113;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=0.515;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.216;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:300,0,749 1 29189597 rs2234918 C T 72.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-1.380;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:67.94:103,0,68 1 29320013 rs111642750 G A 213.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=8.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.535;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.930;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:244,0,635 1 29345009 rs5773229 C CTT 506.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.155;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=83.3492;MQ0=0;MQ=57.00;MQRankSum=-0.775;QD=21.11;ReadPosRankSum=-1.830;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:546,0,567 1 29345027 rs2985334 T G 118.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=0.674;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:149,0,338 1 29475341 rs2230678 C T 93.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:124,0,173 1 29475394 rs2230677 C G 53.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.9531;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.684;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:9:83:83,0,174 1 29475648 rs2230679 T G 917.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7907;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-0.203;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:947,0,1024 1 29527028 . G A 198.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.787;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:228,0,309 1 29529699 rs1062924 T C 95.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.437;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:125,0,212 1 29542637 rs1128400 A G 1138.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.875;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8557;MQ0=0;MQ=58.98;MQRankSum=0.739;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.603;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1169,0,1044 1 29542926 rs3003636 A T 72.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.70:103,0,94 1 29616318 rs2076620 C A 99.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:129,0,103 1 29631909 rs2235937 A G 519.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=0;HaplotypeScore=4.6944;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.404;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:550,0,1343 1 30699340 rs6684063 T G 77.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.54:107,0,61 1 31347399 rs4949184 C T 927.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=1;HaplotypeScore=1.8801;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=2.683;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.992;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:957,0,1197 1 31409726 . CCT C 454.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.1320;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.196;QD=30.29;ReadPosRankSum=1.110;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:493,0,160 1 31415040 rs114512056 A T 110.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=1.754;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:64.48:141,0,64 1 31418119 rs12142833 C T 181.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:211,0,168 1 31426815 rs2275741 A G 361.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.658;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=1.195;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:392,0,539 1 31440921 rs4317854 G A 98.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:128,0,25 1 31501755 rs4949331 T C 422.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.882;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.334;QD=19.21;ReadPosRankSum=-3.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:453,0,253 1 31764713 rs111660652 C CAAG 1017.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=76.4673;MQ0=0;MQ=54.73;QD=63.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:48.16:1060,48,0 1 31905889 rs3050461 A ACAG 2172.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=108.4150;MQ0=0;MQ=58.89;QD=55.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:2214,111,0 1 31907089 . T C 392.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.627;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.313;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:423,0,766 1 32084904 rs1056526 C T 1333.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=1.363;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.052;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:1364,0,1731 1 32092525 rs2271933 A G 1244.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=3.464;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.940;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:1274,0,1619 1 32096265 rs1061770 A G 606.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.404;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=56.34;MQRankSum=0.879;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.141;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:637,0,260 1 32119431 rs3817398 T C 285.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.70;MQRankSum=-0.919;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.510;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:315,0,304 1 32127911 rs2271927 C T 144.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.422;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:79.49:175,0,79 1 32127953 rs2271928 G A 193.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-1.545;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:223,0,145 1 32133737 rs2292988 C T 198.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=9.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.902;QD=9.44;ReadPosRankSum=2.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:228,0,406 1 32134491 rs2271929 C G 98.57 PASS 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C T 260.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-0.361;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.650;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:17.68:290,0,18 1 33631069 rs2306257 C A 89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.633;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:119,0,174 1 33646950 rs622407 A G 106.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.31:137,0,58 1 33741615 rs7514338 T A 336.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.368;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.064;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:366,0,287 1 33741787 rs12743549 G A 441 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.329;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.855;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:471,0,320 1 33760743 rs4641276 T C 660.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=4.051;HRun=4;HaplotypeScore=1.7335;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=-0.315;QD=10.83;ReadPosRankSum=2.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:691,0,916 1 33790496 rs11554674 G A 310.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.029;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:341,0,293 1 33799900 rs12734630 G A 345.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.050;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:375,0,190 1 33820134 rs12026290 C T 177.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:208,0,128 1 33840795 rs10914693 T G 202.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=57.44;MQRankSum=-0.278;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:233,0,124 1 33954352 rs3795418 A G 104.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.35:135,0,67 1 33957130 rs3795419 C A 458.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=2.8836;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=2.128;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:488,0,268 1 33960062 rs9943259 A G 611.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.379;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=7.156;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=2.290;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:641,0,979 1 33985353 rs2641959 C G 520.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.553;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:550,0,558 1 33990366 rs35673825 C G 82.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:112,0,134 1 34002922 . 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C T 52.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8255;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.296;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:82.66:83,0,254 1 37796436 rs4653277 A G 85.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:25.76:115,0,26 1 37947235 . A T 385.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=47;Dels=0.00;FS=1.234;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=1.517;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:416,0,815 1 37948212 rs215205 C G 202.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.984;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.197;QD=10.64;ReadPosRankSum=-2.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:232,0,384 1 37978999 rs72657778 A C 411.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.837;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.069;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:442,0,436 1 38018150 rs72657793 T C 215.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=2.533;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:245,0,137 1 38022452 rs2273014 C A 61.70 PASS 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A T 134.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9328;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.470;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,153 1 38338795 rs11488569 A G 785.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.371;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:815,0,662 1 38345896 rs2306427 A C 175.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.197;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.52;MQRankSum=-0.146;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:205,0,260 1 38397423 . C G 142.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.572;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:56.58:173,0,57 1 38411350 rs11485595 C T 321.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-1.016;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:351,0,343 1 38411445 rs871524 G A 614.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9905;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.615;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.538;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:645,0,403 1 38444749 rs7555461 T C 79.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55.37:110,0,55 1 38453576 rs10890285 A C 105.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.680;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:136,0,278 1 38463504 rs7366048 C T 523.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.447;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.523;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:553,0,772 1 39715857 . C CA 287.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=11;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=23.5981;MQ0=0;MQ=61.94;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.715;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:73.43:327,0,73 1 39720180 rs75830873 C A 135.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,163 1 39757799 rs16826036 G C 141.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.031;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:172,0,167 1 39766041 rs41270803 A G 371.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.398;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:402,0,254 1 39797055 rs16826069 A G 718.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=0.047;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.108;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:748,0,894 1 39801815 rs41270807 A C 388.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.885;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.243;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:419,0,512 1 39815143 rs16826093 T A 353.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.372;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.109;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:383,0,363 1 39815344 rs41270811 G A 180.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:211,0,185 1 39823032 . A AT 161.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DP=24;FS=10.891;HRun=9;HaplotypeScore=62.5679;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.785;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.399;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:24:99:200,0,279 1 39835817 rs2296172 A G 177.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.280;QD=9.36;ReadPosRankSum=-2.353;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:208,0,311 1 39845250 . A G 221.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.208;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:251,0,243 1 39913351 rs2296173 A G 411.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.717;QD=18.72;ReadPosRankSum=-1.194;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:442,0,205 1 39919346 rs688320 T G 600.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-0.633;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.090;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:631,0,462 1 39934228 . G A 161.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.467;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:191,0,204 1 39988913 . CAG C 240.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=39.6900;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=24.00;ReadPosRankSum=-1.580;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:99:279,0,139 1 39991474 rs11583829 A C 887.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=11.194;HRun=1;HaplotypeScore=1.8893;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=0.156;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:918,0,1095 1 39991475 rs2230006 G A 815.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.229;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.555;HRun=1;HaplotypeScore=2.7834;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=-0.022;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.624;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:845,0,1100 1 40035686 rs17513135 C T 236.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.323;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:266,0,288 1 40036847 rs2293476 G C 1320.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.308;HRun=1;HaplotypeScore=5.6132;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=2.555;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1350,0,1354 1 40041371 rs79094524 G GA 273.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=28.1234;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.715;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.382;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:69.68:313,0,70 1 40097136 rs11206504 T C 465.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.173;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:496,0,273 1 40149551 rs11206617 G C 102.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:133,0,137 1 40149642 rs784634 G T 537.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.737;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=1.701;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:568,0,460 1 40183755 . T C 63.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.07:94,0,93 1 40207169 rs497333 T G 269.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=0;HaplotypeScore=4.7346;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.780;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:299,0,225 1 40209408 rs491164 A G 81.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:111,0,25 1 40229319 rs493473 G A 271.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.12;MQRankSum=0.449;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:302,0,303 1 40349131 rs3845570 G A 82.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.278;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:113,0,143 1 40363054 rs3134614 G C 394.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.228;HRun=0;HaplotypeScore=1.9305;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=0.051;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.309;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:424,0,1003 1 40428587 rs3131699 G T 125.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=4.467;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.05;MQRankSum=-0.847;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:155,0,257 1 40432897 rs116255627 G T 149.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.201;QD=10.71;ReadPosRankSum=-1.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:180,0,249 1 40536074 rs58190778 C CT 1108.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=50.8345;MQ0=0;MQ=59.95;QD=44.33;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:72.25:1150,72,0 1 40705726 rs10889205 A T 159.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.811;QD=11.39;ReadPosRankSum=2.281;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:14:99:189,0,239 1 40728529 rs35727571 TA T 125.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;FS=5.441;HRun=2;HaplotypeScore=23.1968;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.268;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,195 1 40733658 rs7516571 A G 148.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:88.42:178,0,88 1 41298652 rs913378 T C 396.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.127;QD=10.17;ReadPosRankSum=-2.662;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:427,0,559 1 41454425 rs6675122 G A 196.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-2.083;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:227,0,487 1 41466681 . 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T C 218.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=25;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=1.9934;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.411;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.794;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:249,0,362 1 42878153 rs9803894 G A 74.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:105,0,110 1 42880516 rs1055055 T C 642.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=0.589;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.316;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:673,0,757 1 42915727 rs12047095 C G 336.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=-0.028;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:54:99:366,0,1009 1 42915753 rs11210647 T C 320.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.72;MQRankSum=2.462;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.987;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:49:99:351,0,869 1 43011030 rs11210668 A G 156.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=17.38;ReadPosRankSum=-1.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:61.48:186,0,61 1 43021810 rs12038786 C T 246.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.192;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.192;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:276,0,351 1 43047057 rs12037518 A G 600.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.670;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.710;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.110;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:631,0,577 1 43055243 rs10789417 C G 289.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.185;QD=24.13;ReadPosRankSum=-0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:85.13:320,0,85 1 43119661 rs16829829 C A 188.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:218,0,215 1 43124859 rs3738494 C T 986.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.915;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.254;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.993;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1016,0,899 1 43126352 . 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C T 1163.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=66;Dels=0.00;FS=4.940;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=0.476;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.383;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:1194,0,714 1 43909265 rs2255632 T C 285.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.021;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.204;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:315,0,248 1 43912590 rs2782650 A G 263.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.708;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:294,0,324 1 43917409 rs2251804 T C 210.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.532;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:240,0,260 1 43917637 rs2251802 G A 333.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.102;QD=15.18;ReadPosRankSum=1.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:364,0,257 1 44119038 rs3215842 A AT 784.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=50.4715;MQ0=0;MQ=60.86;QD=31.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:69.21:827,69,0 1 44125962 rs67294105 CA C 707.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=62.0187;MQ0=0;MQ=58.55;QD=27.19;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:66.19:749,66,0 1 44451234 rs1061781 C T 509.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.691;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:539,0,955 1 44594966 rs2485653 G A 434.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.702;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.016;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:465,0,535 1 44595113 rs2429051 G C 392.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=6.397;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=-0.419;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.004;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:422,0,555 1 44595144 . 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G A 160.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.154;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:190,0,209 1 45220566 rs76670103 C A 99.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:129,0,175 1 45246243 rs11211032 C A 626.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.222;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:656,0,445 1 45444038 rs11556200 G A 766.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.842;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:797,0,1220 1 45453893 rs7553658 A C 786.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.407;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=10.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.56;MQRankSum=0.253;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:817,0,821 1 45457681 rs12126314 G A 1025.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=-0.042;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:1056,0,1190 1 45457708 rs12126318 G A 1118.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.744;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8658;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=-1.010;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.905;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:1149,0,1553 1 45457873 rs401665 G A 849.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.336;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.011;QD=15.73;ReadPosRankSum=2.005;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:879,0,634 1 45471362 rs12739545 G A 96.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.550;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:47.29:127,0,47 1 45472798 rs71896015 TTGTG T 355.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=155.8563;MQ0=0;MQ=49.43;MQRankSum=0.962;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.283;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:24:30.59:395,0,31 1 45474008 rs7541207 T C 194.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.694;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.109;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.951;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:224,0,358 1 45474157 rs2298006 G A 465.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=12.399;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.202;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:495,0,356 1 45474750 rs2275599 A T 370.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.645;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.798;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.921;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:400,0,177 1 45474755 rs2275598 C G 412.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.410;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:443,0,217 1 45476489 rs3806405 A G 147.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=24.52;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.07:177,0,18 1 45479772 rs11211066 G T 479.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.399;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.032;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:509,0,430 1 45486272 rs998418 T C 3508.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.450;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.520;HRun=0;HaplotypeScore=3.6512;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=-0.244;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,130:250:99:3509,0,3199 1 45504720 rs7551698 G C 393.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.525;QD=15.74;ReadPosRankSum=1.414;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:423,0,258 1 45795084 . 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G T 167.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.890;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.173;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:197,0,484 1 53175099 rs12726160 A G 387.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.231;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:417,0,301 1 53237526 rs1571979 G A 174.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.423;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:205,0,304 1 53250650 rs6588443 G A 461.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.661;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.623;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:492,0,538 1 53261875 . 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T C 318.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.067;DP=32;Dels=0.00;FS=1.385;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.803;QD=9.96;ReadPosRankSum=-2.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:349,0,430 1 53513437 rs1288362 T C 104.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.57:135,0,98 1 53537266 rs1769316 G A 88.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=1.408;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:119,0,258 1 53538669 rs12145611 G A 198.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.840;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:228,0,236 1 53544439 rs1288388 G A 1250.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=4.905;HRun=0;HaplotypeScore=6.2350;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=1.862;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:122:99:1280,0,1981 1 53544578 rs11206088 T C 396.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.031;QD=24.80;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:427,0,103 1 53553612 . 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C T 1191.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.483;DP=86;Dels=0.00;FS=1.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.454;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1221,0,1019 1 54717654 rs2297029 T C 50.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.11:80,0,57 1 55060362 rs1702003 G A 437.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.916;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=5.093;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.542;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.822;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:467,0,386 1 55074840 rs1617287 T A 848.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=1.012;QD=17.68;ReadPosRankSum=-1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:878,0,552 1 55089071 rs17110842 C T 990.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=2.985;HRun=0;HaplotypeScore=1.9850;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=0.301;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:1020,0,1385 1 55119466 rs2304315 C T 839.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=3.463;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:870,0,635 1 55134487 rs478513 G A 530.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.523;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.280;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:560,0,919 1 55134623 rs116481805 C G 522.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=7.935;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.702;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:552,0,419 1 55136529 rs480963 T C 240.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.984;HRun=0;HaplotypeScore=2.9660;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.193;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:270,0,195 1 55138673 rs564400 C T 74.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:105,0,67 1 55145554 rs17110931 T C 680.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8640;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.654;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.984;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:710,0,990 1 55167773 rs646356 T A 182.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.778;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.718;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.113;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:212,0,223 1 55182300 rs1147990 T A 261.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.190;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:292,0,356 1 55197149 rs3815226 T C 298.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.706;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.462;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:329,0,266 1 55224346 . C T 1729.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=129;Dels=0.00;FS=2.410;HRun=0;HaplotypeScore=2.7278;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=1.600;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.926;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:129:99:1759,0,1733 1 55224726 . CTCT C 261.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=16;FS=12.707;HRun=0;HaplotypeScore=68.1356;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-0.545;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.663;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:301,0,427 1 55266845 rs1147984 C T 265.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=5.180;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.449;QD=14.00;ReadPosRankSum=0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:296,0,273 1 55272578 rs79251775 C T 704.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.884;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:734,0,588 1 55273580 rs9782980 G T 566.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.191;HRun=0;HaplotypeScore=3.5959;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=1.132;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.379;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:596,0,751 1 55277458 rs112795656 G GC 280.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=86.1719;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.533;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:319,0,118 1 55318856 rs11428724 T TG 98.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=21.8796;MQ0=0;MQ=60.00;QD=16.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:12.03:140,12,0 1 55319935 . GA G 111.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=14;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=37.4872;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.532;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:151,0,156 1 55336950 rs608458 C G 303.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=6.767;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.928;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:334,0,242 1 55337380 rs2303535 A G 113.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=18.97;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.31:144,0,58 1 55349318 rs61733134 G A 1599.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.503;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=0.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=2.003;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.655;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:153:99:1629,0,2366 1 55349512 . C T 173.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=14;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.386;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:203,0,206 1 55378583 . A G 126.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=18;Dels=0.00;FS=5.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.84;MQRankSum=-1.452;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:156,0,368 1 55379349 . A AT 146.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=34;FS=1.953;HRun=0;HaplotypeScore=126.2628;MQ0=0;MQ=54.83;MQRankSum=-2.101;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.417;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,6:34:99:186,0,1073 1 55517861 rs613855 C G 253.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.052;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:283,0,471 1 55517940 rs11800231 G A 621.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.959;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:652,0,1116 1 55518093 rs11800243 G A 324.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.534;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.364;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:354,0,423 1 55518160 rs11806638 C A 63.70 PASS 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A G 141.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.387;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:172,0,186 1 62921146 . G A 145.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=11;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=-1.034;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:176,0,126 1 62960101 rs10889335 A G 648.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.811;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:679,0,705 1 63001120 rs1168018 A C 264.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.054;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:295,0,161 1 63027411 rs5774610 AG A 168.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=13.2420;MQ0=0;MQ=60.00;QD=33.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:210,15,0 1 63052344 rs56200511 CTA C 209.36 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9916;MQ0=0;MQ=53.66;MQRankSum=-0.931;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:453,0,349 1 65858088 rs6588144 T C 67.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:97.11:97,0,187 1 65858145 rs4325172 G A 200.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.491;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.371;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:231,0,434 1 65860687 rs4582839 A C 1100.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.841;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.626;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1130,0,979 1 66058513 rs1137101 A G 300.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.155;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=10.067;HRun=1;HaplotypeScore=1.8136;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.863;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:331,0,1001 1 66067109 rs1805134 T C 483.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9840;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-1.067;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:513,0,575 1 67155862 rs10608231 TCTC T 2031.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=192.5266;MQ0=0;MQ=56.59;QD=45.14;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:2073,129,0 1 67194911 rs35012153 TTC T 917.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=82.5775;MQ0=0;MQ=60.43;QD=36.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:72.24:959,72,0 1 67243024 rs2133173 C A 933.54 PASS 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G A 255.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.831;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:286,0,252 1 67288045 rs482082 C T 344.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9799;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-0.517;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:375,0,574 1 67292473 rs34718535 A AT 596.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.468;DB;DP=30;FS=1.737;HRun=1;HaplotypeScore=127.2477;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-1.290;QD=19.88;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:635,0,458 1 67292478 rs36067642 T A 434.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.516;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.564;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-1.088;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:464,0,307 1 67423997 rs3831089 T TTTCTC 570.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.2298;MQ0=0;MQ=29.00;QD=81.45;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:21.07:612,21,0 1 67442250 . 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T A 834.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=82;Dels=0.00;FS=1.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.090;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:864,0,1252 1 76255196 rs112787135 TA T 400.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DB;DP=27;FS=3.771;HRun=3;HaplotypeScore=92.3388;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=-0.510;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.510;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:440,0,465 1 76255228 rs11161620 G A 246.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=12.852;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.894;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.954;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:276,0,425 1 76259677 rs75986168 ACCTAAGAGTGAGACTTAACCCACTTTTAAATTGTTCT A 678.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;FS=12.175;HRun=0;HaplotypeScore=317.7367;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=0.466;QD=61.69;ReadPosRankSum=-0.387;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:718,0,2758 1 76276353 rs12122939 T C 134.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.555;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:165,0,237 1 76313874 rs2047435 C T 382.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.094;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:413,0,230 1 76333163 rs5745433 T G 209.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.660;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:240,0,193 1 76344011 rs1493367 C A 411.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.530;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=0.659;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.079;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:442,0,293 1 76344711 rs5745449 A T 253.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.036;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:283,0,231 1 76344826 rs5745450 G A 102.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:133,0,182 1 76346920 rs5745466 C CAT 2276.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=93.3589;MQ0=0;MQ=60.42;QD=56.92;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:99:2319,120,0 1 76397517 rs17097710 C T 72.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.37:103,0,70 1 76397972 rs3795251 C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9936;MQ0=0;MQ=55.99;MQRankSum=-0.087;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.144;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:307,0,353 1 76771475 rs10782610 G T 103.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=14.74;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.47:133,0,97 1 76771495 rs11162118 G C 333.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.752;QD=27.82;ReadPosRankSum=-1.396;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:47.40:364,0,47 1 76878156 rs17098942 C T 99.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.19:130,0,26 1 77635148 rs1779198 A G 115.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=54.97;MQRankSum=-0.361;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:145,0,111 1 77672452 . T C 304.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.880;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:335,0,287 1 77685042 rs12723684 T C 354.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.331;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:385,0,394 1 77759578 rs2815311 A G 421.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=-0.832;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:451,0,363 1 78024345 rs79671213 C CTAT 1835.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=106.7388;MQ0=0;MQ=56.05;QD=59.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:84.29:1878,84,0 1 78045089 . C T 106.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=21.38;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:19.31:137,0,19 1 78276977 rs4121165 G A 291.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.63;MQRankSum=-1.484;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:321,0,275 1 78340788 . T C 259.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.57;MQRankSum=-0.286;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.837;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:290,0,256 1 78340789 . 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T G 178.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:44.48:209,0,44 1 111060669 rs1281175 T C 562.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.552;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.270;HRun=0;HaplotypeScore=3.7032;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=1.673;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:78:99:593,0,1484 1 111061062 rs1281174 T C 280.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.99;MQRankSum=0.267;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.601;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:311,0,294 1 111146220 rs78349687 C G 360.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.024;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8900;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.435;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.871;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:43:99:391,0,665 1 111391513 rs12750061 C T 1105.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=3.378;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=-1.555;QD=28.34;ReadPosRankSum=-0.400;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:86.73:1138,87,0 1 111434170 . CTGGTG C 206.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=52.9266;MQ0=0;MQ=51.91;MQRankSum=-1.221;QD=20.66;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:246,0,258 1 111436857 rs1578956 T G 189.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.965;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:220,0,195 1 111436858 rs1936943 C T 205.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.965;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:235,0,196 1 111441829 rs1803259 C T 277.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.792;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.518;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:307,0,494 1 111494194 rs2232041 C T 1071.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.386;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.349;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-0.495;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1101,0,836 1 111550436 rs1149191 C T 66.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.382;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.382;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:96.58:97,0,187 1 111661413 rs325916 T C 99.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.113;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:130,0,318 1 111661528 rs325917 T C 146.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.097;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.710;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:176,0,204 1 111731211 . T C 86.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.979;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.371;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:116,0,400 1 111770423 rs755467 T G 285.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.076;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:316,0,289 1 111778468 rs961364 G A 269.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-0.354;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:300,0,385 1 111778824 rs2251608 T C 63.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.11:93,0,62 1 111783982 rs13721 C T 630.99 PASS 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T A 78.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9863;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-2.017;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:109,0,113 1 111970554 . A C 52.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-1.537;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.25:82,0,99 1 111990265 rs2298185 T C 198.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.620;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:229,0,128 1 111998679 rs12047479 C A 437.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.037;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.58;MQRankSum=-1.672;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:468,0,906 1 112018657 rs6703267 G A 254.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.441;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.070;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:285,0,368 1 112020222 rs3831358 GC G 104.20 PASS 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C A 425.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9577;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=0.586;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:456,0,414 1 119157490 rs1742856 A G 390.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.425;QD=26.06;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:38.53:421,0,39 1 119157909 rs1009458 C T 277.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.718;QD=18.47;ReadPosRankSum=-0.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:91.12:307,0,91 1 119158186 rs1701978 C T 128.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.412;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:158,0,257 1 119466275 rs4659129 A G 229.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.733;QD=23.00;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.21:260,0,49 1 119575818 rs3790549 C G 483.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=8.809;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=0.444;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:514,0,594 1 119762593 rs12119474 G A 79.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:109,0,131 1 119927680 rs6667679 A G 357.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=-0.733;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:387,0,199 1 119964339 . T TG 275.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=21;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=52.1271;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.675;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.249;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:314,0,369 1 119981612 rs10489812 C T 227.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=57.79;MQRankSum=-1.669;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:258,0,326 1 119988422 rs11805965 C T 249.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=7.346;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.746;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:280,0,279 1 119988512 rs10923824 G A 299.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=10.770;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.675;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:330,0,459 1 119988688 rs11802681 G A 277.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.935;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.165;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:307,0,340 1 119988784 rs11801567 T C 75.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.97:106,0,65 1 119988799 rs11802702 G C 65.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.73:95,0,33 1 120015567 rs4659181 C G 746.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.248;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:777,0,320 1 120050300 rs6671149 G T 498.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.710;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:529,0,509 1 120053996 rs2273582 A G 80.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=0.727;QD=20.11;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:110,0,25 1 120054208 rs6200 C T 293.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=1;HaplotypeScore=3.6838;MQ0=0;MQ=53.72;MQRankSum=-4.275;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:324,0,792 1 120054215 rs6201 A G 195.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=8.471;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ0=0;MQ=52.66;MQRankSum=-4.768;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.548;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:226,0,758 1 120054250 rs6202 T A 279.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=52.57;MQRankSum=-3.189;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:310,0,506 1 120056401 rs6673653 G A 1728.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=10.396;HRun=0;HaplotypeScore=5.5877;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.297;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,68:118:99:1758,0,1492 1 120057002 rs6205 T C 938.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.639;HRun=1;HaplotypeScore=2.8614;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=0.166;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:968,0,795 1 120057246 rs1047303 C A 267.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.144;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=8.512;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.06;MQRankSum=-1.184;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:297,0,272 1 120101412 rs57709343 C A 174.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.313;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:205,0,134 1 120144172 rs76710296 G T 98.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:93.83:128,0,94 1 120165826 rs12076924 C T 280.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.182;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:310,0,281 1 120166681 rs12067843 G A 381.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.027;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.358;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:412,0,243 1 120254567 . 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G A 588.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.256;DP=49;Dels=0.00;FS=4.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=0.915;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.874;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:619,0,692 1 121116647 rs2772072 T A 127.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=9;HaplotypeScore=1.8332;MQ0=0;MQ=45.96;MQRankSum=-1.307;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:157,0,99 1 121116678 rs61806689 C T 163.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=4.9321;MQ0=0;MQ=42.70;MQRankSum=3.011;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.396;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:194,0,278 1 121484779 rs4788235 G A 795.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.419;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.018;HRun=0;HaplotypeScore=9.9152;MQ0=0;MQ=46.96;MQRankSum=-0.989;QD=10.07;ReadPosRankSum=2.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:826,0,1078 1 142716753 . A AT 109.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=11;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=33.5093;MQ0=11;MQ=21.22;MQRankSum=0.103;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:11:99:149,0,119 1 144531623 rs7527805 G A 72.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.550;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:102,0,107 1 144852390 rs61804988 C T 266.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.64;MQRankSum=-2.385;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:297,0,208 1 144852545 rs1699760 C T 124.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.30;MQRankSum=-0.140;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.639;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:154,0,269 1 144854052 rs1698584 G A 58.30 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.569;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-3.815;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.431;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:310,0,722 1 144854750 rs75538208 G A 131.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.82;MQRankSum=-3.693;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:161,0,481 1 144854761 rs79445592 T C 119.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.59;MQRankSum=-3.308;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:150,0,284 1 144854765 rs78741893 T C 117.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.90;MQRankSum=-3.241;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:148,0,304 1 144855935 rs1698581 A G 374.22 PASS 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T C 221.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=1;MQ=41.59;MQRankSum=0.489;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.578;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:251,0,316 1 144951973 rs77471170 T C 503.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.623;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=1;MQ=46.56;MQRankSum=1.019;QD=19.37;ReadPosRankSum=0.728;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:534,0,226 1 144952078 rs71220421 C A 736.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.366;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=10;MQ=42.93;MQRankSum=1.307;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.960;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:85:99:766,0,1087 1 144994658 rs1664022 C A 976.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.937;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=0.123;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.897;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1006,0,1063 1 145016034 . 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G A 60.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.41;MQRankSum=-0.633;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:90.55:91,0,172 1 145281361 . TC T 596.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.733;DP=226;DS;FS=0.799;HRun=2;HaplotypeScore=605.1369;MQ0=2;MQ=38.85;MQRankSum=0.163;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.908;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,39:226:99:635,0,7533 1 145281543 rs8002 C T 1197.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.245;DB;DP=191;DS;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=11.9282;MQ0=1;MQ=43.39;MQRankSum=0.922;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,56:191:99:1227,0,3762 1 145282093 . G A 231.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.04;MQRankSum=-3.873;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.457;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:261,0,424 1 145290320 rs2949607 C T 266.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.9274;MQ0=0;MQ=53.87;MQRankSum=-2.079;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.794;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:296,0,316 1 145290346 rs2746747 A G 364.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9485;MQ0=0;MQ=51.07;MQRankSum=-2.659;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:395,0,383 1 145290377 rs2982633 T C 550.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9157;MQ0=0;MQ=50.00;MQRankSum=-3.814;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:581,0,727 1 145296268 rs4996271 C T 497.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=4.7518;MQ0=1;MQ=41.31;MQRankSum=-3.850;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.504;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:31:99:528,0,216 1 145297788 rs55732260 G A 903.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5778;MQ0=0;MQ=47.36;MQRankSum=2.391;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.722;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:933,0,834 1 145301697 rs75611366 C T 1524.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.415;DB;DP=201;Dels=0.00;FS=2.310;HRun=0;HaplotypeScore=6.6874;MQ0=13;MQ=40.33;MQRankSum=-1.184;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.994;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,79:201:99:1555,0,2909 1 145311083 . A C 4376.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.094;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.751;HRun=1;HaplotypeScore=4.6992;MQ0=2;MQ=43.94;MQRankSum=-0.631;QD=17.51;ReadPosRankSum=2.842;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,152:250:99:4377,0,2094 1 145352463 . T TGC 114.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=55.6571;MQ0=0;MQ=25.12;MQRankSum=1.067;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:9:8.44:153,0,8 1 145355624 . 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C T 512.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.662;DP=39;Dels=0.00;FS=6.345;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=0.747;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:542,0,648 1 145696694 rs2231375 G A 363.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.050;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:393,0,187 1 146397300 . G A 414.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=5;MQ=42.44;MQRankSum=-0.659;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.343;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:444,0,250 1 146397489 rs71271428 G T 540.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.300;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ0=17;MQ=44.71;MQRankSum=0.188;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:570,0,571 1 146494510 rs11585592 T C 280.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=53.20;MQRankSum=-1.639;QD=15.59;ReadPosRankSum=-1.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:311,0,175 1 146496260 rs7534094 A T 212.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=0.135;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:243,0,157 1 146502615 rs4950332 T G 124.85 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T A 147.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.5777;MQ0=6;MQ=40.44;MQRankSum=-3.307;QD=5.89;ReadPosRankSum=2.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:177,0,277 1 148004890 . 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G A 1429.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.862;DP=143;Dels=0.00;FS=0.659;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=2.369;QD=9.99;ReadPosRankSum=-2.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,63:143:99:1459,0,2083 1 149100045 rs9438388 C T 70.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:100,0,29 1 149262554 rs656978 T C 1386.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.770;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=3.495;HRun=0;HaplotypeScore=2.4029;MQ0=1;MQ=40.64;MQRankSum=-1.311;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,59:91:99:1416,0,844 1 149648547 rs482887 C T 635.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=4.513;HRun=0;HaplotypeScore=3.6995;MQ0=5;MQ=41.13;MQRankSum=-6.003;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,44:126:99:665,0,2184 1 149648696 rs654715 G A 1143.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.753;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=6.478;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=1;MQ=48.45;MQRankSum=0.594;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.613;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1174,0,1061 1 149726032 rs2664744 T C 226.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.46;MQRankSum=-2.154;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.113;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:257,0,282 1 149726118 rs2664745 A G 367.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=49.57;MQRankSum=-2.242;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.526;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:397,0,422 1 149726239 rs646092 T A 163.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=46.63;MQRankSum=-0.296;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:86.21:194,0,86 1 149880650 rs35002905 C T 168.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.259;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:198,0,183 1 149907919 rs61807548 C T 182.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.791;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:213,0,203 1 150025838 . CT C 134.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=42.8344;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:68.87:174,0,69 1 150131687 . C T 105.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:84.54:135,0,85 1 150199039 rs68136184 CTCCTCT C 240.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DB;DP=28;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=162.5091;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=1.113;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.206;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:28:99:279,0,1074 1 150199123 rs7522034 G T 227.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.89;MQRankSum=1.068;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.301;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:258,0,339 1 150241230 rs2275780 G T 62.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.78:93,0,109 1 150249101 rs11205354 C A 172 PASS 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A T 997.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=1.405;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1027,0,1039 1 153320334 rs3006457 T C 458.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.701;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.373;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.075;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:2.63:487,0,3 1 153320372 rs3006458 T G 715.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.43;MQRankSum=-0.428;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:15.43:748,15,0 1 153390626 rs55985140 G A 1370.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=57.94;MQRankSum=0.389;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.145;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1400,0,1056 1 153410822 rs10888561 C A 399.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.142;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:429,0,189 1 153430249 rs77369888 TG T 230.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DB;DP=21;FS=3.274;HRun=4;HaplotypeScore=63.5008;MQ0=0;MQ=61.02;MQRankSum=-0.618;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.883;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:270,0,324 1 153431506 . 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C CCTT 1373.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DP=50;FS=2.434;HRun=0;HaplotypeScore=234.2643;MQ0=0;MQ=56.39;MQRankSum=-1.879;QD=27.47;ReadPosRankSum=1.678;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:1412,0,1239 1 153750214 rs5777882 TC T 485.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.916;DB;DP=52;FS=1.107;HRun=6;HaplotypeScore=271.5497;MQ0=0;MQ=56.53;MQRankSum=-0.432;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.061;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:525,0,968 1 154401972 rs6694817 T C 78.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:64.96:108,0,65 1 154407419 rs7518199 A C 105.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.532;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:136,0,165 1 154420778 rs7529229 T C 59.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.55:90,0,27 1 154479657 rs10654618 C CAT 651.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=78.3313;MQ0=0;MQ=56.03;QD=46.51;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:14:39.12:693,39,0 1 154494082 rs4269769 G C 63.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20.46:94,0,20 1 154516477 rs12750774 G A 1095.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=1.272;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:1125,0,1598 1 154524973 rs12144146 A G 527.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=0.862;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:558,0,529 1 154557685 rs9427094 C T 1540.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=2.338;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=0.874;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,61:126:99:1570,0,1727 1 154744807 rs1051614 C T 152.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.660;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.078;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:183,0,493 1 154744852 rs1131820 A G 384.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.584;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:415,0,177 1 154794505 rs114043131 G A 150.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:47.62:180,0,48 1 154832304 rs4845397 T C 327.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.696;QD=32.76;ReadPosRankSum=-1.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.09:361,27,0 1 154841415 rs57846577 TCTCTCTCTCTCACA T 722.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DB;DP=17;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=221.0953;MQ0=0;MQ=52.29;MQRankSum=-2.098;QD=42.52;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:762,0,919 1 154901497 . 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C T 712 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=55;Dels=0.00;FS=1.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.348;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.909;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:742,0,645 1 157517127 rs7531685 C T 86.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.96:117,0,68 1 157522016 rs7552348 G A 94.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.876;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:125,0,170 1 157548669 rs1885561 T A 55.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.83:86,0,87 1 157557957 rs11799853 T C 142.23 PASS 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A T 136.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:52.04:166,0,52 1 158389659 rs58605957 T C 114.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:145,0,62 1 158390252 rs12239443 T G 959.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-0.046;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:990,0,899 1 158390501 rs34616883 G A 755.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.275;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.131;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ0=0;MQ=58.57;MQRankSum=-0.558;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:786,0,1280 1 158425115 rs112207689 C T 69.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:28.61:99,0,29 1 158584103 rs33925144 GA G 160.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DB;DP=21;FS=4.359;HRun=12;HaplotypeScore=51.0237;MQ0=0;MQ=57.60;MQRankSum=1.540;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.540;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:199,0,153 1 158656347 rs60465109 C CAGAG 895.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=104.9238;MQ0=0;MQ=60.40;QD=40.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:22:39.13:937,39,0 1 158848721 rs2427820 T G 227.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=1.957;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-1.203;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:257,0,176 1 158906715 . 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G A 66.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:96,0,28 1 159409857 rs12048482 A G 907.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.162;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=0.878;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:937,0,466 1 159410402 . C T 1146.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=0.390;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.012;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1176,0,1080 1 159505101 rs35393723 G A 727.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.144;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-0.918;QD=15.16;ReadPosRankSum=-2.072;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:758,0,637 1 159505297 rs4656837 C T 586.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.599;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=0.381;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.576;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:616,0,1169 1 159674933 rs876537 C T 409.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.620;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:440,0,476 1 159684186 rs1417938 T A 100.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=3;HaplotypeScore=1.9969;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.689;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:130,0,233 1 159799599 rs66783804 C CA 219.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DB;DP=13;FS=3.802;HRun=3;HaplotypeScore=27.0483;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.141;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.831;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:258,0,144 1 159800003 . C T 140.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=10.82;ReadPosRankSum=-1.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:171,0,232 1 159803002 rs10157127 G A 1562.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.640;HRun=1;HaplotypeScore=2.6960;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-0.893;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.301;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:1593,0,1373 1 159804970 . C G 558.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.419;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.880;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:588,0,525 1 159827475 rs11584200 G A 67.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:98,0,28 1 159828746 rs2501337 G A 286.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.89;ReadPosRankSum=-0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:316,0,191 1 159832425 rs2494507 G A 138.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.212;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:169,0,186 1 159842691 rs4460634 C G 446.24 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C T 137.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:168,0,133 1 172718106 rs115457643 A G 741.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.261;HRun=0;HaplotypeScore=4.5726;MQ0=0;MQ=58.28;MQRankSum=0.510;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.170;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:771,0,719 1 172718554 . 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A AT 133.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=11;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=25.2988;MQ0=0;MQ=60.98;MQRankSum=0.573;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.573;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:51.11:172,0,51 1 184801065 rs487675 T C 309.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=-0.641;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:340,0,660 1 184868251 rs3753575 G A 398.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.973;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-1.102;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:429,0,170 1 185137464 . 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TTTC T 312.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=16;FS=1.987;HRun=0;HaplotypeScore=79.8029;MQ0=0;MQ=55.82;MQRankSum=-0.423;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.953;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:352,0,331 1 185984517 rs6665753 T C 294.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.680;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.843;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:325,0,365 1 186022032 rs10911808 T G 249.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.091;QD=11.89;ReadPosRankSum=-2.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:280,0,322 1 186026474 rs12129650 T C 407.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.449;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:438,0,549 1 186031041 rs7522627 C T 308.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.598;HRun=0;HaplotypeScore=5.2502;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.982;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:339,0,336 1 186050417 rs10798035 A G 1909.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.600;HRun=1;HaplotypeScore=3.4403;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=0.167;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,61:108:99:1940,0,1122 1 186055371 rs6425017 A G 661.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.848;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.743;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.768;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:691,0,494 1 186057181 rs10911816 T C 100.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.551;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:130,0,269 1 186077463 rs1555495 A G 79.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:18.55:110,0,19 1 186081918 rs7555520 C T 124.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:155,0,331 1 186113617 . 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G A 58.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=44.98;MQRankSum=-0.550;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:56.61:89,0,57 1 197513931 rs6665511 A G 58.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=41.96;MQRankSum=-0.406;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.13:88,0,89 1 197576307 rs11411505 A AT 1039.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=50.0380;MQ0=0;MQ=59.87;QD=38.49;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:78.24:1081,78,0 1 197874949 rs2270763 T C 1292.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.107;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.796;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.480;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:1322,0,1222 1 198288709 rs6679100 A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:130,0,236 1 199356619 rs659503 A C 66.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.06:97,0,62 1 199357243 rs502360 A G 214.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.86;MQRankSum=0.462;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:244,0,368 1 199357350 rs501451 T C 77.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.72:108,0,70 1 199357586 rs693911 G C 114.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.32;MQRankSum=0.551;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:144,0,284 1 199878423 rs11584013 T C 194.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.233;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=19.47;ReadPosRankSum=-1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:81.79:225,0,82 1 199878777 rs6693560 G A 69.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:99,0,145 1 200080463 rs3828110 C T 154.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=5.5485;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.296;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.818;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:43.36:185,0,43 1 200080464 rs80350388 C A 54.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=5.7842;MQ0=0;MQ=54.65;MQRankSum=0.361;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:84.75:85,0,148 1 200090120 rs3762398 G A 350.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=2.039;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=-0.976;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.239;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:381,0,600 1 200143281 rs1060060 C T 222.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.022;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:252,0,546 1 200182703 . 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G T 129.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:98.34:159,0,98 1 202126900 . C T 484.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=47;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=0;MQ=57.58;MQRankSum=0.032;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.565;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:515,0,628 1 202194441 rs3010067 G C 289.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.370;QD=24.12;ReadPosRankSum=0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:86.35:319,0,86 1 202197161 rs3795598 C T 388.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.520;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.561;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:419,0,370 1 202536848 rs2292489 C T 383.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.810;QD=25.59;ReadPosRankSum=-1.273;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:33.10:417,33,0 1 202572105 rs68164776 GCC G 1710.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=162.2143;MQ0=0;MQ=60.89;QD=36.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1753,138,0 1 202715244 rs5780122 G GA 643.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=81.6009;MQ0=0;MQ=58.73;QD=30.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:60.17:686,60,0 1 202731986 rs71142551 C CCTCAA 1148.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=69.5597;MQ0=0;MQ=49.48;QD=57.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:20:48.15:1190,48,0 1 202861566 rs1042990 A G 81.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.036;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:112,0,203 1 202881302 rs6692075 C T 173.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=6.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.352;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:31:99:203,0,621 1 202887295 rs2275734 G A 927.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.959;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=13.347;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.833;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:958,0,693 1 202888947 rs3182429 T C 444.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.102;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=-1.220;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:474,0,328 1 202920300 rs2275737 A C 77.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=19.39;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:108,0,27 1 202920304 rs2275738 T C 73.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:103,0,25 1 203025209 rs11590950 G C 260.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=1.592;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:291,0,249 1 203032922 rs62816261 C T 407.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=56.72;MQRankSum=-0.413;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:438,0,486 1 203036757 rs2275354 T C 125.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.318;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:155,0,361 1 203040816 rs2270540 G C 97.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=6.008;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.202;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.485;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:127,0,231 1 203055101 rs4950877 A G 74.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,137 1 203152047 . C T 56.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:86.16:86,0,177 1 203465396 rs2242199 T C 138.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.581;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:169,0,259 1 203677315 . T G 496.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=38;Dels=0.00;FS=1.594;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=-0.319;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:526,0,485 1 203709034 rs955865 A G 108.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:138,0,134 1 203709068 rs955866 T C 58.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.07:89,0,62 1 203740615 rs3737976 T C 1039.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.827;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1069,0,752 1 203743122 rs3820194 G A 943.47 PASS 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C T 456.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.362;QD=21.73;ReadPosRankSum=-0.662;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:486,0,178 1 204512100 rs4252717 T C 1123.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=6.864;HRun=0;HaplotypeScore=3.9882;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=1.639;QD=30.36;ReadPosRankSum=1.639;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:57.80:1156,58,0 1 204945618 rs12124296 G A 169.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.683;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:98.61:200,0,99 1 204945665 rs6668275 G A 395.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.170;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-1.131;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:425,0,521 1 204945678 rs58682625 A AT 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T TC 136.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=10;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=19.7367;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:175,0,140 1 205744020 . G A 379.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=30;Dels=0.00;FS=1.494;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.96;MQRankSum=-0.644;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:410,0,336 1 205764031 . 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G A 176.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.635;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.977;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:206,0,133 1 222713501 rs3748663 C A 539.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.107;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:570,0,411 1 222713621 rs3748665 C T 574.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.559;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.143;HRun=0;HaplotypeScore=3.9893;MQ0=0;MQ=57.94;MQRankSum=2.227;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:605,0,649 1 222713750 rs3828079 G A 55.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:85.57:86,0,133 1 222715247 rs11487812 A G 115.90 PASS 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T TATC 656.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.186;DP=27;FS=2.291;HRun=0;HaplotypeScore=83.7888;MQ0=0;MQ=58.22;MQRankSum=0.087;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.241;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:695,0,499 1 229622162 rs1065675 A G 487.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.454;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:518,0,336 1 229623137 rs4925493 T C 241.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.320;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:271,0,365 1 229623338 rs1065674 T C 469.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=1.621;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:499,0,705 1 229663064 rs113712941 GAGGAA G 1145.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=199.5717;MQ0=0;MQ=39.48;QD=32.73;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:35:63.20:1188,63,0 1 229675343 rs35725309 C T 543.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=4.865;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.443;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.928;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:573,0,396 1 229683264 rs3738187 G A 219.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=6.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.394;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:249,0,425 1 229730452 rs2295625 G A 1241.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.879;HRun=0;HaplotypeScore=2.9923;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=1.048;QD=12.93;ReadPosRankSum=2.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:1272,0,1253 1 229738080 . G A 224.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=25;Dels=0.00;FS=6.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=-1.104;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:254,0,490 1 229750343 rs2273574 T G 139.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:92.39:169,0,92 1 229772932 rs3811474 A G 636.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=7.090;HRun=0;HaplotypeScore=1.8401;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=0.410;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.363;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:666,0,498 1 229773441 rs3811475 C T 317.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.428;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=1.964;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:348,0,486 1 229790048 rs7521953 A G 1060.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.348;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.797;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=1.498;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:1091,0,1291 1 229795045 rs41309637 G C 717.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.523;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.536;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.719;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:748,0,1158 1 229795070 rs1048306 T G 826.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.797;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.729;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.587;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:857,0,490 1 230371883 rs3811488 G A 90.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=1.461;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:120,0,200 1 230381977 . A G 62.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:92.14:92,0,216 1 230384970 rs1923950 G A 619.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.492;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=1.623;QD=18.78;ReadPosRankSum=-0.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:650,0,261 1 230386341 rs2273966 T A 177.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.368;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.053;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:207,0,261 1 230410162 rs12091838 C T 330.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7330;MQ0=0;MQ=58.38;MQRankSum=-0.536;QD=10.67;ReadPosRankSum=2.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:361,0,460 1 230530229 rs35768939 A AGT 293.15 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T C 88.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.198;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:32.72:119,0,33 1 233362930 rs701176 G A 718.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.547;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.493;QD=19.42;ReadPosRankSum=-1.161;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:749,0,322 1 233397752 rs6701073 T C 700.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.105;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.602;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=0.312;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.716;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:731,0,775 1 233398670 rs12132556 C A 73.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,144 1 233398713 rs1033325 C T 335.98 PASS 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CAACATT C 513.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=37;FS=3.536;HRun=0;HaplotypeScore=311.8566;MQ0=0;MQ=52.58;MQRankSum=-3.373;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.759;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:37:99:552,0,2616 1 236275244 . 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T A 154.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.143;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:184,0,155 1 241798631 rs3737604 C T 830.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.103;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.305;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:860,0,1002 1 241907817 rs10802990 T C 338.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HRun=0;HaplotypeScore=2.9894;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=0.046;QD=12.09;ReadPosRankSum=2.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:368,0,390 1 241913062 rs111415778 C CT 215.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=45.2185;MQ0=0;MQ=59.93;MQRankSum=0.433;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:255,0,236 1 241920562 rs6663895 C T 412.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.716;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.712;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:443,0,295 1 241929542 rs12095445 G A 301.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.587;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:332,0,536 1 241951106 rs6429313 A G 200.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.105;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.104;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.330;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:230,0,491 1 241951329 rs12074374 C T 157.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=5.008;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.177;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.543;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:187,0,304 1 241964559 rs4658661 C T 210.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=14.443;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.111;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:241,0,228 1 242016590 rs4149867 C T 206.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.934;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.560;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.560;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:236,0,326 1 242042545 rs1776148 A G 316.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=4.036;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.197;QD=14.37;ReadPosRankSum=-1.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:346,0,332 1 242156428 . 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G C 104.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.84;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.19:134,0,26 2 3718692 rs13409104 C T 171.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=24.57;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:12.37:202,0,12 2 3749151 rs66473381 GGAA G 225.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=32.6733;MQ0=0;MQ=56.04;QD=37.57;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:267,18,0 2 4135981 rs1024026 C T 921.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=57.43;MQRankSum=-0.217;QD=28.81;ReadPosRankSum=-0.108;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:72.23:955,72,0 2 4562571 . 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T C 204.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.106;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:235,0,297 2 9630244 rs3833563 AT A 251.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=32.9972;MQ0=0;MQ=62.65;QD=31.42;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0 2 9637403 rs41264175 A G 697.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=4.508;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=1.082;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:727,0,958 2 9650350 rs35431407 C CATAA 727.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.2562;MQ0=0;MQ=43.72;QD=80.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:770,27,0 2 9985341 rs3214586 TC T 1492.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=105.1153;MQ0=0;MQ=59.52;QD=35.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 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C T 978.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=62;Dels=0.00;FS=2.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.416;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1008,0,589 2 11718591 rs1529868 C T 308.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.177;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:338,0,131 2 11740961 rs76644468 C T 1563.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.291;DB;DP=159;Dels=0.00;FS=1.276;HRun=0;HaplotypeScore=1.9565;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=-0.037;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,63:159:99:1593,0,2531 2 11742458 rs72772088 A G 694.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.177;HRun=2;HaplotypeScore=1.7172;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.952;QD=14.47;ReadPosRankSum=2.353;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:724,0,532 2 11774324 rs2304402 G A 1014.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.186;HRun=1;HaplotypeScore=1.9877;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.870;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.893;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1045,0,748 2 11777757 rs3749064 T C 277.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.044;QD=27.71;ReadPosRankSum=-1.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.92:307,0,10 2 11778907 . C T 118.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.268;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:148,0,367 2 11798481 rs6742234 A T 100.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.307;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:131,0,130 2 11927238 rs33997857 G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.98;MQRankSum=1.495;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:532,0,831 2 12163800 rs4669796 C G 299.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.741;HRun=3;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.571;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:330,0,299 2 12164189 rs4668745 C T 861.42 PASS 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ATTTC A 257.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=15;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=67.8550;MQ0=0;MQ=53.71;MQRankSum=-0.766;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.237;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:297,0,684 2 37494591 rs2302650 A G 370.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.922;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:400,0,424 2 37543371 rs6544066 A G 774.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=0;HaplotypeScore=3.7067;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=0.505;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.552;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:804,0,936 2 37586681 rs2302651 A G 182.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.893;QD=11.38;ReadPosRankSum=-2.258;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:212,0,234 2 37599896 . 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G A 65.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.97:96,0,65 2 51056712 rs72889466 C A 212.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.115;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.74;MQRankSum=-2.011;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:243,0,170 2 52799643 . C T 794.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=0.446;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:825,0,990 2 53713338 rs75179446 G A 281.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.306;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:312,0,104 2 54040050 . A G 285.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=22;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.134;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:316,0,204 2 54135936 rs2302878 T C 993.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.31;MQRankSum=-0.146;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1024,0,569 2 54482964 rs843704 C T 796.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.148;HRun=0;HaplotypeScore=5.8241;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=-0.051;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:827,0,435 2 54587596 rs2280718 C T 157.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=10.925;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:187,0,129 2 54711907 rs113364536 T TGTG 1621.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=63.2211;MQ0=0;MQ=58.52;QD=64.86;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.26:1663,75,0 2 54714066 rs4671942 A G 79.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:109,0,27 2 54844790 rs2229506 C T 580.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=-0.365;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.392;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:611,0,330 2 54856951 rs10195423 C T 335.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.528;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:365,0,393 2 54858154 rs61732872 C T 295.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.507;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.819;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:325,0,300 2 54872343 rs77711744 T G 416.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=7.397;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.422;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.900;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:447,0,804 2 55200800 rs2255112 T G 79.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.098;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:110,0,127 2 55404794 rs14026 G A 267.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.667;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.308;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:298,0,378 2 55404925 rs6545477 C T 167.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.835;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.381;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.966;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:198,0,373 2 55436934 rs9677948 G A 272.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.124;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:302,0,505 2 55473371 rs2576724 A G 147.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.633;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:177,0,124 2 55473386 rs3833559 CAT C 643.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=64.8489;MQ0=0;MQ=55.69;QD=45.97;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:686,42,0 2 55476582 . T C 637.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.798;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.642;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:667,0,483 2 55544736 rs41281501 T C 209.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.255;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.425;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:240,0,375 2 55806924 rs67834644 CAT C 490.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=40.2343;MQ0=0;MQ=60.90;QD=40.88;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:533,36,0 2 56216052 rs10865292 G A 683.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.170;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8932;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=-0.482;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.828;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:713,0,1074 2 56216090 rs41291179 A T 1144.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=2.724;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=1.138;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:1174,0,1624 2 56977912 rs977375 T G 449.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.014;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:479,0,472 2 57275499 rs7606524 G A 113.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.21;MQRankSum=-0.573;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:91.50:144,0,91 2 58390538 rs10445895 T C 74.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:105,0,33 2 58390547 rs10445896 G A 93.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=55.03;MQRankSum=0.377;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:124,0,162 2 58392789 rs848288 T C 245.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.84;MQRankSum=-0.540;QD=18.85;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:89.56:275,0,90 2 58392797 . TTTA T 430.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=89.4863;MQ0=0;MQ=54.24;MQRankSum=-0.354;QD=30.76;ReadPosRankSum=-0.778;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:470,0,231 2 58453843 . 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TG T 167.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=9;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=20.9062;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.248;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:207,0,108 2 61415492 rs14170 A G 1002.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.053;QD=30.37;ReadPosRankSum=-1.418;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:81.25:1035,81,0 2 61463570 . T C 73.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:104,0,107 2 61522123 rs13014347 T C 690.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=4.314;HRun=1;HaplotypeScore=3.9793;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=1.605;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.963;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:22.84:724,23,0 2 61722519 rs74392163 G GA 352.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=18.1983;MQ0=0;MQ=60.00;QD=35.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:395,30,0 2 61937966 rs10199975 C T 171.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.555;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.096;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:202,0,193 2 62030301 rs12472964 C T 79.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.62:110,0,60 2 62065851 rs17513666 C T 104.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.573;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:62.84:134,0,63 2 62066524 . G GA 338.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=25;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=71.4412;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.146;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.088;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:378,0,473 2 62067433 rs17513722 T C 343.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=13.154;HRun=0;HaplotypeScore=3.5072;MQ0=0;MQ=57.88;MQRankSum=-0.615;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:374,0,674 2 62107376 rs5831625 T TC 309.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=19.1591;MQ0=0;MQ=61.07;QD=30.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:24.07:351,24,0 2 62112222 rs35876878 G GA 404.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=81.5973;MQ0=0;MQ=67.21;QD=25.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:40.93:446,41,0 2 62576375 rs3935828 G C 76.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.27:107,0,64 2 62729747 rs66962816 G GA 146.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=16.2590;MQ0=0;MQ=61.78;QD=24.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15.05:189,15,0 2 62788568 . A C 74.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:104,0,126 2 63401820 rs61734468 T C 336.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.340;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:366,0,223 2 63605430 rs2292795 A G 290.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=1.107;QD=26.41;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:5.48:320,0,5 2 64327544 rs329498 G T 598.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.22;MQRankSum=0.413;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.254;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:628,0,843 2 64327592 rs329497 T C 666.74 PASS 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A T 200.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.193;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:230,0,172 2 71191777 rs2270263 C T 54.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=7.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:84.24:84,0,219 2 71282522 rs12993301 A G 517.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.088;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:547,0,495 2 71297695 rs2287328 T C 434.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.786;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:99:464,0,209 2 71297982 rs2287327 C T 178.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.935;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.648;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:209,0,339 2 71351403 rs6748672 C A 467.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.55;MQRankSum=1.568;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.131;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:498,0,347 2 71351487 rs11541017 G A 227.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.148;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.197;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:257,0,532 2 71360431 . G A 602.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=49;Dels=0.00;FS=7.904;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.72;MQRankSum=0.290;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:633,0,622 2 71360735 rs3070610 T TTCC 506.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=65.5693;MQ0=0;MQ=46.20;QD=46.04;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:27.09:548,27,0 2 71376809 rs4852763 T C 79.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:110,0,26 2 71417134 rs357776 C T 337.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.129;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=0.355;QD=14.68;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:368,0,204 2 71740897 rs34999029 C A 237.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.380;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:267,0,129 2 71747235 rs11675897 A G 402.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.344;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=6.405;HRun=0;HaplotypeScore=3.7516;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=1.247;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:432,0,491 2 71747432 rs75190231 G T 380.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.964;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:410,0,259 2 71747851 rs12713755 T C 316.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.454;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.619;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:346,0,224 2 71747899 rs12713756 G A 553.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.288;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=1.460;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.051;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:583,0,743 2 71762092 . G A 217.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.454;QD=11.45;ReadPosRankSum=-2.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:248,0,285 2 71762232 rs4852801 C T 159.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=8.776;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.116;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:190,0,549 2 71781161 rs5832058 GAC G 198.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DB;DP=14;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=42.8098;MQ0=0;MQ=61.53;MQRankSum=-0.421;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.545;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:238,0,336 2 71795152 rs2288355 A T 579.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=-0.923;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.426;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:610,0,899 2 71797754 . C T 184.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=14;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=13.19;ReadPosRankSum=-1.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:215,0,141 2 71801267 rs57041989 G C 235.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=10.386;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.755;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:265,0,243 2 71801297 rs72902605 G A 364.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=10.525;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.157;QD=14.01;ReadPosRankSum=-2.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:394,0,273 2 71801564 rs75127120 G A 117.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.51;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.60:148,0,26 2 71816602 rs3811611 G C 79.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:110,0,28 2 71871236 rs84182 A G 69.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.307;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:100,0,131 2 71891236 rs2303598 C T 72.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:16.61:103,0,17 2 71891361 rs2303599 C T 511.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.15;MQRankSum=-0.114;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.563;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:541,0,715 2 72359636 rs7568553 G C 337.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.436;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9497;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.082;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.192;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:367,0,217 2 72692272 rs5832083 A AAG 849.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=34.0379;MQ0=0;MQ=61.34;QD=53.10;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:892,48,0 2 72707874 rs653220 A G 255.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.909;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.071;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:88.77:286,0,89 2 73315604 . C T 418.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=34;Dels=0.00;FS=1.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.362;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:449,0,396 2 73447775 rs2303904 A G 626.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.653;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.496;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.636;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.513;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:656,0,348 2 73455600 rs11559241 C T 186.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=15.513;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.064;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.304;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:21:99:216,0,260 2 73477257 rs2231435 C A 71.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:19.51:101,0,20 2 73491644 rs61733550 C T 187.30 PASS 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C G 586.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=51;Dels=0.00;FS=2.779;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=5;MQ=46.55;MQRankSum=0.132;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:617,0,526 2 87449510 rs116742766 T C 77.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=55.11;MQRankSum=-1.134;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:107,0,203 2 88289368 rs10209326 G A 129.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.03;MQRankSum=-0.365;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:160,0,117 2 88387403 rs1542088 C A 83.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:113,0,137 2 88825014 rs34724508 C T 472.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.717;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:503,0,506 2 88874891 rs1805165 C A 651.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.213;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=0.213;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.611;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:681,0,1175 2 88913273 rs867529 G C 773.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.654;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.233;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:803,0,610 2 88999476 rs1158603 G A 199.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-0.058;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:230,0,231 2 89082339 . TATTG T 376.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.852;DP=52;FS=11.323;HRun=0;HaplotypeScore=492.4701;MQ0=0;MQ=52.76;MQRankSum=-4.757;QD=6.85;ReadPosRankSum=2.218;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:52:99:416,0,3124 2 89082352 . G GT 461.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.178;DP=71;FS=15.937;HRun=4;HaplotypeScore=603.3299;MQ0=0;MQ=50.54;MQRankSum=-6.164;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.815;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:71:99:501,0,1691 2 89082422 rs78593876 A G 805.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.826;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.4946;MQ0=1;MQ=46.26;MQRankSum=-8.010;QD=6.83;ReadPosRankSum=-4.840;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:835,0,1762 2 89082520 rs72930612 G A 113.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9202;MQ0=0;MQ=46.77;MQRankSum=-3.731;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.030;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:144,0,387 2 89084193 rs7560434 A T 275.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=2.6808;MQ0=0;MQ=58.60;MQRankSum=1.323;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:305,0,297 2 89084327 rs335121 G C 263.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:294,0,168 2 89161322 rs232223 C G 171.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:201,0,134 2 89161547 rs232222 A G 73.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55.46:104,0,55 2 89185056 . C G 616.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=1.197;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:646,0,416 2 89185654 rs111711225 A G 570.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.440;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:601,0,284 2 89196757 rs3843805 G A 66.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=-1.159;QD=7.42;ReadPosRankSum=-2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:96.81:97,0,148 2 89196906 rs4588191 A C 226.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=5.229;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=22.70;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:83.92:257,0,84 2 89197190 rs55661410 C T 584.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=-0.588;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.329;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:614,0,1228 2 89231382 rs12614252 G A 231.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.850;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.724;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:261,0,402 2 89247310 rs112599788 G A 956.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ0=11;MQ=45.90;MQRankSum=0.498;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:986,0,1314 2 89266057 rs112636307 C T 2301.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=4.821;HRun=1;HaplotypeScore=2.8713;MQ0=3;MQ=50.57;MQRankSum=-0.146;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.725;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,85:167:99:2331,0,1862 2 89278489 rs6712880 A C 430.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=10;MQ=44.96;MQRankSum=-6.330;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.999;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:460,0,1162 2 89292182 rs59175543 A G 2117.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.825;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=0;HaplotypeScore=1.9786;MQ0=0;MQ=56.68;MQRankSum=1.719;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.908;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,80:153:99:2148,0,1915 2 89292401 . T C 563.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.538;DP=62;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=5;MQ=46.74;MQRankSum=-4.465;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:593,0,883 2 89292476 rs70958972 T TTGTGC 233.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=122.8793;MQ0=0;MQ=33.33;QD=25.95;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15.05:275,15,0 2 89309424 rs10205742 G A 874.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=51.26;MQRankSum=-3.150;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:905,0,420 2 89309542 . T G 1497.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=123;Dels=0.00;FS=8.947;HRun=1;HaplotypeScore=3.5726;MQ0=3;MQ=43.41;MQRankSum=-4.805;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1528,0,1492 2 89309554 . T A 1152.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=120;Dels=0.00;FS=23.369;HRun=2;HaplotypeScore=3.7118;MQ0=3;MQ=41.66;MQRankSum=-5.546;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:120:99:1182,0,1501 2 89309735 rs80322626 A G 1470.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.941;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=9.282;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=7;MQ=47.32;MQRankSum=-7.025;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,69:153:99:1501,0,2091 2 89309762 rs77800356 T G 1495.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.845;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=16.597;HRun=1;HaplotypeScore=4.8169;MQ0=7;MQ=48.68;MQRankSum=-4.340;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:142:99:1526,0,1763 2 89319556 rs11679378 C T 151.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.320;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.89;MQRankSum=-3.647;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:182,0,332 2 89346069 . T TG 219.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=13;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=35.1469;MQ0=4;MQ=31.02;MQRankSum=-0.831;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.689;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:13:99:258,0,144 2 89416689 . C T 114.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.26;MQRankSum=0.387;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:144,0,179 2 89416764 . 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T G 201.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.69;MQRankSum=0.742;QD=28.81;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18.06:235,18,0 2 89512854 rs77255451 A C 480.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=2.083;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=42.70;MQRankSum=-0.217;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:511,0,355 2 89987087 rs111330053 T A 539.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=6.237;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ0=1;MQ=49.66;MQRankSum=-0.565;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:569,0,358 2 90007670 rs2847917 G A 423.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.54;MQRankSum=0.817;QD=16.31;ReadPosRankSum=-2.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:454,0,207 2 90108778 rs859745 G T 422 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.659;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:452,0,357 2 90121926 rs1852249 G T 962.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.034;DB;DP=190;DS;Dels=0.00;FS=5.038;HRun=0;HaplotypeScore=5.2644;MQ0=1;MQ=53.86;MQRankSum=-3.709;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.607;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,49:190:99:992,0,4386 2 90139373 rs6760987 T G 1994.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.476;DB;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=14;MQ=42.26;MQRankSum=0.013;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.075;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,83:163:99:2025,0,1752 2 90218693 rs113047934 C G 352.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.560;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=40.90;MQRankSum=-1.717;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:383,0,523 2 90229260 rs842173 T C 984.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.894;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=2;HaplotypeScore=1.9145;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=1.298;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.707;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,37:51:99:1015,0,338 2 90249092 rs112898704 A T 1234.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.590;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=13.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=58.92;MQRankSum=-1.928;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:1264,0,1348 2 90259848 rs842155 T G 1242.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.686;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-0.543;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1273,0,1191 2 90260191 rs842157 T C 825.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.482;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ0=16;MQ=45.36;MQRankSum=-7.217;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.832;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:855,0,1234 2 91636149 . C CA 206.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=70.1121;MQ0=0;MQ=21.92;QD=18.76;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:6:17.42:248,17,0 2 91777265 rs1809096 G T 83.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:114,0,33 2 91777660 rs58807880 CG C 218.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=61.6633;MQ0=0;MQ=38.23;QD=31.21;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:260,21,0 2 91777844 rs112386667 AGATGCTGTG A 423.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=234.8050;MQ0=0;MQ=44.83;MQRankSum=-3.075;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.428;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:29:99:462,0,2022 2 91777983 rs2558001 T C 242.38 PASS 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T C 97.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=44.19;MQRankSum=-2.133;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:127,0,217 2 91845440 rs2908255 C T 79.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.198;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:62.75:110,0,63 2 91886030 . GAA G 108.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=23;FS=2.057;HRun=12;HaplotypeScore=95.1988;MQ0=8;MQ=36.63;MQRankSum=-3.736;QD=3.10;ReadPosRankSum=2.115;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:23:99:147,0,606 2 91887905 . A AT 116.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=14;FS=3.424;HRun=13;HaplotypeScore=56.7457;MQ0=1;MQ=31.84;MQRankSum=-1.276;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.027;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:56.35:156,0,56 2 91924698 rs2089351 G C 113.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.47;MQRankSum=-1.920;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:78.94:143,0,79 2 91924711 rs60861855 T TGGTCTGAGAA 833.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=105.1923;MQ0=1;MQ=42.41;MQRankSum=-2.843;QD=59.56;ReadPosRankSum=1.718;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:12:99:873,0,469 2 91924782 rs28380329 C A 474.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=14.768;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=43.90;MQRankSum=-3.677;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:504,0,380 2 91924804 rs925176 T C 926 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=5.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=44.76;MQRankSum=-4.004;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:956,0,362 2 92119526 . TG T 737.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.692;DP=71;FS=11.364;HRun=1;HaplotypeScore=272.5829;MQ0=25;MQ=18.53;MQRankSum=1.355;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.784;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,37:71:99:777,0,1975 2 92309615 rs76956840 GT G 230.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=73.2758;MQ0=0;MQ=39.38;QD=32.98;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:273,21,0 2 95400720 . C G 128.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=22;Dels=0.00;FS=4.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.86;MQRankSum=-3.989;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.275;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:158,0,393 2 95403675 . G T 169.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.43;MQRankSum=-0.244;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:200,0,140 2 95522747 rs10874467 C G 408.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.35;MQRankSum=0.157;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.409;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:438,0,224 2 95537622 rs11164112 A G 77.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=10.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.75:107,0,63 2 95552783 rs12717784 C T 260.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.820;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.84;MQRankSum=-3.179;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.950;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:291,0,224 2 95614051 . C T 1238.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3312;MQ0=0;MQ=57.51;MQRankSum=0.614;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.654;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:80:99:1268,0,727 2 95818809 rs79435252 C A 265.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.031;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.660;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.026;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:296,0,431 2 95847040 rs56226919 TGCG T 1452.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=168.1069;MQ0=0;MQ=54.04;QD=38.23;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:38:99:1495,99,0 2 95945568 rs7585914 G A 659.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.119;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.265;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:690,0,668 2 95947085 rs12992066 A G 617.45 PASS 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A T 173.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.197;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:204,0,482 2 98382886 rs895438 G A 116.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.667;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:146,0,279 2 98413781 rs2305143 C T 493.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.238;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.127;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.824;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:523,0,488 2 98414015 rs79297691 T C 228.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.416;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:259,0,242 2 98418876 rs17022568 C T 182.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.991;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:213,0,168 2 98427633 rs61729688 C T 1020.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.812;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.978;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.978;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1051,0,1118 2 98709684 rs298917 T C 452.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.519;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.129;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:482,0,795 2 98797744 rs4851890 C T 189.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.545;QD=13.56;ReadPosRankSum=2.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:220,0,190 2 98811075 rs7579916 A G 241.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9459;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.241;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:272,0,266 2 98823792 . 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T C 284.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:315,0,191 2 99995804 rs1376443 T C 351.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.921;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.795;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:381,0,350 2 99998561 rs2290256 C T 140.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.22:171,0,60 2 100006620 rs10187843 G T 242.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.437;QD=18.63;ReadPosRankSum=-0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:87.55:272,0,88 2 100019496 rs2305354 A G 211.30 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A G 431.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=51.37;MQRankSum=-1.413;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:461,0,691 2 107423128 rs3796114 C T 549.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.369;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=-0.152;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:579,0,665 2 107423395 rs1470590 T G 267.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.067;QD=19.12;ReadPosRankSum=1.333;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:298,0,119 2 107446396 rs877693 T C 145.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.159;QD=16.17;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:175,0,120 2 107446430 rs935565 T C 581.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.186;QD=21.54;ReadPosRankSum=-1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:612,0,235 2 108507268 . T C 307.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=19;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.8773;MQ0=0;MQ=46.41;MQRankSum=-0.380;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.127;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:337,0,147 2 108863650 rs9646947 A C 176.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.436;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:206,0,286 2 108875093 rs2198463 T A 97.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:57.39:127,0,57 2 108875198 rs2219078 G A 373.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.181;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.602;QD=6.79;ReadPosRankSum=-2.344;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:55:99:403,0,916 2 108875244 rs6722745 T C 336.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.435;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.704;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:53:99:367,0,906 2 108994808 rs1402467 C G 1365.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=6.197;HRun=0;HaplotypeScore=7.5932;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=0.578;QD=12.65;ReadPosRankSum=-1.543;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1396,0,1573 2 108998797 rs4149434 A AG 330.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.209;DB;DP=48;FS=5.636;HRun=1;HaplotypeScore=188.6114;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.364;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:48:99:369,0,935 2 108999786 rs4149436 T C 73.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.07:103,0,96 2 109123996 rs2577596 T G 215.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.053;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:245,0,236 2 109292280 rs7584953 T C 190.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.73;MQRankSum=0.278;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:220,0,128 2 109393522 rs66479531 TG T 272.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=26.5631;MQ0=0;MQ=62.36;QD=30.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:27.08:315,27,0 2 109547280 rs78887701 G A 195.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.092;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:226,0,163 2 110321935 . 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A C 104.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:135,0,168 2 111551763 rs13388313 A G 351.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.949;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:382,0,134 2 111556710 . C G 739.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8937;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.657;QD=18.50;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:770,0,496 2 111598958 rs1554005 C T 90.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.667;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:120,0,266 2 111721142 rs111296659 ATGTGTG A 360.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=114.4701;MQ0=0;MQ=39.98;QD=20.02;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:18:21.07:402,21,0 2 111725811 rs13432362 A G 408.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=1.762;QD=18.59;ReadPosRankSum=-0.070;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:439,0,180 2 111850427 rs77311714 T G 446.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=8.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-0.377;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.008;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:476,0,1001 2 112141772 rs78236988 C T 389.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.249;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=47.14;MQRankSum=-2.746;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:419,0,684 2 112141781 . T G 311.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=39;Dels=0.00;FS=5.978;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=2;MQ=47.41;MQRankSum=-2.645;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:342,0,598 2 112142170 . G C 160.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.27;MQRankSum=-1.693;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:190,0,327 2 112582766 rs60136848 CTT C 773.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.819;DB;DP=39;FS=1.360;HRun=2;HaplotypeScore=119.9247;MQ0=0;MQ=56.14;MQRankSum=-1.138;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.183;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:812,0,1089 2 112614429 rs72936240 G A 179.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.08;MQRankSum=-3.809;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:209,0,563 2 112686988 rs13027171 G A 416.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.857;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.913;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:446,0,635 2 112698388 rs11674226 G A 532.43 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=56.23;MQRankSum=-1.517;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:173,0,420 2 130751254 rs113353737 A AC 234.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DB;DP=41;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=100.5783;MQ0=2;MQ=42.86;MQRankSum=-3.373;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.113;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:41:99:274,0,730 2 130751606 rs12692104 G A 1283.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.243;DB;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4048;MQ0=6;MQ=43.95;MQRankSum=10.130;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.292;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,57:159:99:1313,0,1691 2 130751619 rs111243295 C T 1794.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4545;MQ0=6;MQ=43.59;MQRankSum=-10.449;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,117:176:99:1825,0,1522 2 130751644 . T G 1427.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=4;MQ=43.49;MQRankSum=-9.603;QD=10.05;ReadPosRankSum=2.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,91:142:99:1458,0,1382 2 130751655 . C T 1306.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.92;MQRankSum=-8.698;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,77:118:99:1337,0,1095 2 130751697 . 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AG A 324.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=21;FS=1.971;HRun=2;HaplotypeScore=51.2920;MQ0=0;MQ=60.51;MQRankSum=1.373;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.106;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:363,0,387 2 130930961 rs114037844 G A 553.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.725;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=55.12;MQRankSum=1.235;QD=16.77;ReadPosRankSum=1.045;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:583,0,432 2 130931095 . G A 890.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=52;Dels=0.00;FS=6.169;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=0.802;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:920,0,464 2 130948303 rs12612244 T C 158.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-1.635;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:188,0,136 2 130949491 rs60154251 G A 828.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7971;MQ0=7;MQ=42.09;MQRankSum=-2.107;QD=5.60;ReadPosRankSum=3.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,50:148:99:859,0,2169 2 130951548 rs1052319 G A 2542.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=2.974;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ0=2;MQ=52.35;MQRankSum=-3.602;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,97:162:99:2572,0,1687 2 130951566 rs7340193 G A 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rs56151061 C T 388.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=43.72;MQRankSum=0.735;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:418,0,228 2 130970889 rs62165111 G A 407.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=1;HaplotypeScore=2.6637;MQ0=4;MQ=51.94;MQRankSum=0.230;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.355;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:71:99:438,0,1267 2 130970911 rs12471586 A G 1114.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.065;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=54.24;MQRankSum=0.207;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:1144,0,787 2 130971063 rs12467443 C T 60.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.84;MQRankSum=-1.380;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:41.24:91,0,41 2 130987133 rs114368625 G A 291.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6433;MQ0=0;MQ=48.73;MQRankSum=-1.189;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.043;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:321,0,345 2 130987180 rs13407565 G C 518.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=7.806;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=4;MQ=43.75;MQRankSum=-4.430;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:549,0,294 2 130987233 rs72863885 C T 234.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=46.70;MQRankSum=-1.983;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.168;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:265,0,812 2 130987239 rs72863888 G A 254.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=47.69;MQRankSum=-2.685;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:284,0,831 2 130987536 rs112419252 G C 264.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=1.939;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:294,0,318 2 130987580 rs113153044 T C 244.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=8.383;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.955;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:275,0,181 2 130987779 rs111487426 A G 99.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=1.156;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:129,0,322 2 130988017 rs4519461 C G 361.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7712;MQ0=0;MQ=51.14;MQRankSum=-4.240;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:34:99:391,0,458 2 130988070 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C T 87.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.01;MQRankSum=-0.573;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:90.85:118,0,91 2 131024421 rs6712541 C T 66.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=1.246;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:96.13:96,0,184 2 131027329 . C A 150.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-0.365;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:12:99:180,0,131 2 131051475 rs938867 T G 345.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.60;MQRankSum=-0.085;QD=23.05;ReadPosRankSum=-1.274;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:43.89:376,0,44 2 131116404 rs7568956 T C 862.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.751;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.605;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.914;QD=15.97;ReadPosRankSum=2.411;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:893,0,580 2 131130678 rs10189689 T C 224.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.003;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:62.27:255,0,62 2 131266530 rs10737928 C A 2463.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DB;DP=214;Dels=0.00;FS=36.578;HRun=0;HaplotypeScore=3.6448;MQ0=5;MQ=41.12;MQRankSum=-0.001;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.655;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,110:214:99:2493,0,2398 2 131414176 rs62165276 C T 387.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.56;MQRankSum=0.486;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:418,0,368 2 131520178 rs77687733 C G 386.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=2;HaplotypeScore=1.9565;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.314;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:416,0,422 2 131688587 rs6718816 G A 444.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=7.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=58.27;MQRankSum=0.980;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:475,0,636 2 131688783 rs61750360 G A 337.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=0.787;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.094;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:368,0,205 2 131946145 . C G 218.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.11;MQRankSum=-1.769;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:248,0,134 2 132093226 rs78730418 C CA 907.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=66.6824;MQ0=0;MQ=58.29;QD=27.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:33:84.08:949,84,0 2 132113292 rs111679476 G A 151.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.433;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:181,0,279 2 132120501 rs56985094 C CT 972.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=53.8926;MQ0=0;MQ=52.73;QD=33.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84.26:1015,84,0 2 132181483 rs1059524 G T 347.44 PASS 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A G 249.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.51;MQRankSum=-0.048;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:279,0,248 2 132384381 rs12991373 G A 871.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=1;HaplotypeScore=3.5518;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=-0.303;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.576;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:902,0,1225 2 132384588 rs13011674 C G 1573.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=1.489;HRun=0;HaplotypeScore=2.8641;MQ0=0;MQ=55.65;MQRankSum=-0.072;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.663;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:1604,0,1624 2 132480986 rs62163367 C T 564.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.378;HRun=1;HaplotypeScore=2.9223;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-0.716;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:595,0,499 2 132481526 rs62163368 C A 362.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.023;HRun=2;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=1.544;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:392,0,488 2 132481529 rs62163369 C T 388.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=55.47;MQRankSum=1.321;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:418,0,533 2 132580319 rs12474476 T G 78.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=53.77;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:108,0,193 2 132768019 rs6734759 C G 493.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.7796;MQ0=1;MQ=40.10;MQRankSum=-2.006;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.149;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,26:29:25.43:524,0,25 2 132796355 . C T 108.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.96;MQRankSum=-0.550;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:80.60:138,0,81 2 132796480 rs58905578 G A 158.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=-2.096;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.445;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:189,0,456 2 133014510 rs9287404 T C 154.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.9464;MQ0=0;MQ=41.70;MQRankSum=-1.179;QD=17.21;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:54.29:185,0,54 2 133014602 rs75245503 G C 364.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9642;MQ0=0;MQ=54.67;MQRankSum=-1.377;QD=13.03;ReadPosRankSum=-1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:395,0,265 2 133014612 rs74853538 A C 339.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.228;HRun=2;HaplotypeScore=5.7723;MQ0=0;MQ=56.59;MQRankSum=-0.398;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.745;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:370,0,191 2 133014651 rs111708138 A AC 291.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DB;DP=16;FS=2.158;HRun=2;HaplotypeScore=125.2361;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=0.635;QD=18.24;ReadPosRankSum=1.482;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:331,0,212 2 133014678 rs72869462 A G 135.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9133;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=-0.572;QD=16.88;ReadPosRankSum=-1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60.20:165,0,60 2 133018770 rs62165051 T C 401.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=44.52;MQRankSum=-1.349;QD=22.31;ReadPosRankSum=1.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:5.96:433,6,0 2 133018785 rs62165052 T C 542.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9384;MQ0=0;MQ=43.30;MQRankSum=-1.953;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:25:19.85:572,0,20 2 133018849 rs112058313 G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=0;HaplotypeScore=6.9840;MQ0=2;MQ=45.58;MQRankSum=-2.514;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:449,0,385 2 133018967 rs75244748 A G 364.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.864;HRun=0;HaplotypeScore=1.9066;MQ0=7;MQ=48.26;MQRankSum=-4.083;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:395,0,1191 2 133019016 rs10153756 T G 1837.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.202;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.859;HRun=0;HaplotypeScore=7.6596;MQ0=5;MQ=46.19;MQRankSum=-4.787;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,78:108:99:1867,0,751 2 133019052 rs4018091 C A 802.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.231;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.6564;MQ0=5;MQ=43.46;MQRankSum=-3.354;QD=6.42;ReadPosRankSum=-2.275;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,44:125:99:833,0,2086 2 133019216 rs4018086 C T 582.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=6.899;HRun=2;HaplotypeScore=5.8059;MQ0=2;MQ=48.12;MQRankSum=-6.260;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.997;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:98:99:612,0,1615 2 133019291 rs75871437 C A 489.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.205;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.011;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=47.70;MQRankSum=3.586;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:86:99:519,0,1446 2 133019556 rs57233869 T C 607.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=9.974;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=45.83;MQRankSum=-0.946;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:637,0,372 2 133019890 . G GAAA 491.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=37;FS=8.695;HRun=2;HaplotypeScore=484.1892;MQ0=0;MQ=46.92;MQRankSum=-5.058;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.237;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:37:99:531,0,1176 2 133019900 . C CTT 452.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.572;DP=34;FS=8.101;HRun=1;HaplotypeScore=405.0094;MQ0=0;MQ=46.66;MQRankSum=-4.855;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.780;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:34:99:491,0,836 2 133019934 . G C 230.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=25;Dels=0.00;FS=17.433;HRun=0;HaplotypeScore=6.7974;MQ0=2;MQ=40.94;MQRankSum=3.131;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:260,0,326 2 133020115 . CT C 819.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.416;DP=124;FS=0.945;HRun=1;HaplotypeScore=995.1899;MQ0=2;MQ=45.69;MQRankSum=-3.137;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.545;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,41:124:99:859,0,3951 2 133020382 rs113897499 C T 1070.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=11.747;HRun=3;HaplotypeScore=5.9691;MQ0=7;MQ=44.98;MQRankSum=-3.705;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:127:99:1100,0,1758 2 133020404 rs75576404 T G 553.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=11.891;HRun=1;HaplotypeScore=12.8222;MQ0=5;MQ=46.19;MQRankSum=-2.815;QD=6.01;ReadPosRankSum=-2.640;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,30:92:99:583,0,1491 2 133020480 rs112602486 C CT 512.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DB;DP=24;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=236.0788;MQ0=0;MQ=45.46;MQRankSum=-2.144;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.275;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:24:99:552,0,389 2 133066879 rs2677610 G A 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G C 52.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.406;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.71:83,0,106 2 176987456 . C A 111.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.309;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:142,0,244 2 177193557 . C T 241.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.433;QD=14.19;ReadPosRankSum=-1.491;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:271,0,241 2 178494173 rs55716909 G GGGA 4863.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=246.6411;MQ0=0;MQ=55.65;QD=57.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:85:99:4863,232,0 2 178545566 rs75127279 C T 128.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:158,0,227 2 179203797 rs1434087 G A 411.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6577;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=2.142;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.420;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:441,0,284 2 179258923 rs919177 C T 177.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=19.74;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:94.80:208,0,95 2 179393691 rs55842557 G A 169.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=6.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.239;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:99:199,0,666 2 179393859 rs55880440 A G 147.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.067;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:51.86:178,0,52 2 179396573 rs56375087 T G 123.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.880;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.400;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.933;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:15:99:154,0,274 2 179432185 rs12463674 A G 526.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.291;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.614;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:557,0,712 2 179440029 rs12464787 G A 344.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.246;QD=13.79;ReadPosRankSum=2.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:375,0,289 2 179462494 rs35833641 A G 397.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.222;HRun=0;HaplotypeScore=2.8607;MQ0=0;MQ=58.10;MQRankSum=-0.584;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:428,0,688 2 179597590 . T C 159.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.378;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.582;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:190,0,466 2 179643775 rs36021856 C T 466 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=4.720;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=-0.549;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:496,0,622 2 179650408 rs35813871 G A 216.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=10.788;HRun=0;HaplotypeScore=4.5590;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=1.537;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.711;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:247,0,675 2 179650701 rs6715406 C T 661.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.252;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.56;MQRankSum=0.011;QD=14.39;ReadPosRankSum=1.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:692,0,445 2 179667090 rs3816849 C T 62.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:92.32:92,0,140 2 180348245 rs2271759 T G 153.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.377;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.811;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:183,0,216 2 182350743 rs155103 A G 249.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.245;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:279,0,262 2 182359592 rs16867434 T C 217.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.331;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:248,0,224 2 182360182 rs2305586 T C 643.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.110;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:673,0,608 2 182400092 . 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G GACACACACACACACAC 3011.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=248.8432;MQ0=0;MQ=36.05;QD=143.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,3:21:51.18:3054,51,0 2 182413602 rs13003064 A T 711.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=1.589;QD=29.66;ReadPosRankSum=0.867;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:57.18:745,57,0 2 182430120 rs7604902 C A 226.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.643;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.444;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:257,0,437 2 182521578 rs1473295 G A 210.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=0.778;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:240,0,271 2 182543455 rs1801262 T C 306.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.444;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.796;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:337,0,310 2 182763529 rs2059702 A T 379.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.620;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.069;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:410,0,385 2 182763586 rs3731693 G A 913.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9048;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.516;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:944,0,1171 2 182766624 . 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A AT 327.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=40;FS=4.977;HRun=12;HaplotypeScore=126.3757;MQ0=0;MQ=57.76;MQRankSum=1.062;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.864;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:40:99:367,0,334 2 203836507 rs72928608 G C 78.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.60:108,0,66 2 203846817 rs72932557 A T 525.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.405;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-1.213;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.100;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:556,0,381 2 204053267 . G C 576.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=59;Dels=0.00;FS=2.272;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-0.388;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:606,0,857 2 204056014 . T C 310.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8089;MQ0=3;MQ=45.97;MQRankSum=-0.851;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:39:99:341,0,588 2 204111398 rs10586509 GTTAA G 513.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=96.9110;MQ0=0;MQ=35.31;QD=51.39;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:556,30,0 2 204305093 rs3814365 T C 438.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=2.6392;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.764;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.026;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:27:99:468,0,263 2 204322298 rs2469953 T C 822.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=2.238;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:852,0,851 2 204629967 rs71007550 GCTCCCAGATTTTGCTCTCCAGCTT G 369.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=382.0060;MQ0=0;MQ=46.14;QD=17.59;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:21:18.06:411,18,0 2 204637705 . 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G T 72.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.53:103,0,64 2 219890690 . GCA G 153.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=11;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=54.0010;MQ0=0;MQ=55.66;MQRankSum=-0.717;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:193,0,332 2 219890693 . 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C T 154.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=15;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.059;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.884;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:185,0,306 2 220100787 rs2293079 C T 458.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.108;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:488,0,571 2 220134476 rs77139773 AG A 664.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=67.3570;MQ0=0;MQ=59.95;QD=26.59;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:63.17:707,63,0 2 220136155 rs7594971 T C 1751.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9866;MQ0=4;MQ=45.91;MQRankSum=0.920;QD=25.75;ReadPosRankSum=1.516;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1784,129,0 2 220156146 rs1983297 G A 174.33 PASS 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TTC T 206.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=44.0190;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.383;QD=20.67;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:246,0,202 2 232389744 rs3752762 A G 355.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8980;MQ0=0;MQ=58.81;MQRankSum=-1.356;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:386,0,613 2 232390151 rs3752763 A G 289.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.733;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:320,0,164 2 232425083 rs77873866 TA T 218.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=23.9793;MQ0=0;MQ=61.07;QD=21.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.04:261,27,0 2 232450762 rs13008814 G A 433.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.657;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:463,0,616 2 232573292 rs12415 T C 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.08;MQRankSum=1.754;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.94:96,0,132 2 232573301 rs8868 C T 91.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.73;MQRankSum=2.017;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:121,0,130 2 232653481 rs3830626 A ACT 255.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=11;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=26.4048;MQ0=0;MQ=60.98;MQRankSum=-0.633;QD=23.21;ReadPosRankSum=2.383;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:294,0,133 2 232952286 rs11887184 A G 236.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.957;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:266,0,595 2 233199246 rs1814893 G A 60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9464;MQ0=0;MQ=50.58;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:89.99:90,0,138 2 233243586 rs1130335 C T 381.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.170;HRun=0;HaplotypeScore=1.9454;MQ0=0;MQ=48.55;MQRankSum=-3.523;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:412,0,569 2 233243645 rs3748969 C A 414.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=19.064;HRun=0;HaplotypeScore=5.5265;MQ0=1;MQ=42.66;MQRankSum=-4.383;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:445,0,739 2 233243981 rs13026692 A T 393.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.356;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.496;HRun=1;HaplotypeScore=3.5934;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.449;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.882;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:423,0,560 2 233244703 rs12620827 T C 287.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=55.25;MQRankSum=-2.098;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:317,0,204 2 233244777 rs12620832 T C 124.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-0.684;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:81.33:155,0,81 2 233244843 rs55977653 G A 362.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=6.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.65;MQRankSum=-0.534;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.534;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:393,0,389 2 233245026 rs2853378 G A 262.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.0853;MQ0=2;MQ=49.85;MQRankSum=-2.584;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:292,0,337 2 233245045 rs28733638 C T 274.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=53.46;MQRankSum=-0.176;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:22:99:305,0,286 2 233271697 rs72170783 T TAC 1052.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DB;DP=53;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=308.5649;MQ0=1;MQ=55.36;MQRankSum=2.213;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.100;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:53:86.94:1092,0,87 2 233271702 . 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T C 246.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.271;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:276,0,149 2 238732864 rs72991078 G A 133.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:163,0,171 2 238990388 rs3210400 G A 469.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.934;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.431;HRun=0;HaplotypeScore=1.8940;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.335;QD=15.66;ReadPosRankSum=-1.297;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:500,0,363 2 239040218 rs73102309 G A 313.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.611;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:41.25:343,0,41 2 239049602 . C T 663.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.678;DP=59;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=2;HaplotypeScore=2.4637;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-2.625;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:694,0,949 2 239140728 rs11689033 A G 103.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.135;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:133,0,202 2 239141221 rs11694487 G C 322.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.273;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.733;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:352,0,265 2 239141505 . A G 475.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=1.411;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:505,0,313 2 239155053 rs934945 C T 262.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.249;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:293,0,207 2 239184581 rs10462023 G A 629.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9134;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.590;QD=19.66;ReadPosRankSum=0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:659,0,289 2 239235857 rs6728430 A G 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:35.68:81,0,36 2 239237953 rs12464423 G T 413.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.720;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.375;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.830;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:443,0,655 2 239344412 rs3191996 C T 190.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.12;MQRankSum=1.821;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.489;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:220,0,256 2 239469431 rs72984530 C T 81.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.31;MQRankSum=-1.221;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:111,0,105 2 240055901 rs2278778 G A 155.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=6.803;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=-0.289;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:185,0,162 2 240055966 rs35291459 C T 318.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.200;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.97;MQRankSum=-1.217;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:349,0,284 2 240085674 rs13010577 C T 248.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.532;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:279,0,247 2 240098053 rs3842553 C CCCCTCCCTCTGCCCGGCCT 725.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DB;DP=15;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=192.3614;MQ0=1;MQ=47.24;MQRankSum=-1.200;QD=40.33;ReadPosRankSum=-3.016;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,1:15:99:765,0,764 2 240111477 rs531993 A T 54.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.85:84,0,63 2 240900607 . 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C T 76.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:107,0,248 2 242289663 rs34102198 C CATT 298.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=14.5479;MQ0=0;MQ=49.96;QD=59.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:340,15,0 2 242432770 . C CGAT 541.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=34;FS=1.515;HRun=0;HaplotypeScore=111.0744;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.594;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.166;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:580,0,890 2 242542298 rs6437269 T C 145.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.872;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.581;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:175,0,266 2 242572846 rs3208142 A G 527.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.374;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.323;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:557,0,569 2 242607924 rs62190301 A G 90.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.09:120,0,21 2 242610738 rs11538896 T C 147.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.336;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:178,0,138 2 242610773 rs7601000 T A 150.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.209;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:180,0,211 2 242617792 rs4076640 A G 93.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.827;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:123,0,276 2 242617851 rs4076639 A G 403.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=3.191;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ0=0;MQ=57.35;MQRankSum=1.317;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.677;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:433,0,727 2 242648545 rs7595652 C T 410.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.135;HRun=0;HaplotypeScore=2.2392;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.190;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.569;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:36:99:441,0,570 2 242648549 rs7568408 G A 450.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=6.384;HRun=0;HaplotypeScore=2.2392;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-0.578;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.413;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:481,0,584 2 242662761 rs7572153 T C 236.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.617;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:267,0,496 2 242707101 rs6756901 A G 158.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.981;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.604;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:188,0,391 2 242707195 . C A 223.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=32;Dels=0.00;FS=1.585;HRun=0;HaplotypeScore=2.6984;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.145;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.681;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:32:99:254,0,521 2 242716380 rs12469459 A T 73.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:104,0,127 2 242742842 . A G 168.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=16;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.847;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:199,0,171 3 361508 rs2272522 C T 314.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.179;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.656;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:344,0,175 3 367757 rs162734 G C 266.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.669;QD=12.69;ReadPosRankSum=-2.711;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:296,0,288 3 367825 rs13073026 G T 59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:28.61:89,0,29 3 370051 rs62227239 C T 314.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.95;MQRankSum=1.169;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:344,0,301 3 386247 rs3736632 C T 99.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:88.41:130,0,88 3 436384 . A T 272.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=0.462;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:302,0,300 3 1262474 rs2013828 T C 606.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.75;MQRankSum=-0.757;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:636,0,642 3 1269680 rs62229416 G A 193.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.366;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:224,0,559 3 1424718 rs2291101 G A 844.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.003;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-0.241;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:874,0,518 3 1424850 rs2291100 T G 389.10 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A G 254.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=18;Dels=0.00;FS=2.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.755;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.844;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:284,0,216 3 10049287 rs2272118 T C 211.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=9.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.651;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:242,0,429 3 10059658 rs9862221 G T 966.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=-0.006;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:996,0,773 3 10059664 rs73017232 T C 858.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.42;MQRankSum=-1.005;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.308;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:889,0,733 3 10065426 rs6803517 C T 457.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.736;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.361;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.179;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:488,0,662 3 10067651 rs2075310 C T 287 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.306;QD=19.13;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:317,0,152 3 10067794 rs35993975 A G 233.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=7.196;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.500;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:264,0,417 3 10067797 rs33917318 T C 237.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=7.196;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.387;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.274;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:268,0,385 3 10076842 rs35198440 CTT C 260.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DB;DP=23;FS=1.935;HRun=10;HaplotypeScore=82.3011;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=0.215;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.892;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:99:299,0,445 3 10076975 rs17032276 A C 250.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.466;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:281,0,277 3 10077023 rs17032277 T C 80.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.32:110,0,61 3 10077955 rs17032278 A G 435.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.138;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:465,0,332 3 10081545 rs17032283 G C 458.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.526;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=-0.181;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.257;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:488,0,769 3 10084224 rs9879080 C T 371.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9940;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-0.022;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.240;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:402,0,402 3 10085130 rs9809061 C G 59.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.358;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:89,0,67 3 10088407 . AG A 105.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=12;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=107.8417;MQ0=5;MQ=24.18;MQRankSum=-0.831;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.134;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:12:99:145,0,298 3 10088409 . TAAG T 175.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=115.3002;MQ0=5;MQ=24.18;MQRankSum=-0.831;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.134;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:12:99:215,0,390 3 10089723 rs12330369 G A 286.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.115;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.566;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=-1.074;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.384;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:317,0,567 3 10089738 rs62245508 A G 266.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.284;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.687;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.47;MQRankSum=-1.198;QD=9.53;ReadPosRankSum=-2.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:297,0,431 3 10089749 rs12330599 T C 188.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=3.9831;MQ0=0;MQ=52.01;MQRankSum=-2.914;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:219,0,496 3 10107520 rs34608006 G T 168.31 PASS 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A G 338.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=19;Dels=0.00;FS=2.754;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.880;QD=17.81;ReadPosRankSum=-1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:368,0,155 3 37512646 rs79749932 T C 569.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=10.032;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.942;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:600,0,988 3 37512647 rs11709385 G C 532.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=6.014;HRun=0;HaplotypeScore=2.5968;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.680;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:562,0,1015 3 37535984 rs2507940 C G 256.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.766;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:287,0,191 3 37574951 rs267561 G A 259.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.122;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:290,0,278 3 37575039 rs267560 G A 55.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:85.48:85,0,140 3 37583851 rs2844349 A C 380.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.434;HRun=0;HaplotypeScore=1.8932;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.297;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:410,0,582 3 37627112 rs1155741 T C 71.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:89.72:102,0,90 3 37627149 rs1155742 G A 76.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:106,0,112 3 37818805 rs2276003 G C 106.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.4105;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:136,0,183 3 38049774 rs78426951 C A 643.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9312;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=0.432;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:674,0,1013 3 38539095 rs72284153 CTT C 274.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=95.9275;MQ0=0;MQ=52.45;QD=21.08;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:38.64:316,39,0 3 38539098 . T C 284.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9811;MQ0=0;MQ=53.03;MQRankSum=1.768;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:96.34:314,0,96 3 38645420 rs1805124 T C 129.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=0.717;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:160,0,149 3 38647642 rs41312433 G T 243.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=1.102;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:273,0,278 3 38671944 rs7627488 G A 164.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.788;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:195,0,219 3 38738717 rs6599240 G A 224.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.627;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:254,0,192 3 38764782 rs4076737 G T 509.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=2.754;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.368;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.104;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:539,0,217 3 38766675 rs6795970 A G 298.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.066;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.647;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:328,0,577 3 38784029 rs6599250 T C 1758.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.605;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5379;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.006;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,65:110:99:1788,0,1137 3 38812650 rs10212338 G A 510.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.670;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.104;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:541,0,231 3 38812708 rs4420804 C T 490.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.144;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.833;HRun=1;HaplotypeScore=3.7202;MQ0=0;MQ=58.35;MQRankSum=0.521;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:76:99:521,0,1437 3 38938299 rs5848481 C CT 108.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=33.3902;MQ0=0;MQ=45.81;QD=15.44;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:17.96:150,18,0 3 39175810 . C T 1264.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.607;DP=88;Dels=0.00;FS=3.360;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.272;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1295,0,965 3 39185248 rs784519 A G 763.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8519;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.456;QD=29.36;ReadPosRankSum=1.040;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:57.19:796,57,0 3 39228676 rs62244166 T G 255.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.556;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.423;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:286,0,489 3 39307256 rs3732379 C T 897.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=4.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.373;QD=14.47;ReadPosRankSum=2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:927,0,786 3 39307832 . 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ATGAAG A 614.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=25;FS=6.239;HRun=0;HaplotypeScore=132.8204;MQ0=0;MQ=50.65;MQRankSum=-2.747;QD=24.60;ReadPosRankSum=-0.517;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:654,0,1064 3 39400941 rs6806563 T C 1012.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=57.05;MQRankSum=1.631;QD=28.92;ReadPosRankSum=-0.714;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:58.57:1045,59,0 3 39432785 rs45503293 C T 309.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.342;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:340,0,227 3 39435865 rs870843 G C 956.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.024;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.307;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:986,0,1002 3 39449770 rs3772140 T G 146.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.851;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:177,0,161 3 39450065 rs3772138 C T 371.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.165;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.606;HRun=1;HaplotypeScore=1.7336;MQ0=0;MQ=59.88;MQRankSum=1.179;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:401,0,879 3 39450276 rs34149164 C CAT 359.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=40.6900;MQ0=0;MQ=59.91;MQRankSum=-0.386;QD=23.94;ReadPosRankSum=0.225;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:398,0,205 3 39452106 rs2077798 A G 106.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=21.34;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.53:137,0,24 3 39453160 rs2269350 G A 388.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=10.150;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.71;MQRankSum=2.183;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.250;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:419,0,536 3 39554946 rs552724 C T 209.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.683;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=12.505;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.716;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:240,0,429 3 39701165 rs12107784 A G 144.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=1.5650;MQ0=0;MQ=54.63;MQRankSum=1.031;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:174,0,112 3 39701194 rs6787961 T C 62.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.38;MQRankSum=1.231;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:12.66:93,0,13 3 40085760 rs56248790 G A 715.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.490;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=-0.444;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:746,0,615 3 41279440 rs4135385 A G 342.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.290;QD=28.58;ReadPosRankSum=-1.738;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:6.90:373,0,7 3 41291081 rs2293304 G A 176.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:93.59:207,0,94 3 41756965 rs61744388 C T 291.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.924;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=1.241;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.140;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:321,0,1047 3 41756986 rs61744385 A T 348.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.212;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.74;MQRankSum=0.446;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.724;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:379,0,911 3 41759191 rs17060938 T C 440.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=6.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-1.537;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:470,0,280 3 41795841 rs9867627 A C 597.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=0.448;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.038;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:627,0,725 3 41831203 rs17215589 C T 342.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.185;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.163;QD=6.01;ReadPosRankSum=-2.944;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:99:373,0,1089 3 41841811 . 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CCT C 408.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=58.4113;MQ0=0;MQ=60.77;MQRankSum=-0.071;QD=29.17;ReadPosRankSum=-0.354;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:447,0,202 3 41996136 rs2272007 T C 928.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=5.9697;MQ0=0;MQ=58.18;MQRankSum=0.078;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:958,0,851 3 42005734 rs12492599 C A 140.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.869;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:170,0,181 3 42019392 rs17218936 C T 607.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.670;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.809;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.628;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:638,0,439 3 42019565 rs7634985 C T 206.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.76;MQRankSum=2.367;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:236,0,119 3 42201759 rs9755034 G A 353.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.701;HRun=0;HaplotypeScore=1.8300;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.283;QD=20.82;ReadPosRankSum=-1.642;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:99:384,0,112 3 42218095 rs1010987 G C 111.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.08:141,0,21 3 42225951 rs4682953 G T 110.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.30:141,0,59 3 42226151 rs4234445 T C 2673.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=3.647;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-1.265;QD=30.04;ReadPosRankSum=-1.693;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2706,193,0 3 42234758 rs3816397 C A 94.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:125,0,246 3 42235280 . TATCTTAGGAAGTG T 926.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.589;DP=43;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=458.7317;MQ0=0;MQ=54.48;MQRankSum=-2.494;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.280;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:43:99:965,0,5242 3 42244321 rs9311309 G A 204.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=25.53;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:11.18:234,0,11 3 42251329 rs2290133 C T 686.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=4.3941;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=-0.685;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:716,0,726 3 42251577 rs10634555 CGGA C 386.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.198;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=169.7824;MQ0=0;MQ=55.04;MQRankSum=2.802;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.560;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:27:99:426,0,363 3 42251868 rs71827158 CT C 327.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=57.1591;MQ0=0;MQ=60.43;MQRankSum=-0.718;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.380;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:366,0,245 3 42264393 rs3733053 A G 382.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=9.129;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=1.025;QD=15.94;ReadPosRankSum=-1.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:413,0,270 3 42264422 rs3733054 T C 592.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.227;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=-0.866;QD=16.02;ReadPosRankSum=2.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:623,0,534 3 42265270 . TCTC T 277.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=61.9093;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.000;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:317,0,239 3 42304784 rs1868522 A G 107.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:138,0,122 3 42362817 rs678574 T C 77.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.46;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22.31:108,0,22 3 42363951 rs566271 A G 351.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.589;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.527;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:381,0,271 3 42448296 rs33518 T C 422.62 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:20.52:174,0,21 3 44621467 . T TG 127.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=13;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=28.8449;MQ0=0;MQ=60.83;MQRankSum=-1.031;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.717;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:97.21:166,0,97 3 44622115 rs113958788 T C 371.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=4.982;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.446;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.941;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:401,0,564 3 44692564 rs2272044 C G 491.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.588;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.360;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:521,0,301 3 44751372 rs116419768 C T 159.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.753;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:190,0,376 3 44751661 . C T 209.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=24;Dels=0.00;FS=3.624;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=51.47;MQRankSum=0.498;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:240,0,392 3 44803108 rs71970457 AAAGACAG A 556.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=103.8262;MQ0=0;MQ=44.02;QD=39.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:27.08:599,27,0 3 44816952 rs10574346 CTT C 127.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=31.6877;MQ0=0;MQ=55.72;QD=14.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:9:20.71:170,21,0 3 44906746 rs10429 A G 510.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.123;QD=30.05;ReadPosRankSum=-0.510;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:8.82:543,9,0 3 45132577 rs6791801 A T 112.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:143,0,212 3 45132637 rs1879240 T C 249.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.617;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.173;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:279,0,521 3 45461102 rs35357583 G GT 735.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=49.6801;MQ0=0;MQ=59.36;QD=38.69;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54.18:777,54,0 3 45636335 rs267238 A G 223.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.184;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:253,0,107 3 45637439 rs267236 T C 1212.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.803;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.565;QD=28.87;ReadPosRankSum=0.266;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:30.55:1246,31,0 3 45677635 rs5848761 C CT 9279.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1328.8890;MQ0=0;MQ=53.81;QD=43.57;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:167,46:212:99:9280,629,0 3 45677638 rs5848762 CA C 7881.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1422.8023;MQ0=0;MQ=54.02;QD=37.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:157,51:208:99:7881,614,0 3 45715767 rs2742409 G A 185.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=23.23;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.06:216,0,15 3 45718327 rs7640969 T G 810.97 PASS 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GGT G 660.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.102;DP=36;FS=3.345;HRun=0;HaplotypeScore=152.8854;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=0.063;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.222;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:700,0,1051 3 45804391 rs2191027 C T 1278.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=9.803;HRun=1;HaplotypeScore=2.6665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.090;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.392;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1309,0,1084 3 45813025 rs758387 A G 235.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-2.024;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:266,0,120 3 46005767 . C T 438.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;DP=35;Dels=0.00;FS=2.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.217;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.617;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:468,0,583 3 46016599 rs3821884 T G 221.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=27.72;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:12.90:252,0,13 3 46016851 rs751552 A T 681.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.261;QD=31.00;ReadPosRankSum=0.946;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:21.62:715,22,0 3 46352759 rs6441962 G C 509.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8665;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-1.141;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:539,0,505 3 46399798 rs1799865 T C 1688 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.350;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=7.890;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.570;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.770;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:103:99:1718,0,1108 3 46479668 rs3213479 A G 747.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.735;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.511;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.698;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:778,0,431 3 46480801 rs9110 A G 1281.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7873;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.223;QD=16.22;ReadPosRankSum=-1.173;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1312,0,818 3 46480958 rs2073495 C G 203.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.472;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.094;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:234,0,424 3 46482861 rs34000233 G A 208.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DB;DP=20;Dels=0.05;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=3.9544;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.456;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:239,0,358 3 46484898 rs7615975 T G 949.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.598;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.383;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=1.962;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:979,0,939 3 46501284 rs55665884 C CCTT 1014.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.7766;MQ0=0;MQ=57.81;QD=59.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:1056,51,0 3 46593058 . G A 326.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.06;MQRankSum=-0.599;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:29:99:356,0,407 3 46620614 rs11130097 T C 867.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.844;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=1.027;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.078;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:898,0,742 3 46713102 rs6776565 C T 150.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.352;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:181,0,306 3 46713457 rs7625303 C G 537.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9945;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=0.574;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.294;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:568,0,1062 3 46713764 rs61277784 G A 168.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.166;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:94.37:198,0,94 3 46717065 rs7635360 C G 270.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.460;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:301,0,759 3 46723551 rs4683310 G A 125.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=2.039;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.586;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:155,0,258 3 46723663 rs4683311 C T 75.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:106,0,27 3 46729757 rs7642448 C G 472.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.941;QD=16.28;ReadPosRankSum=-1.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:502,0,225 3 46730749 rs4076927 A G 54.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:85,0,27 3 46751073 rs34038267 TAAG T 1597.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=287.9469;MQ0=0;MQ=59.22;QD=23.15;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,39:69:99:1640,120,0 3 46753976 rs9815362 T C 162.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.263;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:192,0,232 3 46904696 . CTG C 1669.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.841;DP=117;FS=1.686;HRun=0;HaplotypeScore=388.3283;MQ0=0;MQ=59.24;MQRankSum=0.217;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.419;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,44:117:99:1709,0,3915 3 46944274 rs1138518 T C 259.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=0;HaplotypeScore=3.5707;MQ0=0;MQ=57.40;MQRankSum=1.052;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:290,0,458 3 46945000 rs77048718 G A 339.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.298;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:369,0,654 3 46963502 rs4587 T C 289.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.831;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:319,0,301 3 46967040 rs2290545 G A 108.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=-1.668;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:138,0,175 3 46982737 rs4682844 T C 69.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:99,0,27 3 47045739 rs1079276 C G 869.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.362;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=2.9695;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.690;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:900,0,1314 3 47047176 rs34119582 A AG 310.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DB;DP=15;FS=2.515;HRun=5;HaplotypeScore=31.8751;MQ0=0;MQ=60.72;MQRankSum=-0.551;QD=20.71;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:350,0,116 3 47059323 rs2385867 C T 159.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=22.82;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:17.52:190,0,18 3 47079112 rs6768722 G A 94.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:125,0,181 3 47088028 . G A 571.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HRun=0;HaplotypeScore=2.7324;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.189;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:601,0,490 3 47103861 rs34058239 GTT G 149.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DB;DP=45;FS=6.085;HRun=14;HaplotypeScore=179.3287;MQ0=0;MQ=57.17;MQRankSum=-0.908;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.332;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:45:99:189,0,548 3 47125385 rs4082155 G A 787.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.225;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.587;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.941;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:818,0,974 3 47142907 rs66838766 TCC T 1436.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.008;DB;DP=54;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=181.9289;MQ0=1;MQ=58.51;MQRankSum=2.703;QD=26.12;ReadPosRankSum=0.533;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:54:99:1476,0,739 3 47162661 rs6767907 A G 1046.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.426;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.327;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1077,0,805 3 47276968 rs2276854 C T 576.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.27;MQRankSum=1.195;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.345;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:607,0,233 3 47277885 rs13094438 G A 115.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:145,0,139 3 47282303 rs2276853 G A 387.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.364;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:417,0,497 3 47292183 rs11130124 T C 243.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.965;QD=17.40;ReadPosRankSum=-1.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:274,0,178 3 47361082 rs2302278 G T 196.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.006;HRun=7;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.031;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:227,0,444 3 47452676 . G A 105.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=15.14;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:91.34:136,0,91 3 47452786 rs1531875 G A 536.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.335;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:25:94.82:566,0,95 3 47464122 rs1038394 A G 53.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:83.21:83,0,157 3 47539969 rs13059519 C T 860.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=4.558;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.641;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:891,0,814 3 47604086 rs116232180 T C 1801.12 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.010;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:314,0,273 3 48219320 rs3731514 AAC A 6977.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=840.8287;MQ0=0;MQ=59.47;QD=30.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,191:231:99:6977,583,0 3 48414215 rs9815103 G A 848.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.308;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=-0.505;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:878,0,479 3 48415007 rs4858793 C G 278.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=2.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.337;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:309,0,605 3 48419897 rs6442117 C T 244 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.383;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:179,0,120 3 48474249 rs2279077 A G 863.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.371;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.428;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.257;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:893,0,936 3 48505302 rs6442124 A G 375.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=9.616;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.453;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:405,0,319 3 48505964 rs2242150 C A 1087.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.250;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=1.774;HRun=1;HaplotypeScore=3.6425;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=0.546;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.095;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:100:99:1118,0,1622 3 48508585 rs11797 C T 287.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.910;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.824;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=0.129;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.360;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:45:99:318,0,882 3 48602523 rs7624006 G GGGC 885.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=45.7505;MQ0=0;MQ=55.09;QD=63.24;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:14:42.14:927,42,0 3 48612471 rs76140443 G A 70.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:101,0,27 3 48626745 . C T 221.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ0=0;MQ=57.16;MQRankSum=-0.554;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.129;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:251,0,437 3 48669454 . G C 701.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=-0.129;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:731,0,778 3 48677895 rs1264195 A T 364.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7309;MQ0=1;MQ=56.96;MQRankSum=-0.230;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:395,0,362 3 48694471 . C T 140.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=8;Dels=0.00;FS=7.068;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:85.20:170,0,85 3 48699636 . C T 1117.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=78;Dels=0.00;FS=3.277;HRun=1;HaplotypeScore=4.9548;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.506;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1147,0,1006 3 49064528 . C A 640.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.516;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:671,0,345 3 49147760 . C T 463.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=34;Dels=0.00;FS=2.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.880;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:494,0,453 3 49170159 . C G 108.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:91.84:138,0,92 3 49322027 rs2304442 T A 1087.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=2;HaplotypeScore=1.8110;MQ0=1;MQ=58.27;MQRankSum=0.515;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1117,0,962 3 49336232 rs11720964 T C 110.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.93:141,0,22 3 49343175 rs2230929 G A 650.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.597;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:681,0,705 3 49362369 rs56038006 C T 790.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.413;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.456;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=-0.748;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:86:99:821,0,1519 3 49365269 rs6795772 C T 280.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.204;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:311,0,436 3 49373045 rs34514189 A G 57.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.895;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:87.80:88,0,233 3 49406080 rs2878298 T C 219.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.666;QD=24.44;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:36.93:250,0,37 3 49450449 rs6779524 C T 73.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,140 3 49455330 rs11715915 C T 439.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7885;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=1.301;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:469,0,602 3 49459376 rs1464566 T C 71.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:102,0,27 3 49570200 rs1801143 C T 246.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.995;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.191;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:277,0,510 3 49688155 . C T 400.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.377;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:430,0,702 3 49689210 rs34762726 G A 194.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.741;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.847;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:17:99:224,0,221 3 49690496 rs11709525 C T 651.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.896;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:682,0,258 3 49701298 rs2005557 G A 409.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.643;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.178;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:439,0,412 3 49701983 rs9858542 G A 228.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.637;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.551;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.175;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:258,0,488 3 49714225 rs1131095 T C 522.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.418;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.794;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.090;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:553,0,785 3 49719729 rs9822268 G A 155.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:87.55:186,0,88 3 49720393 rs2960548 C G 140.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.461;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:171,0,177 3 49721532 rs3197999 G A 482.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.496;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.427;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:512,0,559 3 49721798 rs13085791 C A 628.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.14;MQRankSum=0.016;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.939;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:658,0,332 3 49722356 rs9837520 G A 238.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9075;MQ0=6;MQ=44.45;MQRankSum=2.438;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.191;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:40:99:268,0,623 3 49723274 rs75193211 G A 335.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=11.601;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=43.06;MQRankSum=-1.980;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:365,0,693 3 49725948 . C T 58.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.85;MQRankSum=-1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.97:89,0,65 3 49726028 rs62262685 T C 144.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=4;MQ=41.83;MQRankSum=-1.620;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:92.94:174,0,93 3 49735224 . C G 1205.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=89;Dels=0.00;FS=2.378;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-1.703;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.373;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1235,0,1658 3 49735746 rs11130214 C G 76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.03:106,0,66 3 49736172 rs11130216 C A 127.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.101;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:157,0,237 3 49736565 rs6785549 G A 321.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.750;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.076;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.112;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:352,0,615 3 49737954 rs35620248 G A 811.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.950;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.98;MQRankSum=0.066;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:841,0,1071 3 49738945 rs6804655 C T 876.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.620;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.410;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.390;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:51:99:906,0,365 3 49739086 rs1491986 C T 138.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:168,0,136 3 49742584 rs34539806 G A 65.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:95.96:96,0,139 3 49744392 rs3749241 A G 134.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,151 3 49750188 rs3749240 T A 93.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.034;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:123,0,210 3 49751585 rs2291542 C T 459.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.471;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.110;HRun=0;HaplotypeScore=1.9961;MQ0=0;MQ=57.72;MQRankSum=-1.313;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.459;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:489,0,484 3 49753003 rs34614773 T G 54.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:84.88:85,0,101 3 49758764 rs4768 A G 1392.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.818;DB;DP=116;DS;Dels=0.00;FS=2.951;HRun=0;HaplotypeScore=4.9411;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.124;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:1422,0,1700 3 49765483 rs2307021 C G 1364.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=2.595;HRun=0;HaplotypeScore=4.7811;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=1.612;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.964;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:121:99:1395,0,2007 3 49813013 rs34451146 C T 379.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.104;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.713;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:409,0,342 3 49813169 rs57648519 C A 162.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.067;QD=18.04;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:53.55:192,0,54 3 49836707 rs7629936 G A 276.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=-1.737;QD=21.24;ReadPosRankSum=-1.737;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:14.67:306,0,15 3 49841903 . G A 1136.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=72;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.319;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:72:99:1167,0,661 3 49842881 rs67220807 T TG 409.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.060;DB;DP=35;FS=6.235;HRun=4;HaplotypeScore=82.1015;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=1.590;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.335;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:448,0,504 3 49847623 rs1799845 A G 293.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.653;HRun=3;HaplotypeScore=2.8077;MQ0=0;MQ=58.27;MQRankSum=0.222;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:324,0,459 3 49849723 rs1799843 G A 188.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.342;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.610;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:218,0,322 3 49866392 rs1128535 C T 319.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.441;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:349,0,445 3 49866401 . C T 462.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.644;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.393;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:492,0,397 3 49881134 rs2246832 A T 720.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.555;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=-1.455;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:751,0,564 3 49884913 rs13316065 C T 436.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.666;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.293;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:466,0,524 3 50102446 rs115669815 T C 1241.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-1.304;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1272,0,1113 3 50129374 rs5848907 T TA 294.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=35.7531;MQ0=0;MQ=56.62;QD=42.00;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:21.07:336,21,0 3 50255663 rs35926495 C T 94.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.107;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.845;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:125,0,373 3 50289635 rs12721536 C T 199.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4742;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.077;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:83.48:229,0,83 3 50332697 rs13100173 G A 534.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.206;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:564,0,934 3 50357869 rs709210 A C 190.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=5.315;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.625;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:220,0,245 3 50368955 rs73082910 C A 494.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:524,0,461 3 50416501 rs5030977 C T 224.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9937;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-1.501;QD=12.49;ReadPosRankSum=-2.914;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:255,0,296 3 50824215 rs62261860 C T 175.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.228;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:206,0,318 3 51284317 rs112799991 G A 76.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.06:107,0,62 3 51350112 rs113786671 T A 63.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.30:93,0,54 3 51393706 rs67893786 C CAG 906.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=37.0361;MQ0=0;MQ=60.67;QD=56.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:949,48,0 3 51456076 . G C 509.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7102;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-0.099;QD=13.06;ReadPosRankSum=-1.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:539,0,669 3 51668102 rs76085189 C T 195.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.126;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.307;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:226,0,340 3 51975577 rs929533 C T 153.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:14.20:183,0,14 3 51978220 rs28547534 A G 4702.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DB;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.85;MQRankSum=-1.504;QD=30.94;ReadPosRankSum=-1.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:4703,319,0 3 51978640 rs4687792 G A 564.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-0.832;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:595,0,304 3 52228150 rs411457 A T 164.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.065;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:194,0,206 3 52259459 . T C 202.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.220;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:232,0,201 3 52272945 rs11441245 C CG 84.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=20.0283;MQ0=0;MQ=62.13;QD=16.96;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12.03:126,12,0 3 52408193 . A G 195.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.797;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.225;QD=13.99;ReadPosRankSum=2.797;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:226,0,133 3 52430526 rs12163565 G A 103.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:133,0,136 3 52453893 rs498778 C T 348.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.248;QD=24.87;ReadPosRankSum=-0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:30.09:381,30,0 3 52491836 rs12629472 G A 2017.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.021;QD=12.23;ReadPosRankSum=-1.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,79:165:99:2048,0,2262 3 52505758 rs3065763 G GAT 708.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=34.5341;MQ0=0;MQ=63.25;QD=54.52;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:751,39,0 3 52537969 rs4687545 T C 138.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-1.159;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:81.53:168,0,82 3 52540773 rs1010553 T C 321.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.277;QD=13.39;ReadPosRankSum=-2.123;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:24:99:351,0,257 3 52546487 rs7644763 C T 269.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.804;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.414;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:300,0,423 3 52548818 rs740903 C T 222.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.714;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.029;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.764;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:252,0,486 3 52551010 rs79979130 C T 259.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.1442;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.022;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.986;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:290,0,433 3 52551284 rs67409736 G T 92.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.098;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:122,0,161 3 52553625 rs112646045 TGTAA T 385.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DB;DP=19;FS=5.180;HRun=0;HaplotypeScore=93.1963;MQ0=0;MQ=60.09;MQRankSum=0.367;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.511;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:424,0,686 3 52554304 rs7630214 G C 1250.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.769;HRun=2;HaplotypeScore=1.8910;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=1.074;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.571;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:103:99:1280,0,1517 3 52555316 rs13081028 G A 115.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=-0.717;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:145,0,173 3 52556369 rs35325270 C T 411.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.241;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.022;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:442,0,329 3 52558008 rs13303 T C 497.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.620;QD=16.04;ReadPosRankSum=2.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:527,0,373 3 52568805 rs7639267 G T 163.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.191;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:194,0,125 3 52584431 rs34372721 T TCTC 590.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=67.2553;MQ0=0;MQ=56.57;MQRankSum=-1.232;QD=28.10;ReadPosRankSum=0.387;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:629,0,499 3 52676065 . CA C 154.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=51;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=198.2945;MQ0=0;MQ=56.76;MQRankSum=2.428;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.006;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,9:51:99:193,0,335 3 52720080 rs1108842 A C 231.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:262,0,182 3 52814256 rs2302417 T A 76.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.76:107,0,26 3 52815905 rs2710323 T C 332.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=1.075;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:362,0,667 3 52817149 . TGGGGGTCTCAGGC T 870.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.074;DP=29;FS=13.532;HRun=0;HaplotypeScore=336.0959;MQ0=0;MQ=53.28;MQRankSum=-4.123;QD=30.00;ReadPosRankSum=1.586;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:909,0,3776 3 52817164 . A AC 322.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.563;DP=34;FS=19.632;HRun=2;HaplotypeScore=223.4752;MQ0=0;MQ=53.17;MQRankSum=-4.285;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.119;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:362,0,681 3 52830764 rs2240921 C T 199.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.386;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:230,0,161 3 52833805 rs3617 C A 133.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.573;QD=14.82;ReadPosRankSum=-2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:98.39:163,0,98 3 52842507 . C T 239.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-1.021;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:270,0,328 3 52847544 rs17331178 C A 175.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.200;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:99:206,0,202 3 52847601 rs2071044 C T 66.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.88:97,0,50 3 52851137 rs2240917 T C 131.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.362;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.721;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:162,0,348 3 52854140 rs9831977 T G 229.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.785;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.102;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:259,0,444 3 52854186 rs2239548 A C 196.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.725;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.815;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:226,0,330 3 52857778 rs34860124 T A 668.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.425;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=0.575;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.936;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:699,0,604 3 52864584 rs2071042 A G 1185.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.224;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3476;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=-0.412;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:1215,0,1285 3 52864635 rs2276818 A G 822.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8308;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.525;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:853,0,686 3 52867595 rs60332615 C A 80.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.517;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:111,0,101 3 52874446 rs6769789 C T 292.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=-1.135;QD=13.30;ReadPosRankSum=2.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:323,0,296 3 52877647 rs113275920 C CA 652.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=104.6111;MQ0=0;MQ=58.55;QD=40.75;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:694,48,0 3 52878746 rs10663469 C CAG 305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.9530;MQ0=0;MQ=57.94;QD=50.99;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:348,18,0 3 52959985 . 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G T 59.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:89.66:90,0,128 3 53222761 rs2306574 C T 626.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.777;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.759;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:657,0,745 3 53259996 rs3816767 G A 274.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.828;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=-0.356;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.560;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:304,0,427 3 53260716 rs2279322 C T 284.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.588;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:314,0,488 3 53263279 rs3736156 A G 101.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.530;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:131,0,282 3 53265581 rs17234092 C T 159.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.906;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:190,0,276 3 53267155 rs2242301 G A 343.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.200;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:374,0,270 3 53321631 rs9628 A C 843.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.972;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.004;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.897;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:873,0,515 3 53326567 . C T 120.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.680;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.793;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:150,0,321 3 53529140 rs312480 T C 376.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.218;QD=13.94;ReadPosRankSum=2.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:406,0,437 3 53700550 rs2250736 T C 1131.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9916;MQ0=0;MQ=58.08;MQRankSum=0.917;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.457;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1161,0,1224 3 53758049 rs2070617 G A 109.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.470;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:139,0,142 3 53769479 rs1045958 C T 783.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.146;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.056;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.125;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:813,0,721 3 53779825 rs3821860 A G 239.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.933;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.821;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:270,0,288 3 53806803 rs2278517 G C 170.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7899;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.342;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:201,0,312 3 53814197 rs1829423 G A 569.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=2.945;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=1;MQ=57.79;MQRankSum=2.292;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:600,0,420 3 53882661 rs2232333 A G 688.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.148;HRun=0;HaplotypeScore=5.9111;MQ0=0;MQ=57.91;MQRankSum=2.113;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:718,0,835 3 53882673 rs5849009 G GT 2602.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=367.8286;MQ0=0;MQ=58.99;QD=35.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:2644,214,0 3 53883722 rs1025689 C G 847.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=11.650;HRun=2;HaplotypeScore=3.5662;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.191;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:877,0,1381 3 53883910 rs4687751 C T 158.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:188,0,169 3 53886912 rs3733075 C T 232.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=2.727;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:262,0,193 3 53890787 rs3821867 G A 307.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.896;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:92.18:338,0,92 3 53891029 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.81;MQRankSum=1.496;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.672;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:539,0,902 3 53891097 rs2276840 C G 353.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.558;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:384,0,158 3 53905308 rs1046677 T C 1104.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.139;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.273;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.017;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1135,0,700 3 53906513 rs4687757 G A 1297.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=5.517;HRun=1;HaplotypeScore=2.7547;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=-0.442;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:111:99:1328,0,1684 3 53910118 rs744277 A G 244.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.197;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:274,0,341 3 53910121 rs5849012 AG A 218.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=78.8984;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.222;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.044;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:257,0,367 3 53912341 rs3733081 C A 386.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.672;HRun=2;HaplotypeScore=1.9937;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.317;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:416,0,555 3 54157710 rs2290132 A T 140.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:97.22:170,0,97 3 54419977 rs9836159 C T 106.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.259;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:136,0,181 3 54596815 rs9814659 T C 76.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.52:106,0,68 3 54604188 rs2251788 T C 910.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.521;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=-0.433;QD=13.60;ReadPosRankSum=2.013;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:941,0,947 3 54615971 rs6782115 A G 72.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:92.03:103,0,92 3 54905685 rs1882317 C G 574.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.900;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.643;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:604,0,199 3 54905767 rs78971793 AG A 122.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=30.8869;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.322;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:162,0,106 3 54914996 rs9866865 A G 237.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.683;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:267,0,275 3 54919480 rs2293662 G A 293.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.036;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.669;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:324,0,322 3 54921903 rs3773594 T C 70.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.881;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:100,0,135 3 54930699 rs6445708 A T 290.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.506;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.026;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:321,0,439 3 54930794 rs17054524 C T 561.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=0.316;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:70:99:592,0,1126 3 54933874 . 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G A 172.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.437;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:202,0,102 3 55733390 rs4955865 C T 653.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.955;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=-0.471;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.009;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:684,0,774 3 56026034 rs4974160 C T 144.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.597;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.681;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:174,0,306 3 56052839 rs3816575 G T 87.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.398;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:118,0,180 3 56329979 . A G 77.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.94:108,0,25 3 56628031 rs7637449 G A 2782.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9920;MQ0=0;MQ=58.48;MQRankSum=1.477;QD=29.29;ReadPosRankSum=1.404;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2815,181,0 3 56653839 . CTG C 1872.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.766;DP=99;FS=1.666;HRun=0;HaplotypeScore=319.1622;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=0.582;QD=18.92;ReadPosRankSum=1.038;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1912,0,2186 3 57108101 rs76587478 C T 162.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.553;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:193,0,602 3 57132200 rs2291462 A G 322.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=7.060;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.746;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.391;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:352,0,271 3 57138419 rs6780995 G A 62.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.296;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:92.35:92,0,186 3 57140108 rs2035654 G A 130.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.387;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:160,0,180 3 57168154 rs116627710 G A 102.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=-1.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:132,0,179 3 57168273 rs6803905 T C 194.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.111;HRun=2;HaplotypeScore=1.9312;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.915;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.139;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:225,0,445 3 57303603 . C G 613.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=50;Dels=0.00;FS=4.167;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-1.583;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:644,0,717 3 57494138 rs6445902 A C 146.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.532;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:177,0,127 3 57494165 rs10510794 C G 170.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:200,0,161 3 57542173 rs2241988 C T 298.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=0.453;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.996;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:329,0,221 3 57557834 rs11964 A G 177.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.568;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:208,0,120 3 57582718 rs80159797 GAAA G 169.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=27.8406;MQ0=0;MQ=54.75;MQRankSum=0.198;QD=24.26;ReadPosRankSum=0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:99:209,0,113 3 57632004 . C CA 139.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=16;FS=2.276;HRun=10;HaplotypeScore=38.1745;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.935;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:179,0,109 3 57658222 rs1473367 A T 57.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:87.19:87,0,139 3 57882601 rs17058639 C T 811.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.478;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=-0.333;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.236;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:842,0,1071 3 57902639 rs17745496 G A 699.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.063;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.503;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.583;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:730,0,706 3 58063123 rs115199080 G A 65.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.40:95,0,136 3 58127508 . G A 128.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.800;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:158,0,272 3 58154327 rs8640 C T 510.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.423;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:541,0,557 3 58186719 rs3772985 C A 1704.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=6.211;HRun=0;HaplotypeScore=4.5410;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-0.518;QD=13.74;ReadPosRankSum=-1.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:124:99:1734,0,1647 3 58186911 rs4234389 A G 281.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.270;QD=17.59;ReadPosRankSum=2.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:312,0,216 3 58194051 rs3732631 C A 734.03 PASS 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CAGAG C 301.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=24;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=107.2923;MQ0=0;MQ=54.94;MQRankSum=-1.399;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.307;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:340,0,922 3 65425560 rs35698502 T TCTG 574.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DB;DP=64;FS=3.876;HRun=0;HaplotypeScore=232.1415;MQ0=0;MQ=60.36;MQRankSum=1.520;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:64:99:614,0,509 3 66293766 rs66918103 T C 277.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.291;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.433;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.953;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:307,0,371 3 66428282 rs1046844 C T 322.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=15.37;ReadPosRankSum=1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:353,0,274 3 66430811 rs2279290 T G 640.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.296;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:671,0,941 3 66432680 rs332371 A G 2443.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=0.342;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.698;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:2476,172,0 3 66434643 rs2306272 T C 942.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=5.267;HRun=0;HaplotypeScore=2.5561;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.375;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.499;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:972,0,1644 3 66444615 rs6793110 G A 220.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.237;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:250,0,382 3 66444697 rs17775391 A C 180.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.589;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:50.63:211,0,51 3 66463254 rs12493943 C G 123.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.32;MQRankSum=-1.355;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.120;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:153,0,248 3 66465259 rs4856928 T C 520.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.689;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:550,0,218 3 67054649 rs13096789 T C 1352.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=3.823;HRun=0;HaplotypeScore=2.9930;MQ0=0;MQ=59.24;MQRankSum=-1.076;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.783;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1382,0,1252 3 67548726 . AAAG A 532.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.721;DP=32;FS=1.494;HRun=0;HaplotypeScore=141.1843;MQ0=0;MQ=55.92;MQRankSum=-0.395;QD=16.63;ReadPosRankSum=-1.018;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:571,0,932 3 67659817 rs2290173 G A 324 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.699;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:354,0,500 3 67660040 rs2290174 G A 203.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=55.34;MQRankSum=0.311;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:234,0,247 3 67660049 rs2290175 A G 172.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=6.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.452;QD=12.33;ReadPosRankSum=-2.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:203,0,172 3 68587884 rs3828366 A C 665.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.114;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.426;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.566;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:696,0,623 3 69036707 rs4855542 G A 74.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,140 3 69053447 rs9860095 A T 74.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.69;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:105,0,26 3 69351460 rs77486110 AAG A 198.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=19.9478;MQ0=0;MQ=65.19;QD=33.05;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0 3 71026263 . G A 138.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.8606;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.633;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:169,0,139 3 71247304 rs2037474 A G 234.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.751;QD=26.03;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.90:264,0,13 3 71247572 rs56850311 A T 131.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5061;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-0.676;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:12:99:162,0,155 3 72799703 rs35178407 C T 552.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.636;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=0.416;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:583,0,807 3 72821690 . C G 182.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=14;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.299;QD=13.03;ReadPosRankSum=1.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:212,0,139 3 72821708 rs62251655 T C 99.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.377;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:129,0,204 3 72925997 rs7640629 C T 238.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.102;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.592;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:268,0,243 3 72926390 rs7610496 A G 662.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.974;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=1;MQ=57.03;MQRankSum=0.425;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:692,0,393 3 72933319 rs6768747 A G 72.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:103,0,127 3 72933697 . 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T C 73.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:104,0,101 3 75379085 rs12490683 G A 105.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.710;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.839;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:136,0,215 3 75385215 . C T 359.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.690;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.506;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:390,0,565 3 75385314 rs4552385 C T 185.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.528;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.344;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:215,0,529 3 75386297 rs6769147 G A 636.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.136;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.512;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.36;MQRankSum=-1.437;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.714;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:667,0,532 3 75388161 rs6765044 T C 1763.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=5.233;HRun=0;HaplotypeScore=6.8954;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-1.139;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:137:99:1794,0,1718 3 75388243 rs6798065 T C 560.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=0.181;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:590,0,891 3 75397013 rs6762507 C T 202.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=4.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.82;MQRankSum=-0.530;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:232,0,156 3 75397679 rs3860597 G A 497.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=44.50;MQRankSum=-0.884;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.503;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:527,0,438 3 75406584 rs34054461 C T 176.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=8.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=-1.447;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:95.16:207,0,95 3 75419736 rs2091866 T G 86.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=47.55;MQRankSum=-0.741;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:117,0,169 3 75420180 rs62259093 A G 158.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7306;MQ0=0;MQ=55.97;MQRankSum=-0.067;QD=17.61;ReadPosRankSum=-1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:53.05:188,0,53 3 75466947 rs12490872 C A 50.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.56:80,0,22 3 75471230 rs11716994 C T 267.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.699;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=51.33;MQRankSum=0.571;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:298,0,366 3 75472209 rs11537690 C T 621.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.827;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.737;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.19;MQRankSum=0.069;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:652,0,856 3 75472260 rs62259122 C T 482.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=57.69;MQRankSum=0.241;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:512,0,350 3 75475588 rs9860745 C T 505.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.199;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.40;MQRankSum=2.161;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.066;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:536,0,712 3 75475589 . G A 643.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.40;MQRankSum=-1.821;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.972;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:674,0,589 3 75477174 rs35559783 C T 127.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:158,0,99 3 75478181 . 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T C 2463.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.741;DP=151;Dels=0.00;FS=1.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.75;MQRankSum=1.848;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,85:151:99:2493,0,1631 3 99643176 rs793440 C T 1050.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.616;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1080,0,1025 3 100014947 . C T 92.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-1.638;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:122,0,135 3 100053684 rs66652236 C CG 195.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=17.1207;MQ0=0;MQ=60.00;QD=32.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0 3 100057846 rs1214381 C T 522.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.300;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.766;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.007;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:552,0,434 3 100058102 rs166747 G A 585.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.697;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.032;QD=18.30;ReadPosRankSum=-2.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:616,0,374 3 100084432 rs277644 G A 587.41 PASS 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A C 505.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.635;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:99:536,0,203 3 101446207 rs3070526 AAT A 477.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DB;DP=30;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=97.3752;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=0.686;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.561;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:516,0,809 3 101576029 rs3217713 T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 9330.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=606.6114;MQ0=0;MQ=31.61;QD=217.00;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,9:43:99:9331,126,0 3 105238890 rs11291806 CT C 321.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=99.6335;MQ0=0;MQ=61.88;QD=18.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:46.14:363,46,0 3 105252398 . A C 285.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.597;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:316,0,177 3 106567549 rs16853011 G A 58.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.233;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-2.262;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:88.35:88,0,179 3 106825268 rs58705928 A AC 1552.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=72.4119;MQ0=0;MQ=57.55;QD=45.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1594,102,0 3 107047161 rs7639744 A C 141.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.146;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.146;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:171,0,290 3 107047443 rs2676364 C T 75.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:105,0,137 3 107097346 rs3811061 C A 239.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.363;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:269,0,351 3 107463456 rs3838316 TG T 1490.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DB;DP=38;FS=5.798;HRun=1;HaplotypeScore=104.1691;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=1.641;QD=39.21;ReadPosRankSum=1.277;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1532,109,0 3 107524112 rs72589641 G GT 317.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=14.5608;MQ0=0;MQ=60.00;QD=39.74;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:360,24,0 3 107884269 rs62264150 A G 250.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.452;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=-0.772;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.384;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:280,0,689 3 107937360 rs56273515 C T 687.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.823;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=2.704;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:718,0,934 3 107937408 rs1135897 C T 534.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.313;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.087;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.071;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:565,0,740 3 107938240 rs1289754 G C 93.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.536;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:123,0,207 3 108095365 rs2124736 G A 185.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.154;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:216,0,300 3 108107925 rs7616341 C A 821.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.041;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-0.478;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:851,0,881 3 108110570 rs74660263 G A 567.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.760;HRun=0;HaplotypeScore=4.9676;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=1.314;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:36:99:598,0,328 3 108112760 rs2290601 C T 142.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.729;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:173,0,121 3 108117356 . 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G A 275.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.571;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:305,0,737 3 121350593 rs1128158 C A 103.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:134,0,138 3 121350616 rs1128154 G T 139.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=10.75;ReadPosRankSum=-2.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:170,0,182 3 121351315 . 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C G 259.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=45;Dels=0.00;FS=5.562;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=41.69;MQRankSum=-2.759;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.348;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:289,0,772 3 125643970 rs12489324 T C 644.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.815;HRun=0;HaplotypeScore=2.7431;MQ0=1;MQ=42.27;MQRankSum=0.176;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:675,0,457 3 125643995 rs13063019 C T 459.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.536;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=1;MQ=41.50;MQRankSum=-2.423;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:489,0,441 3 125644009 rs12485974 G A 405.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=6.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.41;MQRankSum=-2.179;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:435,0,399 3 125647341 rs1976460 A G 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GCAAAA G 210.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.7491;MQ0=0;MQ=42.17;QD=26.30;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:15.05:252,15,0 3 139257545 rs34662123 GC G 379.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=34.0898;MQ0=0;MQ=63.02;QD=27.10;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39.09:421,39,0 3 139280328 rs35898558 G GA 183.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=15.7180;MQ0=0;MQ=61.78;QD=30.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15.05:225,15,0 3 140122341 rs4683494 G A 123.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.437;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:154,0,224 3 140140213 rs7643984 A T 164.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.866;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:194,0,128 3 140407260 rs9876490 C A 1951.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-1.029;QD=30.48;ReadPosRankSum=1.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1984,156,0 3 140998113 rs75586664 C T 132.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.244;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:163,0,234 3 141162128 rs62282002 C G 751.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.735;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:782,0,371 3 141162185 rs16851435 T G 880.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.536;QD=21.47;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:41:99:910,0,350 3 141326602 rs295322 T C 124.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.77;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:26.72:154,0,27 3 141328918 rs295324 T G 273.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=1.937;QD=12.44;ReadPosRankSum=2.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:304,0,211 3 141538822 rs78193590 C T 118.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=2;MQ=47.64;MQRankSum=-3.532;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:149,0,323 3 141762850 . 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A C 71.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:101,0,99 3 142520900 rs12634067 G A 63.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:94,0,29 3 142567327 rs893883 G A 344.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=4;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.680;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.986;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:375,0,447 3 142681249 rs62276870 G A 191.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.449;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:222,0,331 3 142895298 rs111887220 T G 109.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=1.7781;MQ0=0;MQ=48.11;MQRankSum=-3.241;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:140,0,191 3 142895511 . C T 213.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=32;Dels=0.00;FS=1.760;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=7;MQ=41.65;MQRankSum=2.476;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:243,0,406 3 142895926 rs10049327 G A 95.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.89;MQRankSum=1.159;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:126,0,160 3 142895953 rs9825493 A T 94.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.06;MQRankSum=0.421;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:124,0,111 3 143567207 rs11714060 A G 209.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=6.726;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.741;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:239,0,233 3 143574901 rs6782974 A G 484.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.672;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:21:54.82:515,0,55 3 145542203 rs9877492 G A 55.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=6.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.11;MQRankSum=0.729;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:85.95:86,0,177 3 145542204 rs9877227 C T 53.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=6.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.11;MQRankSum=0.729;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:83.50:83,0,177 3 145788803 rs2305274 T C 172.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.181;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:203,0,310 3 145809750 rs3792341 T C 108.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.05:139,0,55 3 145820684 rs3762691 G A 137.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.22:168,0,60 3 145824478 rs9289716 A G 109.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.139;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:139,0,480 3 145828256 rs3842573 G GT 382.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=39.9982;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=1.280;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.867;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:422,0,242 3 145838895 rs4681297 C T 119.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.645;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=1.518;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.740;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:150,0,497 3 145913061 rs34467190 G T 813.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.613;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.144;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.471;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:843,0,866 3 146177815 rs6806535 C T 106.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.63:136,0,86 3 146239871 . C T 136.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.47;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.01:166,0,60 3 146243369 rs2688693 G T 240.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.06;MQRankSum=2.429;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:271,0,274 3 147309337 rs62276285 G A 68.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.73:98,0,70 3 147884168 rs12495960 G A 94.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=0.380;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:124,0,250 3 147885110 rs2045350 T C 89.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=0.710;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:120,0,184 3 148459395 rs5182 C T 596.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.834;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.903;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.284;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.649;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:626,0,583 3 148459988 rs5186 A C 84.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.896;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:115,0,201 3 148562425 rs9835098 C G 224.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.120;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:255,0,198 3 148703787 rs3732559 T G 515.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.254;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=1.789;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:546,0,577 3 148704618 rs62622498 T C 770.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.965;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.100;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=46.91;MQRankSum=1.146;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.280;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:801,0,575 3 148714104 . 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C T 231.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:261,0,130 3 149182086 rs60028604 A T 383.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9958;MQ0=0;MQ=56.70;MQRankSum=1.375;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:414,0,381 3 149182087 rs57677105 T TG 460.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=112.5322;MQ0=0;MQ=56.58;MQRankSum=2.441;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.829;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:500,0,500 3 149182144 . 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G GC 228.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.7606;MQ0=0;MQ=61.78;QD=38.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:270,18,0 3 149193684 rs1802837 T C 139.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:169,0,125 3 149374578 rs63224761 TCA T 124.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=20.0395;MQ0=0;MQ=66.18;QD=24.92;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:166,15,0 3 149468530 rs9843784 T G 1018.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.345;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.706;HRun=0;HaplotypeScore=2.9573;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=1.556;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.223;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:1049,0,1293 3 149469333 rs71138407 AT A 157.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=20.9083;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.001;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.248;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:196,0,103 3 149678534 rs6768054 C T 319.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=5.225;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.320;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:350,0,625 3 149686076 rs2305855 T C 559.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.863;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.885;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.559;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:589,0,602 3 149686367 rs61268501 AC A 677.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=128.5261;MQ0=0;MQ=57.15;QD=28.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:69.85:719,70,0 3 149700519 rs7630407 T C 1556.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.628;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=3.666;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.58;MQRankSum=-0.592;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.469;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:1586,0,1214 3 150280506 rs5853484 GA G 196.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=37.7209;MQ0=0;MQ=60.00;QD=24.54;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21.06:238,21,0 3 150329112 . ATATGT A 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=206.7955;MQ0=0;MQ=43.58;QD=55.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:93.31:1925,93,0 3 150403749 rs4680107 T C 782.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.929;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-1.123;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:812,0,779 3 150690566 rs3796240 T C 241.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.741;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:272,0,194 3 150845574 rs1897296 C T 120.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.381;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:151,0,250 3 150883600 rs2567322 C T 521.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9436;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.288;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.235;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:552,0,1199 3 151085578 rs3732764 C A 4157.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DB;DP=143;Dels=0.00;FS=3.231;HRun=0;HaplotypeScore=2.9909;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=1.514;QD=29.08;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:143:99:4158,272,0 3 151463421 rs1972977 G T 324.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.974;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.692;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:355,0,392 3 151463493 rs1550964 A G 94.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=2;HaplotypeScore=1.9142;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-0.306;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:125,0,276 3 151531894 rs2293004 C T 492.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.483;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=-0.549;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.592;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:522,0,719 3 151545321 rs113024766 GT G 413.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=126.9573;MQ0=0;MQ=53.94;QD=29.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39.11:456,39,0 3 151545323 rs62272918 T G 320.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.94;MQRankSum=0.992;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:0.35:349,0,0 3 152018223 rs17368446 T G 145.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.729;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:175,0,123 3 152553628 rs1065776 C T 145.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.817;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:175,0,516 3 152554357 rs701265 A G 482.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.515;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:513,0,260 3 152880401 . 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T C 576.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.440;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:606,0,443 3 167320010 rs75218075 T C 253.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.528;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.373;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:284,0,317 3 167402236 rs78782877 T C 79.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:69.02:109,0,69 3 167506937 rs33917740 C G 360.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.475;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.694;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.208;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:390,0,472 3 167506967 rs34582040 A G 451.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=4.993;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.281;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.513;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:482,0,459 3 167510472 rs2229697 G A 877.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=7.9776;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=1.031;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:907,0,787 3 167754573 rs6786410 A G 828.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.755;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:858,0,822 3 167762678 rs67757806 C CA 103.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DB;DP=15;FS=7.404;HRun=12;HaplotypeScore=36.7167;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.466;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.532;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:66.59:143,0,67 3 168384563 . 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C T 879.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=72;Dels=0.00;FS=8.472;HRun=0;HaplotypeScore=3.4250;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=1.167;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:909,0,946 3 170214459 rs2008829 G T 613.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=2.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.858;QD=20.46;ReadPosRankSum=-1.606;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:644,0,315 3 170214585 rs35753997 C T 55.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:85.55:86,0,147 3 170371837 rs6764448 G A 106.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=17.70;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:43.05:136,0,43 3 170670753 rs67125861 C T 183.57 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C T 100.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:131,0,121 3 186384015 rs11707899 C T 352.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.717;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.295;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=0.708;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:382,0,666 3 186390627 rs9898 C T 268.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.746;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.969;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:298,0,356 3 186395572 rs1042464 A T 562.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=0.297;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:592,0,831 3 186435370 rs1050274 G A 706.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.502;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=0.214;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:736,0,735 3 186435561 rs13072823 G A 201.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-0.053;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.208;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:231,0,268 3 186435583 rs13095338 T C 136.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9712;MQ0=0;MQ=54.65;MQRankSum=0.729;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:167,0,118 3 186437944 rs5029980 T C 336.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=15.357;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.69;MQRankSum=1.180;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:367,0,777 3 186443018 rs1656922 T C 211.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=2.016;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:241,0,356 3 186479009 rs866601 A G 1900.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.271;QD=29.70;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1934,119,0 3 186501367 . 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